View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4445_low_2 (Length: 878)

Name: NF4445_low_2
Description: NF4445
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4445_low_2
NF4445_low_2
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (11-863)||(3635095-3635946)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 784; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 784; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 863
Target Start/End: Original strand, 3635095 - 3635946
Alignment:
Q  11 cagagacacttacagatcacctcttaaaaagattgtcatatcgtcaatgagaattgaatccataatcttacgagtgagtcaactctttatcaattaaatc 110  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3635095 cagagacacttacatatcacctcttaaaaagattgtcatatcgtcaatgagaattgaatccataatcttacgagtgagtcaactctttatcgattaaatc 3635194  T
Q  111 aattttaataggtagtgaaaatcttttatgtataacatttgaaggtcactaggtagtccacagtcatgttgtggtccaaagtacggaaggaatctatcta 210  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3635195 aattttaataggtagtgaaaaacttttatgtataacatttgaaggtcactaggtagtccacattcatattgtggtccaaagtacggaaggaatctatcta 3635294  T
Q  211 gcaaccaatttagaaaaaattgttttacgtgaaggaagctgacaattttatcatttataagtgtttgaacaaagtaagtatttaatttcaaagataagaa 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3635295 gcaaccaatttagaaaaaattgttttacgtgaaggaagctgacaattttatc-tttataagtgtttgaacaaagtaagtatttaatttcaaagataagaa 3635393  T
Q  311 tcttgaggctcatttgaagcaaccttccctacagattgctcaaataatttctctgcttaattccatttttgttttgcattattgcacatctttatcattg 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3635394 tcttgaggctcatttgaagcaaccttccctacagattgctcaaataatttctctgcttaattccatttttgttttgcattattgcacatctttatcattg 3635493  T
Q  411 gtttgtctaccttcacatcaatttctagctaccatgatttgacagcgaaaatatatatactaactaatttgtggttaattaattagaagcctaagatgct 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3635494 gtttgtctaccttcacatcaatttctagctaccatgatttgaaagcaaaaatatatatactaactaatttgtggttaattaattagaagcctaagatgct 3635593  T
Q  511 acctagcttttatttaaggaccacaaatgtcatgatcataaatccttttacattggatatcacaatataggttgggtagttgagtaacaagaaacttcat 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3635594 acctagcttttatttaaggaccacaaatgtcatgatcataaatccttttacattggatatcacaatataggttgggtagttgagtaacaaaaaacttcat 3635693  T
Q  611 tatttatatttctgtccaaaatacaatcatacttaagtctctatcaacccttaaatacatcttaatcaactaccttttgatttgatatgccattttattc 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3635694 tatttatatttctgtccaaaatacaatcatacttaagtctctatcaacccttaaatacatcttaatcaactaccttttgatttgatatgccattttattc 3635793  T
Q  711 tcttattgaaattgcaaaatattttcttggccagctagtgttgtgaaaaatttgctttcaatcattagatattacaagaagacatttaccnnnnnnntag 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||    
T  3635794 tcttattgaaattgcaaaatattttcttgaccagctagtgttgtgaaaaaattgctttcaatcattagatattacaagaagacatttaccaaaaaaatag 3635893  T
Q  811 atattacaagaagacattgatatgatgggaaaaattgattcaacgtggtattt 863  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3635894 atattacaagaagacattgatatgatgggaaaaattgattcaacgtggtattt 3635946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University