View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4458_low_3 (Length: 629)

Name: NF4458_low_3
Description: NF4458
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4458_low_3
NF4458_low_3
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (1-619)||(35214005-35214616)
chr3 (349-616)||(29523715-29523987)
chr3 (349-616)||(11203717-11203989)
chr3 (349-616)||(12342196-12342467)
chr3 (349-616)||(33496445-33496717)
chr3 (338-611)||(19890581-19890859)
chr3 (417-616)||(7031055-7031259)
chr3 (410-616)||(36801106-36801317)
chr3 (352-619)||(48570012-48570284)
chr3 (361-483)||(40930510-40930632)
chr3 (359-615)||(26770969-26771230)
chr3 (359-507)||(2755854-2756002)
chr3 (369-615)||(34332805-34333056)
chr3 (361-615)||(2364176-2364435)
chr3 (359-507)||(963143-963291)
chr3 (361-494)||(7312801-7312934)
chr3 (413-494)||(19920263-19920344)
chr3 (406-498)||(15312604-15312696)
chr3 (561-619)||(11310382-11310440)
chr3 (414-494)||(10323606-10323686)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (343-619)||(10999915-11000195)
chr2 (338-619)||(14439648-14439933)
chr2 (338-619)||(12645431-12645717)
chr2 (370-619)||(40176564-40176817)
chr2 (349-587)||(38604344-38604587)
chr2 (370-615)||(41206915-41207165)
chr2 (404-615)||(15917553-15917769)
chr2 (411-606)||(17764994-17765194)
chr2 (537-619)||(33515947-33516029)
chr2 (414-606)||(28252628-28252825)
chr2 (361-494)||(4552194-4552327)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (338-619)||(2170235-2170523)
chr8 (338-619)||(43270345-43270634)
chr8 (349-616)||(37434030-37434302)
chr8 (349-616)||(20824194-20824466)
chr8 (345-619)||(13200018-13200297)
chr8 (349-612)||(17699384-17699652)
chr8 (338-460)||(42177548-42177670)
chr8 (391-619)||(13879499-13879732)
chr8 (448-619)||(2529781-2529957)
chr8 (536-619)||(42177727-42177810)
chr8 (359-619)||(25090282-25090547)
chr8 (416-615)||(32266463-32266667)
chr8 (361-615)||(13396287-13396546)
chr8 (362-470)||(41665352-41665460)
chr8 (359-494)||(9922626-9922761)
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (338-619)||(20882992-20883278)
chr6 (349-616)||(10577219-10577491)
chr6 (349-613)||(17606304-17606573)
chr6 (349-616)||(21630077-21630351)
chr6 (349-616)||(17573625-17573897)
chr6 (338-612)||(11462314-11462588)
chr6 (407-616)||(17579109-17579323)
chr6 (359-507)||(15958793-15958941)
chr6 (407-494)||(18651262-18651349)
chr6 (406-494)||(12734150-12734238)
chr6 (412-470)||(2553686-2553744)
chr6 (361-467)||(24767406-24767512)
chr6 (363-507)||(13937712-13937856)
chr6 (553-606)||(14373170-14373223)
chr6 (551-615)||(15958990-15959054)
chr6 (551-615)||(21168124-21168188)
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (349-616)||(27766940-27767212)
chr5 (345-619)||(18359058-18359336)
chr5 (349-616)||(33385344-33385616)
chr5 (349-616)||(10776662-10776935)
chr5 (349-616)||(8300152-8300424)
chr5 (349-616)||(25857394-25857666)
chr5 (391-619)||(27795378-27795611)
chr5 (411-606)||(19255154-19255355)
chr5 (369-494)||(28535665-28535790)
chr5 (361-498)||(26072913-26073050)
chr5 (412-615)||(23238283-23238491)
chr5 (361-485)||(42928165-42928289)
chr5 (412-494)||(8228051-8228133)
chr5 (362-616)||(18089744-18090003)
chr5 (359-507)||(33169670-33169818)
chr5 (369-470)||(35983781-35983882)
chr5 (359-459)||(27165932-27166032)
chr5 (370-494)||(31641537-31641660)
chr5 (338-452)||(24407995-24408109)
chr5 (412-470)||(27117194-27117252)
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (349-616)||(12697711-12697983)
chr4 (338-619)||(20002613-20002906)
chr4 (349-616)||(8360998-8361270)
chr4 (349-494)||(45472679-45472824)
chr4 (338-512)||(55725645-55725819)
chr4 (391-619)||(54483171-54483404)
chr4 (352-619)||(2822010-2822282)
chr4 (532-616)||(4548377-4548461)
chr4 (391-619)||(48311990-48312223)
chr4 (361-615)||(7403812-7404071)
chr4 (362-507)||(11587181-11587326)
chr4 (361-468)||(15740272-15740379)
chr4 (369-606)||(1828530-1828772)
chr4 (361-470)||(19755316-19755425)
chr4 (361-470)||(19784381-19784490)
chr4 (416-494)||(47685932-47686010)
chr4 (359-507)||(46145687-46145835)
chr4 (414-494)||(47418829-47418909)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (338-619)||(37254653-37254939)
chr7 (349-574)||(18532568-18532798)
chr7 (338-617)||(25619356-25619646)
chr7 (361-494)||(235419-235552)
chr7 (361-615)||(11277234-11277493)
chr7 (570-619)||(18530405-18530454)
chr7 (359-494)||(17720660-17720795)
chr7 (361-470)||(47877032-47877141)
chr7 (421-507)||(551595-551681)
chr7 (414-467)||(29968027-29968080)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (349-616)||(43388265-43388537)
chr1 (338-619)||(37191169-37191455)
chr1 (349-616)||(16917779-16918051)
chr1 (408-619)||(51993757-51993973)
chr1 (361-615)||(51052379-51052638)
chr1 (370-482)||(47623068-47623180)
chr1 (359-485)||(35541083-35541209)
[»] scaffold0472 (1 HSPs)
scaffold0472 (412-615)||(3151-3359)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 458; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 458; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 619
Target Start/End: Original strand, 35214005 - 35214616
Alignment:
Q  1 tgctcaaagggaatgataatttacaaacctttgaaatgaatcttaagttttaaactaggatctacaataaattagga---agaaatcctcagttttggtc 97  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  35214005 tgctcaaagggaatgataatttacaaacctttgaaacgaatcttaagttttaaactaggatctacaataaattaggaggtagaaatcctcagttttggtc 35214104  T
Q  98 tgatttaaaatatgtaaaaaatatgtcaagtgtggaggatagagtgatttctcatcgacatgttaaaattttgtcgcagccaaagcctttatcagatatc 197  Q
    |||||||||||||||           |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35214105 tgatttaaaatatgt-----------caagtgtggaggatagagtgatctctcatcgacatgttaatattttgtcgcagccaaagcctttatcagatatc 35214193  T
Q  198 actacagaaccaatcccatgctatagatttaagaaagaatcgaataaaaaacaaagtgaggatcaaagtactaatgcatttcatgatatgcatatggtta 297  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35214194 actaccgaaccaatcccatgctatagatttaataaagaatcgaataaaaaacaaattgaggatcaaaatactaatgcatttcatgatatgcatatggtta 35214293  T
Q  298 gttcttagagtgatataatgaccaaaaagaactatataatatcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaac 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||     ||||||| |||||| |||||||||    
T  35214294 gttcttagagtgatataatgaccaaaaagaactatataatatcatattagaggttatactgttcgtggtgta----acatgttaacatcacgggaacaac 35214389  T
Q  398 ctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaa 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35214390 ctcatgttcatcaaaatatggagttaatctggcataaacaggttcctttaaaagtttctatccttgtttggcggatgttgagggatcgtttgcctactaa 35214489  T
Q  498 atcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgt 592  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||     |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35214490 atcaaatttgccagaacgtgggattctatatgtggaagctcagttttgtgtaacgggatgttggcatgttgaagatgtgaatcatttgttcttgtcttgt 35214589  T
Q  593 ccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  35214590 ccaatttttggtgcattgtggcctatg 35214616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 349 - 616
Target Start/End: Original strand, 29523715 - 29523987
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  29523715 ggttatactgttcgtggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 29523814  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 543  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   | |||||||||| ||     ||||  ||||||||||||    
T  29523815 aagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtggcacgtgggattatagctgtggaaaatcggttttgtgt 29523914  T
Q  544 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 616  Q
    |||||||||  |||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29523915 aacgggatgcaggcaggttaaagatgtgaatcatttattcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 29523987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 349 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 11203989 - 11203717
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||  |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  11203989 ggttatactgttcgtggtgtatatgatttgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 11203890  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 543  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||| ||     ||||  ||||||||||||    
T  11203889 aagtttctatacttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtggaacgtgggattatagctgtggaaaatcggttttgtgt 11203790  T
Q  544 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 616  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11203789 aacgggatgcgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggttcattgtggcct 11203717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 349 - 616
Target Start/End: Original strand, 12342196 - 12342467
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||||||| ||| |||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| |||||    
T  12342196 ggttatactgttcatggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttc-tttaa 12342294  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 543  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||| ||     ||||  ||||||||||||    
T  12342295 aagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtggaacgtgggattatagctgtggaaaatcggttttgtgt 12342394  T
Q  544 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 616  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12342395 aacgggatgcgggcaggttgaagatgtgaatcatttattcttctcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 12342467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 349 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 33496717 - 33496445
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||||||| ||| |||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  33496717 ggttatactgttcatggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaatatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 33496618  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 543  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||| ||     ||||  ||||||||||||    
T  33496617 aagtttctatcattgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtggaacgtgggattatatctgtggaaaatcggttttgtgt 33496518  T
Q  544 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 616  Q
    || |||||| || || |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33496517 aatgggatgcggacaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 33496445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 338 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 19890859 - 19890581
Alignment:
Q  338 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 437  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19890859 atcagattagaggttatactgttcgtggtgtatatgacatgttgacatcacaggaataacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctggcataaaca 19890760  T
Q  438 gattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagct 532  Q
    | |||||||||||||||| |||||||| | |||| ||||||||||||| || ||||||||||| || ||| |||| ||||| |||  |     ||| | |    
T  19890759 ggttcctttaaaagtttccatccttgcattgcggttgttgagggatcgattacctactaaatccaacttggcagatcgtggcattacatttgtggaggat 19890660  T
Q  533 cggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgt 611  Q
    ||  |||| || || |||||||||||||||||||||  || |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19890659 cgaatttgcgtcacaggatgtgggcatgttgaagatacgactcatatgtttttgtcttgtccaattttcggtgcattgt 19890581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 417 - 616
Target Start/End: Original strand, 7031055 - 7031259
Alignment:
Q  417 ggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgt 516  Q
    ||||||||| || ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||   | |||     
T  7031055 ggagttaatttggcataaacaggttcctttaaaactttctatccttgcttggcgtctgttgagggatcgcttacctactaaatctaatttggtggcacga 7031154  T
Q  517 gggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgt 611  Q
    |||||| ||     ||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  7031155 gggattttagctgtggaaaaccggttttgtgtaacgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccgacttttggtgctttgt 7031254  T
Q  612 ggcct 616  Q
    |||||    
T  7031255 ggcct 7031259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 410 - 616
Target Start/End: Original strand, 36801106 - 36801317
Alignment:
Q  410 aaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtc 509  Q
    |||||||||||||||| |  |||||| || |||| |||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||      
T  36801106 aaaatatggagttaatttagcataaataggttcccttaaaagtttatatccttgcttggcaactgctgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggt 36801205  T
Q  510 agaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggt 604  Q
     | | ||| |||| ||     ||||  ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||    
T  36801206 ggcatgtgagattatatctgtggaaaatcggttttgtgtatcgggatgtgggcaggttgaagatgtaaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggt 36801305  T
Q  605 gcattgtggcct 616  Q
    ||||||||||||    
T  36801306 gcattgtggcct 36801317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 352 - 619
Target Start/End: Original strand, 48570012 - 48570284
Alignment:
Q  352 tatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaag 451  Q
    |||||| ||||||| || |||||| |||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  || |||||||| ||| ||||||    
T  48570012 tatactgttcgtggggtatatgacttgttgacatcacatgaacaacctcatattcatcaaaatatggagttaatctagcacaaacagatacctctaaaag 48570111  T
Q  452 tttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaac 546  Q
    ||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| | ||| || || | || || ||| ||     ||| ||| || ||||||| ||    
T  48570112 tttcagtccttgcttagcggttgttgagggatcgtttacctactaaagctaatctgacaaatcgcggcattttaccgatggaggctaggctttgtgtcac 48570211  T
Q  547 gggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||| |||||||  | || ||||| || |||||||||    
T  48570212 gggatgtgggcatgttgaagatgtgtctcatatgtttttgacttgtcctttcttcggtgctttatggcctatg 48570284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 361 - 483
Target Start/End: Original strand, 40930510 - 40930632
Alignment:
Q  361 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 460  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||  | |||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||||| | ||||| |||||||    
T  40930510 cgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcaacctcagttgcatcaaaacatggagttagtttgacataaacaggttcctctcaaagtatctatcc 40930609  T
Q  461 ttgcttggcggctgttgagggat 483  Q
    |||||||||| || |||||||||    
T  40930610 ttgcttggcgacttttgagggat 40930632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 359 - 615
Target Start/End: Original strand, 26770969 - 26771230
Alignment:
Q  359 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctat 458  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||| |  |||||| ||| |  | |||| ||||||||||||||| || |||||||||  |||| | ||||| |||||    
T  26770969 ttcgtggtgtgtatgacatgctaacattacaggaacatccttagttacatccaaatatggagttaatgtggcataaacaggctcctcttaaagtctctat 26771068  T
Q  459 ccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggat---tc--taggaagctcggttttgtgtaacgggatgt 553  Q
     ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||| || | ||||| ||   ||  | ||| |  | ||| ||||| || || |||    
T  26771069 tcttacttggcggcttttgagggatcgtttacctacgaaagcaaatttggcaaaccgtggtatcattcctttggaggtgcagttgtgtgtcactggttgt 26771168  T
Q  554 gggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcc 615  Q
    ||||| || ||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||| |||| || |||||    
T  26771169 gggcacgtggaagatgtgaatcacttgtttttgtcttgcccaatttttagtgccttatggcc 26771230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 359 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 2756002 - 2755854
Alignment:
Q  359 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgtt-catcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttcta 457  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||   ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || || || |||||| | ||||| ||||| ||||    
T  2756002 ttcgtggtgtgtatgatatgttgacatcgcaggaacaacc-catgttacatcaaaatatggagttgatttggcacaaacaggtacctttgaaagtgtcta 2755904  T
Q  458 tccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttg 507  Q
    |  ||||||||||  || ||||||| || || |||||||||| |||||||    
T  2755903 tatttgcttggcgtttgctgagggaccggttacctactaaataaaatttg 2755854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 369 - 615
Target Start/End: Original strand, 34332805 - 34333056
Alignment:
Q  369 ctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttgg 468  Q
    |||||||||| ||||||||  ||| || || ||  | ||||| |||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||    
T  34332805 ctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacatcataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttgg 34332904  T
Q  469 cggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttg 563  Q
    |  ||  |||| ||||| || ||||| |||   |||||| || | ||||| ||| ||     ||| || ||||| |||||  | ||||||||| | ||||    
T  34332905 caacttctgagagatcgattacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgtgggaacgttg 34333004  T
Q  564 aagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcc 615  Q
    ||||||| |||||| |||| |||||||||  || |||| ||||||| |||||    
T  34333005 aagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatggcc 34333056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 361 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 2364435 - 2364176
Alignment:
Q  361 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 460  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||  ||| || || ||  | || || |||||||| ||||| || ||||||||| | ||| | ||||| |||||||    
T  2364435 cgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatatggacttaatttggcataaacaggtccctctcaaagtatctatcc 2364336  T
Q  461 ttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgg 555  Q
    |||||||||| ||  |||||||||| || ||||| |||   |||||| || | ||||| ||||||     ||| |  ||||| || ||  | ||||||||    
T  2364335 ttgcttggcgactactgagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaaatcgtggcattctatctgtggaggagcggttatgcgttgctggatgtgg 2364236  T
Q  556 gcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcc 615  Q
    |  ||| |||||||| | |||| |||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||    
T  2364235 gattgtcgaagatgttactcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatggcc 2364176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 359 - 507
Target Start/End: Original strand, 963143 - 963291
Alignment:
Q  359 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgtt-catcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttcta 457  Q
    |||||||||| ||||| ||| |||| ||   ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || || || |||||| | ||||| ||||| ||||    
T  963143 ttcgtggtgtgtatgatatgctgacttcgcaggaacaacc-catgttacatcaaaatatggagttgatttggcacaaacaggtgcctttgaaagtgtcta 963241  T
Q  458 tccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttg 507  Q
    |  ||||||||||  || ||||||| || || |||||||||  |||||||    
T  963242 tttttgcttggcgtttgctgagggaccggttacctactaaacaaaatttg 963291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 361 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 7312934 - 7312801
Alignment:
Q  361 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 460  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||  ||| || || ||  | || || |||||||| ||||| || ||||||||| | ||| | ||||| |||||||    
T  7312934 cgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatatggacttaatttggcataaacaggtacctctcaaagtatctatcc 7312835  T
Q  461 ttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 494  Q
    |||||||||| ||  |||||||||| || |||||    
T  7312834 ttgcttggcgactaatgagggatcggttacctac 7312801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 413 - 494
Target Start/End: Original strand, 19920263 - 19920344
Alignment:
Q  413 atatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 494  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||| || |||||    
T  19920263 atatggacttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttctgagggatcggttacctac 19920344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 406 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 15312696 - 15312604
Alignment:
Q  406 catcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaa 498  Q
    ||||||||| |||||||||| || ||||||||| | ||| ||||||| | |||  |||||||| | ||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  15312696 catcaaaatttggagttaatttggcataaacaggtacctctaaaagtctatatatttgcttggtgactgctgaggaatcgtttgcctattaaa 15312604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 561 - 619
Target Start/End: Original strand, 11310382 - 11310440
Alignment:
Q  561 ttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    |||||||||||| |||| |||| |||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||    
T  11310382 ttgaagatgtgactcatttgtttttgtcttgcccaaattttggcgcactgtggcctatg 11310440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 414 - 494
Target Start/End: Original strand, 10323606 - 10323686
Alignment:
Q  414 tatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 494  Q
    |||||| ||||| || ||||||||| | ||| | ||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||| || |||||    
T  10323606 tatggacttaatttggcataaacaggtccctctcaaagtatctatccttgcttggcgactactgagggatcggttacctac 10323686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 343 - 619
Target Start/End: Original strand, 10999915 - 11000195
Alignment:
Q  343 attagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattc 442  Q
    ||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||     
T  10999915 attagaggttatattgttcgtggtgtatatgacatgttgacatcataggaacaatctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgccataaacaggttt 11000014  T
Q  443 ctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggtt 537  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     ||||||||||||    
T  11000015 ctttaaaagtttctatccttgcttggtggctgtt-agggatcgtttgcctactaaatcaaatttggcagaacgtgggattctatctgtggaagctcggtt 11000113  T
Q  538 ttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11000114 ttgtgtaacggaatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatttgttcttatcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 11000195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 338 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 14439933 - 14439648
Alignment:
Q  338 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 437  Q
    ||||||||| |||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  14439933 atcagattaaaggttatattgttcgtggtgtatatgacatgttgacatcacaggaacgacctcatgttcatcaaactatggagttaatctggcataaaca 14439834  T
Q  438 gattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagct 532  Q
    | |||||||||||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||     |||||||    
T  14439833 ggttcctttaaaagtttctatcttggcttgacgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtagaacgtgggattctatctgtggaagct 14439734  T
Q  533 cggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14439733 cggttttatgtaacgggatgtgggtaggttgaagatgtgaatcatttgtt-ttgtcttgtccaatttttgatgcattgtggcctatg 14439648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 338 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 12645717 - 12645431
Alignment:
Q  338 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 437  Q
    |||||| | |||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||  |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  12645717 atcagactggaggatatactgttcgtggtgtgtatgatatgttgacatcacaggaaaaccctcatgtttatcaaaatatggagttaatttggcataaaca 12645618  T
Q  438 gattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagct 532  Q
    | || || |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||  |||||| |||| ||  | ||||||     ||| |||    
T  12645617 ggtttctctaaaagtttcaatccttgcttggcggctattgagggatcgcttacctacaaaatacaatttgacagatcgcagaattctacctttggaggct 12645518  T
Q  533 cggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  12645517 cggttttgtgttacagggtgtgggcatgttgaagatgtgactcatttgtttttgtcttgcccaatttttggcgcattgtggcctatg 12645431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 370 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 40176817 - 40176564
Alignment:
Q  370 tatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggc 469  Q
    |||||| | |||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||||| | ||| ||||||||||  ||||||||||||    
T  40176817 tatgacttattgacatcacaggaacaacctcatattcatcaaaatatggagttagtctggcacaaacaggtacctctaaaagtttcagtccttgcttggc 40176718  T
Q  470 ggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggatt---cta-ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaa 565  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||   |||||| || | || ||  ||   | | ||| ||| || ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40176717 ggttgttgagggatcgtttacctactaaagtcaatttgacaaatcgcggcttttaccgatggaggctaggctttgtgtcacgggatgtgggcatgttgaa 40176618  T
Q  566 gatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    ||||||  |||| |||| |||| ||||||| | || ||||| ||||||||||||    
T  40176617 gatgtgtctcatttgtttttgttttgtccattcttcggtgctttgtggcctatg 40176564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 349 - 587
Target Start/End: Original strand, 38604344 - 38604587
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||| |||    
T  38604344 ggttacactgttcggggtgtgtatgacatgttgacatcacaggaacaacctaattttcatcaaaatatggagttaatctggcataaacaagtacctctaa 38604443  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggat-----tctaggaagctcggttttgtgt 543  Q
    ||||||| |||||||| |||| |||||| || |||||||| ||||| | |   |||||| || | ||||| ||     ||  ||| |||||||| |||||    
T  38604444 aagtttcaatccttgcatggctgctgttaagagatcgtttacctacaatagtcaatttggcatatcgtggcatccttctcatggaggctcggttatgtgt 38604543  T
Q  544 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgt 587  Q
      | || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  38604544 ctcaggctgtgggcatgttgaagatgtaaatcatgtgtttttgt 38604587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 370 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 41207165 - 41206915
Alignment:
Q  370 tatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggc 469  Q
    ||||||||| |||||||   |||||| |||||  | |||| ||||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  41207165 tatgacatgctgacatcgcaggaacatcctcagttacatccaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtctctatccttgcttggc 41207066  T
Q  470 ggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggatt-----ctaggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttga 564  Q
    ||||  |||||||||| || ||||| |||   |||||| || | ||||| |||     || ||| || ||||| ||||| || ||||| ||||| |||||    
T  41207065 ggcttctgagggatcggttacctacaaaaaataatttggcaaatcgtggcattattcccttggaggcgcggttgtgtgtcactggatgcgggcacgttga 41206966  T
Q  565 agatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcc 615  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||    
T  41206965 agatgtcaatcatttgttcttgtcttgtccaacttttggtgccttatggcc 41206915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 404 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 15917769 - 15917553
Alignment:
Q  404 ttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaa 503  Q
    ||||||||||||| |||||||| |  |||||| || ||||| | ||||| | ||||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||||| |||   ||    
T  15917769 ttcatcaaaatattgagttaatttcgcataaataggttcctctgaaagtctgtatccttgcttggggactgctgagggatcgtttacctacaaaagttaa 15917670  T
Q  504 tttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatt 598  Q
    |||| || | ||||| ||| |      |||||  ||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |    
T  15917669 tttggcaaatcgtggtattattcctttggaagtgcggttgtgtgtcactggttgtgggcatgttgaagatgtgaatcatatgtttttgtcttgtccaact 15917570  T
Q  599 tttggtgcattgtggcc 615  Q
    ||||| || ||||||||    
T  15917569 tttggcgcgttgtggcc 15917553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 411 - 606
Target Start/End: Original strand, 17764994 - 17765194
Alignment:
Q  411 aaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtca 510  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||  |||| | ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||| |||||||| ||    
T  17764994 aaatatggagttaatatggcataaacaggctcctcttaaagtctctattcttgcttggcggctattgagggatcatttacctacgaaagcaaatttggca 17765093  T
Q  511 gaacgtgg---gattc--taggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtg 605  Q
     | |||||    ||||  | ||| || ||||| ||||| || || ||||| || || ||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||||    
T  17765094 aaccgtggtatcattcctttggaggcgcggttgtgtgtcactggttgtggtcacgtggaagatgtgaatcacttgtttttgtcttgcccaatttttggtg 17765193  T
Q  606 c 606  Q
    |    
T  17765194 c 17765194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 537 - 619
Target Start/End: Original strand, 33515947 - 33516029
Alignment:
Q  537 tttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  |||| |||| |||||||||||  | |||||||| ||||||||||||    
T  33515947 tttgtgtcacgagatgtgggcatgttgaagatgtgtctcatatgtttttgtcttgtcctttctttggtgctttgtggcctatg 33516029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 414 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 28252825 - 28252628
Alignment:
Q  414 tatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaa 513  Q
    |||||| ||||| || ||||||||| | ||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||   ||||||| || |     
T  28252825 tatggaattaatttggcataaacaggtacctctaaaagtatctattcttgcttggcggcttttgagggatcgcttacctacgaagggaaatttggcaaac 28252726  T
Q  514 cgtgggattct-----aggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgc 606  Q
    | ||| ||| |      ||| |  ||||| |||||  | || ||||| |||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||    
T  28252725 catggcattattcatatggaggggcggttatgtgtttccggttgtggtcatgatgaagatgtgaatcatttgtttttgtcttgtccattttttggtgc 28252628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 361 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 4552327 - 4552194
Alignment:
Q  361 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 460  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||  ||| || || ||  | || || |||||||| ||||| || |||||| || ||||| | ||||| |||||||    
T  4552327 cgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatatggacttaatttggcataaataggttcctcttaaagtatctatcc 4552228  T
Q  461 ttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 494  Q
    |||||||||| ||  |||||||||| || |||||    
T  4552227 ttgcttggcgacttctgagggatcggttacctac 4552194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 338 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 2170523 - 2170235
Alignment:
Q  338 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 437  Q
    |||||||||  ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2170523 atcagattactggttatactgtccgtggtgtatatgacatgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctggcataaaca 2170424  T
Q  438 gattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagct 532  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||     ||||  |    
T  2170423 ggttcctttaaaagtttctatccttgcttggcgaccgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtagaacgtgggattctatctgtggaaaat 2170324  T
Q  533 cg--gttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    ||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2170323 cggtgttttgtgtaacggggtgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttgtttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 2170235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 338 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 43270634 - 43270345
Alignment:
Q  338 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgg---gaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataa 434  Q
    |||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  43270634 atcatattaaaggttatactgttcgtggtgtatatgacatgttgacatcacatattgaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttcatctggcataa 43270535  T
Q  435 acagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaa 529  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||||     ||||    
T  43270534 acaggttcctttaaaagtttctatccttacttggcgactgttgaaggatcgtttgcctactaaaacaaatttggtagaacgtgagattctatctgtggaa 43270435  T
Q  530 gctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43270434 gctcggttttgtgtaacgggttgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttgtttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggtctatg 43270345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 349 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 37434302 - 37434030
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||    
T  37434302 ggttatactgttcgtggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacatgttcctttaa 37434203  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 543  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||| ||     ||||  ||||||||||||    
T  37434202 aagtctctattcttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtggaacgtgggattatatctgtggaaaatcggttttgtgt 37434103  T
Q  544 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 616  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37434102 aacgggatgcgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 37434030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 349 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 20824466 - 20824194
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||||||| ||| |||||  |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  20824466 ggttatactgttcatggtgcatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 20824367  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 543  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||   | ||| |||||| ||     ||||   |||||||||||    
T  20824366 aagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgcttacctactaaatctaatttggtggcacgagggattatagctgtggaaaaccggttttgtgt 20824267  T
Q  544 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 616  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  20824266 aacgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccgacttttggtgctttgtggcct 20824194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 345 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 13200297 - 13200018
Alignment:
Q  345 tagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcct 444  Q
    |||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| |||||    
T  13200297 tagaggctatactgttcgtggtgtgtatgatatgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttagtttggcataaacaggttcct 13200198  T
Q  445 ttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggtttt 539  Q
     |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||  |||||| |||| ||  | ||||||     ||| ||||||||||    
T  13200197 ctaaaagtttcaatccttgcttggcagctattgagggatcgtttacctacaaaatacaatttggcagagcgcagaattctacctatggaggctcggtttt 13200098  T
Q  540 gtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    |||| || || |||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  13200097 gtgttactgggtgtgggcatgttgaagatgtgactcatatgtttttgtcttgcccaatttttggcgcattgtggcctatg 13200018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 349 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 17699652 - 17699384
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||    
T  17699652 ggttatactgttcgtggtgttcatgacttgttgacatcacatgaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcccttaa 17699553  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 543  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||   | || ||||||| ||     ||||  ||| ||||||||    
T  17699552 aagtttctatccttgcttggcgactgctgagggatcgtttacctactatatcaaatttggtggcacatgggattatatctgtggaaaatcgattttgtgt 17699453  T
Q  544 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtg 612  Q
    | |||||||| |||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17699452 atcgggatgtaggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtg 17699384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 338 - 460
Target Start/End: Original strand, 42177548 - 42177670
Alignment:
Q  338 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 437  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||   ||||||| | |||||||||||||| |||||||||| || ||| ||||    
T  42177548 atcagattagaggttatactgtacgtggtgtatatgacatgttgacatcacatgaacaactttatgttcatcaaaatttggagttaatatggcattaaca 42177647  T
Q  438 gattcctttaaaagtttctatcc 460  Q
    | |||||||||||||||||||||    
T  42177648 ggttcctttaaaagtttctatcc 42177670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 391 - 619
Target Start/End: Original strand, 13879499 - 13879732
Alignment:
Q  391 gaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgc 490  Q
    |||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||| || ||| || | ||| | |||||| |  || ||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  13879499 gaacaacctcagattcatcaaagtatggagttagtctggcacaaataggtacctctcaaagttacagtctttgcttggcggttgttgagggatcgtttac 13879598  T
Q  491 ctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttctt 585  Q
    |||||||| | |||||| || | ||||| ||| ||     ||| ||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||    
T  13879599 ctactaaagccaatttggcaaatcgtggcattttaccgttggaggctaggctttgtgtcacgggatgtgggcatgttgaagatgtgtctcatctgttttt 13879698  T
Q  586 gtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    |||||||||  | |||||||| ||||||||||||    
T  13879699 gtcttgtcctttctttggtgctttgtggcctatg 13879732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 448 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 2529957 - 2529781
Alignment:
Q  448 aaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtg 542  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||  ||||||  ||| ||||| ||||||     ||| |||||||||||||    
T  2529957 aaagtttcaatccttgcttggcggctattgagggatcgcttacctacaaaatacaatttggtagatcgtggaattctacttttggaggctcggttttgtg 2529858  T
Q  543 taacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    | || || |||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||    
T  2529857 ttacagggtgtgggcatgttgaagatgtgactcatttgtttttgtcttgcccaattttcggcacattgtggcctatg 2529781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 536 - 619
Target Start/End: Original strand, 42177727 - 42177810
Alignment:
Q  536 ttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  42177727 ttttgtgtcacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatatgtttttctcttgtccaattttcggtacattgtggcctatg 42177810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 359 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 25090547 - 25090282
Alignment:
Q  359 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctat 458  Q
    ||||||| || |||||| | |||||||||   |||||  ||||| ||||||| |||||||||||| |||  || |||||| | ||| |||||||||| ||    
T  25090547 ttcgtggggtatatgacttattgacatcacatgaacactctcatcttcatcacaatatggagttagtctagcacaaacaggtacctctaaaagtttcaat 25090448  T
Q  459 ccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattct-----aggaagctcggttttgtgtaacgggatgt 553  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||| | |||||| || | || || ||| |      ||| ||| || ||||||| | |||||||    
T  25090447 ccttgcttggcggttgttgagggatcgactacctactaaagccaatttgacaaatcgcggcattttgccgatggaggctaggctttgtgtcatgggatgt 25090348  T
Q  554 gggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    |||||||||||| |||||  |||| ||||  |||| |||||| | || ||||| ||||||||||||    
T  25090347 gggcatgttgaaaatgtgtctcatttgtttctgtcctgtccattcttcggtgctttgtggcctatg 25090282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 416 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 32266667 - 32266463
Alignment:
Q  416 tggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacg 515  Q
    |||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||| | || ||||| ||||| || ||||| |||   |||||| || | ||    
T  32266667 tggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggagacttttgagagatcggttacctacgaaaagtaatttggcaaaccg 32266568  T
Q  516 tgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattg 610  Q
    ||| ||| ||     ||| || ||||| |||||  | ||||||||| | ||||||||||| |||||| |||| |||||||||  || |||| ||||||||    
T  32266567 tggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattg 32266468  T
Q  611 tggcc 615  Q
    |||||    
T  32266467 tggcc 32266463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 361 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 13396546 - 13396287
Alignment:
Q  361 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 460  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||  ||| || || ||  | |||||  ||||||||||||| || ||||||||  ||||| | ||||| |||||||    
T  13396546 cgtggggtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccaattacatcatcatatggagttaatttggcataaacaagttcctctcaaagtatctatcc 13396447  T
Q  461 ttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgg 555  Q
    |||||||||| ||  |||| ||||| || ||||| |||   |||||| || | ||||| ||| ||     ||| || ||||| |||||  | ||||||||    
T  13396446 ttgcttggcgactcctgagagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgtgg 13396347  T
Q  556 gcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcc 615  Q
    | | ||||||||||| |||||| |||| |||||||||  || |||| ||||||| |||||    
T  13396346 gaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatggcc 13396287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 362 - 470
Target Start/End: Original strand, 41665352 - 41665460
Alignment:
Q  362 gtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcct 461  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||  ||| || || ||  | |||||  ||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||    
T  41665352 gtggggtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccaattacatcatcatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatcct 41665451  T
Q  462 tgcttggcg 470  Q
    |||||||||    
T  41665452 tgcttggcg 41665460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 359 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 9922761 - 9922626
Alignment:
Q  359 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctat 458  Q
    ||||||| | |||||||||| ||||||||  ||| || |||||  | ||||||||  |||||||||| || |||| |||| ||||| | |||||||||||    
T  9922761 ttcgtggagcctatgacatgctgacatcacaggagcagcctcacttacatcaaaacttggagttaatttggcatacacaggttcctctcaaagtttctat 9922662  T
Q  459 ccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 494  Q
    |||||| || || ||  |||||||||| || |||||    
T  9922661 ccttgcatgacgacttctgagggatcggttacctac 9922626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 167; Significance: 4e-89; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 338 - 619
Target Start/End: Original strand, 20882992 - 20883278
Alignment:
Q  338 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 437  Q
    ||||||||||||| |||| | |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  20882992 atcagattagaggctatattgttcgtggtgtatatgacatgttgacatcacaggaacaaccacatgttcatcaaaatatggagttaatctggcataaata 20883091  T
Q  438 gattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagct 532  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || |||  ||| ||||| ||| ||     ||| |||    
T  20883092 ggttcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggattgtttacctactaaatcgaacttggtagatcgtggcattatatctgtggaggct 20883191  T
Q  533 cggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20883192 cggttttgtgtcacgggatgtgggcatgttgaagatatgaatcatatgtttttgtcttgtccaattttcggtgcattgtggcctatg 20883278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 9e-81
Query Start/End: Original strand, 349 - 616
Target Start/End: Original strand, 10577219 - 10577491
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||||||| || ||||||| |||||| | |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  10577219 ggttatactgtttgtggtgtatatgactttttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatagagttaatttggcataaacaggttcctttaa 10577318  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 543  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||| ||     ||||  ||||||||||||    
T  10577319 aagtttatatccttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtggaacgtgggattataactgtggaaaatcggttttgtgt 10577418  T
Q  544 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 616  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10577419 aacgggatgcgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 10577491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 349 - 613
Target Start/End: Original strand, 17606304 - 17606573
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  17606304 ggttatactgttcgtggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaatctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 17606403  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 543  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||   |||||||| ||| ||     ||||  ||| ||||||||    
T  17606404 aagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcatttacctactaaatcaaatttggtggaacgtggaattatagctgtggaaaatcgattttgtgt 17606503  T
Q  544 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtgg 613  Q
    ||||||||  ||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17606504 aacgggatacgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtgg 17606573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 349 - 616
Target Start/End: Original strand, 21630077 - 21630351
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||||||    
T  21630077 ggttatactgttcgtggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaccaggttcctttaa 21630176  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatc--aaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgt 541  Q
    ||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||| ||||| |||||  |||||||   |||||||||||| ||     ||||  ||||||||||    
T  21630177 aagtttctatccttgtttggcgactattgagggatcgtttacctacaaaatcaaaaatttggtggaacgtgggattatatctgtggaaaatcggttttgt 21630276  T
Q  542 gtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 616  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21630277 gtaacgggatgcgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgctttgtggcct 21630351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 349 - 616
Target Start/End: Original strand, 17573625 - 17573897
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||||||| ||||| |||  |||||| |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  17573625 ggttatactgttcgttgtgcatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatgtttatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 17573724  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 543  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||   | ||| |||||| ||     ||||   |||||||||||    
T  17573725 aagattctatccttgcttggcgactgttgagggatcgcttacctactaaatctaatttggtggcacgagggattatagctgtggaaaaccggttttgtgt 17573824  T
Q  544 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 616  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  17573825 aacgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccgacttttggtgccttgtggcct 17573897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 338 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 11462588 - 11462314
Alignment:
Q  338 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 437  Q
    |||| |||||| | |||| | |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  11462588 atcatattagatgctatattgttcgtggtgtatatgacatgttgacatcacaggaacaacaacatattcatcaaaatatggagttaatctggtataaaca 11462489  T
Q  438 gattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagct 532  Q
    | ||     ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| || ||| |||| ||||| ||| ||     |||  ||    
T  11462488 ggtt-----aaaagtttcaatccttgcttggcagctgttgagggatcttttacctactaaatccaacttggcagatcgtggcattatatatgcggagact 11462394  T
Q  533 cggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtg 612  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11462393 cggttttttgtcacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatatgtttttgtcttgtccaattttcggtgcattgtg 11462314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 407 - 616
Target Start/End: Original strand, 17579109 - 17579323
Alignment:
Q  407 atcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaattt 506  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  17579109 atcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaaaagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgcttacctactaaatctaattt 17579208  T
Q  507 gtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaattttt 601  Q
    |   | ||| |||||| ||     ||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||| | ||||    
T  17579209 ggtggcacgagggattatagctgtggaaaaccggttttgtgtaacgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccgactttt 17579308  T
Q  602 ggtgcattgtggcct 616  Q
    ||||| |||||||||    
T  17579309 ggtgccttgtggcct 17579323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 359 - 507
Target Start/End: Original strand, 15958793 - 15958941
Alignment:
Q  359 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctat 458  Q
    |||| ||||| | ||||||| ||||||||  |||||||| |||  | |||| ||||||| ||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||    
T  15958793 ttcgcggtgtgtctgacatgctgacatcacaggaacaacttcagttacatccaaatatgaagttaatatggcataaacaggttcctcttaaagtctctat 15958892  T
Q  459 ccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttg 507  Q
     |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||    
T  15958893 tcttgcttggcggcttttgagggatcatttacctacgaaagcaaatttg 15958941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 407 - 494
Target Start/End: Original strand, 18651262 - 18651349
Alignment:
Q  407 atcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 494  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||| || |||||    
T  18651262 atcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtctctatccttgcttggcgacttctgagggatcggttacctac 18651349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 406 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 12734238 - 12734150
Alignment:
Q  406 catcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 494  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||| || |||||    
T  12734238 catcataatatggatttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttctgagggatcggttacctac 12734150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 412 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 2553744 - 2553686
Alignment:
Q  412 aatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcg 470  Q
    |||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||||    
T  2553744 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcg 2553686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 361 - 467
Target Start/End: Original strand, 24767406 - 24767512
Alignment:
Q  361 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 460  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||  ||| || ||  |  | |||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||| | ||||| |||||||    
T  24767406 cgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccctagttacatcaaaatatggagttaattttgcataaacaggttcctatcaaagtctctatcc 24767505  T
Q  461 ttgcttg 467  Q
    |||||||    
T  24767506 ttgcttg 24767512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 363 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 13937856 - 13937712
Alignment:
Q  363 tggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgtt-catcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcct 461  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||   ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || || || |||||| | ||||| ||||| |||||  |    
T  13937856 tggtgtgtatgatatgttgacttcgcaggaacaacc-catgttacatcaaaatatggagttgatttggcacaaacaggtgcctttgaaagtgtctatttt 13937758  T
Q  462 tgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttg 507  Q
    |||||||||  || ||||||| || || |||||||||  |||||||    
T  13937757 tgcttggcgtttgctgagggaccggttacctactaaacaaaatttg 13937712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 553 - 606
Target Start/End: Original strand, 14373170 - 14373223
Alignment:
Q  553 tgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgc 606  Q
    |||||||| ||||||||| |||||| |||| |||||||||||| ||||||||||    
T  14373170 tgggcatgatgaagatgtaaatcatttgtttttgtcttgtccattttttggtgc 14373223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 551 - 615
Target Start/End: Original strand, 15958990 - 15959054
Alignment:
Q  551 tgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcc 615  Q
    |||||||| || ||||||||||||||  |||| || ||||| |||||||||||||| || |||||    
T  15958990 tgtgggcacgtggaagatgtgaatcacttgtttttatcttgcccaatttttggtgccttatggcc 15959054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 551 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 21168188 - 21168124
Alignment:
Q  551 tgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcc 615  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||  || ||||||||| || |||||    
T  21168188 tgtgggaatgttgaagatgttaatcatatgtttttgtcttgtgtaacttttggtgctttatggcc 21168124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 157; Significance: 4e-83; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 349 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 27767212 - 27766940
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  27767212 ggttatactgttcgtggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 27767113  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 543  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||   |||||||||||| ||     ||||  ||||||||||||    
T  27767112 aagtttatatccttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctacaaaatcaaatttggtggaacgtgggattatatatgtggaaaatcggttttgtgt 27767013  T
Q  544 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 616  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27767012 aacgggatgcgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgctttgtggcct 27766940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 345 - 619
Target Start/End: Original strand, 18359058 - 18359336
Alignment:
Q  345 tagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcct 444  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||    
T  18359058 tagaggttatactgttcgtggtgtatatgacatgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctagcataaacaggttcct 18359157  T
Q  445 ttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggtttt 539  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||| ||| | ||| ||     ||| | ||||||||    
T  18359158 ttaaaagtttcaatccttgcttggcggttgttgagggatcgtttacctactaaatccaacttggcagatcgt-gcattatatatgtggaggatcggtttt 18359256  T
Q  540 gtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  18359257 gtgtcacgggatctgggcatgttgaagatgtgaatcatatgtttttgtcttgtccgattttcggtgcattgtggcctatg 18359336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 9e-81
Query Start/End: Original strand, 349 - 616
Target Start/End: Original strand, 33385344 - 33385616
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||    
T  33385344 ggttatactgttcgtggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatattcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcccttaa 33385443  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 543  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   | |||||| ||| ||     ||||  ||||||||||||    
T  33385444 aagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtggcacgtggaattatatctgtggaaaatcggttttgtgt 33385543  T
Q  544 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 616  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33385544 atcgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 33385616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 349 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 10776935 - 10776662
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaa-atatggagttaatctgacataaacagattccttta 447  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| |||| |||    
T  10776935 ggttatactgtccgtggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaatatatggagttaatttggcataaacaggttccctta 10776836  T
Q  448 aaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtg 542  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||   | |||||||||| ||     ||||  |||||||||||    
T  10776835 aaagtttctatccttgcttggcgactgctgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtggcacgtgggattatatctgtggaaaatcggttttgtg 10776736  T
Q  543 taacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 616  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10776735 tatcgggatgtgggcaagttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 10776662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 349 - 616
Target Start/End: Original strand, 8300152 - 8300424
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  8300152 ggttatactgttcgtggtgcatatgacctgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 8300251  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 543  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||   | ||| |||||| ||     ||||   |||||||||||    
T  8300252 aagtttctatccttgtttggcgactgttgagggatcgcttacctactaaatctaatttggtggcacgagggattatagctgtggaaaaccggttttgtgt 8300351  T
Q  544 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 616  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  8300352 aacgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccgacttttggtgccttgtggcct 8300424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 349 - 616
Target Start/End: Original strand, 25857394 - 25857666
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  25857394 ggttatactgttcgtggtgcatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcttgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 25857493  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 543  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||   | ||| |||||| ||     ||||   || ||||||||    
T  25857494 aagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgcttacctactaaatctaatttggtggcacgagggattatagctgtggaaaaccgattttgtgt 25857593  T
Q  544 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 616  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||   | ||||||||| |||||||||    
T  25857594 aacgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtttgacttttggtgccttgtggcct 25857666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 391 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 27795611 - 27795378
Alignment:
Q  391 gaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgc 490  Q
    |||||||||||  |||||| || |||||||||| |||| || |||||| | ||| | |||||| |  || ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27795611 gaacaacctcagattcatccaagtatggagttagtctggcacaaacaggtacctctcaaagttacagtctttgcttggcggttgttgagggatcgtttgc 27795512  T
Q  491 ctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttctt 585  Q
    |||||||| | |||||| || | ||||| ||| ||     ||| ||| || | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||  |||| |||| ||    
T  27795511 ctactaaagccaatttggcaaatcgtggcattttaccgttggaggctaggctatgtgtcacgggctgtgggcatgttgaagatgtgtctcatttgttttt 27795412  T
Q  586 gtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    |||||||||  | |||||||| ||||||||||||    
T  27795411 gtcttgtcctttctttggtgctttgtggcctatg 27795378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 411 - 606
Target Start/End: Original strand, 19255154 - 19255355
Alignment:
Q  411 aaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtca 510  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||| || | ||||| |||||||||||||||||| |  |||||||||| || ||||| |||   |||||| ||    
T  19255154 aaatatggagttaatttggcataaacagatttctctcaaagtatctatccttgcttggcggtttctgagggatcggttacctacaaaaaataatttggca 19255253  T
Q  511 gaacgtgggatt-----ctaggaa-gctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggt 604  Q
     |  |||| |||     || |||  || ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  19255254 aattgtggcattattcccttggagcgcgcggttgtgtgtcactggatgcgggcacgttgaagatgtcaatcatttgttcttgtcttgtccaacttttggt 19255353  T
Q  605 gc 606  Q
    ||    
T  19255354 gc 19255355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 369 - 494
Target Start/End: Original strand, 28535665 - 28535790
Alignment:
Q  369 ctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttgg 468  Q
    |||||||||| ||||||||  ||| || |||||  | |||||||| ||||||||||| || |||| |||| ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  28535665 ctatgacatgctgacatcacaggagcagcctcagttacatcaaaacatggagttaatttggcatacacaggttcctctcaaagtttctatccttgcttgg 28535764  T
Q  469 cggctgttgagggatcgtttgcctac 494  Q
    || ||  |||||||||| || |||||    
T  28535765 cgacttctgagggatcggttacctac 28535790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 361 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 26073050 - 26072913
Alignment:
Q  361 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 460  Q
    |||||||| |||||| || |||||||   |||||| || ||| | ||||||||| |||||||||| || |||||| |  ||||||| |||||  |||||     
T  26073050 cgtggtgtgtatgacttgctgacatcgcaggaacagccccatttgcatcaaaatttggagttaatttggcataaatatgttcctttgaaagtccctatct 26072951  T
Q  461 ttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaa 498  Q
    ||| |||||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  26072950 ttgtttggcgactgttgagggatcgattacctactaaa 26072913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 412 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 23238491 - 23238283
Alignment:
Q  412 aatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcag 511  Q
    |||||||||||||| || |||||| || ||||| | ||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||| || ||||| |||   |||||| ||     
T  23238491 aatatggagttaatttggcataaataggttcctctcaaagtttctatccttgcttggagacttttgagagatcggttacctacgaaaagtaatttggcaa 23238392  T
Q  512 aacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgc 606  Q
    | ||||| ||| ||     ||| || ||||| |||||  | ||||||||| | ||||||||||| |||||| |||| |||||||||  || |||| ||||    
T  23238391 accgtggcattttagctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 23238292  T
Q  607 attgtggcc 615  Q
    ||| |||||    
T  23238291 attatggcc 23238283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 361 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 42928289 - 42928165
Alignment:
Q  361 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 460  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||   |||||| || ||  | |||| ||||||||||||||| ||  |||||||| ||||| | ||||| |||||||    
T  42928289 cgtggagtctatgacatgctgacatcgcaggaacagccccagttacatccaaatatggagttaatttggtataaacaggttcctctcaaagtctctatcc 42928190  T
Q  461 ttgcttggcggctgttgagggatcg 485  Q
    ||| |||||||||  ||||||||||    
T  42928189 ttgtttggcggcttctgagggatcg 42928165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 412 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 8228133 - 8228051
Alignment:
Q  412 aatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 494  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||| | || ||||| ||||| || |||||    
T  8228133 aatatggagttaatttgacataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggagacttttgagagatcggttacctac 8228051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 362 - 616
Target Start/End: Original strand, 18089744 - 18090003
Alignment:
Q  362 gtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcct 461  Q
    ||||||| |||||||||||||||   | ||||||||| | | |||| |||||| |||||||||| || || |||||| | || || ||||| |||||| |    
T  18089744 gtggtgtgtatgacatgttgacagtgtaggaacaaccccttattcaacaaaatttggagttaatttggcacaaacaggtaccgttgaaagtctctatctt 18089843  T
Q  462 tgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggatt----cta-ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtggg 556  Q
    |||||| || || ||||| |||||||| |||||||    ||||||| || | |||||||||    ||| |||  | || || ||| || | |||||||||    
T  18089844 tgcttgacgactattgagagatcgtttacctactaggcaaaatttggcaaatcgtgggattgtctctatggattcacgattatgtttagctggatgtggg 18089943  T
Q  557 catgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 616  Q
    || ||||| || ||||||||| |||| |||||||| ||  ||||||| || |||||||||    
T  18089944 caggttgaggacgtgaatcatctgtttttgtcttgcccggtttttggagcgttgtggcct 18090003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 359 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 33169818 - 33169670
Alignment:
Q  359 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgtt-catcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttcta 457  Q
    |||||||||| ||||| ||| |||| || | |||| |||| |||||| ||||||||||||||||| || || || |||||| | ||||| ||||| ||||    
T  33169818 ttcgtggtgtgtatgatatgctgacttcgtaggaaaaacc-catgttacatcaaaatatggagttgatttggcacaaacaggtgcctttgaaagtgtcta 33169720  T
Q  458 tccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttg 507  Q
    |  ||||||||||  || ||||||| || || |||||||||  |||||||    
T  33169719 tttttgcttggcgtttgctgagggaccggttacctactaaacaaaatttg 33169670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 369 - 470
Target Start/End: Original strand, 35983781 - 35983882
Alignment:
Q  369 ctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttgg 468  Q
    |||||||||| ||||||||  ||| || |||||  | |||||||| ||||||||||| || | || |||| ||||| | ||||| |||||||||||||||    
T  35983781 ctatgacatgctgacatcacaggagcagcctcagttacatcaaaacatggagttaatttggcttacacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttgg 35983880  T
Q  469 cg 470  Q
    ||    
T  35983881 cg 35983882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 359 - 459
Target Start/End: Original strand, 27165932 - 27166032
Alignment:
Q  359 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctat 458  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||  |||||||||  || | |||||||||||||| ||||| || ||  ||||| | ||| ||||||| |||||    
T  27165932 ttcgtggtgtttatgacatgttggcatcacaggaacaacccaatttacatcaaaatatggaattaatttggcaccaacaggtacctctaaaagtctctat 27166031  T
Q  459 c 459  Q
    |    
T  27166032 c 27166032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 370 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 31641660 - 31641537
Alignment:
Q  370 tatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggc 469  Q
    ||||||||| ||||||||  ||| || |||||  | |||||||| ||||||||||| || |||| |||| ||||| | ||||||||||||||||| |||     
T  31641660 tatgacatgctgacatcacaggagcagcctcacttacatcaaaacatggagttaatttggcatacacaggttcctct-aaagtttctatccttgcatgga 31641562  T
Q  470 ggctgttgagggatcgtttgcctac 494  Q
    | ||  |||||||||| || |||||    
T  31641561 gactactgagggatcggttacctac 31641537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 338 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 24408109 - 24407995
Alignment:
Q  338 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgtt-catcaaaatatggagttaatctgacataaac 436  Q
    |||||||| | || |||||  |||||||||| ||||| |||||||||||   ||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| || || |||||||    
T  24408109 atcagattggtgggtatacggttcgtggtgtgtatgatatgttgacatcgcaggaacaacc-catgttacatcaaagtatggagttgatttggcataaac 24408011  T
Q  437 agattcctttaaaagt 452  Q
    || | ||||| |||||    
T  24408010 aggtacctttgaaagt 24407995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 412 - 470
Target Start/End: Original strand, 27117194 - 27117252
Alignment:
Q  412 aatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcg 470  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||||    
T  27117194 aatatggacttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcg 27117252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 157; Significance: 4e-83; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 349 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 12697983 - 12697711
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || ||||||||| |||||||||    
T  12697983 ggttatactgttcgtggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatgaaattaatttggcataaacaggttcctttaa 12697884  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 543  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||| ||     ||||  ||||||||||||    
T  12697883 aagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtggaacgtgggattatagctgtggaaaatcggttttgtgt 12697784  T
Q  544 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 616  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12697783 aacgggatgcgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgcattatggcct 12697711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 338 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 20002906 - 20002613
Alignment:
Q  338 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 437  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  20002906 atcagattagaggctatactgttcgtggtgtttatgacatgttgacatcacacgaacaacctcatgttaatcaaaatatggagttaatttggcataaaca 20002807  T
Q  438 gattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta------------ 525  Q
    | ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||| ||||| |||  |                
T  20002806 ggttcttttaaaagtttctatcattgcttggcggctgttgagggatcgtttacctactaaatccaacttggcagaccgtggcattacatctgtggactgt 20002707  T
Q  526 ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  20002706 ggaggctcggttttgtgtcacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatatgtttttgtcttgtccatttttcggtgcattgtggcctatg 20002613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 349 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 8361270 - 8360998
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||||| | |||||||||| |||||  ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||    
T  8361270 ggttatattgttcgtggtgtatatgatttgttgccatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcccttaa 8361171  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 543  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||| |||||||||||||   | |||||| ||| ||      |||  ||||||||||||    
T  8361170 aagtttctatccttgtttggcgactgctgaggaatcgtttacctagtaaatcaaatttggtggcacgtggaattatatctgttgaaaatcggttttgtgt 8361071  T
Q  544 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 616  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8361070 atcgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 8360998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 349 - 494
Target Start/End: Original strand, 45472679 - 45472824
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  45472679 ggttatactgttcgtggtgtatatgacttgttgacatcacaggaaccacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 45472778  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 494  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  45472779 aagtttctatccttgtttggcgactgttgagggatcgtttacctac 45472824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 338 - 512
Target Start/End: Original strand, 55725645 - 55725819
Alignment:
Q  338 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 437  Q
    |||||| | |||| |||||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  55725645 atcagactggaggatatactgttcatggtgtgtatgatatgttgacatcacaggaacaacctcatgtttatcaaaatatggagttaatttggcataaaca 55725744  T
Q  438 gattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcaga 512  Q
      ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||  |||||| ||||    
T  55725745 agttcctctaaaagtttcaatccttgcttggcggctattgagggatcgcttacctacaaaatacaatttggcaga 55725819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 391 - 619
Target Start/End: Original strand, 54483171 - 54483404
Alignment:
Q  391 gaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgc 490  Q
    |||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||| || |||||| | ||| |||||||| |  || ||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  54483171 gaacaacctcagattcatcaaagtatggagttagtctggcacaaacaggtacctctaaaagttacagtctttgcttggcggttgttgagggatcgtttac 54483270  T
Q  491 ctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttctt 585  Q
    |||||||| | |||||| || | || || ||| ||     ||| ||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||    
T  54483271 ctactaaaaccaatttgacaaatcgcggcattttatcgatggaggctaggctttgtgtcacgggatgtgggcatgttgaagatgtgtctcatttgttttt 54483370  T
Q  586 gtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    |||||||||| | |||||||| ||||||||||||    
T  54483371 gtcttgtccattctttggtgctttgtggcctatg 54483404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 352 - 619
Target Start/End: Original strand, 2822010 - 2822282
Alignment:
Q  352 tatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaag 451  Q
    |||||| ||| ||| || |||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||| | ||| ||||||    
T  2822010 tatactgttcatggggtatatgacttgttgacatcataggaacaacctcatattcatcaaaatatggagttaatctggcacaaacaggtacctctaaaag 2822109  T
Q  452 tttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaac 546  Q
    ||||  ||| |||||||||  ||||||||||||| || ||||||||| | ||| || || | |  || ||| ||     ||| ||| || |||| || ||    
T  2822110 tttcagtccatgcttggcgattgttgagggatcgcttacctactaaagctaatctgacaaatcacggaattttaccgatggaggctaggctttgcgtcac 2822209  T
Q  547 gggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    || ||||||||||||||||||||||  ||||||||| || || |||||  | || ||||| ||||||||||||    
T  2822210 ggaatgtgggcatgttgaagatgtgtctcatgtgtttttatcatgtccgttcttcggtgctttgtggcctatg 2822282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 532 - 616
Target Start/End: Original strand, 4548377 - 4548461
Alignment:
Q  532 tcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 616  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4548377 tcggttttgtgtaacgggatgcgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgcccaatttttggtgcattgtggcct 4548461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 391 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 48312223 - 48311990
Alignment:
Q  391 gaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgc 490  Q
    |||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||| || |||||| | | | |||||||| |  ||||||||||| || |||||||||||| ||| |    
T  48312223 gaacaacctcagattcatcaaagtatggagttagtctggcacaaacaggtacatctaaaagttacagtccttgcttgggggttgttgagggatcatttac 48312124  T
Q  491 ctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttctt 585  Q
    |||||||| | |||||| || | ||  | ||| ||     ||| ||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||    
T  48312123 ctactaaagccaatttgacaaatcgcagcattttaccgatggaggctaggctttgtgtcacgggatgtgggcatgttgaagatgtgtctcatttgttttt 48312024  T
Q  586 gtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
     ||||||||| | || ||||| ||||||||||||    
T  48312023 atcttgtccattcttcggtgctttgtggcctatg 48311990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 361 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 7404071 - 7403812
Alignment:
Q  361 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 460  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||  ||| || || ||  | |||||||||||| ||||||| || ||||||||  ||| ||| ||||| |||||||    
T  7404071 cgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacatcaaaatatgaagttaatttggcataaacaagttcatttcaaagtctctatcc 7403972  T
Q  461 ttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgg 555  Q
    |||||||||| ||  |||||||||| || ||||| |||   |||||| || | ||||| ||| ||     ||| || ||||| |||||  | ||||| ||    
T  7403971 ttgcttggcgacttctgagggatcggttacctacaaaaaagaatttggcaaaccgtggcattttacgtttggaggcgcggttgtgtgtctctggatgcgg 7403872  T
Q  556 gcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcc 615  Q
    | | ||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||| |||| |||| || |||||    
T  7403871 gaacgttgaagatgtcaatcatttgtttttgtcttgtccaacttttagtgccttatggcc 7403812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 362 - 507
Target Start/End: Original strand, 11587181 - 11587326
Alignment:
Q  362 gtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcct 461  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||  |||||| |||||  | |||| |  |||||||||||| || |||||| |||| ||| | ||||| ||||| ||    
T  11587181 gtggtgtgtatgacatgctgacatcacaggaacagcctcagttgcatccatctatggagttaatttggcataaatagatacctatcaaagtatctattct 11587280  T
Q  462 tgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttg 507  Q
    ||||||||||||  ||||| ||||||| ||||| |||  |||||||    
T  11587281 tgcttggcggcttctgaggaatcgtttacctacgaaagaaaatttg 11587326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 361 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 15740379 - 15740272
Alignment:
Q  361 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 460  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| ||| || || ||  | || || |||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||    
T  15740379 cgtggagtctatgatatgttgacatcataggagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatcc 15740280  T
Q  461 ttgcttgg 468  Q
    ||||||||    
T  15740279 ttgcttgg 15740272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 369 - 606
Target Start/End: Original strand, 1828530 - 1828772
Alignment:
Q  369 ctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttgg 468  Q
    |||||| ||||||||||||  ||| || || ||  | ||||| |||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||    
T  1828530 ctatgatatgttgacatcacaggagcagccccagttacatcataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttgg 1828629  T
Q  469 cggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttg 563  Q
     | || ||| | ||| | || ||||| ||| | |||||| || | ||||| ||| ||     ||| || ||||| |||||  | || |||||| ||||||    
T  1828630 agactattgcgagataggttacctacaaaaactaatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctgggtgtgggaatgttg 1828729  T
Q  564 aagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgc 606  Q
    |||||||  ||||| |||| ||||||||| ||| |||||||||    
T  1828730 aagatgttgatcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgc 1828772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 361 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 19755425 - 19755316
Alignment:
Q  361 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 460  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||   || || || ||  |||||||  ||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||    
T  19755425 cgtggggtctatgacatgctgacatcacaagagcagccccaatttcatcatcatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatcc 19755326  T
Q  461 ttgcttggcg 470  Q
    ||||||||||    
T  19755325 ttgcttggcg 19755316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 361 - 470
Target Start/End: Original strand, 19784381 - 19784490
Alignment:
Q  361 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 460  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||   || || || ||  |||||||  ||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||    
T  19784381 cgtggggtctatgacatgctgacatcacaagagcagccccaatttcatcatcatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatcc 19784480  T
Q  461 ttgcttggcg 470  Q
    ||||||||||    
T  19784481 ttgcttggcg 19784490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 416 - 494
Target Start/End: Original strand, 47685932 - 47686010
Alignment:
Q  416 tggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 494  Q
    |||| ||||| |||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||    
T  47685932 tggacttaatttgacataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgagagatcggttacctac 47686010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 359 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 46145835 - 46145687
Alignment:
Q  359 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgtt-catcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttcta 457  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||   ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || || || ||| || | ||||| ||||| ||||    
T  46145835 ttcgtggtgtgtatgatatgttgacttcgcaggaacaacc-catgttacatcaaaatatggagttgatttggcacaaataggtgcctttgaaagtgtcta 46145737  T
Q  458 tccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttg 507  Q
    |  ||||||||||  || ||||||| || || |||||||||  |||||||    
T  46145736 tttttgcttggcgcttgctgagggaccgattacctactaaacaaaatttg 46145687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 414 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 47418909 - 47418829
Alignment:
Q  414 tatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 494  Q
    |||||| ||||| || ||||||||| | ||| | ||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||| || |||||    
T  47418909 tatggacttaatttggcataaacaggtccctctcaaagtatctatccttgcttggcgactactgagggatcggttacctac 47418829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 155; Significance: 6e-82; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 6e-82
Query Start/End: Original strand, 338 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 37254939 - 37254653
Alignment:
Q  338 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 437  Q
    ||||||||||||| ||| || |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37254939 atcagattagaggctatcctgttcgtggtgtatacgacatgttgacatcacgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctggcataaaca 37254840  T
Q  438 gattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagct 532  Q
    | || ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||  |||| ||| ||     |||  ||    
T  37254839 ggttactttaaaagtttcaatccttgcttggcggttgttgagggatcgtttacctactaaatccaacttggcagattgtggcattatatctgtggagact 37254740  T
Q  533 cggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    ||||||||||| |||| |||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37254739 cggttttgtgtcacggaatgtggacattttgaagatgtgaatcatatgtttttgtcttgtccaattttcggtgcattgtggcctatg 37254653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 349 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 18532798 - 18532568
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||||| | |||||||||| |||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  18532798 ggttatattgttcgtggtgtatatgacttgttgacatcacatgaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctcgcataaacaggttcctttaa 18532699  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 543  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||     ||||  ||||||||||||    
T  18532698 aagtttatatccttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaattttggtagaacgtggaattctatctgtggaaaatcggttttgtgt 18532599  T
Q  544 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaat 574  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18532598 aacgggatgtgggcaggttgaagatgtgaat 18532568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 338 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 25619646 - 25619356
Alignment:
Q  338 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgt------tcatcaaaatatggagttaatctgaca 431  Q
    |||||||||||||||||| | |  ||||||| ||||||||||| | ||||  |||||||||||||||      ||||||||||||||||||||| || ||    
T  25619646 atcagattagaggttatattgtctgtggtgtatatgacatgtttatatcacaggaacaacctcatgtacatgttcatcaaaatatggagttaatatggca 25619547  T
Q  432 taaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----g 526  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || || ||||||||||| || ||| |||| ||||| |||  |     |    
T  25619546 taaacaggttcctttaaaagtttctatccttgcttggcggttgttgagggaacgattacctactaaatccaacttggcagatcgtggcattgcatctgtg 25619447  T
Q  527 gaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggccta 617  Q
    || |  || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25619446 gaggaccgattttgtgtcacaggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatatgtttttgtcttgtccaattttcggtgcattgtggccta 25619356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 361 - 494
Target Start/End: Original strand, 235419 - 235552
Alignment:
Q  361 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 460  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  ||| || || ||  | |||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| | | ||||| |||||||    
T  235419 cgtggagtctatgacatgttgacatcacaggagcagccccagttacatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcatctcaaagtctctatcc 235518  T
Q  461 ttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 494  Q
    |||||||||| ||  |||||||||| || |||||    
T  235519 ttgcttggcgacttctgagggatcggttacctac 235552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 361 - 615
Target Start/End: Original strand, 11277234 - 11277493
Alignment:
Q  361 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 460  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||  ||| ||||| ||  | || || |||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||    
T  11277234 cgtggagtctatgatatgctgacatcacaggagcaaccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatcc 11277333  T
Q  461 ttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgg 555  Q
    |||||||||| || ||||| ||||| || ||||| |||   |||||| || | ||||| ||| ||     ||| || ||||| |||||  | ||||||||    
T  11277334 ttgcttggcgacttttgagagatcggttacctacgaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgtgg 11277433  T
Q  556 gcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcc 615  Q
    | | ||||||||||| |||||| |||| | |||||||  || |||| ||||||| |||||    
T  11277434 gaacgttgaagatgttaatcatttgttttagtcttgtgtaaattttagtgcattatggcc 11277493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 570 - 619
Target Start/End: Complemental strand, 18530454 - 18530405
Alignment:
Q  570 tgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18530454 tgaatcatttgtttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 18530405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 359 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 17720795 - 17720660
Alignment:
Q  359 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctat 458  Q
    ||||||| | |||||||||| ||||||||  ||| || |||||  | ||||||||  |||||||||| || |||| |||| ||||| | |||||||||||    
T  17720795 ttcgtggagcctatgacatgctgacatcacaggagcagcctcacttacatcaaaacttggagttaatttggcatacacaggttcctctcaaagtttctat 17720696  T
Q  459 ccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 494  Q
    |||||| ||||| ||  |||||||||| || |||||    
T  17720695 ccttgcatggcgacttctgagggatcggttacctac 17720660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 361 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 47877141 - 47877032
Alignment:
Q  361 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 460  Q
    ||||| || ||||||||| ||||||||  ||| || || ||  | |||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||    
T  47877141 cgtggagtttatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacatcaaaatagggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatcc 47877042  T
Q  461 ttgcttggcg 470  Q
    ||||||||||    
T  47877041 ttgcttggcg 47877032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 421 - 507
Target Start/End: Original strand, 551595 - 551681
Alignment:
Q  421 ttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttg 507  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||||| || || ||  |||||||||||||| |  | ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  551595 ttaatttggcataaacaggttcctttaaaggtgtcaatttttgcttggcggctgatccgtgatcgcttgcctaccaaatcaaatttg 551681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 414 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 29968080 - 29968027
Alignment:
Q  414 tatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttg 467  Q
    |||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  29968080 tatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttg 29968027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 153; Significance: 9e-81; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 9e-81
Query Start/End: Original strand, 349 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 43388537 - 43388265
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  43388537 ggttatactgttcgtggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaacttcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 43388438  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 543  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||| |||   |||||||||||| ||     ||||  ||||||||||||    
T  43388437 aagtttctatccttgcttggcgattgttgagggatcgtttacctactaaatcaaaattggtggaacgtgggattatagctgtggaaaatcggttttgtgt 43388338  T
Q  544 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 616  Q
    |||||||||  |||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43388337 aacgggatgcaggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 43388265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 338 - 619
Target Start/End: Original strand, 37191169 - 37191455
Alignment:
Q  338 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 437  Q
    |||||||||||||||||| | |  ||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  37191169 atcagattagaggttataatgtctgtggtgtatatgacatgttgacatcacatgaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctggcataaact 37191268  T
Q  438 gattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagct 532  Q
    | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||| |||| ||||| |||  |     ||| | |    
T  37191269 ggttcatttaaaagtttatatccttgcttggcggctgttgagagatcgattacctactaaatccaacttggcagatcgtggcattacatctgtggaggat 37191368  T
Q  533 cggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 619  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  37191369 cgattttgtgtcacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatatgtttttgtcttgtccaattttcggtgcattatggcctatg 37191455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 349 - 616
Target Start/End: Original strand, 16917779 - 16918051
Alignment:
Q  349 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 448  Q
    ||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  16917779 ggttatactgttcgtggtgcatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcttgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 16917878  T
Q  449 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 543  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||   | ||| |||||| ||     ||||   |||||||||||    
T  16917879 aagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgcttacctactaaatctaatttggtggcacgagggattatagctgcggaaaaccggttttgtgt 16917978  T
Q  544 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 616  Q
    || |||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  16917979 aatgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccgacttttggtgctttgtggcct 16918051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 408 - 619
Target Start/End: Original strand, 51993757 - 51993973
Alignment:
Q  408 tcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttg 507  Q
    ||||| |||||||||| |||| || |||||| | ||| |||||||| |   ||||||||||||| || | ||||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  51993757 tcaaagtatggagttagtctggcacaaacaggtacctctaaaagttacagcccttgcttggcggttgataagggatcgtttacctactaaagccaatttg 51993856  T
Q  508 tcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttg 602  Q
     || | |  || ||| ||     ||| ||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| || | |||||||||||| | || |    
T  51993857 acaaatcacggcattttaccgatggaggctaggctttgtgtcacgggatgtgggcatgttgaagatgtgtctcatttgattttgtcttgtccattcttcg 51993956  T
Q  603 gtgcattgtggcctatg 619  Q
    |||| ||||||||||||    
T  51993957 gtgctttgtggcctatg 51993973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 361 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 51052638 - 51052379
Alignment:
Q  361 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 460  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||  ||| || || ||  | || || |||||||| ||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||    
T  51052638 cgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatatggacttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatcc 51052539  T
Q  461 ttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgg 555  Q
    |||||||||| ||  |||||||||| || ||||| |||   |||||| || | ||||| ||||||     ||| |  ||||| |||||  | ||||||||    
T  51052538 ttgcttggcgacttctgagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaaatcgtggcattctatctgtggaggagcggttatgtgtttctggatgtgg 51052439  T
Q  556 gcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcc 615  Q
    |  ||| ||||||||   |||| |||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||    
T  51052438 gattgtcgaagatgtttctcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatggcc 51052379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 370 - 482
Target Start/End: Original strand, 47623068 - 47623180
Alignment:
Q  370 tatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggc 469  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||||||||||  | |||  | ||||||| ||||| || ||||||||| | ||| | ||||| ||||| ||||||||||    
T  47623068 tatgacatgctgacatcacaggaacaacctcagttacattcatatatggaattaatttggcataaacaggtacctctcaaagtatctattcttgcttggc 47623167  T
Q  470 ggctgttgaggga 482  Q
    |||| ||||||||    
T  47623168 ggcttttgaggga 47623180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 359 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 35541209 - 35541083
Alignment:
Q  359 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctat 458  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||  ||| || || ||  | || || |||||||| ||||| || ||||||||| | ||| | ||||| |||||    
T  35541209 ttcgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatatggacttaatttggcataaacaggtccctctcaaagtatctat 35541110  T
Q  459 ccttgcttggcggctgttgagggatcg 485  Q
    |||||||||||| ||  ||||||||||    
T  35541109 ccttgcttggcgactactgagggatcg 35541083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0472 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0472
Description:

Target: scaffold0472; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 412 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 3359 - 3151
Alignment:
Q  412 aatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcag 511  Q
    |||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||| || ||||| |||   |||||| ||     
T  3359 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctcttaaagtttctatccttgcttggagacttttgagagatcggttacctacgaaaagcaatttggcaa 3260  T
Q  512 aacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgc 606  Q
    | | ||| ||| ||     ||| || ||||| |||||  | ||||||||| | ||||||||||| |||||| |||| |||||||||  || |||| ||||    
T  3259 accatggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 3160  T
Q  607 attgtggcc 615  Q
    ||| |||||    
T  3159 attatggcc 3151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University