View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4458_low_6 (Length: 571)

Name: NF4458_low_6
Description: NF4458
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4458_low_6
NF4458_low_6
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (16-553)||(2040847-2041384)
chr8 (16-555)||(1352271-1352797)
chr8 (52-503)||(1357444-1357895)
chr8 (32-449)||(1364328-1364732)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (32-518)||(36717341-36717827)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (203-497)||(24620337-24620630)
chr3 (25-206)||(24619788-24619969)
chr3 (191-329)||(18179888-18180026)
chr3 (339-469)||(18180119-18180249)
chr3 (126-193)||(18179644-18179711)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 490; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 553
Target Start/End: Original strand, 2040847 - 2041384
Alignment:
Q  16 ttcactgacaagttgtatccagatccattatctccacaaaatcttctttcactgggtggaagtttggtgcatgttttgattttcctgctttgttttcttg 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2040847 ttcactgacaagttgtatccagatccattatctccacaaaatcttctttcgctgggtggaagtttggtgcatgttttgattttcctgctttgttttcttg 2040946  T
Q  116 catcttcttccttgtagcgttgcgcgagtcgatcaactgcttcattctcagtctgagccacttttttgaccttagcctcatacagctgcaaccaagtgaa 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2040947 catcttcttccttgtagcgttgcgcgagtcgatcaactgcttcattctcagtctgagccactcttttgaccttagcctcatacagctgcaaccaagtgaa 2041046  T
Q  216 tgaaactcttttttctttcatcttcttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttctcaaagaactttttccacaattgatctgttataggg 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2041047 tgaaactcttttttctttcatcttcttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttctcaaagaactttctccacaattgatctgttataggg 2041146  T
Q  316 atcaaatccatcccttgagtggacttctcaatatgcatcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagactttctcaagcatatgatgatcaacatgactaa 415  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2041147 ctcaaatccatcccttgagtggacttctcaatatgcatcaactggtcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatcatgatcaacatgactaa 2041246  T
Q  416 catctccaaggtattttacattatcaatagctttctcaacacaaagatcaaccaaaggtgtttgatcctttcttttcatcataacaggattcctttgaaa 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2041247 catctccaaggtattttacattatcaatacctttctcaacacaaagatcaaccaaaggtgtttgatcctttcttttcatcataacaggattcctttgaaa 2041346  T
Q  516 caaaagcagtgatgatgatggcttccttctcgcagata 553  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2041347 caaaagcaccgatgatgatggcttctttctcgcagata 2041384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 1352797 - 1352271
Alignment:
Q  16 ttcactgacaagttgtatccagatccattatctccacaaaatcttctttcactgggtggaagtttggtgcatgttttgattttcctgctttgttttcttg 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1352797 ttcactgacaagttgtatccagatccattatctccacaaaatcttctttcactgggtggaagtttggtgcatgttttgatttgcctgctttgttttcttg 1352698  T
Q  116 catcttcttccttgtagcgttgcgcgagtcgatcaactgcttcattctcagtctgagccacttttttgaccttagcctcatacagctgcaaccaagtgaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||      
T  1352697 catcttcttccttgtagcgtttcgtgagtcgatcaactgcttcattctcagcccgagccatttttttgactttagcctcatacaactgcaaccaagtg-- 1352600  T
Q  216 tgaaactcttttttctttcatcttcttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttctcaaagaactttttccacaattgatctgttataggg 315  Q
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1352599 -----------tttctttcatcttcttaactacttcattagtgcaatttataccaaattgcttctcaaagaactttttccacaattgatctgttataggg 1352511  T
Q  316 atcaaatccatcccttgagtggacttctcaatatgcatcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagactttctcaagcatatgatgatcaacatgactaa 415  Q
     ||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1352510 ctcaaatccatccctttatttgtcttctcaatatgcatcaactgttcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaa 1352411  T
Q  416 catctccaaggtattttacattatcaatagctttctcaacacaaagatcaaccaaaggtgtttgatcctttcttttcatcataacaggattcctttgaaa 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1352410 catctccaaggtattttacattatcaatagctttctcaacacaaagatcaaccaaaggtgtttgatcctttcttttcatcataacaggattcctttgaaa 1352311  T
Q  516 caaaagcagtgatgatgatggcttccttctcgcagatatt 555  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1352310 caaaagcaccgatgatgatggcttccttctcgcagatatt 1352271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 52 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 1357895 - 1357444
Alignment:
Q  52 caaaatcttctttcactgggtggaagtttggtgcatgttttgattttcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgtagcgttgcgcgagtcgatcaa 151  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1357895 caaaatcttcttttacttggtggaagtttggtgcatgttttgatttgcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgtagcgttgcgcgagtcgatcaa 1357796  T
Q  152 ctgcttcattctcagtctgagccacttttttgaccttagcctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatcttcttaactacttc 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1357795 ctgcttcattctcagtctgagccacttttttgaccttagcctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatcttcttaactacttc 1357696  T
Q  252 attagtgcaatttataccaaactgcttctcaaagaactttttccacaattgatctgttatagggatcaaatccatcccttgagtggacttctcaatatgc 351  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1357695 attagtgcaatttataccaaattgcttttcaaagaactttttccacaatttatctgttatagggctcaaatccatcccttgagtggacttctcaatatgc 1357596  T
Q  352 atcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagactttctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattttacattatcaatagctttct 451  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1357595 atcaactgttcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattttacattatcaatagctttct 1357496  T
Q  452 caacacaaagatcaaccaaaggtgtttgatcctttcttttcatcataacagg 503  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1357495 caacacaaagatcaaccaaacatgtttgatcctttctcttcatcataacagg 1357444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 32 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 1364732 - 1364328
Alignment:
Q  32 atccagatccattatctccacaaaatcttctttcactgggtggaagtttggtgcatgttttgattttcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgta 131  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1364732 atccaggtccatcatctccacaaaatcttcttttacttggtggaagtttggtgcatgttttgatttgcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgta 1364633  T
Q  132 gcgttgcgcgagtcgatcaactgcttcattctcagtctgagccacttttttgaccttagcctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttct 231  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||             |||||    
T  1364632 gcgttgcgtgagtcgatcaactgcttcattctcagcccgagccatttttttgactttagcctcatacaactgcaaccaagtg-------------tttct 1364546  T
Q  232 ttcatcttcttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttctcaaagaactttttccacaattgatctgttatagggatcaaatccatccctt 331  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1364545 ttcatcttcttaactacttcattagtgcaatttataccaaattgcttctcaaagaactttttccacaattgatctgttatagggctcaaatccatccctt 1364446  T
Q  332 gagtggacttctcaatatgcatcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagactttctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattt 431  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1364445 gagtggacttctcaatatgcatcaactgttcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattt 1364346  T
Q  432 tacattatcaatagcttt 449  Q
    ||||||||||||||||||    
T  1364345 tacattatcaatagcttt 1364328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 383; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 36717827 - 36717341
Alignment:
Q  32 atccagatccattatctccacaaaatcttctttcactgggtggaagtttggtgcatgttttgattttcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgta 131  Q
    |||||| ||| || |||||| |||||||||||| | | ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36717827 atccaggtccgttgtctccagaaaatcttcttttattaggtggaactatggtgcatgtttttattttcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgta 36717728  T
Q  132 gcgttgcgcgagtcgatcaactgcttcattctcagtctgagccacttttttgaccttagcctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttct 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36717727 gcgttgcgcgagtcgatcaactgcttcattctcagcctgagccattttttttaccttagcctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttct 36717628  T
Q  232 ttcatcttcttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttctcaaagaactttttccacaattgatctgttatagggatcaaatccatccctt 331  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  36717627 ttcatcttcttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttttcaaagaattttttccacaatttatcagttatagggctcaaatccatccctt 36717528  T
Q  332 gagtggacttctcaatatgcatcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagactttctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattt 431  Q
     | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36717527 cacttgccttctcaatatgcatcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattt 36717428  T
Q  432 tacattatcaatagctttctcaacacaaagatcaaccaaaggtgtttgatcctttcttttcatcataacaggattcctttgaaacaa 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36717427 tacattatcaatagctttctcaacacaaagatcaaccaaagatgtttgatcctttctcttcatcataacaggattcctttgaaacaa 36717341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 167; Significance: 4e-89; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 203 - 497
Target Start/End: Original strand, 24620337 - 24620630
Alignment:
Q  203 gcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatcttcttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttctcaaagaactttttccacaattg 302  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| ||     
T  24620337 gcaaccatgtgaatgaaactattttttctttcatatccttaactacttcatttgtgcaaattataccaaactgcttttcaataaactttttccacagttt 24620436  T
Q  303 atctgttatagggatcaaatccatcccttgagtggacttctcaatatgcatcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagactttctcaagcatatgatga 402  Q
    ||  | |||| || |||||||||||| || | ||| |||||||||||||||   | | |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||    
T  24620437 attcgatatatggctcaaatccatcc-ttcattggccttctcaatatgcatgttccggtcaagtgtgcagtgaggcaagattcactcaagcatatgatga 24620535  T
Q  403 tcaacatgactaacatctccaaggtattttacattatcaatagctttctcaacacaaagatcaaccaaaggtgtttgatcctttcttttcatcat 497  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||    
T  24620536 tcaacatgactaacatctccaaggtattttacattatcaatagctttctcaacacaaagatcaaccaaatatgtttgatcctttctcttcatcat 24620630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 25 - 206
Target Start/End: Original strand, 24619788 - 24619969
Alignment:
Q  25 aagttgtatccagatccattatctccacaaaatcttctttcactgggtggaagtttggtgcatgttttgattttcctgctttgttttcttgcatcttctt 124  Q
    |||||||||| || ||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24619788 aagttgtatctaggtccattacctccacacaatcttcttttactaggtggaattttggtgcatgtttttattttcctgctttgttttcttgcatcttctt 24619887  T
Q  125 ccttgtagcgttgcgcgagtcgatcaactgcttcattctcagtctgagccacttttttgaccttagcctcatacagctgcaa 206  Q
    |||| |||| ||||| | ||||||||||||||||||| | |  |||||| | |||||| |||||||| | || |||||||||    
T  24619888 ccttttagcattgcgtgggtcgatcaactgcttcatttttaacctgagctattttttttaccttagctttattcagctgcaa 24619969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 191 - 329
Target Start/End: Original strand, 18179888 - 18180026
Alignment:
Q  191 cctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatcttcttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttctcaaagaactt 290  Q
    ||||||||| |||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||| || ||| || |||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  18179888 cctcatacaactgcaaccatctgaatgacactcttttttctgtcatcctcctaattatttcatttgtgcaacttataccaaactgcttttcaaagaactt 18179987  T
Q  291 tttccacaattgatctgttatagggatcaaatccatccc 329  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| |||||||||||||    
T  18179988 tttccacaatttatctgttaccgggctcaaatccatccc 18180026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 339 - 469
Target Start/End: Original strand, 18180119 - 18180249
Alignment:
Q  339 cttctcaatatgcatcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagactttctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattttacatta 438  Q
    |||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| |   ||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||| ||||    
T  18180119 cttctcgatatgcgtcaactggtcaagtgtgcagtgtggcaagattcgttcaagcagatgatgatcaacaggaccaacatttccaaggtatcttaaatta 18180218  T
Q  439 tcaatagctttctcaacacaaagatcaacca 469  Q
    || |||||| | | |||||||||||||||||    
T  18180219 tctatagctgtttgaacacaaagatcaacca 18180249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 126 - 193
Target Start/End: Original strand, 18179644 - 18179711
Alignment:
Q  126 cttgtagcgttgcgcgagtcgatcaactgcttcattctcagtctgagccacttttttgaccttagcct 193  Q
    ||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||    
T  18179644 cttgtagcgttccctgagtcgatcaattgcttcattctcagcctgagccacttcttttcccttagcct 18179711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University