View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4463_low_1 (Length: 584)

Name: NF4463_low_1
Description: NF4463
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4463_low_1
NF4463_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-576)||(30708088-30708663)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (352-569)||(39676833-39677050)
chr5 (351-576)||(10047037-10047262)
chr5 (352-575)||(10867290-10867513)
chr5 (352-575)||(10872799-10873022)
chr5 (352-575)||(10877870-10878093)
chr5 (352-575)||(10882941-10883164)
chr5 (352-575)||(10886856-10887079)
chr5 (127-218)||(39676734-39676825)
chr5 (127-229)||(10046836-10046938)
chr5 (121-230)||(37949450-37949559)
chr5 (127-218)||(10867191-10867282)
chr5 (127-218)||(10873030-10873121)
chr5 (127-218)||(10878101-10878192)
chr5 (127-218)||(10883172-10883263)
chr5 (127-218)||(10887087-10887178)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 564; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 564; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 30708663 - 30708088
Alignment:
Q  1 gttattgttgattcattcattaacaatttaatgggtttgtgcagatcaagcagatttgctagattgcagagccttcagccgacaattgctggcaagaatt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30708663 gttattgttgattcattcattaacaatttaatgggtttgtgcagatcaagcagatttgctagattgcagagccttcagccgacaattgctggcaagaatt 30708564  T
Q  101 tgtacattcgtttccgttgcagtactggtgatgccatggggatgaacatggtgtcaaaaggtgttcaaaatgtccttgattttcttcagagtgactttcc 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30708563 tgtacattcgtttccgttgtagtactggtgatgccatggggatgaacatggtgtcaaaaggtgttcaaaatgtccttgattttcttcagagtgactttcc 30708464  T
Q  201 tgacatggatgtcattggaatctcaggtaaatcatgagcttgtttgtataattttttcttcataccattaatcctaaaactgttccttgttatggttgaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30708463 tgacatggatgtcattggaatctcaggtaaatcatgagcttgtttgtataattttttcttcataccattaatcctaaaactgttccttgttatggttgaa 30708364  T
Q  301 ttgaaaatagttgctaatgttttcatccacactgttggtttggttatggcaggaaatttctgttccgacaagaaagcggcggctgtaaactggattgaag 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30708363 ttgaaaatagttgctaatgttttcatgcacactgttggtttggttatggcaggaaatttctgttccgacaagaaagcggcggctgtaaactggattgaag 30708264  T
Q  401 ggcgtggtaagtctgtggtgtgtgaggctgttattaaggaagaggttgtgaagaaagtgttgaagactagtgtggaggcactggttgagcttaacatgct 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30708263 ggcgtggtaagtctgtggtgtgtgaggctgttattaaggaagaggttgtgaagaaagtgttgaagactagtgtggaggcactggttgagcttaacatgct 30708164  T
Q  501 taagaacctaactggatcagcccttgctggtgctcttggtgggttcaatgctcatgctagcaatattgtctctgct 576  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30708163 taagaacctaactggatcagcccttgctggtgctcttggtgggttcaatgctcatgctagcaacattgtctctgct 30708088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 110; Significance: 4e-55; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 352 - 569
Target Start/End: Original strand, 39676833 - 39677050
Alignment:
Q  352 ggaaatttctgttccgacaagaaagcggcggctgtaaactggattgaagggcgtggtaagtctgtggtgtgtgaggctgttattaaggaagaggttgtga 451  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||||||| | || || || ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  39676833 ggaaatttttgttcggacaagaaagctgcggcggtgaattggattgaagggagagggaaatcagtggtttgtgaggctgtaattaaggaagaggtggtga 39676932  T
Q  452 agaaagtgttgaagactagtgtggaggcactggttgagcttaacatgcttaagaacctaactggatcagcccttgctggtgctcttggtgggttcaatgc 551  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||||||||    
T  39676933 agaaagtgttgaagactagcgtggagtctttggttgagcttaacatgcttaaaaatcttactggttcagccatggctggtgctcttggtggcttcaatgc 39677032  T
Q  552 tcatgctagcaatattgt 569  Q
     |||||||| ||||||||    
T  39677033 acatgctagtaatattgt 39677050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 351 - 576
Target Start/End: Original strand, 10047037 - 10047262
Alignment:
Q  351 aggaaatttctgttccgacaagaaagcggcggctgtaaactggattgaagggcgtggtaagtctgtggtgtgtgaggctgttattaaggaagaggttgtg 450  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||| ||||| || || |||||||||||| | || || || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  10047037 aggaaatttttgttcggataagaaagccgcggcggtgaattggattgaagggagagggaaatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagaggtggtg 10047136  T
Q  451 aagaaagtgttgaagactagtgtggaggcactggttgagcttaacatgcttaagaacctaactggatcagcccttgctggtgctcttggtgggttcaatg 550  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||||||||||||| | || || || ||||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||||    
T  10047137 aagaaagtgttgaagattagtgtggagtctttggttgagcttaacatgttaaaaaatcttactggttcagccatggctggtgctcttggtggattcaatg 10047236  T
Q  551 ctcatgctagcaatattgtctctgct 576  Q
    | |||||||| |||||||| ||||||    
T  10047237 cacatgctagtaatattgtttctgct 10047262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 352 - 575
Target Start/End: Original strand, 10867290 - 10867513
Alignment:
Q  352 ggaaatttctgttccgacaagaaagcggcggctgtaaactggattgaagggcgtggtaagtctgtggtgtgtgaggctgttattaaggaagaggttgtga 451  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||||||| | || || || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  10867290 ggaaatttttgttcggacaagaaagctgcggcagtgaattggattgaagggagagggaaatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagaggtggtga 10867389  T
Q  452 agaaagtgttgaagactagtgtggaggcactggttgagcttaacatgcttaagaacctaactggatcagcccttgctggtgctcttggtgggttcaatgc 551  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| || ||||| || || |||||| | |||||||||||||| || || |||||    
T  10867390 agaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgctaaaaaaccttaccggttcagccatggctggtgctcttggcggctttaatgc 10867489  T
Q  552 tcatgctagcaatattgtctctgc 575  Q
     |||||||| |||||||| |||||    
T  10867490 acatgctagtaatattgtttctgc 10867513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 352 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 10873022 - 10872799
Alignment:
Q  352 ggaaatttctgttccgacaagaaagcggcggctgtaaactggattgaagggcgtggtaagtctgtggtgtgtgaggctgttattaaggaagaggttgtga 451  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | || || || ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  10873022 ggaaatttttgttcggacaagaaagctgcggcagtgaactggattgaagggagagggaaatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagatgtggtga 10872923  T
Q  452 agaaagtgttgaagactagtgtggaggcactggttgagcttaacatgcttaagaacctaactggatcagcccttgctggtgctcttggtgggttcaatgc 551  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| || ||||| || || |||||| | |||||||||||||| || || |||||    
T  10872922 agaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgctaaaaaaccttaccggttcagccatggctggtgctcttggcggctttaatgc 10872823  T
Q  552 tcatgctagcaatattgtctctgc 575  Q
     |||||||| |||||||| |||||    
T  10872822 acatgctagtaatattgtttctgc 10872799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 352 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 10878093 - 10877870
Alignment:
Q  352 ggaaatttctgttccgacaagaaagcggcggctgtaaactggattgaagggcgtggtaagtctgtggtgtgtgaggctgttattaaggaagaggttgtga 451  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | || || || ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  10878093 ggaaatttttgttcggacaagaaagctgcggcagtgaactggattgaagggagagggaaatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagatgtggtga 10877994  T
Q  452 agaaagtgttgaagactagtgtggaggcactggttgagcttaacatgcttaagaacctaactggatcagcccttgctggtgctcttggtgggttcaatgc 551  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| || ||||| || || |||||| | |||||||||||||| || || |||||    
T  10877993 agaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgctaaaaaaccttaccggttcagccatggctggtgctcttggcggctttaatgc 10877894  T
Q  552 tcatgctagcaatattgtctctgc 575  Q
     |||||||| |||||||| |||||    
T  10877893 acatgctagtaatattgtttctgc 10877870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 352 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 10883164 - 10882941
Alignment:
Q  352 ggaaatttctgttccgacaagaaagcggcggctgtaaactggattgaagggcgtggtaagtctgtggtgtgtgaggctgttattaaggaagaggttgtga 451  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | || || || ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  10883164 ggaaatttttgttcggacaagaaagctgcggcagtgaactggattgaagggagagggaaatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagatgtggtga 10883065  T
Q  452 agaaagtgttgaagactagtgtggaggcactggttgagcttaacatgcttaagaacctaactggatcagcccttgctggtgctcttggtgggttcaatgc 551  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| || ||||| || || |||||| | |||||||||||||| || || |||||    
T  10883064 agaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgctaaaaaaccttaccggttcagccatggctggtgctcttggcggctttaatgc 10882965  T
Q  552 tcatgctagcaatattgtctctgc 575  Q
     |||||||| |||||||| |||||    
T  10882964 acatgctagtaatattgtttctgc 10882941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 352 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 10887079 - 10886856
Alignment:
Q  352 ggaaatttctgttccgacaagaaagcggcggctgtaaactggattgaagggcgtggtaagtctgtggtgtgtgaggctgttattaaggaagaggttgtga 451  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||||||| | || || || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  10887079 ggaaatttttgttcggacaagaaagctgcggcagtgaattggattgaagggagagggaaatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagaggtggtga 10886980  T
Q  452 agaaagtgttgaagactagtgtggaggcactggttgagcttaacatgcttaagaacctaactggatcagcccttgctggtgctcttggtgggttcaatgc 551  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| || ||||| || || |||||| | |||||||| ||||| || || || ||    
T  10886979 agaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgctaaaaaaccttaccggttcagccatggctggtgcacttggcggctttaacgc 10886880  T
Q  552 tcatgctagcaatattgtctctgc 575  Q
     |||||||| |||||||| |||||    
T  10886879 acatgctagtaatattgtttctgc 10886856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 127 - 218
Target Start/End: Original strand, 39676734 - 39676825
Alignment:
Q  127 ggtgatgccatggggatgaacatggtgtcaaaaggtgttcaaaatgtccttgattttcttcagagtgactttcctgacatggatgtcattgg 218  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| | ||| |||||||| |||||||| |||||    
T  39676734 ggtgatgcaatggggatgaacatggtatcaaaaggtgtacaaaacgtacttgattttcttcaaactgattttcctgatatggatgttattgg 39676825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 127 - 229
Target Start/End: Original strand, 10046836 - 10046938
Alignment:
Q  127 ggtgatgccatggggatgaacatggtgtcaaaaggtgttcaaaatgtccttgattttcttcagagtgactttcctgacatggatgtcattggaatctcag 226  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || || |||||||| |||||||| ||||| || ||||    
T  10046836 ggtgatgcaatgggaatgaacatggtatcaaaaggtgtacaaaacgtacttgattttcttcaaagcgattttcctgatatggatgttattggtatatcag 10046935  T
Q  227 gta 229  Q
    |||    
T  10046936 gta 10046938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 121 - 230
Target Start/End: Original strand, 37949450 - 37949559
Alignment:
Q  121 agtactggtgatgccatggggatgaacatggtgtcaaaaggtgttcaaaatgtccttgattttcttcagagtgactttcctgacatggatgtcattggaa 220  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| || || || || |||||||| ||||  | ||| || |||||||||||||| ||||| |    
T  37949450 agtacgggtgatgccatggggatgaacatggtctccaaaggggtgcagaacgttcttgatttccttcgaaatgatttccctgacatggatgttattggca 37949549  T
Q  221 tctcaggtaa 230  Q
    | ||||||||    
T  37949550 tatcaggtaa 37949559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 218
Target Start/End: Original strand, 10867191 - 10867282
Alignment:
Q  127 ggtgatgccatggggatgaacatggtgtcaaaaggtgttcaaaatgtccttgattttcttcagagtgactttcctgacatggatgtcattgg 218  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || |||||||||||||| |  || ||||| || |||||||| |||||    
T  10867191 ggtgatgcaatggggatgaacatggtatcgaaaggtgtacaaaacgtacttgattttcttcaaaccgattttcccgatatggatgttattgg 10867282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 10873121 - 10873030
Alignment:
Q  127 ggtgatgccatggggatgaacatggtgtcaaaaggtgttcaaaatgtccttgattttcttcagagtgactttcctgacatggatgtcattgg 218  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || |||||||||||||| |  || ||||| || |||||||| |||||    
T  10873121 ggtgatgcaatggggatgaacatggtatcgaaaggtgtacaaaacgtacttgattttcttcaaaccgattttcccgatatggatgttattgg 10873030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 10878192 - 10878101
Alignment:
Q  127 ggtgatgccatggggatgaacatggtgtcaaaaggtgttcaaaatgtccttgattttcttcagagtgactttcctgacatggatgtcattgg 218  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || |||||||||||||| |  || ||||| || |||||||| |||||    
T  10878192 ggtgatgcaatggggatgaacatggtatcgaaaggtgtacaaaacgtacttgattttcttcaaaccgattttcccgatatggatgttattgg 10878101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 10883263 - 10883172
Alignment:
Q  127 ggtgatgccatggggatgaacatggtgtcaaaaggtgttcaaaatgtccttgattttcttcagagtgactttcctgacatggatgtcattgg 218  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || |||||||||||||| |  || ||||| || |||||||| |||||    
T  10883263 ggtgatgcaatggggatgaacatggtatcgaaaggtgtacaaaacgtacttgattttcttcaaaccgattttcccgatatggatgttattgg 10883172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 10887178 - 10887087
Alignment:
Q  127 ggtgatgccatggggatgaacatggtgtcaaaaggtgttcaaaatgtccttgattttcttcagagtgactttcctgacatggatgtcattgg 218  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || |||||||||||||| |  || ||||| || |||||||| |||||    
T  10887178 ggtgatgcaatggggatgaacatggtatcgaaaggtgtacaaaacgtacttgattttcttcaaaccgattttcccgatatggatgttattgg 10887087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University