View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4454-Insertion-2 (Length: 839)

Name: NF4454-Insertion-2
Description: NF4454
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4454-Insertion-2
NF4454-Insertion-2
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (8-541)||(37722784-37723318)
chr4 (600-839)||(37722486-37722725)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 468; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 37723318 - 37722784
Alignment:
Q  8 tcacttgtgcaaacaagatttaaccttatttaccagcattatagcagaagtgtgaacccttcttttcctttgttgcggggtatttttcatacggaagaac 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37723318 tcacttgtgcaaacaagatttaaccttatttaccagcattatagcagaagtgtgaacccttcttttcctttgttgcggggtattttttatacggaagaac 37723219  T
Q  108 aggattgagattcaaatgtctgcattgaatctgacgttgaatgtgtggtcaagtgcatagagcgcctatgatagtaagatagaacttgatatggtagaca 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37723218 aggattgagattcaaatgtctgcattgaatctgatgttgaatgtgtggtcaagtgcatagagcgcctatgatagtaagatagaacttgatatggtagaca 37723119  T
Q  208 ttatggattatttgtctagacctgttaatgtttatgttggtagtgttagaagagaatgtaatgaagtagctcatagtcttgtttgtttgtcaaaaactac 307  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37723118 ttatggattatttgtctagacttgttaatgtttatgttggtagtgttagaagagaatgtaatgaagtagctcatagtcttgtctgtttgtcaaaaactac 37723019  T
Q  308 tggttgtaaaagctggttgggatgtctcacagaataatgccttgctgcttacttactgtaaggaccttatttcacaaaaagaaactgaaatatgtatgaa 407  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37723018 ttgttgtaaaagctggttgggatgtctcacagaataatgccttgctgcttacttactgtaaggaccttatttcac-aaaagaaactgaaatatgtatgaa 37722920  T
Q  408 atacgaaaatgatacnnnnnnnctcaagcatgagtttgtg--tatatatgatgtagagattaaatagtgagaattttcctgcaagctctgacacacgaac 505  Q
    |||||||||||||||       ||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37722919 atacgaaaatgatacaaaaaaactcaagcatgagtttgtgtatatatatgatgaagagattaaatagtgagaattttcctgcaagctctgacacacgaac 37722820  T
Q  506 tcccggcacatagatatgtggtttattctatgctct 541  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37722819 tcccggcacatagaaatgtggtttattctatgctct 37722784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 600 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 37722725 - 37722486
Alignment:
Q  600 ggaagtgatcaaatctaacactgggcatgataaacaaaatnnnnnnnnnnntacaatttgaaaggagctttagcgcatatcatgatgacaacataaaagt 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37722725 ggaagtgatcaaatctaacactgggcatgataaacaaaataaaaataaaaatacaatttgaaaggagctttagcgcatatcatgatgacaacataaaagt 37722626  T
Q  700 attaaaacagagaccatgatagacaaatagtgctaactagtaaggctgcaatctcaaatccaatactagtgaactcaaccatgtagtggaagagaatgga 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37722625 attaaaacagagaccatgatagacaaatagtgctaactagtaacgctgcaatctcaaatccaatactagtgaactcaaccatgtagtggaagagaatgga 37722526  T
Q  800 agtttcggaccaggctcaggtttgactacctttttatagc 839  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37722525 agtttcggaccaggctcaggtttgactaccgttttatagc 37722486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University