View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4452-Insertion-9 (Length: 468)

Name: NF4452-Insertion-9
Description: NF4452
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4452-Insertion-9
NF4452-Insertion-9
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (7-468)||(5314543-5315004)
chr2 (83-468)||(5331732-5332125)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 458; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 458; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 5315004 - 5314543
Alignment:
Q  7 accttttgcctatataaaatcggaatagtaagaagtttgtatgaagattaaagttaattatgcatgtgagaacatactaataaattacaagatatgaaaa 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315004 accttttgcctatataaaatcggaatagtaagaagtttgtatgaagattaaagttaattatgcatgtgagaacatactaataaattacaagatatgaaaa 5314905  T
Q  107 agagaaagtgagagaaaaaccaaagaattgatcaatgacagcagtgtgaagaatggacatcttatcaccagtcctatgaaaatgatcccttaaatccaca 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5314904 agagaaagtgagagaaaaaccaaagaattgatcaatgacagcagtgtgaagaatggacatcttatcaccagtcctatgaaaatgatcccttaaatccaca 5314805  T
Q  207 cccaactcttcaacaaagcatttaaccaaacttgtcttcccaagagcagcagccctatacactggagtttctccaagtttgtttctcaactgtaacaatg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5314804 cccaactcttcaacaaagcatttaaccaaacttgtcttcccaagagcagcagccctatacactggagtttctccaagtttgtttctcaactgtaacaatg 5314705  T
Q  307 gcgtcggaaactgctctgacattgtttcctcttctttcttcaatatactctttgtcatttcaacttcacctgtgaaagccacttcatgaagtggtgtgtt 406  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5314704 gcctcggaaactgctctgacattgtttcctcttctttcttcaatatactctttgtcatttcaacttcacctgtgaaagccacttcatgaagtggtgtgtt 5314605  T
Q  407 tcccatgtcatcttgcatcctcaacacatgttgcatgtttgatggatccacctttaatagca 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5314604 tcccatgtcatcttgcatcctcaacacatgttgcatgtttgatggatccacctttaatagca 5314543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 83 - 468
Target Start/End: Original strand, 5331732 - 5332125
Alignment:
Q  83 ctaataaattacaagatatgaaaaaga--gaaagtgagagaaaaaccaaagaattgatcaatgacagcagtgtgaagaatggacatcttatcaccagtcc 180  Q
    |||||||||| |||||| | |||||||  || || |||||| ||||| ||||||||  ||||||||||| ||| |||||| ||||| |||||| |||| |    
T  5331732 ctaataaattgcaagatttcaaaaagacagagagagagagagaaaccgaagaattggccaatgacagcaatgtcaagaatagacattttatcaacagttc 5331831  T
Q  181 tatgaaaatgatcccttaaatccacacccaactcttcaacaaagcatttaaccaaacttgtcttcccaagagcagcagccctatacactggagtttctcc 280  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| | ||| || |||| ||| || |||| |||| ||||||| ||||||||||| | |||||| || || ||||||||    
T  5331832 tatgaaaatgaacccttaaatccacgctcaattcgtcaagaaaacacttaatcaaatttgtctttccaagagcagctgtcctataaaccggggtttctcc 5331931  T
Q  281 aagtttgtttctcaactgtaacaatggcgtc------ggaaactg---ctctgacattgtttcctcttctttcttcaatatactctttgtcatttcaact 371  Q
    ||||||||||||||  | ||  ||||||  |      |||||||    || || |  || ||||   |||||| ||||| |||||||||||||||||||     
T  5331932 aagtttgtttctcacttctagtaatggctgctgcaatggaaactctgactgtgcctgtgcttccatgtctttcatcaatgtactctttgtcatttcaacc 5332031  T
Q  372 tcacctgtgaaagccacttcatgaagtggtgtgtttcccatgtcatcttgcatcctcaacacatgttgcatgtttgatggatccacctttaatagca 468  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||||||| || ||||||    
T  5332032 tctcctgtgaatgccacttcatgaagtggtgtgtttcccatgtcatctttcatcctcaacacatgttgca---ttgatggatccaccattgatagca 5332125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University