View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4461_low_2 (Length: 684)

Name: NF4461_low_2
Description: NF4461
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4461_low_2
NF4461_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (21-666)||(43408569-43409216)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 591; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 591; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 43409216 - 43408569
Alignment:
Q  21 cagcgtgtaagccaaacatgttggcatggtgagcaagtggatattcagatttgctgaaggcagtaatatcaatagcaaaacaaggtttggttgttgtgaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43409216 cagcgtgtaagccaaacatgttggcatggtgagcaagtggatattcagatttgctgaaggcagtaatatcaatagcaaaacaaggtttggttgttgtgaa 43409117  T
Q  121 ggctgttcctactattccttgtccattaaaaaggtgatactcactgcacgcttcttggaatcccaatacatccatgtcaccaacataacaagctgaatca 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43409116 ggctgttcctactattccttgtccattaaaaaggtgatactcactgcacgcttcttggaatcccaatacatccatgtcaccaacataacaagctgaatca 43409017  T
Q  221 accgttgatatgcagcaactcatagttgaaacaccacaacctgatgcaccactacttccctttcctcctccttgttgttgttgtaggcaaggagcccatg 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43409016 accgttgatatgcagcaactcatagttgaaacaccacaacctgatgcaccactacttccctttcctcctccttgttgttgttgtaggcaaggagcccatg 43408917  T
Q  321 ttagtgctaatggtaaattgtgcgtcttgcacactgaagccaacacttccattatctcgttcacggctgcttcatatagctcttcaaatacctaattatt 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408916 ttagtgctaatggtaaattgtgcgtcttgcacactgacgccaacacttccattatctcgttcaccgctgcttcatatagctcttcaaatacctaattatt 43408817  T
Q  421 cattatcatatcatttttagaaacaattttatttagtttttgttgatttaatcaaatccagtactatgatctga---tgattgtttgc---ttaccttta 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||   |||||||||    
T  43408816 cattatcatatcatttttagaaacaattttatatagtttttgttgatctaatcaaatccagtactatgatctgatgatgattgtttgctaattaccttta 43408717  T
Q  515 ctgcttgtgggatattcatgttgtgactacttctaaaatcaacagcctgcatcagcaaaagatggatccatattcaatctcatgtatgtttctaacattt 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408716 ctgcttgtgggatattcatgttgtgactacttctaaaatcaacagcctgcatcagcaaaagatggatccatattcaatctcatgtatgtttctaacattt 43408617  T
Q  615 gttaatttaatttcaagaagaagtaacaaacatatatacctcaagagcatta 666  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||    
T  43408616 gttaatttaatttcaagaagaagtaacaaac----atacctcaagagcatta 43408569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University