View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4446-Insertion-2 (Length: 968)

Name: NF4446-Insertion-2
Description: NF4446
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4446-Insertion-2
NF4446-Insertion-2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-959)||(25374965-25375899)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 756; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 756; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 959
Target Start/End: Original strand, 25374965 - 25375899
Alignment:
Q  8 cttactaaatccagggaagcaatgcaggaagagtcagaatcttcattctgtgaatcaatgcttatgcttcttgttgaattggtgagtaaaagccaaaggt 107  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||      ||    
T  25374965 cttactaaatccagggaaggaatgcaggaagagtcagaatcttcattctgtgaatcaatg--------tcttgttgaattggtgagtaaaag------gt 25375050  T
Q  108 gataaaatcatgtgaggtttgttgcaaattgcaatgcactttgctacatgttggtggaggaaatctaaaactgaaaaagatagatgaaaggagagtgttg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25375051 gataaaatcatgtgaggtttgttgcaaattgcaatgcactttgctacatgttggtggaggaaatctaaaactgaaaaagatagatgaaaggagagtgttg 25375150  T
Q  208 aaaggtggttgcaatgcagacaagaacatgagaatcaaagatagacggtggcattaaattaaaatgacacagaaactgtttcttctttgtaactattatg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25375151 aaaggtggttgcaatgcagacaagaacatgagaatcaaagatagacggtggcattaaattaaaatgacacagaaactgtttcttctttgtaactattatg 25375250  T
Q  308 gaaaagatattggtgaaggcattaaatgagaaatttaatgcaataaaatgtttcatgagaaattgttggctaatggttaaatctttcttcctttaacctc 407  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25375251 gaaaaaatattggtgaaggcattaaatgagaaatttaatgcaataaaatgtttcatgagaaattgttggctaatggttaaatctttcttcctttaacctc 25375350  T
Q  408 cttctccaagagtccaagtcacagtgcatctcattttattcgttagttcttcttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagttgacataaggttaatggagttt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||                  ||||||||||||||||||||||||||    
T  25375351 cttctccaagagtccaagtcacagtgcatctcattttattcgttagttctttttcctttttttttt--------aagttgacataaggttaatggagttt 25375442  T
Q  508 tatcttactaatcattcatgtgttaaaactctttcataatctccttgctacctaagattatttagattaaataattagagttttattcaacttaactaga 607  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25375443 tttcttactaatcattcatgtgttaaaactctttcataatctccttgctacctaagattatttagattaaataattagagttttattcaacttaactaga 25375542  T
Q  608 aaatcaaagtttgatctatgtttt-atttagctctaaataaaaagttttgtcgtacattgtgatactaccgatcgacttaagtggttcgtctatgtagtt 706  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  ||||||||||||    
T  25375543 aaatctaagtttgatctatgtttttatttagctctaaataaaaagttttgtcgtacattgtgatactaccgatggacttaagcggtcagtctatgtagtt 25375642  T
Q  707 gttcatggaagatacccaataccaaaatgatctccgtccctttttaagtgacggtattgacacgttgattaagaaataacagtaataaaggtttagcttg 806  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25375643 gttcatggaagatactcaataccaaaatgatctccggccctttttaagtgacgatattgacacgttgattaagaaataacagtaataaaggtttagcttg 25375742  T
Q  807 tgttccatctagagtgaaataaatcctttttcctgattagttcacgtacccgtgcctgcttgctcatgtggaaacaccaataatagaaaataattaattt 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25375743 tgttccatctagagtgaaataaatcctttttcctgattagttcacgtacccgtgcctgcttgctcatgtggaaacaccaataatagaaaataattaattt 25375842  T
Q  907 tcataatctttagatgaaa--gaaactcaggt--agtggggatctttagaattgaga 959  Q
    |||||||||||||||||||   ||||||| ||   ||||||||||||||||||||||    
T  25375843 tcataatctttagatgaaaagaaaactcaagttaggtggggatctttagaattgaga 25375899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University