View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4452-Insertion-8 (Length: 596)

Name: NF4452-Insertion-8
Description: NF4452
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4452-Insertion-8
NF4452-Insertion-8
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (8-593)||(22830485-22831070)
chr7 (8-596)||(22839503-22840091)
chr7 (8-596)||(22814478-22815066)
chr7 (8-596)||(22888749-22889331)
chr7 (8-596)||(22880043-22880630)
chr7 (8-596)||(22875379-22875955)
chr7 (8-596)||(22893404-22893983)
chr7 (8-596)||(22897720-22898302)
chr7 (87-596)||(22825709-22826209)
chr7 (8-364)||(22858142-22858501)
chr7 (133-347)||(22885325-22885539)
chr7 (388-596)||(22804787-22804995)
chr7 (73-337)||(22805028-22805283)
chr7 (8-347)||(22809341-22809683)
chr7 (380-596)||(22885054-22885269)
chr7 (385-596)||(22857889-22858100)
chr7 (384-596)||(22809071-22809283)
chr7 (107-346)||(22913375-22913605)
chr7 (8-85)||(22885559-22885633)
chr7 (515-596)||(22913119-22913200)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-596)||(21150675-21151263)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 498; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 22831070 - 22830485
Alignment:
Q  8 ttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatgatactggtcgattcaggaatttatcccttaccagtggacatcctatgcaggtatggattg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831070 ttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatgatactggtcgattcaggaatttatcccttaccagtggacatcctatgcaggtatggattg 22830971  T
Q  108 aatatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaaga 207  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22830970 aatatgatggagtgaagaaaaagattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaacacaaccgacgttatcattgaccaaaga 22830871  T
Q  208 tctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggtt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22830870 tctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggtt 22830771  T
Q  308 aatggccaagctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctgtagtaagagtatttgctgagnnnnnnnngtccaaatttttaactgttaggttgcctttga 407  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||        ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22830770 aatggccaatctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctggagaaagagtatttgctgagaaaaaaaagtccaaatttttaactgttcggttgcctttga 22830671  T
Q  408 tattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatgaatatgg 507  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22830670 tattgctaagtttggtattcatcataactttaggggttatgtattatatcaaattgaagaagtttgatgaggttcttgaagattgggaacatgaatatgg 22830571  T
Q  508 cccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggta 593  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  22830570 cccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacgaagggtttcagggaaaaggggatactgggagttggtggatttggta 22830485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 453; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 22840091 - 22839503
Alignment:
Q  8 ttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatgatactggtcgattcaggaatttatcccttaccagtggacatcctatgcaggtatggattg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |  |||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  22840091 ttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattacgatgaatataatcgattcagggatttatccctctccagtggatatcctatgcaagtatggattg 22839992  T
Q  108 aatatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaaga 207  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22839991 aatatgatagagtgaagaaaaagattgatgttaccttagctccatttagtgttggttttagtcataaaccaacacaaccgacgttatcattgaccaaaga 22839892  T
Q  208 tctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggtt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22839891 tctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggtt 22839792  T
Q  308 aatggccaagctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctgtagtaagagtatttgctgagnnnnnnnngtccaaatttttaactgttaggttgcctttga 407  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||        ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22839791 aatggccaatctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctggagaaagagtatttgctgagaaaaaaaagtccaaatttttaactgttcggttgcctttga 22839692  T
Q  408 tattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatgaatatgg 507  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22839691 tattgctaagtttggtattcatcataactttaggggttatgtattatatcaaattgaagaagtttgttgaggttcttgaagattgggaacatgaatatgg 22839592  T
Q  508 cccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagag 596  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22839591 cccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacgaagggtttcagggaaaaggggctactgggagttggtggatttggtagag 22839503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 22815066 - 22814478
Alignment:
Q  8 ttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatgatactggtcgattcaggaatttatcccttaccagtggacatcctatgcaggtatggattg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||| | ||||||||| ||| ||||  |||||| |||||||||||||    
T  22815066 ttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattataatgatcatggtcaattcagggagttatccctttccaatggatttcctatacaggtatggattg 22814967  T
Q  108 aatatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaaga 207  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | |||||||||  |||| ||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||    
T  22814966 actatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccaatgagtgttggtgctagtaataaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaaga 22814867  T
Q  208 tctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggtt 307  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||    
T  22814866 tctttcttcaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttacttgtagcttctcattatattcttgggtggagttttaaggtt 22814767  T
Q  308 aatggccaagctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctgtagtaagagtatttgctgagnnnnnnnngtccaaatttttaactgttaggttgcctttga 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    ||| |||||||||||||        ||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22814766 aatggccaagctcaaaaccttgaaatatctgaacttcctaagctaacagtatttgctgaggtaaaaaagtctaaatttttaactgttgggttgcctttga 22814667  T
Q  408 tattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatgaatatgg 507  Q
    | || |||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22814666 ttttgctaagtttgctattcatgataactttaggggttatatattatatcaaacggaagatgtttgctgagattcttgaagattgggaacatgaatatgg 22814567  T
Q  508 cccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagag 596  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22814566 cccacatagatttaagttcaaagatctatactttgccacaaaggggttcagggaaaaagggctactgggagttggtggatttggtagag 22814478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 22889331 - 22888749
Alignment:
Q  8 ttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatgatactggtcgattcaggaatttatcccttaccagtggacatcctatgcaggtatggattg 107  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||| | ||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||    
T  22889331 ttgaaatcagctgattcaactcctgcaggatattatgatggttatggtcaattcaaggatttatccctttccagtggataccctatgcaggtatggattg 22889232  T
Q  108 aatatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaaga 207  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| | |||||||||  |||| ||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||    
T  22889231 aatatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagcaccaatgagtgttggtgctagtaataaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaaga 22889132  T
Q  208 tctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggtt 307  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||    
T  22889131 tctttcttcaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttaatggtagcttctcagtatattcttggttggagttttaaggtt 22889032  T
Q  308 aatggccaagctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctgtagtaagagtatttgctgagnnnnnnnngtccaaatttttaactgttaggttgcctttga 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||      | | ||  ||| |||        ||| ||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  22889031 aatggtcaagctcaaaaccttgaaatctctgaacttcct------aaactacctgcagagaaaaaaaagtcgaaatttttaactgttggattgccattga 22888938  T
Q  408 tattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatgaatatgg 507  Q
    | || |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22888937 ttttcctaagtttggtattcatgataactttaggggttatgtattatgtcaaattgaagaagtttgatgaggttcttgaagattgggaacatgaatatgg 22888838  T
Q  508 cccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagag 596  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22888837 cccacgtagatttaagttcaaagatctatactcagccacaaagggtttcagggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagag 22888749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 8 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 22880630 - 22880043
Alignment:
Q  8 ttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatgatactggtcgattcaggaatttatcccttaccagtggacatcctatgcaggtatggattg 107  Q
    ||||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||  || |||||||| | ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  22880630 ttgaaatcagtaaattcaatttctgcaggatattatgatgattatgatcgattcaaggatttatccctttccagtggatatcccatgcaggtatggattg 22880531  T
Q  108 aatatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaaga 207  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||| || ||    ||| ||||||||||||||    
T  22880530 actatgatggagtgaagaaaaagattgaggttacattagctccgattagtgttggttttaataataaaccaacacgacatttgttgtcattgaccaaaga 22880431  T
Q  208 tctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggtt 307  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| |||  ||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||    
T  22880430 tctttctccaattctcaacaatagtatgtatgttggattatcatcttcaacaaggttaattttagcttctcattatgttcttggttggagttttaaggtt 22880331  T
Q  308 aatggccaagctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctgtagtaagagtatttgctgagnnnnnnnngtccaaatttttaactgttaggttgcctttga 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||    || ||||||||||||         ||| ||||||||||||||| |||| |||||||    
T  22880330 aatggtcaagctcaaaaccttgaaatctctgagcttcatgagccaatagtatttgctga-caaaaaaagtcaaaatttttaactgttgggttacctttga 22880232  T
Q  408 tattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatgaatatgg 507  Q
    | || |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22880231 ttttgctaagtttggtattcatgataactttaggggttatgtattatctcaaattgaagaagtttgatgaagttcttgaagattggaaacatgaatatgg 22880132  T
Q  508 cccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagag 596  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  22880131 cccacgtagatttaaattcaaagatctatactcagccacaaaaggtttcagggaaaaggggctcctgggagttggtggatttggtagag 22880043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 8 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 22875955 - 22875379
Alignment:
Q  8 ttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatgatactggtcgattcaggaatttatcccttaccagtggacatcctatgcaggtatggattg 107  Q
    ||||||||||||| ||||||| || |||||||||| |||||   |  |||||||||| |||||||||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  22875955 ttgaaatcagctatttcaacttctacaggatattacgatgaatataatcgattcagggatttatcccttttcagtggatatcccatgcaggtatggattg 22875856  T
Q  108 aatatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaaga 207  Q
    | |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||| |   || |      ||| ||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||    
T  22875855 actatgatggagtgaaaaaaaagattgatgttactttagctccaatagatgct------agtaataaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaaga 22875762  T
Q  208 tctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggtt 307  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  22875761 tctttctccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacaggtttaattttagcttctcattatattcttggttggagttttaaggtt 22875662  T
Q  308 aatggccaagctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctgtagtaagagtatttgctgagnnnnnnnngtccaaatttttaactgttaggttgcctttga 407  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||      | | ||  ||| |||        ||| ||||||||||||||| | ||||||||||    
T  22875661 aatggtcaagctcaaacccttgaaatctctgaacttcct------aaactacctgcagagaaaaaaaagtcgaaatttttaactgttggattgcctttga 22875568  T
Q  408 tattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatgaatatgg 507  Q
    | || |||||| |||||||||| |||||| ||||  |||| |||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22875567 ttttgctaagtttggtattcatgataactatagggattatgtattatgtcaaattgaagaagtttgatgaggttcttgaagattgggaacatcaatatgg 22875468  T
Q  508 cccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagag 596  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22875467 cccacatagatttaagttcaaagatctatactcagccacaaagggtttcagggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagag 22875379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 8 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 22893983 - 22893404
Alignment:
Q  8 ttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatgatactggtcgattcaggaatttatcccttaccagtggacatcctatgcaggtatggattg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||| ||  ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||    
T  22893983 ttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatggtaatggtcaattcaagaatataagccttatcagtggctatcctatgcaggtatggattg 22893884  T
Q  108 aatatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaaga 207  Q
    |||||||||| |  ||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |         ||||||| ||||||   ||||||||||||||||||    
T  22893883 aatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgtt---------aaaccaaaacaacctttgttatcattgaccaaaga 22893793  T
Q  208 tctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgc-agcttctcattatattcatggttggagttttatggt 306  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||  | || || |||||| | | ||||||||||||||| |||||||||||||| | |    
T  22893792 tctttctccaattcttaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctactgg-ttcatttctaacttctcattatattcttggttggagttttaagat 22893694  T
Q  307 taatggccaagctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctgtagtaagagtatttgctgagnnnnnnnngtccaaatttttaactgttaggttgcctttg 406  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||   ||  |||||| ||||||         || || |||||||||||| ||||||||||     
T  22893693 taatggtcaagctcaaaaccttgtaatctctgaacttcctgagttaccagtattagctgagaaaacgaaatcaaattttttaactgttgggttgccttta 22893594  T
Q  407 atattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatgaatatg 506  Q
    || ||  ||||| || ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |  |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||    
T  22893593 attttgataagtttgatattcatgataactttaggggttatgtattatatcagacggaagaagtttgctgagattcttgaagattgggaacaagaatatg 22893494  T
Q  507 gcccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagag 596  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22893493 gcccacatagatttaagttcaaagatttgtactttgccacaaagggtttcagggaaaaggggctactgggagttggtggatttggtagag 22893404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 8 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 22898302 - 22897720
Alignment:
Q  8 ttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatgatactggtcgattcaggaatttatcccttaccagtggacatcctatgcaggtatggattg 107  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| | ||| ||||||  |||||  ||||||  |||||||||||||||||||||    
T  22898302 ttgaaatcagctaaatcaactcctgcaggatattatgatgttaatggtcaactcaagaatttgacccttttcagtggcaatcctatgcaggtatggattg 22898203  T
Q  108 aatatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaaga 207  Q
    |||||||||| |  ||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |         ||||||| ||||||   ||| |||||||||| |||    
T  22898202 aatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgtt---------aaaccaaaacaacctttgttgtcattgaccagaga 22898112  T
Q  208 tctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttca--ttgcagcttctcattatattcatggttggagttttatgg 305  Q
    |||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||  | || || ||||  || || ||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  22898111 tctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctactgg-ttcagttttca-cttctcattatattcttggttggagttttaagg 22898014  T
Q  306 ttaatggccaagctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctgtagtaagagtatttgctgagnnnnnnnngtccaaatttttaactgttaggttgccttt 405  Q
    ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| ||||||    ||  |  ||||| ||||        |||||  |||||||||||| | ||||||||    
T  22898013 ttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttcctaagctaccaagatttggtgagaaaaaagagtccatgtttttaactgttggattgccttt 22897914  T
Q  406 gatattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattg---aagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatgaa 502  Q
    | | || |||||| |||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||  |   ||||||||||||| | | |||||||||||||| ||||||    
T  22897913 ggttttgctaagtttggttttcatgataaccttaggggttatttattatatcaaaaggagaaagaagtttgctgagttgcttgaagattgggagcatgaa 22897814  T
Q  503 tatggcccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagag 596  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22897813 tatggccctcataggtttaagttcaaagatttgtactttgccacaaagggtttcaaggaaaagggtctattaggagttggtggatttggtagag 22897720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 87 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 22826209 - 22825709
Alignment:
Q  87 atcctatgcaggtatggattgaatatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaacc 186  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |  || |||| |||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |         ||||||| ||||||    
T  22826209 atcctatgcaggtatggatagaatatgatggtgaaaataaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgtt---------aaaccaaaacaacc 22826119  T
Q  187 gacgttatcattgaccaaagatctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttca--ttgcagcttctcattata 284  Q
       ||| |||||||||| ||||||| | |||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||  | || || ||||  || || ||||||||||||    
T  22826118 tttgttttcattgaccagagatcttcctccaattttgaacaatagtatgtatgttggattctcatcagctactgg-ttcagttttca-cttctcattata 22826021  T
Q  285 ttcatggttggagttttatggttaatggccaagctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctgtagtaagagtatttgctgagnnnnnnnngtccaaatt 384  Q
    ||| |||||| ||||||| | ||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||  | || ||  ||||| ||||        |||||||||    
T  22826020 ttcttggttgaagttttaagcttaatggtcaagctcaaaatcttgtaatttctgaacttcctaaactacgaagatttggtgagaaaaaagagtccaaatt 22825921  T
Q  385 tttaactgttaggttgcctttgatattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttctt 484  Q
    |||||||||| ||||||| | | | || |||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  22825920 tttaactgttgggttgccatgggttttcctaagtttggtattcatgatatctttaggggttatgtattatatcaaattgaagaagtttgatgaggttctt 22825821  T
Q  485 gaagattgggaacatgaatatggcccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtg 584  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| | |||| ||||||||||||    
T  22825820 gaagattgggaacatgaatatggcccacatagatttaagttcaaagatctatactttgctacaaagggtttcagggaaaacgagctactgggagttggtg 22825721  T
Q  585 gatttggtagag 596  Q
    ||||||||||||    
T  22825720 gatttggtagag 22825709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 8 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 22858501 - 22858142
Alignment:
Q  8 ttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatgatactggtcgattcaggaatttatcccttaccagtggacatcctatgcaggtatggattg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||   | ||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||| |    
T  22858501 ttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatactataatgctattggtcgattcaacgacttatccctttctagtggatatcctatgcaggtatggatag 22858402  T
Q  108 aatatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcat---aaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaa 204  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| ||| | |||||| || |  |   ||||||  || |||   ||||||||| || ||    
T  22858401 aatatgatggagtgaagaaaaatattgatgttacattagctccaattaattttggttgtaatgttgttaaaccagcacgacctttgttatcattcacgaa 22858302  T
Q  205 agatctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatg 304  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| |    
T  22858301 agatctttctccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaaccggggtaattgtagcttcccattatattcttggttggagttttaag 22858202  T
Q  305 gttaatggccaagctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctgtagtaagagtatttgct 364  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||   ||||| ||||||||    
T  22858201 gttaatggccaagctcaaaaccttgaaatctctaaacttcctgagctaagaatatttgct 22858142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 133 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 22885539 - 22885325
Alignment:
Q  133 tgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaagatctttccccaattctcaacaataga 232  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  22885539 tgatgttactttagctccaattagtgttggttttagtgataaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatctttctccaatactcaacaataga 22885440  T
Q  233 atgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggttaatggccaagctcaaaaccttgaaa 332  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22885439 atgtatgttggattctcatcttcaacagggttaattgtagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatagccaagctcaaaaccttgaaa 22885340  T
Q  333 tctctgaccttcctg 347  Q
    ||||||| |||||||    
T  22885339 tctctgaacttcctg 22885325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 388 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 22804995 - 22804787
Alignment:
Q  388 aactgttaggttgcctttgatattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaa 487  Q
    ||||||| |||||||||| || || |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||| ||| | ||||||||    
T  22804995 aactgttgggttgcctttaattttcctaagtttggtattcatgataactttaggggttatttattatatcaaacggaagaagttttctgagattcttgaa 22804896  T
Q  488 gattgggaacatgaatatggcccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggat 587  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22804895 gattgggaacaagaatatggcccacatagatttaagttcaaagatctatactttgccacaaagggtttcagggaaaaggggctattgggagttggtggat 22804796  T
Q  588 ttggtagag 596  Q
    |||||||||    
T  22804795 ttggtagag 22804787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 73 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 22805283 - 22805028
Alignment:
Q  73 ccttaccagtggacatcctatgcaggtatggattgaatatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcat 172  Q
    |||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  ||||| |             
T  22805283 cctttccagtggaaatcctatacaggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccagtttatgttgtt--------- 22805193  T
Q  173 aaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaagatctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcag 272  Q
    ||||||| |  |||  |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  22805192 aaaccaacaggaccttcgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttaacaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggttacttgcag 22805093  T
Q  273 cttctcattatattcatggttggagttttatggttaatggccaagctcaaaaccttgaaatctct 337  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  22805092 cttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaaccttgtaatctct 22805028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 8 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 22809683 - 22809341
Alignment:
Q  8 ttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatgatactggtcgattcaggaatttatcccttaccagtggacatcctatgcaggtatggattg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||| ||||| |||| |   ||||  ||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  22809683 ttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatagtaatggtcaattcaagaatatgagccttttcagtggctatcctatgcatgtatggattg 22809584  T
Q  108 aatatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcat---aaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaa 204  Q
    |||||||||| |  ||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||||| |  |   ||||||| || |||   ||||||||| |||||    
T  22809583 aatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgctactttagctccaattaatgttggttttaatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcattcaccaa 22809484  T
Q  205 agatctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatg 304  Q
    ||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||  | ||||||||||| ||| |||||||||||||| |    
T  22809483 agatctttctccaattcttaacactagtatgtatgttggattctcatcttcaacaggttctattctatcttctcattatgttcttggttggagttttaag 22809384  T
Q  305 gttaatggccaagctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctg 347  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||||    
T  22809383 gttaatggtcaagctcaaaaccttgatatctctaaacttcctg 22809341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 380 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 22885269 - 22885054
Alignment:
Q  380 aaatttttaactgttaggttgcctttgatattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtgg 479  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| || || |||  | ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |     
T  22885269 aaatttttaactgttgggttgcctttgattttgcttagttcgctattcatgataactttagg-gttatatattatatcaaacggaagatgtttgctgaga 22885171  T
Q  480 ttcttgaagattgggaacatgaatatggcccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagt 579  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  22885170 ttcttgaagattgggaacatgaatatggccctcatagatttaagttcaaagatctatactttgctacaaagggtttcatggaaaaggggctattggaagt 22885071  T
Q  580 tggtggatttggtagag 596  Q
    |||||||||||||||||    
T  22885070 tggtggatttggtagag 22885054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 385 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 22858100 - 22857889
Alignment:
Q  385 tttaactgttaggttgcctttgatattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttctt 484  Q
    |||||||||| ||||||||||||| || |||||| || ||||||| ||| ||||| |  |||| ||| ||||| ||  |||||||||||||  |||||||    
T  22858100 tttaactgttgggttgcctttgattttcctaagtttgctattcataatagctttaaggattatgtatcatatcgaacagaagaagtttgctaaggttctt 22858001  T
Q  485 gaagattgggaacatgaatatggcccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtg 584  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||    
T  22858000 gaagattgggaacatgaatatggcccacatagatttaagttcaaagatatatactttgccacaaagggtttcatggtaaaggggctgttgggagttggtg 22857901  T
Q  585 gatttggtagag 596  Q
    ||||||||||||    
T  22857900 gatttggtagag 22857889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 384 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 22809283 - 22809071
Alignment:
Q  384 ttttaactgttaggttgcctttgatattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttct 483  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  || |||||| || ||||||| ||||| |||||  |||| ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||    
T  22809283 ttttaactgttgggttgcctttgagtttgctaagtttgttattcatgataaccttagggattatgtattatatcaaatggaagaagtttgctgagattct 22809184  T
Q  484 tgaagattgggaacatgaatatggcccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggt 583  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||  ||||||||| ||| | |||||||||    
T  22809183 tgaagattgggaacaggaatatggtccacatagatttaagttcaaagatctatattttgctacaaaaggtttcggggaaaagggtctactaggagttggt 22809084  T
Q  584 ggatttggtagag 596  Q
    |||||||||||||    
T  22809083 ggatttggtagag 22809071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 107 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 22913605 - 22913375
Alignment:
Q  107 gaatatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaag 206  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |         ||||||| ||||||   ||||||||||| |||||    
T  22913605 gaatatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgtt---------aaaccaaaacaacctttgttatcattgaacaaag 22913515  T
Q  207 atctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggt 306  Q
    |||||||  ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||  | ||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  22913514 atctttcttcaattcttaacactagtatgtatgttggattctcatcttcaacaggttcaattctaacttctcattatattcttggttggagttttaaggt 22913415  T
Q  307 taatggccaagctcaaaaccttgaaatctctgaccttcct 346  Q
    |||||| ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||    
T  22913414 taatggtcaagctcaaaatcttgtaatctctgaacttcct 22913375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 8 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 22885633 - 22885559
Alignment:
Q  8 ttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatgatactggtcgattcaggaatttatcccttaccagtgga 85  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||   |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22885633 ttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatgattatg---gattcaggaatttatccctttccagtgga 22885559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 515 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 22913200 - 22913119
Alignment:
Q  515 agatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagag 596  Q
    ||||| |||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||| |||| |||||| |||   ||||||||||||||||    
T  22913200 agattcaagtacaaagatttatactttgcaacaaagggtttcaaggagaaggagctattaggaacaggtggatttggtagag 22913119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 297; Significance: 1e-166; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 8 - 596
Target Start/End: Original strand, 21150675 - 21151263
Alignment:
Q  8 ttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatgatactggtcgattcaggaatttatcccttaccagtggacatcctatgcaggtatggattg 107  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| || | ||||||   |||||||||||  ||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  21150675 ttgaaatcagctaactcaacttctgcaggctattatgatgataatgatggattcaatgatttatcccttttcagtggatatcctatgcatgtatggattg 21150774  T
Q  108 aatatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaaga 207  Q
    |||||||||| |  ||||| | |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| | | ||||||  |  |||   ||||||||||||||||||    
T  21150775 aatatgatggtgaaaagaagaagattaatgttactttagctccaattagtgttggttttaataaaaaaccagcaagacctttgttatcattgaccaaaga 21150874  T
Q  208 tctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggtt 307  Q
    |||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  21150875 tctttctccagttctcaacaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggttacttgcagcttctcattatattcttggttggagttttaaggtt 21150974  T
Q  308 aatggccaagctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctgtagtaagagtatttgctgagnnnnnnnngtccaaatttttaactgttaggttgcctttga 407  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| |||||         ||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  21150975 aatggcctggctcaaaaccttgaaatctctgaacttcctgaagtaacagtattttctgagaaaaaaaaatccaaatttttaactattagtttgcctttga 21151074  T
Q  408 tattactaagtgtggtattcatcataactttaggtgttatatattatatcaaattgaagaagtttgctgtggttcttgaagattgggaacatgaatatgg 507  Q
    | || || ||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21151075 ttttgcttagtttggtattcatgataactttaggggttatgtattatatcaaacggaagaagttttctgagattcttgaagattgggaacatgaatatgg 21151174  T
Q  508 cccacatagatttaagttcaaagatctatactctgccacaaagggtttcaaggaaaaggggctattgggagttggtggatttggtagag 596  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21151175 cccacatagatttaagttcaaagatctatattttgctacaaaaggtttcggggaaaagggtctactgggagttggtggatttggtagag 21151263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University