View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4456-Insertion-1 (Length: 1100)

Name: NF4456-Insertion-1
Description: NF4456
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4456-Insertion-1
NF4456-Insertion-1
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (7-1078)||(31015752-31016838)
chr6 (9-548)||(30951419-30951975)
chr6 (658-918)||(30952111-30952370)
chr6 (748-969)||(30985168-30985390)
chr6 (748-969)||(30991332-30991554)
chr6 (737-1033)||(15521348-15521648)
chr6 (836-959)||(15494615-15494739)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (322-572)||(23984329-23984580)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 700; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 700; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1078
Target Start/End: Original strand, 31015752 - 31016838
Alignment:
Q  7 aatagaatgtgcaacaaatgctacacattattcttttgctgtttttcataaggaagcacttgagcacaaaaactattccttgaatgaatgtcagtttatg 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31015752 aatagaatgtgcaacaaatgctacacattattcttttgctgtttttcataaggaagcacttgagcacaaaaactattccttgaatgaatgtcagtttatg 31015851  T
Q  107 gttaatgctcctttagtcttgaatactagtgttaatttcactagcttgttgaaaatgaattacatcgatgttttgaaaatggggtctgttttgaattgga 206  Q
    ||||||||||| || || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31015852 gttaatgctccattggttttgaacactaatgttaatttcactagcttgttgaaaatgaattatatcgacgttttgaaaatggggtcggttttgaattgga 31015951  T
Q  207 ctgcacctgattgtcagcattgtgagaaaagtggtggaagatgtggatttgataattataagttcatatgtttctgcaaggataagtcctaccaaaaagt 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31015952 ctgcacctgattgtcagcattgtgagaaaagtggtggaagatgtggatttgataattacaagttcatatgtttctgcaaggataagtcctaccaaaaagt 31016051  T
Q  307 ttgtggtgatgatggtaacataacactttcggaaatattttgatcgtagtttctattttctactatgccatttcagaatatgctaaccaaataagtattt 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  31016052 ttgtggtgatgatggtaacataacacttttggaaatattttgatcgtagtttctattttctactatgccatttcagaatatgctaaccaaataagta-tt 31016150  T
Q  407 ttcttttgaattttctgacacaccttaaagtatctctgtagataagttgattatgaattcagtattgcagtgtttaacattaacataatgttcatccatg 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31016151 ttcttttgaattttctgacacaccttaaagtatctctgtagataagttgattatgaattcagtattgcagtgtttaacattaacataatgttcatccatg 31016250  T
Q  507 ccaatagacacgagttagttctatttgtaagtttttgtagactatgtaattaattgttgcaatcat-----------atagaaagataccagtaaattag 595  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||| ||| |||| ||||||||||    
T  31016251 ccaatagacacgagttatttctatttgtaagtttttgtagactatgtaattaattgttgcaatcatcaagtgtctccataaaaaaatactagtaaattag 31016350  T
Q  596 tggtagttcgaaatcttgcgcataaaactcctttggtgcccttacactcactaaccgagctgtctggataggctggtacaattacgatttatttttaaat 695  Q
    ||||| ||||| |||||  |||||||| || ||||||||||| | |||||||||||||||||| || |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  31016351 tggtaattcgatatcttcggcataaaa-tcgtttggtgccctca-actcactaaccgagctgtatgcataggctgatacaatgacgatttatttttaaat 31016448  T
Q  696 tggatattgttagtgagtatataaggnnnnnnnnnggctgaaatgtcatgtaatttttggtacattaagccatttgctatatctgctattgcttaatttc 795  Q
    ||||||||  |||||||||||||  |         |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  31016449 tggatatttctagtgagtatatagtg---ttttttggccaaaatgtcatgtaatttttggtgcattaagccatttgctatatctgatattgcttagttta 31016545  T
Q  796 tctttcaagcctttggtgaaagtgcataagtgtacatgtttatgtttgttatacacaagtagaatactcttcttgaattagaacaatgctaactc-actt 894  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31016546 tctgccaagcctttggtgaaagtgcataaatgtacatgtttatgccatttatacactagtagaatactctccttgaattagaacaatgctaactcgactt 31016645  T
Q  895 ttctttcacgactaattgttgcagatcgagtgaattggaggaggaaactcgtcattggtaataaatcgaa-ctttccttgataattttcatcaatttttc 993  Q
    || ||| | |||||||||||||||| | |  ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  31016646 tttttttatgactaattgttgcagacccatggaactggaagaggaaactcggcattggtaataaatcgaagctttccttgataatttttatcattttttc 31016745  T
Q  994 gtgtaaata-----ctaattatcataattttctgatttaaatttcatatactttttgctag--cttggttctggtgtg-taggagcagcactt 1078  Q
    |||||||||      | ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  |||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  31016746 gtgtaaatatatacttcattataataatttactgatttaaatttcctatactttttgctaggccttgcttctggtgtgttaggagcagcactt 31016838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 548
Target Start/End: Original strand, 30951419 - 30951975
Alignment:
Q  9 tagaatgtgcaacaaatgctacacattattcttttgctgtttttcataaggaagcacttgagcacaaaaactattccttgaatgaatgtcagtttatggt 108  Q
    |||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30951419 tagaatgtgcagaaaatgctacacactattcttttgctgtttttaatacggaggcacttgagcacaataactattccttgaatgagtgtcagtttatggt 30951518  T
Q  109 taatgctcctttagtcttgaatactagtgttaatttcactagcttgttgaaaatgaattacatcgatgttttgaaaatggggtctgttttgaattggact 208  Q
    ||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30951519 taatgctccattggtgatgaatactagtgttaatttcactagcttgttgagaatgaattacattgatgttttgaaaatggggtctgttttgaattggact 30951618  T
Q  209 gcacctgattgtcagcattgtgagaaaagtggtggaagatgtggatttgataattataagttcatatgtttctgcaaggataagtcctaccaaaaagttt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30951619 gcacctgattgtcagcattgtgagaaaagtggtggaagatgtggatttgataattataagttcatatgtttctgcaaggataagtcctacctaaaagttt 30951718  T
Q  309 gtggtgatgatggtaacataacactt---tcggaaatattttgatcgtag-------------tttctattttctactatgccatttcagaatatgctaa 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||| ||||| |||             ||||||||||||| |||| |||  | |||||||||||    
T  30951719 gtggtgatgatggtaacataacacttttgttggaaatattctgatcatagtgttcaaatataatttctattttctaatatgtcatccctgaatatgctaa 30951818  T
Q  393 ccaaataagtatttttcttttgaattttctgacacaccttaaagtatctctgtagataagttgattatgaattcagtattgcagtgtttaacattaacat 492  Q
    ||||||||||| |||| ||||||  | |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  30951819 ccaaataagta-ttttgttttgacctgtctgacacacctcaaagtatctctatagataagttgattatgaattcactattggagtgtttagcattaacat 30951917  T
Q  493 aatgttcatccatgccaatagaca--cgagttagttctatttgtaagtttttgtagac 548  Q
    ||||||||||||||||||||||||   |||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  30951918 aatgttcatccatgccaatagacatgagagttatttcaatttgtaagttgttgtagac 30951975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 658 - 918
Target Start/End: Original strand, 30952111 - 30952370
Alignment:
Q  658 tctggataggctggtacaattacgatttatttttaaattggatattgttagtgagtatataaggnnnnnnnnnggctgaaatgtcatgtaatttttggta 757  Q
    |||| ||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| ||||||  |         |||  |||| ||||||||| |||||||    
T  30952111 tctgtataggctggtacaattacagttaatttttaaattggatattgttagtgactatatagtgttattt---ggccaaaatatcatgtaatgtttggta 30952207  T
Q  758 cattaagccatttgctatatctgctattgcttaatttctctttcaagcctttggtgaaagtgcataagtgtacatgtttatgtttgttatacacaagtag 857  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30952208 catcaagccatatgctatatctgctatttcttactttctctgccaagcctttggtgaaagtgcatatgtgtacatgtttatgtttgttatacacaagtag 30952307  T
Q  858 aatactcttcttgaattagaac-aatgctaactc-acttttctttcacgactaattgttgcag 918  Q
    |||||| | || |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  30952308 aatactatcctagaattagaacaaatgctaactcgtcttttctttcacgactaattgttgcag 30952370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 748 - 969
Target Start/End: Original strand, 30985168 - 30985390
Alignment:
Q  748 atttttggtacattaagccatttgctatatctgctattgcttaatttctctttcaagcctttggtgaaagtgcataagtgtacatgtttatgtttgttat 847  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  |||||||   | ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  30985168 atttttggtacattaagccatatgctgtatctgctattgcttgctttctctgctaggcctttggtgaaaatgcatatgtgtacatgtttatgtttattat 30985267  T
Q  848 acacaagtagaatactcttcttgaattagaacaatgctaact-cacttttctttcacgactaattgttgcagatcgagtgaattggaggaggaaactcgt 946  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||  | |  |||||||| ||||||| ||||    
T  30985268 acacaagtagaatattctccttgaattagaacaatgctaactggtcttttctttcacgactaattgttgcaggacaatggaattggaagaggaaattcgt 30985367  T
Q  947 cattggtaataaatcgaactttc 969  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  30985368 cattggtaataaatcgaactttc 30985390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 748 - 969
Target Start/End: Original strand, 30991332 - 30991554
Alignment:
Q  748 atttttggtacattaagccatttgctatatctgctattgcttaatttctctttcaagcctttggtgaaagtgcataagtgtacatgtttatgtttgttat 847  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  |||||||   | ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  30991332 atttttggtacattaagccatatgctgtatctgctattgcttgctttctctgctaggcctttggtgaaaatgcatatgtgtacatgtttatgtttattat 30991431  T
Q  848 acacaagtagaatactcttcttgaattagaacaatgctaact-cacttttctttcacgactaattgttgcagatcgagtgaattggaggaggaaactcgt 946  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||  | |  |||||||| ||||||| ||||    
T  30991432 acacaagtagaatattctccttgaattagaacaatgctaactggtcttttctttcacgactaattgttgcaggacaatggaattggaagaggaaattcgt 30991531  T
Q  947 cattggtaataaatcgaactttc 969  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  30991532 cattggtaataaatcgaactttc 30991554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 737 - 1033
Target Start/End: Complemental strand, 15521648 - 15521348
Alignment:
Q  737 aatgtcatgtaatttttggtacatt-aagccatttgctatatctgctattgcttaatttctctttcaagcctttggtgaaagtgcataagtgtacatgtt 835  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||  || | |||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||| | |||||||     
T  15521648 aatgtcatgtaatttttggtgcatttaagccatatactatataagcaagtgcttactttcttttccaagcctttggtgaaagttcataaatatacatgtc 15521549  T
Q  836 tatgtttgttatacacaagtagaatactcttcttgaattagaacaatgctaactca-cttttctttcacgactaattgttgcagatcgagtgaattggag 934  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||| ||||||  ||||||| |||||| |  | | |||||||     
T  15521548 tatatttgttatacacaagtagaatactcttctcaaattagaacaatgctaactcatatttgctttcataactaattcttgcagttacaataaattggaa 15521449  T
Q  935 gaggaaactcgtcattggtaataaatcgaactttccttgataattttcatcaattttt-cgtgtaaatac-taattatcataattttctgatttaaattt 1032  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||  || ||||||| ||| ||||||| | ||||| |||||| |||| | ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  15521448 gaggaaactcgttgttggtaataaatacaattttccttcatagttttcataactttttccgtgtatatactttattatcaaaattttctgatttcaattt 15521349  T
Q  1033 c 1033  Q
    |    
T  15521348 c 15521348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 836 - 959
Target Start/End: Original strand, 15494615 - 15494739
Alignment:
Q  836 tatgtttgttatacacaagtagaatactcttcttgaattagaacaatgctaactca-cttttctttcacgactaattgttgcagatcgagtgaattggag 934  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| |||||| |||||||| |||| |||| || |||||||  ||||| || |  ||||||||     
T  15494615 tatgtttgttatacacaagtagaatactcccctcgaattaaaacaatactaactcatctttgctttaacaactaattactgcagctccatggaattggaa 15494714  T
Q  935 gaggaaactcgtcattggtaataaa 959  Q
    || ||||||||| ||||||||||||    
T  15494715 gaagaaactcgttattggtaataaa 15494739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 142; Significance: 6e-74; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 322 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 23984580 - 23984329
Alignment:
Q  322 taacataacactttcggaaatattttgatcgtagtttctattttctactatgccatttcagaatatgctaaccaaataagtatttttcttttgaattttc 421  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  | ||    
T  23984580 taacataacacttttggaaatattgtgatcatagtttcaattttctaatatgccatttcagaatatgctaaccaaatatgtatttt-cttttgacctgtc 23984482  T
Q  422 tgacacaccttaaagtatctctgta--gataagttgattatgaattcagtattgcagtgtttaacattaacataatgttcatccatgccaatagacacga 519  Q
    |||||||| ||||||| |||||  |  |||||||||||||||| |||   ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23984481 tgacacactttaaagtttctctccattgataagttgattatgatttctacattgcagtgtttagcatcaacataatgttcatccatgccaacagacacga 23984382  T
Q  520 gttagttctatttgtaagtttttgtagactatgtaattaattgttgcaatcat 572  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23984381 gttatttctatttgcaagttattgtagactatgtaattaattgttgcaatcat 23984329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University