View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4464_low_3 (Length: 576)

Name: NF4464_low_3
Description: NF4464
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4464_low_3
NF4464_low_3
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (15-556)||(34775715-34776256)
chr4 (29-326)||(34784157-34784454)
chr4 (376-556)||(34783936-34784116)
chr4 (384-556)||(11507124-11507296)
chr4 (384-556)||(11445563-11445735)
chr4 (384-556)||(11547355-11547527)
chr4 (375-556)||(11468526-11468707)
chr4 (375-556)||(11522754-11522935)
chr4 (20-344)||(11445202-11445526)
chr4 (20-344)||(11547564-11547888)
chr4 (20-343)||(11507334-11507657)
[»] scaffold0794 (2 HSPs)
scaffold0794 (384-556)||(1781-1953)
scaffold0794 (20-343)||(1991-2314)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 461; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 461; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 34776256 - 34775715
Alignment:
Q  15 cagtaccacctccaacatcaacaagagactccaaaccctcgaacacgcgtttgttctcttggagaacaagcttaaacattctagaatcagatgccatagc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34776256 cagtaccacctccaacatcaacaagagactccaaaccctcgaaaacgcgtttattctcttggagaacaagcttaaacattctagaatcagatgccatagc 34776157  T
Q  115 atcttgaaacatactcaaagtactagattcagaatctttgttaagaaaatcccaaaaactctcccctgttgcacactcaaacaatgtttgttccttatct 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34776156 atcttgaaacatactcaaagtactagattcagaatctttgttaagaaaatcccaaaaactctcccctgttgcacactcaaacaatgtttgttccttatct 34776057  T
Q  215 tcattgaaccatttctttgaggaactccacatgtctaaagaacttggatgaagtgctcctttaacaattgaagataaacatgttggttttccacttatga 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34776056 tcattgaaccatttctttgaggaactccacatgtctaaagaacttggatgaagtgctcctttaacaattgaagataaacatgttggttttccacttatga 34775957  T
Q  315 gaagctttgaaggaggtgtgagagaatatgctatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgcctttcactattgtttttgcaaagaaaccattatgtgttaa 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||                       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34775956 gaagctttgaaggaggtgtgagagaatatgctatttcttcttcttcatctccttctttgcctttcactattgtttttgcaaagaaaccattatgtgttaa 34775857  T
Q  415 aaggcgtaagaatcggtgaagtatattaactttagaagggtgaagtttcaaagatgaggctagttcagaaagagtcattggttttccatggttgtgaatt 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34775856 aaggcgtaagaatcggtgaagtatattaactttagaagggtgaagtttcaaagatgaggctagttcagaaagagtcattggttttccatggttgtgaatt 34775757  T
Q  515 gcatcagctatgcctaattccatggctgatttgagagccatg 556  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  34775756 gcatcagctatgcctagttccatggctgatttgagagccatg 34775715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 29 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 34784454 - 34784157
Alignment:
Q  29 acatcaacaagagactccaaaccctcgaacacgcgtttgttctcttggagaacaagcttaaacattctagaatcagatgccatagcatcttgaaacatac 128  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||    |||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||    
T  34784454 acatcaacaagagattccaaaccctcaaacacattcttgttctcatgaagagcaagcttaaacattctagaatcagcagccatagcatcttgaaacaaac 34784355  T
Q  129 tcaaagtactagattcagaatctttgttaagaaaatcccaaaaactctcccctgttgcacactcaaacaatgtttgttccttatcttcattgaaccattt 228  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34784354 tcaaagtaccagattcagaatctttgttaagaaaatcccaatagttctctcctgttgcacactcaaaaagagtttgttccttatcctcattgaaccattt 34784255  T
Q  229 ctttgaggaactccacatgtctaaagaacttggatgaagtgctcctttaacaattgaagataaacatgttggttttccacttatgagaagctttgaag 326  Q
    |||||| ||  |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| || ||  |  ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  34784254 ctttgaagacttccacatgtctatagaacttgcatgaagcgctccttcaataagcgttgataaacatgtcgattttccacttatgagaagctttgaag 34784157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 376 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 34784116 - 34783936
Alignment:
Q  376 tttcactattgtttttgcaaagaaaccattatgtgttaaaaggcgtaagaatcggtgaagtatattaactttagaagggtgaagtttcaaagatgaggct 475  Q
    ||||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |  || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  34784116 tttcactgttgtttttgtaaagaagccattgtgtgttaaaaggcgtaagaatcgatagaggatgttaactttagaagggtggagttttaaagatgaggct 34784017  T
Q  476 agttcagaaagagtcattggttttccatggttgtgaattgcatcagctatgcctaattccatggctgatttgagagccatg 556  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  34784016 aattcagaaagagtcattggttttccatggttatggattgcatcagctatgcctagttccatggctgatttgagtgccatg 34783936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 384 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 11507296 - 11507124
Alignment:
Q  384 ttgtttttgcaaagaaaccattatgtgttaaaaggcgtaagaatcggtgaagtatattaactttagaagggtgaagtttcaaagatgaggctagttcaga 483  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||  | ||| ||||  || | ||| | | |||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||     
T  11507296 ttgttttcgcaaagaaaccattgtgtgttagcaagcgcaagagacgataaaggacactaactttagaagggtggagtttcaaagatgaagctaattcagt 11507197  T
Q  484 aagagtcattggttttccatggttgtgaattgcatcagctatgcctaattccatggctgatttgagagccatg 556  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||    
T  11507196 aagagtcattggttttccatggttttggattgcatctgctatgcctagttccacggctgatttgagtgccatg 11507124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 384 - 556
Target Start/End: Original strand, 11445563 - 11445735
Alignment:
Q  384 ttgtttttgcaaagaaaccattatgtgttaaaaggcgtaagaatcggtgaagtatattaactttagaagggtgaagtttcaaagatgaggctagttcaga 483  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||  || |  || | | ||||||| ||||| || |||||||||||||| |||| |||||     
T  11445563 ttgtttttgcaaagaaaccattgtgtgttagcaggcgcaagagacgatacaggacactaactttcgaaggatggagtttcaaagatgaagctaattcagt 11445662  T
Q  484 aagagtcattggttttccatggttgtgaattgcatcagctatgcctaattccatggctgatttgagagccatg 556  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  || |||||||| ||||||    
T  11445663 aagagtcattggttttccatggttgtggattgcatcagctatgcctagttccacagcagatttgagtgccatg 11445735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 384 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 11547527 - 11547355
Alignment:
Q  384 ttgtttttgcaaagaaaccattatgtgttaaaaggcgtaagaatcggtgaagtatattaactttagaagggtgaagtttcaaagatgaggctagttcaga 483  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||  || |  || | | ||||||| ||||| || |||||||||||||| |||| |||||     
T  11547527 ttgtttttgcaaagaaaccattgtgtgttagcaggcgcaagagacgatacaggacactaactttcgaaggatggagtttcaaagatgaagctaattcagt 11547428  T
Q  484 aagagtcattggttttccatggttgtgaattgcatcagctatgcctaattccatggctgatttgagagccatg 556  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||  || |||||||| ||||||    
T  11547427 aagagtcattggttttccatggttgtggattgcatcagctatgcctagttccacagcagatttgagtgccatg 11547355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 375 - 556
Target Start/End: Original strand, 11468526 - 11468707
Alignment:
Q  375 ctttcactattgtttttgcaaagaaaccattatgtgttaaaaggcgtaagaatcggtgaagtatattaactttagaagggtgaagtttcaaagatgaggc 474  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||  | ||| ||||| |  |  || | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11468526 ctttcactgttgtttttgcgaagaaaccatcgtgtgttagcaagcgcaagaacctatataggacactaactttagaagggtgaagtttcaaagatgaggc 11468625  T
Q  475 tagttcagaaagagtcattggttttccatggttgtgaattgcatcagctatgcctaattccatggctgatttgagagccatg 556  Q
    || ||||| || |||||| || |||||||| ||||| ||||||||  |||| |||| |||||  || |||||||| ||||||    
T  11468626 taattcaggaacagtcataggctttccatgtttgtggattgcatctactattcctagttccacagcagatttgagtgccatg 11468707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 375 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 11522935 - 11522754
Alignment:
Q  375 ctttcactattgtttttgcaaagaaaccattatgtgttaaaaggcgtaagaatcggtgaagtatattaactttagaagggtgaagtttcaaagatgaggc 474  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||  | ||| ||||| |  |  || | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11522935 ctttcactgttgtttttgcgaagaaaccatcgtgtgttagcaagcgcaagaacctatataggacactaactttagaagggtgaagtttcaaagatgaggc 11522836  T
Q  475 tagttcagaaagagtcattggttttccatggttgtgaattgcatcagctatgcctaattccatggctgatttgagagccatg 556  Q
    || ||||| || |||||| || |||||||| ||||| ||||||||  |||| |||| |||||  || |||||||| ||||||    
T  11522835 taattcaggaacagtcataggctttccatgtttgtggattgcatctactattcctagttccacagcagatttgagtgccatg 11522754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 344
Target Start/End: Original strand, 11445202 - 11445526
Alignment:
Q  20 ccacctccaacatcaacaagagactccaaaccctcgaacacgcgtttgttctcttggagaacaagcttaaacattctagaatcagatgccatagcatctt 119  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||  | |||  |||||  ||| |||| || || |||  ||||||||  |||||||| ||||    
T  11445202 ccacctccaacatcaactatagactccaaaccttcaaacacatgattgcactcttttagagcaaggttgaagatttgagaatcagcagccatagcctctt 11445301  T
Q  120 gaaacatactcaaagtactagattcagaatctttgttaagaaaatcccaaaaactctcccctgttgcacactcaaacaatgtttgttccttatcttcatt 219  Q
    ||||||||||||    |  |||||||| ||||||||||||| | ||||||||  |||| ||| |||| | |||||| |   |  ||||||| || ||| |    
T  11445302 gaaacatactcagttcatcagattcagtatctttgttaagatagtcccaaaatgtctctcctcttgcgctctcaaataggctgagttccttgtcctcagt 11445401  T
Q  220 gaaccatttctttgaggaactccacatgtctaaagaacttggatgaagtgctcctttaacaattgaagataaacatgttggttttccacttatgagaagc 319  Q
    || ||||||||| |||||   ||||| ||  | |  || |||||||||  ||||  |||||| ||  || |||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  11445402 gagccatttcttagaggagtgccacacgttcagacgacatggatgaagcactccgctaacaaatggtgacaaacatgttgatttgccacttatgagaagc 11445501  T
Q  320 tttgaaggaggtgtgagagaatatg 344  Q
     |||||||||| |||||||||||||    
T  11445502 attgaaggaggagtgagagaatatg 11445526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 11547888 - 11547564
Alignment:
Q  20 ccacctccaacatcaacaagagactccaaaccctcgaacacgcgtttgttctcttggagaacaagcttaaacattctagaatcagatgccatagcatctt 119  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||  | |||  |||||  ||| |||| || || |||  ||||||||  |||||||| ||||    
T  11547888 ccacctccaacatcaactatagactccaaaccttcaaacacatgattgcactcttttagagcaaggttgaagatttgagaatcagcagccatagcctctt 11547789  T
Q  120 gaaacatactcaaagtactagattcagaatctttgttaagaaaatcccaaaaactctcccctgttgcacactcaaacaatgtttgttccttatcttcatt 219  Q
    ||||||||||||    |  |||||||| ||||||||||||| | ||||||||  |||| ||| |||| | |||||| |   |  ||||||| || ||| |    
T  11547788 gaaacatactcagttcatcagattcagtatctttgttaagatagtcccaaaatgtctctcctcttgcgctctcaaataggctgagttccttgtcctcagt 11547689  T
Q  220 gaaccatttctttgaggaactccacatgtctaaagaacttggatgaagtgctcctttaacaattgaagataaacatgttggttttccacttatgagaagc 319  Q
    || ||||||||| |||||   ||||| ||  | |  || |||||||||  ||||  |||||| ||  || |||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  11547688 gagccatttcttagaggagtgccacacgttcagacgacatggatgaagcactccgctaacaaatggtgacaaacatgttgatttgccacttatgagaagc 11547589  T
Q  320 tttgaaggaggtgtgagagaatatg 344  Q
     |||||||||| |||||||||||||    
T  11547588 attgaaggaggagtgagagaatatg 11547564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 11507657 - 11507334
Alignment:
Q  20 ccacctccaacatcaacaagagactccaaaccctcgaacacgcgtttgttctcttggagaacaagcttaaacattctagaatcagatgccatagcatctt 119  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| |||||| || |||||  | |||  |||||  ||| |||| || || |||  ||||||||  |||||||| ||||    
T  11507657 ccacctccaacatcaactatagacttcaaaccttcaaacacatgattgcactcttttagagcaaggttgaagatttgagaatcagcagccatagcctctt 11507558  T
Q  120 gaaacatactcaaagtactagattcagaatctttgttaagaaaatcccaaaaactctcccctgttgcacactcaaacaatgtttgttccttatcttcatt 219  Q
    ||||||||||||    |  |||||||| ||||||||||||| | ||||||||  |||| ||| |||| | |||||| |   |  ||||||| || ||| |    
T  11507557 gaaacatactcagttcatcagattcagtatctttgttaagatagtcccaaaatgtctctcctcttgcgctctcaaagagactgagttccttctcctcagt 11507458  T
Q  220 gaaccatttctttgaggaactccacatgtctaaagaacttggatgaagtgctcctttaacaattgaagataaacatgttggttttccacttatgagaagc 319  Q
    || ||||||| | |||||   ||| ||||  | |  || ||||||||  | |||  |||||| ||  || |||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  11507457 gagccatttcgtagaggagtaccatatgttcagacgacatggatgaaccgttccggtaacaaatggtgacaaacatgttgatttgccacttatgagaagc 11507358  T
Q  320 tttgaaggaggtgtgagagaatat 343  Q
     |||||||||| ||||||||||||    
T  11507357 attgaaggaggagtgagagaatat 11507334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0794 (Bit Score: 81; Significance: 8e-38; HSPs: 2)
Name: scaffold0794
Description:

Target: scaffold0794; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 384 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 1953 - 1781
Alignment:
Q  384 ttgtttttgcaaagaaaccattatgtgttaaaaggcgtaagaatcggtgaagtatattaactttagaagggtgaagtttcaaagatgaggctagttcaga 483  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||  | ||| ||||  || | ||| | | |||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||     
T  1953 ttgttttcgcaaagaaaccattgtgtgttagcaagcgcaagagacgataaaggacactaactttagaagggtggagtttcaaagatgaagctaattcagt 1854  T
Q  484 aagagtcattggttttccatggttgtgaattgcatcagctatgcctaattccatggctgatttgagagccatg 556  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||    
T  1853 aagagtcattggttttccatggttttggattgcatctgctatgcctagttccacggctgatttgagtgccatg 1781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0794; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 2314 - 1991
Alignment:
Q  20 ccacctccaacatcaacaagagactccaaaccctcgaacacgcgtttgttctcttggagaacaagcttaaacattctagaatcagatgccatagcatctt 119  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||||| || |||||  | |||  |||||  ||| |||| || || |||  ||||||||  |||||||| ||||    
T  2314 ccacctccaacatcaactatagaccccaaaccttcaaacacatgattgcactcttttagagcaaggttgaagatttgagaatcagcagccatagcctctt 2215  T
Q  120 gaaacatactcaaagtactagattcagaatctttgttaagaaaatcccaaaaactctcccctgttgcacactcaaacaatgtttgttccttatcttcatt 219  Q
    ||||||||||||    |  |||||||| ||||||||||||| | ||||||||  |||| ||| |||| | |||||| |   |  ||||||| || ||| |    
T  2214 gaaacatactcagttcatcagattcagtatctttgttaagatagtcccaaaatgtctctcctcttgcgctctcaaagagactgagttccttctcctcagt 2115  T
Q  220 gaaccatttctttgaggaactccacatgtctaaagaacttggatgaagtgctcctttaacaattgaagataaacatgttggttttccacttatgagaagc 319  Q
    || ||||||| | |||||   ||| ||||  | |  || ||||||||  | |||  |||||| ||  || |||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  2114 gagccatttcgtagaggagtaccatatgttcagacgacatggatgaaccgttccggtaacaaatggtgacaaacatgttgatttgccacttatgagaagc 2015  T
Q  320 tttgaaggaggtgtgagagaatat 343  Q
     |||||||||| ||||||||||||    
T  2014 attgaaggaggagtgagagaatat 1991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University