View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4449-Insertion-1 (Length: 792)

Name: NF4449-Insertion-1
Description: NF4449
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4449-Insertion-1
NF4449-Insertion-1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (7-785)||(17441250-17442025)
chr2 (184-278)||(17446954-17447048)
[»] scaffold0428 (4 HSPs)
scaffold0428 (152-785)||(5274-5892)
scaffold0428 (152-290)||(13018-13156)
scaffold0428 (342-417)||(12009-12084)
scaffold0428 (485-639)||(12115-12260)
[»] chr6 (33 HSPs)
chr6 (14-741)||(33387026-33387806)
chr6 (154-417)||(33261842-33262117)
chr6 (441-785)||(33283511-33283845)
chr6 (25-295)||(33303855-33304119)
chr6 (161-329)||(33409303-33409477)
chr6 (58-234)||(33644952-33645128)
chr6 (161-290)||(28870678-28870806)
chr6 (441-725)||(33261510-33261789)
chr6 (161-329)||(33398391-33398565)
chr6 (152-278)||(33407756-33407882)
chr6 (58-276)||(33284987-33285205)
chr6 (152-278)||(33396806-33396932)
chr6 (58-283)||(9166135-9166357)
chr6 (152-290)||(33281096-33281234)
chr6 (649-741)||(33357874-33357966)
chr6 (151-275)||(33271219-33271343)
chr6 (161-347)||(33358220-33358423)
chr6 (660-737)||(33418459-33418536)
chr6 (342-417)||(33282168-33282243)
chr6 (435-514)||(33358063-33358142)
chr6 (58-212)||(31563227-31563381)
chr6 (663-737)||(33302888-33302962)
chr6 (167-295)||(33056937-33057062)
chr6 (342-417)||(33283898-33283973)
chr6 (242-337)||(31563391-31563498)
chr6 (14-93)||(33358494-33358567)
chr6 (485-639)||(33281992-33282137)
chr6 (342-417)||(33397969-33398044)
chr6 (342-417)||(33408879-33408954)
chr6 (485-534)||(33397888-33397937)
chr6 (586-640)||(33397783-33397836)
chr6 (586-640)||(33408694-33408747)
chr6 (55-109)||(33409529-33409583)
[»] scaffold1408 (1 HSPs)
scaffold1408 (152-291)||(7-146)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (163-220)||(31485298-31485355)
chr4 (150-291)||(31499553-31499694)
chr4 (163-234)||(31479558-31479629)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 615; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 615; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 785
Target Start/End: Original strand, 17441250 - 17442025
Alignment:
Q  7 ataactgtgagtgttccggtaattctcaatggaagtcttgttacgataacaaccaaatcaagtcacctatggataatctacttccactgtgagtcctatc 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17441250 ataactgtgagtgttccggtaattctcaatggaagtcttgttacgataacaaccaaatcaagtcacatatggataatctacttccactgtgagtcctatc 17441349  T
Q  107 atgcatttcgagaaatcagttttgaaatttttaaggggcaagctttgggtatgaaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctaca 206  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17441350 atgcatttcgagaaatccgttttgaaatttttgaggggcaagctttgggtatggaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctaca 17441449  T
Q  207 agagttcaacttaacaatgatgaatcacnnnnnnnccttggctcagaagtgcaagattttggcaattgaagatgagacacaaccagaacaagaatcattc 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17441450 agagttcaacttaacaatgatgaatcacgaaaaaaccttggctcagaagtgcaagattttggcaattgaagatgagacacaaccagaacaagaatcattc 17441549  T
Q  307 atctcacaagtcataactacttcacaaagaagaaagtcaacaagtgataacaaatcaaccgcaacaacaatctctgttgtcaacaacaagcaaaggtacg 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17441550 atctcacaagtcataactacttcacaaagaagaaagtcaacaagtgataacaaatcaactgcaacaacaatctctgttgtcaacaacaagcaaaggtacg 17441649  T
Q  407 gaagataattcnnnnnnntcttgttaacttttccatgattttgttggcacaagtgagactttgttggtctgatttgcattttagactgaattttataatt 506  Q
    |||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17441650 gaagataattcaaaaaaatcttgttaacttttccatgattttgttggcacaagtgagactttgtttgtctgatttgcattttagactgaattttataatt 17441749  T
Q  507 tgcggggtgagggttttaaatttatgtttggttgtaattttgcatcccgtttccggtgtctgtttatgtttcatagacaacaatattttaaggaacacat 606  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  17441750 tgcggggtgggggttttaaatttgtgtttggttgtaattttgcatcccgtttccggtgtctgtttatgtttcatagacaacaatattttaaggaacactt 17441849  T
Q  607 tatcactgaaatttgcatccatggtcatccacaggnnnnnnntctccaaccaccatatcagccacagaagcagaagtatctgtggaggtaccagattcac 706  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |       |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17441850 tatcactgaaatttgcatccat-gtcatccaca-gaaaaaaatctcgaaccgccatatcagccacagaagcagaagtatctgtggaggtaccagattcac 17441947  T
Q  707 ctgttgcagatgaagtttctactgaatctccacagnnnnnnntcttgaaccttccatatcattgttcaattcattggtc 785  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||| |||||||||||| || |||||||||||    
T  17441948 ctgttacagatgaagtttctactgaatctccacagaaaaaaatcttgaacc-tccatatcattggtcgattcattggtc 17442025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 184 - 278
Target Start/End: Original strand, 17446954 - 17447048
Alignment:
Q  184 tgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcacnnnnnnnccttggctcagaagtgcaagattttggcaattgaaga 278  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||       ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  17446954 tgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgttgaataacgaaaattccttggctcagaagtgcaagatttttgaaattgaaga 17447048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 4)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 152 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 5892 - 5274
Alignment:
Q  152 tgggtatgaaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcacnnnnnnnccttggctca 251  Q
    |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||      
T  5892 tgggtatggatgtgaagtgttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaaaacttacaagagttcaacttaacaatgatgaatcatgaaaaatccttggcttc 5793  T
Q  252 gaagtgcaagattttggcaattgaagatgagacacaacca------------gaacaagaatcattcatctcacaagtcataactacttcacaaagaaga 339  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5792 gaaatgtaagattttggcaattgaagatgagacacaaccacaaccacaatcagaacaagaatcattcacctcacaagtcataactacttcacagagaaga 5693  T
Q  340 aagtcaacaagtgataacaaatcaaccgcaacaacaatctctgttgtcaacaacaagcaaaggtacggaagataattcnnnnnnntcttgttaacttttc 439  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| |||||  |||||| |||||| |||||||||||       | ||||             
T  5692 aagtcaacaagtgataacaagtcaaacgcaaaaacaatctctgttttcaaccgcaagcagaggtactgaagataattc-------tgttgt--------- 5609  T
Q  440 catgattttgttggcacaagtgagactttgttggtctgatttgcattttagactgaattttataatttgcggggtgagggttttaaatttatgtttggtt 539  Q
     ||||||||||||||| |||| | ||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||  |||||| ||||    
T  5608 -atgattttgttggcagaagtcacactttctttgtctgacttgcattttagactgaattttataatttacggggtgggagttttaaa--tatgttaggtt 5512  T
Q  540 gtaattttgcatcccgtttccggtgtctgtttatgtttcatagacaacaatattttaaggaacacattatcactgaaatttgcatccatggtcatccaca 639  Q
    |||| |||   | ||||||||||||||||    ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  5511 gtaa-tttcttttccgtttccggtgtctg----tgtttcatagacaacaacattttaaggaacactatatcactgaaatctgcattcat-gtcatccaca 5418  T
Q  640 ggnnnnnnntctccaaccaccatatcagccacagaagcagaagtatctgtggaggtaccagattcacctgttgcagatgaagtttctactgaatctccac 739  Q
     |       |||| |||| ||||||||||||||||| | |||||||| | ||||| |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  5417 -gaaataaatctcgaacctccatatcagccacagaaactgaagtatccgcggaggcaccgaattcacctgttgcaaatgaagtttctactgaatctcaac 5319  T
Q  740 agnnnnnnntcttgaaccttccatatcattgttcaattcattggtc 785  Q
    ||       ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  5318 agaaaaaaatctcgaacc-tccatatcattggtcaattcattggtc 5274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 152 - 290
Target Start/End: Original strand, 13018 - 13156
Alignment:
Q  152 tgggtatgaaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcacnnnnnnnccttggctca 251  Q
    |||||| | ||||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||        ||||||||||    
T  13018 tgggtacggaggtgaagagttgcgtgcatcgttgaatatgtaaacaagacctacaagagttcagtttaacaataatgaatcatgaagcttccttggctca 13117  T
Q  252 gaagtgcaagattttggcaattgaagatgagacacaacc 290  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  13118 gaagtgcaagattttggaaattgaagatgggacacaacc 13156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 342 - 417
Target Start/End: Original strand, 12009 - 12084
Alignment:
Q  342 gtcaacaagtgataacaaatcaaccgcaacaacaatctctgttgtcaacaacaagcaaaggtacggaagataattc 417  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| |||||| |||||||||||    
T  12009 gtcaacaagtgctaacaagtcaaccgcaaaaacaatctctgttgtcaactgcaagcagaggtactgaagataattc 12084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 485 - 639
Target Start/End: Original strand, 12115 - 12260
Alignment:
Q  485 ttttagactgaattttataatttgcggggtgagggttttaaatttatgtttggttgtaattttgcatcccgtttccggtgtctgtttatgtttcatagac 584  Q
    |||||||||||||||||| |||| | | ||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||| | | | |  || ||||||||    ||||||||||||    
T  12115 ttttagactgaattttatgatttaccgagtgggggttttaaatttgtgttaggttgtaa-tttccgtgctgcgtctggtgtctg----tgtttcatagac 12209  T
Q  585 aacaatattttaaggaacacattatcactgaaatttgcatccatggtcatccaca 639  Q
    |||   |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  12210 aac---attttaaggaacactttatcacggaaatctgcattcat-gtcatccaca 12260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 173; Significance: 1e-92; HSPs: 33)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 14 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 33387806 - 33387026
Alignment:
Q  14 tgagtgttccggtaattctcaatggaagtcttgttacgataacaaccaaatcaagtcacctatggataatctacttccactgtgagtcctatcatgcatt 113  Q
    |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||   ||| |||    
T  33387806 tgagtgttccagtcattctcaatggaggtcttgttacga------ccaaatcaagtcacctatggataatctacttcccacgagagtcctcggatgaatt 33387713  T
Q  114 tcgagaaatcagttttgaaatttttaaggggcaagctttgggtatgaaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttc 213  Q
    | || | ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  33387712 tggaaatatctgttttgacatttttaaggggcaagctttgggtatggaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagaattc 33387613  T
Q  214 aacttaacaatgatgaatcacnnnnnnnccttggctcagaagtgcaagattttggcaattgaagatgagac------acaaccagaacaagaatcattca 307  Q
    |||||| ||||||| ||||||       ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||      ||||||| |||||||||||||||    
T  33387612 aacttaccaatgataaatcacgaaaattccttggctccgaagtgtaagattttggcaattgaagatgggacacaactacaaccacaacaagaatcattca 33387513  T
Q  308 tctcacaagtcataactacttcacaaagaag---------------------aaagtcaacaagtgataacaaatcaaccgcaacaacaatctctgttgt 386  Q
    | |||||||||||||||| | |||  |||||                     ||| ||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  33387512 tgtcacaagtcataactagtacaccgagaagaaacaacagatggatcacaaaaaattcaacaagtgataacaagttaaccgcaaaaacaatctctgttgt 33387413  T
Q  387 caacaacaagcaaaggtacggaagataattcnnnnnnntcttgttaac-----------------ttttccatgattttgttggcacaagtgagactttg 469  Q
    ||||  |||||| |||||| |||||||||||       ||||| ||||                 |||||| |||||||||||||| |||||||||| ||    
T  33387412 caaccgcaagcagaggtactgaagataattcaaaagaatcttgctaactttatatcattcattttttttccttgattttgttggcagaagtgagactatg 33387313  T
Q  470 ttggtctgatttgcattttagactgaattttataatttgcgg----------------ggtgagggttttaaatttatgtttggttgtaattttgcatcc 553  Q
    || || |||||| || |||| |||||||||||||||||||||                |||| ||||||||||||| |||| |||||||| | | | |      
T  33387312 tttgtttgattttcaatttatactgaattttataatttgcggtgtggatgtgccgtttggtgggggttttaaatttgtgttaggttgtaa-tctccgtgt 33387214  T
Q  554 cgtttccggtgtc--tgtttatgtttcatagacaacaatattttaaggaacacattatcactgaaatttgcatccatggtcatccacaggnnnnnnntct 651  Q
    ||||| || | ||  ||| | ||||||||||||||||| | ||| |||||||| |||||||||| || ||||| ||| |||||||||| |       |||    
T  33387213 cgttttcgatttctgtgtctgtgtttcatagacaacaacaattttaggaacactttatcactgagatctgcattcat-gtcatccaca-gaaataaatct 33387116  T
Q  652 ccaaccaccatatcagccacagaagcagaagtatctgtggaggtaccagattcacctgttgcagatgaagtttctactgaatctccacag 741  Q
    | |||| |||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33387115 cgaacctccatatcagccacagaaagagaagtatccgtggaggcagcagattcacctgttgcagatgaagtttctactgaatctcaacag 33387026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 154 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 33262117 - 33261842
Alignment:
Q  154 ggtatgaaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcacnnnnnnnccttggctcaga 253  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||  ||    
T  33262117 ggtatggaggtgaagagttgcgggtatcattgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcatgaaaaatccttggcttcga 33262018  T
Q  254 agtgcaagattttggcaattgaagatgagacacaacca------------gaacaagaatcattcatctcacaagtcataactacttcacaaagaagaaa 341  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  33262017 aatgtaagattttggcaattgaagatgagacacaaccacaaccacaatcagaacaagaatcattcacctcacaagtcataactacttcacagagaaaaaa 33261918  T
Q  342 gtcaacaagtgataacaaatcaaccgcaacaacaatctctgttgtcaacaacaagcaaaggtacggaagataattc 417  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| |||||  |||||| |||||| |||||||||||    
T  33261917 gtcaacaagtgataacaagtcaaacgcaaaaacaatctctgttttcaaccgcaagcagaggtactgaagataattc 33261842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 441 - 785
Target Start/End: Complemental strand, 33283845 - 33283511
Alignment:
Q  441 atgattttgttggcacaagtgagactttgttggtctgatttgcattttagactgaattttataatttgcggggtgagggttttaaatttatgtttggttg 540  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||  ||||| |||||    
T  33283845 atgattttgttggcagaagtgacactttctttgtctgacttgcattttagactgaattttataatttacggggtgggagttttaaat--atgttaggttg 33283748  T
Q  541 taattttgcatc-ccgtttccggtgtctgtttatgtttcatagacaacaatattttaaggaacacattatcactgaaatttgcatccatggtcatccaca 639  Q
    ||||||  |||  |||||||||||||||||    |||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  33283747 taattt--catttccgtttccggtgtctgt----gtttcatagacaacaacattttaaggaacactatatcactgaaatctgcattcat-gtcatccaca 33283655  T
Q  640 ggnnnnnnntctccaaccaccatatcagccacagaagcagaagtatctgtggaggtaccagattcacctgttgcagatgaagtttctactgaatctccac 739  Q
     |       |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33283654 -gaaataaatctcgaacctccatatcagccacagaaacagaagtatccgcggaggcaccggattcacctgttgcagatgaagtttctactgaatctcaac 33283556  T
Q  740 agnnnnnnntcttgaaccttccatatcattgttcaattcattggtc 785  Q
    ||       ||| ||||| |||||||||||| || |||||||||||    
T  33283555 agaaaaaaatctcgaacc-tccatatcattggtcgattcattggtc 33283511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 25 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 33304119 - 33303855
Alignment:
Q  25 gtaattctcaatggaagtcttgttacgataacaaccaaatcaagtcacctatggataatctacttccactgtgagtcctatcatgcatttcgagaaatca 124  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||      ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||  || ||||  | |||||     
T  33304119 gtaattctcaatggaggtcttgttatga------ccaaatcaagtcacctatggataatctacttcccccgagagtcctatagtgaatttgaaaaaatcc 33304026  T
Q  125 gttttgaaatttttaaggggcaagctttgggtatgaaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaat 224  Q
     |||| | |||||| ||||  ||| |||  || || |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  33304025 attttaatatttttgagggtgaagattttagtttggaggtgaagagttgcgggtatcggtgggtatgtaaagaagacctgcaagaattcaacttaacaat 33303926  T
Q  225 gatgaatcacnnnnnnnccttggctcagaagtgcaagattttggcaattgaagatgagacacaaccagaac 295  Q
    |||||||||         |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33303925 gatgaatcaagaaaatttcttggctgggaagtgcaagaatttggcaattgaagatgagacacaaccagaac 33303855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 161 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 33409477 - 33409303
Alignment:
Q  161 aggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcacnnnnnnnccttggctcagaagtgcaa 260  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||        |||||||||||||||| ||    
T  33409477 aggtgaaaagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaaaagttcaacttcacaatgatgaatcatgaaaattccttggctcagaagtgtaa 33409378  T
Q  261 gattttggcaattgaagatgaga------cacaaccagaacaagaatcattcatctcacaagtcataactacttc 329  Q
    |||| ||||||||||||  ||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33409377 gattatggcaattgaaggcgagacacaaccacaaccagaacaagaatcattcatctcacaagtcataactacttc 33409303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 58 - 234
Target Start/End: Original strand, 33644952 - 33645128
Alignment:
Q  58 accaaatcaagtcacctatggataatctacttccactgtgagtcctatcatgcatttcgagaaatcagttttgaaatttttaaggggcaagctttgggta 157  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | || |||||| ||| |||| ||  ||||  |||||| |||||| || || ||| | ||||||    
T  33644952 accaaatcaagtcacctatggataatctacttccctcgagattcctataatgaatttggaagaatctattttgacatttttgagagggaaggtctgggta 33645051  T
Q  158 tgaaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcac 234  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33645052 tgaaggtgaagagttgtgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaatagttcaacttaacaatgatgaatcac 33645128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 161 - 290
Target Start/End: Original strand, 28870678 - 28870806
Alignment:
Q  161 aggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcacnnnnnnnccttggctcagaagtgcaa 260  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||       ||||||||||||||| |||    
T  28870678 aggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaa-cacaaaaattccttggctcagaagttcaa 28870776  T
Q  261 gattttggcaattgaagatgagacacaacc 290  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  28870777 gattttggaaattgaagatgggacacaacc 28870806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 441 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 33261789 - 33261510
Alignment:
Q  441 atgattttgttggcacaagtgagactttgttggtctgatttgcattttagactgaattttataatttgcggggtgagggttttaaatttatgtttggttg 540  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||  |||||| |||||    
T  33261789 atgattttgttggcagaagtgacactttctttgtctgacttgcattttagactgaattttataatttacggggtgggagttttaaa--tatgttaggttg 33261692  T
Q  541 taattttgcatcccgtttccggtgtc--tgtttatgtttcatagacaacaatattttaaggaacacattatcactgaaatttgcatccatggtcatccac 638  Q
    ||| |||   | |||||| |||||||  ||| | ||||||||||||||||| |||||||| |  ||  ||||| |||||| ||||| ||| |||||||||    
T  33261691 taa-tttctttgccgttttcggtgtctgtgtctgtgtttcatagacaacaacattttaagta--actatatcattgaaatctgcattcat-gtcatccac 33261596  T
Q  639 aggnnnnnnntctccaaccaccatatcagccacagaagcagaagtatctgtggaggtaccagattcacctgttgcagatgaagtttc 725  Q
    | |       |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33261595 a-gaaataaatctcgaacctccatatcagccacagaaacagaagtatccgcggaggcaccagattcacctgctgcagatgaagtttc 33261510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 161 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 33398565 - 33398391
Alignment:
Q  161 aggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcacnnnnnnnccttggctcagaagtgcaa 260  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||        |||| ||||| ||||| ||    
T  33398565 aggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacgaaagttgaacttcacaatgatgaatcatgaaaattcctttgctcaaaagtgtaa 33398466  T
Q  261 gattttggcaattgaagatgaga------cacaaccagaacaagaatcattcatctcacaagtcataactacttc 329  Q
    |||| ||||||||||||  ||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33398465 gattatggcaattgaaggcgagacacaaccacaaccagaacaagaatcattcatctcacaagtcataactacttc 33398391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 152 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 33407882 - 33407756
Alignment:
Q  152 tgggtatgaaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcacnnnnnnnccttggctca 251  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||    
T  33407882 tgggtacgaaggtgaagagctgcgggtatagttgggtatgtaaacaagacctacaaaagttcaacttaacaatgatgaatcacgaaaattccttggctca 33407783  T
Q  252 gaagtgcaagattttggcaattgaaga 278  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||    
T  33407782 gaagtgcaagattttggaaattgaaga 33407756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 58 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 33285205 - 33284987
Alignment:
Q  58 accaaatcaagtcacctatggataatctacttccactgtgagtcctatcatgcatttcgagaaatcagttttgaaatttttaaggggcaagctttgggta 157  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||    | ||||||||| ||  ||||  | ||||||||| | | ||| ||  |||  ||| ||||||||    
T  33285205 accaaatcaagtcatctatggataatctacctctctagagagtcctatgataaatttgaaaaaatcagttgttacattgttgggggtgaagatttgggta 33285106  T
Q  158 tgaaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcacnnnnnnnccttggctcagaagtg 257  Q
    || ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||       ||||||||| ||||||    
T  33285105 tggaggtgaacagttgtggatatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaatttaacaatgatgaatcacaaaatatccttggctccgaagtg 33285006  T
Q  258 caagattttggcaattgaa 276  Q
     |||||| |||||||||||    
T  33285005 taagattatggcaattgaa 33284987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 152 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 33396932 - 33396806
Alignment:
Q  152 tgggtatgaaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcacnnnnnnnccttggctca 251  Q
    |||||||| |||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||        |||||| |||    
T  33396932 tgggtatggaggtgaagagctgcaggtatagttgggtatgtaaacaagacctacaaaagttcaacttaacaatgatgaatcatgaaaattccttggttca 33396833  T
Q  252 gaagtgcaagattttggcaattgaaga 278  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||    
T  33396832 gaagtgcaagattttggaaattgaaga 33396806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 58 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 9166357 - 9166135
Alignment:
Q  58 accaaatcaagtcacctatggataatctacttccactgtgagtcctatcatgcatttcgagaaatcagttttgaaatttttaaggggcaagctttgggta 157  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||||  ||| |||| || |||||  |||||| ||| ||  |||  ||| ||||| ||    
T  9166357 accaaatccagtcacctatggataatctacctcccccgagagtcctacgatgaatttggaaaaatccattttgacattattcggggtgaaggtttggata 9166258  T
Q  158 tgaaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcacnnnnnnnccttggctcagaagtg 257  Q
    |||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||       | ||||||| || |||    
T  9166257 tgaaggtgaagacttgtggataccgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaac---gatgaatcacgaaaaatcattggctcggacgtg 9166161  T
Q  258 caagattttggcaattgaagatgaga 283  Q
    ||||| |||||||||| | |||||||    
T  9166160 caagactttggcaatttaggatgaga 9166135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 152 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 33281234 - 33281096
Alignment:
Q  152 tgggtatgaaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcacnnnnnnnccttggctca 251  Q
    |||||| | ||||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||        ||||||||||    
T  33281234 tgggtacggaggtgaagagttgcgtgcatcgttgaatatgtaaacaagacctacaagagttcagtttaacaataatgaatcatgaagcttccttggctca 33281135  T
Q  252 gaagtgcaagattttggcaattgaagatgagacacaacc 290  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  33281134 gaagtgcaagattttggaaattgaagatgggacacaacc 33281096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 649 - 741
Target Start/End: Complemental strand, 33357966 - 33357874
Alignment:
Q  649 tctccaaccaccatatcagccacagaagcagaagtatctgtggaggtaccagattcacctgttgcagatgaagtttctactgaatctccacag 741  Q
    |||| |||| |||||||||||| |||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33357966 tctcaaacctccatatcagccaaagaaacagaagaatccgtggaggtaccagattcacctgttgcagatgaagtttctactgaatctccacag 33357874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 151 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 33271343 - 33271219
Alignment:
Q  151 ttgggtatgaaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcacnnnnnnnccttggctc 250  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||       |||||||||    
T  33271343 ttgggtatggaggtgaagagttgcgggtatcgttggatatgtaaacaagacctacaagagttcaatataacaatgctgaatcacgaaaattccttggctc 33271244  T
Q  251 agaagtgcaagattttggcaattga 275  Q
      || || |||||||||||||||||    
T  33271243 caaaatgtaagattttggcaattga 33271219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 161 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 33358423 - 33358220
Alignment:
Q  161 aggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcacnnnnnnnccttggctcagaagtgcaa 260  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||        |||  ||  ||| |||||    
T  33358423 aggtgaagagttgtgagtatcgttgggttt-taaacaagacctacaagagttcaacttcacaatgatgaatcacgaaaatctcttaactgggaaatgcaa 33358325  T
Q  261 gattttggcaattgaagatgagacacaacc------------------agaacaagaatcattcatctcacaagtcataactacttcacaaagaagaaag 342  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||                  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  33358324 gattttggcaattgaagattagacgcaaccgcaaccgcaaccgcaactagaacaagaatcattcatctcacaagtcataattacttcacagagaagaaag 33358225  T
Q  343 tcaac 347  Q
    |||||    
T  33358224 tcaac 33358220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 660 - 737
Target Start/End: Complemental strand, 33418536 - 33418459
Alignment:
Q  660 catatcagccacagaagcagaagtatctgtggaggtaccagattcacctgttgcagatgaagtttctactgaatctcc 737  Q
    |||||||||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||    
T  33418536 catatcagccacagaaacggaagtatccgtggaggtacaagattcacctgttgccgatgaagtttctggtgaatctcc 33418459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 342 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 33282243 - 33282168
Alignment:
Q  342 gtcaacaagtgataacaaatcaaccgcaacaacaatctctgttgtcaacaacaagcaaaggtacggaagataattc 417  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| |||||| |||||||||||    
T  33282243 gtcaacaagtgctaacaagtcaaccgcaaaaacaatctctgttgtcaactgcaagcagaggtactgaagataattc 33282168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 435 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 33358142 - 33358063
Alignment:
Q  435 ttttccatgattttgttggcacaagtgagactttgttggtctgatttgcattttagactgaattttataatttgcggggt 514  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||  ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33358142 ttttcaatgattttgttggcagaagtgcgacttactttttctgctttgcattttagactgaattttataatttgcggggt 33358063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 58 - 212
Target Start/End: Original strand, 31563227 - 31563381
Alignment:
Q  58 accaaatcaagtcacctatggataatctacttccactgtgagtcctatcatgcatttcgagaaatcagttttgaaatttttaaggggcaagctttgggta 157  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | | |||   ||||| ||||||| |||||  |||||| ||||||  ||   ||  ||    ||    
T  31563227 accaaatcaagtcacctatggataatctacttccctcgagggtcacgtcatgaatttcgaaaaatccattttgacattttttcggctaaaatttcaccta 31563326  T
Q  158 tgaaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagtt 212  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31563327 tgagggtgaagagttgcggatatcgttgggtatgtaaacatgacctacaagagtt 31563381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 663 - 737
Target Start/End: Complemental strand, 33302962 - 33302888
Alignment:
Q  663 atcagccacagaagcagaagtatctgtggaggtaccagattcacctgttgcagatgaagtttctactgaatctcc 737  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||| |||||||||    
T  33302962 atcagccacagaaacggaagtatctgtggaggtacaagattcacctgttatcgatgaagtttctagtgaatctcc 33302888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 167 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 33057062 - 33056937
Alignment:
Q  167 agagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcacnnnnnnnccttggctcagaagtgcaagatttt 266  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||   | |||||||||       ||||  |||  |||||||| |||||    
T  33057062 agagttgcggttatcgttgggtatgtaaacaagatatacaagaattcaatttaa---tcatgaatcacaaaaattccttaactccaaagtgcaaaatttt 33056966  T
Q  267 ggcaattgaagatgagacacaaccagaac 295  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||    
T  33056965 gacaattgaagatgagacacaaccagaac 33056937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 342 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 33283973 - 33283898
Alignment:
Q  342 gtcaacaagtgataacaaatcaaccgcaacaacaatctctgttgtcaacaacaagcaaaggtacggaagataattc 417  Q
    ||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||  ||||| |||||||||||    
T  33283973 gtcaagaagtgctaacaagtcaaccgcaaaaacaatctctgttgtcaactgcaagcagcggtactgaagataattc 33283898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 242 - 337
Target Start/End: Original strand, 31563391 - 31563498
Alignment:
Q  242 ccttggctcagaagtgcaagattttggcaattgaagatgagacacaac------------cagaacaagaatcattcatctcacaagtcataactacttc 329  Q
    ||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||            |||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||    
T  31563391 ccttggctcggaagtgaaagaatttggcaattgaagatgagacacaaccacaactgcaagcagaacaataatctttcatctcataagtcataactaattc 31563490  T
Q  330 acaaagaa 337  Q
    ||||||||    
T  31563491 acaaagaa 31563498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 14 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 33358567 - 33358494
Alignment:
Q  14 tgagtgttccggtaattctcaatggaagtcttgttacgataacaaccaaatcaagtcacctatggataatctacttccac 93  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||       |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33358567 tgagtgttccagtaattctcaatggaggtcttattacgc------ccaaatcaagtcacctgtggataatctacttccac 33358494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 485 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 33282137 - 33281992
Alignment:
Q  485 ttttagactgaattttataatttgcggggtgagggttttaaatttatgtttggttgtaattttgcatcccgtttccggtgtctgtttatgtttcatagac 584  Q
    |||||||||||||||||| |||| | | ||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||| | | | |  || ||||||||    ||||||||||||    
T  33282137 ttttagactgaattttatgatttaccgagtgggggttttaaatttgtgttaggttgtaa-tttccgtgctgcgtctggtgtctg----tgtttcatagac 33282043  T
Q  585 aacaatattttaaggaacacattatcactgaaatttgcatccatggtcatccaca 639  Q
    |||   |||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  33282042 aac---attttaaggaacactttatcacggaaatctgcattcat-gtcatccaca 33281992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 342 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 33398044 - 33397969
Alignment:
Q  342 gtcaacaagtgataacaaatcaaccgcaacaacaatctctgttgtcaacaacaagcaaaggtacggaagataattc 417  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||| ||||||||||  | |||| |||||| |||||||||||    
T  33398044 gtcaacaagtgataacaagttgaccgcaaaaacaatctttgttgtcaaccgctagcagaggtactgaagataattc 33397969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 342 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 33408954 - 33408879
Alignment:
Q  342 gtcaacaagtgataacaaatcaaccgcaacaacaatctctgttgtcaacaacaagcaaaggtacggaagataattc 417  Q
    |||||||||||||||||| || |||| || |||||||| ||||||||||  | |||| |||||| |||||||||||    
T  33408954 gtcaacaagtgataacaagtcgaccggaaaaacaatctttgttgtcaaccgctagcagaggtactgaagataattc 33408879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 485 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 33397937 - 33397888
Alignment:
Q  485 ttttagactgaattttataatttgcggggtgagggttttaaatttatgtt 534  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  33397937 ttttagactgaattttatgatttacggggtgggggttttaaatttgtgtt 33397888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 586 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 33397836 - 33397783
Alignment:
Q  586 acaatattttaaggaacacattatcactgaaatttgcatccatggtcatccacag 640  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||    
T  33397836 acaacattttaaggaacactttatcactgaaatctgcattcat-gtcatccacag 33397783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 586 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 33408747 - 33408694
Alignment:
Q  586 acaatattttaaggaacacattatcactgaaatttgcatccatggtcatccacag 640  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||    
T  33408747 acaacattttaaggaacactttatcactgaaatctgcattcat-gtcatccacag 33408694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 55 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 33409583 - 33409529
Alignment:
Q  55 acaaccaaatcaagtcacctatggataatctacttccactgtgagtcctatcatg 109  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | | ||||||||| |||    
T  33409583 acaaccaaatcaagtcacctatggctagtctacttcccccgagagtcctatgatg 33409529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1408 (Bit Score: 79; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold1408
Description:

Target: scaffold1408; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 152 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 146 - 7
Alignment:
Q  152 tgggtatgaaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcacnnnnnnnccttggctca 251  Q
    |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||      
T  146 tgggtatggatgtgaagtgttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaaaacttacaagagttcaacttaacaatgatgaatcatgaaaaatccttggcttc 47  T
Q  252 gaagtgcaagattttggcaattgaagatgagacacaacca 291  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46 gaaatgtaagattttggcaattgaagatgagacacaacca 7  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000005; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 163 - 220
Target Start/End: Original strand, 31485298 - 31485355
Alignment:
Q  163 gtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaa 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| || || || ||||||||||||||||    
T  31485298 gtgaagagttgcgggtatcgttgggtatttaagcaggatctgcaagagttcaacttaa 31485355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 150 - 291
Target Start/End: Original strand, 31499553 - 31499694
Alignment:
Q  150 tttgggtatgaaggtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcacnnnnnnnccttggct 249  Q
    ||||| ||| |||||||| | || |||||| |  ||||||| ||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||||||       |||| |||    
T  31499553 tttggttataaaggtgaaaattttcgggtaccactgggtatataagcatgatctacaagagttgaacttaacaatgatgaatcacagaaataccttagct 31499652  T
Q  250 cagaagtgcaagattttggcaattgaagatgagacacaacca 291  Q
       ||| |||||  ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31499653 ggaaagcgcaagtctttggcaattgaagatgaggcacaacca 31499694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 163 - 234
Target Start/End: Original strand, 31479558 - 31479629
Alignment:
Q  163 gtgaagagttgcgggtatcgttgggtatgtaaacaagacctacaagagttcaacttaacaatgatgaatcac 234  Q
    ||||||| ||| ||||| |||||||| | |||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  31479558 gtgaagaattgtgggtaccgttgggtttataaacaggatctacaagaattcaacttaacaaagatgaatcac 31479629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University