View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4452_low_2 (Length: 652)

Name: NF4452_low_2
Description: NF4452
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4452_low_2
NF4452_low_2
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-633)||(12944922-12945554)
chr8 (5-630)||(12937254-12937879)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 553; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 553; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 633
Target Start/End: Original strand, 12944922 - 12945554
Alignment:
Q  1 gagtataaatttcttaacattttcaagcaaaacttgtgccttagaacgatcaaagatttccacagcatgatacccatcctcatcaaaacaggactccacg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12944922 gagtataaatttcttaacattttcaagcaaaacttgtgccttagaacgatcaaagatttccacagcatgatacccatcctcatcaaaacaggactccacg 12945021  T
Q  101 tgcaccccgcgtgctgcaaaaatcttcgccagctccttttgcttatccaccaatggatcaccaccgtagccatttacaaaacaccttggcaaccgtccta 200  Q
    |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |    
T  12945022 tgcaccccacgtgccgccaaaatcttcgccagctccttctgcttatccaccaatggatctccaccgtagccattaacaaagcaccttggcaaccgtccaa 12945121  T
Q  201 tcttttcaccgtatacgtgatccaaagttgttggattgcaatactcgtggtccctgtctttgccctcaggcaaacacagggaccacatgagatcacctgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  12945122 tcttttcaccgtatacgtgatccaaagttgttggattgcaatactcgtggtccctgtctttgccctcgggcaaacataggaaccacatgaggtcacctgc 12945221  T
Q  301 tggtaatggtaatatacgatcgttgaccaaacgaagctcagattccgttctttggaccccactaaaaaatggatatttcattatgatccctcggatttta 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12945222 tggtaatggtaatatacgatcgttgaccaaacgaagctcagattccgttctctggaccccactaaaaaatggatatttcattatgatccctcggatttta 12945321  T
Q  401 atgggagagagatcaacgtcaagagcacgtagacctgcgaaataggctatgttacctccggcactgtctcccatcaagaaacatttatcaaagtccacat 500  Q
    ||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  12945322 atgtgagagagatcaaggtcgagagcacgtagacctgcgaaataggctatgttacctccggcactgtctcccatcaagaagcatttatcaaagtccacgt 12945421  T
Q  501 ggtctctgatccatggatcagattccgttggattttgagcttgggatttgagccagagaagagaatcaactgcatcatcgtaggctgctgggaggcgatg 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12945422 ggtctctgatccatggatcagattctgttggattttgagcttgggatttgagccagagaagagaatcaactgcatcatcgtaggctgctgggaggcgatg 12945521  T
Q  601 ctcaggcgagagacgataatcaaccgaggcaac 633  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12945522 ctcaggcgagagacgataatcaacggaggcaac 12945554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 5 - 630
Target Start/End: Original strand, 12937254 - 12937879
Alignment:
Q  5 ataaatttcttaacattttcaagcaaaacttgtgccttagaacgatcaaagatttccacagcatgatacccatcctcatcaaaacaggactccacgtgca 104  Q
    |||||||||||||| |  ||||| ||  |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||  ||||   |||||||||||||    
T  12937254 ataaatttcttaacgtaatcaagtaatgcttgtgccttagcaggatcaaagagttccacagcatgaaacccatcctcacaaaaaacagactccacgtgca 12937353  T
Q  105 ccccgcgtgctgcaaaaatcttcgccagctccttttgcttatccaccaatggatcaccaccgtagccatttacaaaacaccttggcaaccgtcctatctt 204  Q
    |||| |||||  | ||||||||| | |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||| |||| |||||| |||||    
T  12937354 ccccacgtgcctccaaaatcttcactagctccttttgcctatccaccaagggatccccaccgtagccgttaacaaagcacctcggcagccgtccgatctt 12937453  T
Q  205 ttcaccgtatacgtgatccaaagttgttggattgcaatactcgtggtccctgtctttgccctcaggcaaacacagggaccacatgagatcacctgctggt 304  Q
     ||||| | ||    |||| ||  | ||||||| |||||| |||| ||||  ||| | |||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||| |    
T  12937454 ctcaccatgtatcacatccgaaacttttggattacaatacacgtgatcccgatctgtaccctcaggcaaagatagggcccacatgagatcacttgctgat 12937553  T
Q  305 aatggtaatatacgatcgttgaccaaacgaagctcagattccgttctttggaccccactaaaaaatggatatttcattatgatccctcggattttaatgg 404  Q
    || |||| ||||  |||||| |  ||||||||||||||||  ||||| || ||||||| |||||| |||   |||||||| | |||| |||| ||||  |    
T  12937554 aagggtagtatattatcgttaatgaaacgaagctcagattttgttctctgaaccccaccaaaaaacggagcattcattataagcccttggatcttaagag 12937653  T
Q  405 gagagagatcaacgtcaagagcacgtagacctgcgaaataggctatgttacctccggcactgtctcccatcaagaaacatttatcaaagtccacatggtc 504  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||   |||||||||||| || |||||||||||||| | |||    
T  12937654 gagagagatcgaggtcaagagcacgtagacctgcgaagtacgctatgttacctcctgcactacttcccatcaagaagcagttatcaaagtccacgttgtc 12937753  T
Q  505 tctgatccatggatcagattccgttggattttgagcttgggatttgagccagagaagagaatcaactgcatcatcgtaggctgctgggaggcgatgctca 604  Q
    ||||||||||||||||||  |  |||||||||| ||||||| | |||||||||  |  |||||||  || ||||| ||||| || ||||| || |||||     
T  12937754 tctgatccatggatcagagacacttggattttgtgcttgggctctgagccagaacaatgaatcaatagcgtcatcataggcagcagggagacggtgctct 12937853  T
Q  605 ggcgagagacgataatcaaccgaggc 630  Q
    || | |||||||| | |||| |||||    
T  12937854 ggagtgagacgatgagcaactgaggc 12937879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University