View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4461_high_1 (Length: 858)

Name: NF4461_high_1
Description: NF4461
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4461_high_1
NF4461_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-858)||(54013682-54014519)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 795; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 795; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 858
Target Start/End: Original strand, 54013682 - 54014519
Alignment:
Q  16 gaatgagggggctattttatgtgtctgacaattgaacaagtaatgagtgtaagtaagagagattcgtactttgttttgttactcaacctcaagggtgcat 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||    
T  54013682 gaatgagggggctattttatgtgtctgacaattgaacaagtaatgagtgtaagtaagagagattcgtactttg-----ttactcaacctcaagggtgcat 54013776  T
Q  116 taactgtaatctaaattttggacaaatgtaaatgtaaattttaataaacttacgttggtgtgtatatcacatatctaagaaatggaaatgccttgaacaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54013777 taactgtaatctaaattttggacaaatgtaaatgtaaattttaataaacttacgttggtgtgtgtatcacatatctaagaaatggaaatgccttgaacaa 54013876  T
Q  216 tttgtgtgggattatttcaacgttgcaatgacccaagcatcttagaaaatcaaaaatcaaaacatagccgtataccaaacttccggatccatatcccatc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54013877 tttgtgtgggattatttcaacgttgcaatgacccaagcatcttagaaaatcaaaaatcaaaacatagccgtataccaaacttccggatccatatcccatc 54013976  T
Q  316 attgaagccccaaagataggtattccaatcactgccatcaaaattagatgttccaaaaatgttgcatttccagctgcaccaatacaaagtcatgcttaat 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54013977 attgaagccccaaagataggtattccaatcactgccatcaaaattagatgttccaaaaatgttgcatttccagctgcaccaatacaaagtcatgcttaat 54014076  T
Q  416 caccaatacaatatttacatgtagtttggaaggagtatagaataggttccaatataggataggtcctattctaatatagggtcggtcaaaaaattacacg 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54014077 caccaatacaatatttacatgtagtttggaaggagtatagaataggttccaatataggatcggtcctattctaatatagggtcggtcaaaaaattacacg 54014176  T
Q  516 tgtattcaatcacatctaaccatataatcagatagatatttatgtacatattttaacaataaatttaagaaaacgatatcattgtgtaatttaattagat 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54014177 tgtattcaatcacatctaaccatataatcatatagatatttatgaacatattttaacaataaatttaagaaaacgatatcattgtgtaatttaattagat 54014276  T
Q  616 gcgtgtgtaaaaatgtttactctgattaattgatcgtgtggataaagtaaatagtaaacacatggaggtatcatggttcatgaaccggaataaatatgca 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  54014277 gcgtgtgtaaaaatgtttactctgattaattgatcgtgtggataaagtaaatagtaaacacatggaggtatcatggttcatgaaccggaataaatatgta 54014376  T
Q  716 actggtcttcctctatggctgtataaatagacagtttccaaaaacataatccatgtgataaggcttaaaaagttaaattgaagatctgagaatctcaccg 815  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54014377 actggtcttcctttatggctttataaatagacagtttccaaaaacataatccatgtgataaggcttaaaaagttaaattgaagatctgagaatctcaccg 54014476  T
Q  816 gttaaaggcgttggtaccggagatgaatgatgaagagagtgat 858  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54014477 gttaaaggcgttggtaccggagatgaatgatgaagagagtgat 54014519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University