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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4451-Insertion-1 (Length: 1076)
Name: NF4451-Insertion-1
Description: NF4451
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4451-Insertion-1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 881; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 881; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1059
Target Start/End: Complemental strand, 22839666 - 22838611
Alignment:
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8 |
aactttaggggttatgtattatatcagacggaagaagtttgctgagattcttgaagattgggaacaagaatatggcccacatagatttaagttcaaagat |
107 |
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22839666 |
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22839567 |
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108 |
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207 |
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22839566 |
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22839467 |
T |
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208 |
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307 |
Q |
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22839466 |
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22839367 |
T |
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| Q |
308 |
acttcatggctattgcaggcgaaaaagggagttacttttggtttatgattacatgccgaatggaagtttagacaactatttatacaacaaaccaaaagtg |
407 |
Q |
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22839366 |
acttcatggctattgcaggcgaaaaagtgagttacttttggtttatgattacatgccgaatggaagtttagacaactatttatacaacgaaccaaaagtg |
22839267 |
T |
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| Q |
408 |
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507 |
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22839266 |
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22839167 |
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508 |
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607 |
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22839067 |
T |
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608 |
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707 |
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22839066 |
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22838967 |
T |
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| Q |
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807 |
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22838966 |
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22838867 |
T |
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| Q |
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907 |
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T |
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1006 |
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22838766 |
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22838667 |
T |
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1059 |
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22838666 |
taccaagaat-gtgttgaggacaagacaatgccgtatacttctgtgtctattgctga |
22838611 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 777; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1011
Target Start/End: Complemental strand, 22888912 - 22887908
Alignment:
| Q |
8 |
aactttaggggttatgtattatatcagacggaagaagtttgctgagattcttgaagattgggaacaagaatatggcccacatagatttaagttcaaagat |
107 |
Q |
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22888912 |
aactttaggggttatgtattatgtcaaattgaagaagtttgatgaggttcttgaagattgggaacatgaatatggcccacgtagatttaagttcaaagat |
22888813 |
T |
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| Q |
108 |
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207 |
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22888713 |
T |
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| Q |
208 |
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307 |
Q |
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22888712 |
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22888613 |
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T |
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507 |
Q |
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22888413 |
T |
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508 |
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607 |
Q |
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22888412 |
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22888313 |
T |
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| Q |
608 |
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707 |
Q |
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22888312 |
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T |
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| Q |
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22888212 |
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22888113 |
T |
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| Q |
808 |
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907 |
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22888013 |
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| Q |
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1006 |
Q |
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22887913 |
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1007 |
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1011 |
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22887912 |
tacca |
22887908 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 773; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1011
Target Start/End: Complemental strand, 22893567 - 22892563
Alignment:
| Q |
8 |
aactttaggggttatgtattatatcagacggaagaagtttgctgagattcttgaagattgggaacaagaatatggcccacatagatttaagttcaaagat |
107 |
Q |
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T |
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108 |
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207 |
Q |
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22893467 |
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T |
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| Q |
208 |
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307 |
Q |
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| T |
22893367 |
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22893268 |
T |
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407 |
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T |
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408 |
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507 |
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22893068 |
T |
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607 |
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22893067 |
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22892968 |
T |
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| Q |
608 |
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707 |
Q |
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| T |
22892967 |
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T |
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| Q |
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807 |
Q |
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| T |
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22892768 |
T |
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| Q |
808 |
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907 |
Q |
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22892767 |
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908 |
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1006 |
Q |
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22892667 |
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22892568 |
T |
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1011 |
Q |
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| T |
22892567 |
tacca |
22892563 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 765; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1059
Target Start/End: Complemental strand, 22809230 - 22808179
Alignment:
| Q |
12 |
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111 |
Q |
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| T |
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T |
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| Q |
112 |
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211 |
Q |
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| T |
22809130 |
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212 |
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311 |
Q |
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| T |
22809030 |
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T |
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312 |
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411 |
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| T |
22808930 |
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T |
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| Q |
412 |
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511 |
Q |
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| T |
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T |
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611 |
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| T |
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22808630 |
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22808531 |
T |
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712 |
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22808431 |
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22829645 |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 534; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1011
Target Start/End: Complemental strand, 22897882 - 22896879
Alignment:
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12 |
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908 |
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1007 |
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22896882 |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #10
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Target Start/End: Complemental strand, 22880206 - 22879667
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207 |
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307 |
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507 |
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Target: chr7; HSP #11
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Query Start/End: Original strand, 10 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 22825870 - 22825473
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309 |
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407 |
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Target: chr7; HSP #12
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Query Start/End: Original strand, 590 - 1006
Target Start/End: Complemental strand, 22879669 - 22879252
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 44 - 950
Target Start/End: Complemental strand, 22913246 - 22912331
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243 |
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343 |
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344 |
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440 |
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441 |
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540 |
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640 |
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641 |
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740 |
Q |
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22912547 |
T |
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| Q |
741 |
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834 |
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22912447 |
T |
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| Q |
835 |
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934 |
Q |
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22912347 |
T |
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950 |
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22912346 |
gtatttggagagggat |
22912331 |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 144; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 10 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 22858050 - 22857835
Alignment:
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Q |
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T |
|
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atactttgccacaaatggtttcagggaaaaagggctactgggagttggtggatttggtagagtctacaaaggtgtgataccaagttccaaacttgaggtt |
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Q |
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| T |
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atactttgccacaaagggtttcatggtaaaggggctgttgggagttggtggatttggtagagtctacaaaggtgtgataccaaattccaaacttgaggtt |
22857851 |
T |
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| Q |
210 |
gctgtgaaaagggtgt |
225 |
Q |
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| T |
22857850 |
gttgtgaaaagggtgt |
22857835 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 22885209 - 22885053
Alignment:
| Q |
16 |
gggttatgtattatatcagacggaagaagtttgctgagattcttgaagattgggaacaagaatatggcccacatagatttaagttcaaagatctatactt |
115 |
Q |
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| T |
22885209 |
gggttatatattatatcaaacggaagatgtttgctgagattcttgaagattgggaacatgaatatggccctcatagatttaagttcaaagatctatactt |
22885110 |
T |
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| Q |
116 |
tgccacaaatggtttcagggaaaaagggctactgggagttggtggatttggtagagt |
172 |
Q |
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| T |
22885109 |
tgctacaaagggtttcatggaaaaggggctattggaagttggtggatttggtagagt |
22885053 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 110; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 848 - 1059
Target Start/End: Complemental strand, 22870608 - 22870393
Alignment:
| Q |
848 |
tgaagaggtggaatttgtgttgaaacttggattgttgtgttctcattcagagcctttggctagaccaagtatgaggcaagttgtgcagtatttggagagg |
947 |
Q |
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| T |
22870608 |
tgaagaggtggaattggtgttgaaacttggcttgatgtgttcacattcagagcctttggctagaccaagtatgagacaagttgtgcagtatttggagagg |
22870509 |
T |
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| Q |
948 |
gatataccttttccagatttgtcttcgcttagtttatctt-ctttggtttaacttttgggtacc-agaa--tggtgatgagacagaca-tgccgtatact |
1042 |
Q |
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| T |
22870508 |
gatatacctttaccagctttgtcattgcttagtttatcttcctatggattaacttttgggcaccaagaacttgttgaggaca-agacagtgccatatact |
22870410 |
T |
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| Q |
1043 |
tctgtgtctattgctga |
1059 |
Q |
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| T |
22870409 |
tctgtgtctattgctga |
22870393 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 751; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 751; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 990
Target Start/End: Original strand, 21151100 - 21152082
Alignment:
| Q |
8 |
aactttaggggttatgtattatatcagacggaagaagtttgctgagattcttgaagattgggaacaagaatatggcccacatagatttaagttcaaagat |
107 |
Q |
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| T |
21151100 |
aactttaggggttatgtattatatcaaacggaagaagttttctgagattcttgaagattgggaacatgaatatggcccacatagatttaagttcaaagat |
21151199 |
T |
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| Q |
108 |
ctatactttgccacaaatggtttcagggaaaaagggctactgggagttggtggatttggtagagtctacaaaggtgtgataccaagttccaaacttgagg |
207 |
Q |
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| T |
21151200 |
ctatattttgctacaaaaggtttcggggaaaagggtctactgggagttggtggatttggtagagtctacaaaggtgtgataccgagttccaaacttgaag |
21151299 |
T |
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| Q |
208 |
ttgctgtgaaaagggtgtctaatgaatcaaaacaagggatgagggaatttgtgtcggaaattgtcagtatcggccgtcttcgacacaggaatcttgttca |
307 |
Q |
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| T |
21151300 |
ttgctgtgaaaagggtgtctcatgaatcaagacaagggataagggaattcgtgtcggaaattgttagtattggtcgtcttcggcacaggaatcttgttca |
21151399 |
T |
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| Q |
308 |
acttcatggctattgcaggcgaaaaagggagttacttttggtttatgattacatgccgaatggaagtttagacaactatttatacaacaaaccaaaagtg |
407 |
Q |
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| T |
21151400 |
actttatggctattgcaggcgaaaaagcgagttacttttggtttatgattacatgccaaatggaagtttagacaactatctatacaaccaaccaaaagcg |
21151499 |
T |
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| Q |
408 |
aggttgaattggattcaaagatttagaatcatcaaaggtgttgcttcaggtttggtttatcttcatgaagaatgggagaaagttgttatccatagagaca |
507 |
Q |
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| T |
21151500 |
aggttgaattggagtcaaagatttagaatcatcaaaggtgttgcttcaagtgtggtttatctacatgaagaatgggagaaagttgtaattcatagagaca |
21151599 |
T |
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| Q |
508 |
taaaagctagtaatgtgttgttagattctgaattcaatgctaaattgggagattttggtctttcaagattgcatgatcatggtgcagatcctcacacaac |
607 |
Q |
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| T |
21151600 |
taaaagctagtaatgtgttgttagattctgaatttaatgctagattgggagattttggtctttcaaggttgtatgatcatggtgcagatcctcacacaac |
21151699 |
T |
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| Q |
608 |
tcatttggctggaactattggttatcttgctcctgaacatattagaacaggtaaggctactaaattttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttctt |
707 |
Q |
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| T |
21151700 |
tcatttggctggaactattggttatcttgctccggaacatattagaacaggtaaggctactaaatcttctgatgtgttttcttttggtgcatttcttctt |
21151799 |
T |
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| Q |
708 |
gaggttgtttgtggtcggaggcctataggtcgtgtaggagaatatgagagtctaattctagttgattgtgtgtttgagtgttggaaaagaggtgatattc |
807 |
Q |
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| T |
21151800 |
gaggttgtttgtggtaggaggcctataggtcatgtcggagacaacgagagtctaattctagttgattatgtgtttgaatgttggaaaagaggtgaaattc |
21151899 |
T |
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| Q |
808 |
ttgaggcaaaagatgtaaatttggggacagaatatgtgtgtgaagaggtggaatttgtgttgaaacttggattgttgtgttctcattcagagcctttggc |
907 |
Q |
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21151900 |
ttgaggcaaaagatgcatatttaggaacaaaatatgtgtctgaagaggtggaattggtgttgaaacttggcttgttgtgttcacattccgagcctttggc |
21151999 |
T |
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| Q |
908 |
tagaccaagtatgaggcaagttgtgcagtatttggagagggatataccttttccagatttgtcttcgcttagtttatcttctt |
990 |
Q |
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| T |
21152000 |
tagaccaagtatgaggcaagttgtgcagtatttggagagggatatacctttgccagatttgtcttcacttagtttatcttctt |
21152082 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 31; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 229 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 15627648 - 15627578
Alignment:
| Q |
229 |
atgaatcaaaacaagggatgagggaatttgtgtcggaaattgtcagtatcggccgtcttcgacacaggaat |
299 |
Q |
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| T |
15627648 |
atgaatcaaaacaagggcttagggaattcgtgtctgaaatcgccagcataggccggcttcgtcacaggaat |
15627578 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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