View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4460-Insertion-1 (Length: 1063)

Name: NF4460-Insertion-1
Description: NF4460
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4460-Insertion-1
NF4460-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-1038)||(38126583-38127614)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1012; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1012; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1038
Target Start/End: Complemental strand, 38127614 - 38126583
Alignment:
Q  8 tgtttttcattatttacttatctttattggattcataggatcaagttatgatgcccagtttcagcagcattatttgcagagaagcttaatttttatagcc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38127614 tgtttttcattatttacttatctttattggattcataggatcaagttatgatgcccagtttcagcagcattatttgcagagaagcttaatttttatagcc 38127515  T
Q  108 tcatcaccaatggttctttttcttcccaatgttcacactttcttgcatgtgacttaaccctctccgctgaattgttcccagaaaccttaaaaattcaacc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38127514 tcatcaccaatggttctttttcttcccaatgttcacactttcttgcatgtgacttaaccctctccgctgaattgttcccagaaaccttaaaaattcaacc 38127415  T
Q  208 tggaaactcctagtgctaaagagagctacatttttaactatgtaattaataaatgaaacttaatttgattctgataacttaaaagattagtatcgcacgt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38127414 tggaaactcctagtgctaaagagagctacatttttaactatgtaattaataaatgaaacttaatttgattctgataacttaaaagattagtatcgcacgt 38127315  T
Q  308 caaactaagacatatttgatgtttgagatctcacatcaattagtgatatgatcaaataagtggttgcttataggtgatagacagtctcaccttaaaagtc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38127314 caaactaagacatatttgatgtttgagatctcacatcaattagtgatatgatcaaataagtggttgcttataggtgatagacagtctcaccttaaaagtc 38127215  T
Q  408 agttttgtatgttaagttagactcaaatcaaattcaaagatttgattcagtctcctctgcagaaatatgtaagccagtactattatatatagaggagtta 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  38127214 agttttgtatgttaagttagactcaaatcaaattcaaagatttgattcagtctcctctgcagaaatatgtaagccagtactattatatatagaggaatta 38127115  T
Q  508 cttttgtatgaaattcgttgtatttctttccttcctcatctgaaaccacttgccaatgtgaatgttactacttactgatctactgacagtagcttaccaa 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38127114 cttttgtatgaaattcgttgtatttctttccttcctcatctgaaaccacttgccaatgtgattgttactacttactgatctactgacagtagcttaccaa 38127015  T
Q  608 ttttcaattacaatttcctttacatggacactaaagttttaagcaaataaacagtagagtgaatattctttataggatagttaatctaaatccgtgtata 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38127014 ttttcaattacaatttcctttacatggacactaaagttttaagcaaataaacagtagagtgaatattctttataggatagttaatctaaatccgtgtata 38126915  T
Q  708 attacagtaatcagatgaacaattcaagcatgagaaaccatacaattaccacctttaccataagttttccacgcatgctggaaagtaacactttgtcggc 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38126914 attacagtaatcagatgaacaattcaagcatgagaaaccatacaattaccacctttaccataagttttccacgcatgctggaaagtaacactttgtcggc 38126815  T
Q  808 actagaggtactggcaccggagtcggaacctacaatcattgaaggaaagacattcaaaattgaatcatacaacatatatttcatagaagagatcaattta 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38126814 actagaggtactggcaccggagtcggaacctgcaatcattgaaggaaagacattcaaaattgaatcatacaacatatatttcatagaagagatcaattta 38126715  T
Q  908 tcacgatattaagaagttctcttaaggtttgttattataatcaaattattcggcaaatcagtaggaagtaggaactaataggcccaccaataacacatga 1007  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38126714 tcacgatattaagaagttctcttaaggtttgttattataatcaaattattcggcaaatcagtaggaagtaggaactaataggcccaccaataacacatga 38126615  T
Q  1008 acaaacaaatgcatcaaac-atttcataactc 1038  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38126614 acaaacaaatgcatcaaacaatttcataactc 38126583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University