View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4465-Insertion-1 (Length: 959)

Name: NF4465-Insertion-1
Description: NF4465
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4465-Insertion-1
NF4465-Insertion-1
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (8-461)||(55936716-55937162)
chr4 (489-931)||(55933403-55933850)
chr4 (620-842)||(3329844-3330073)
chr4 (630-813)||(4419122-4419310)
chr4 (620-914)||(50000882-50001185)
chr4 (620-914)||(53619434-53619736)
chr4 (620-775)||(23255561-23255720)
chr4 (653-849)||(600715-600918)
chr4 (650-775)||(39001275-39001404)
chr4 (653-849)||(30940762-30940958)
chr4 (684-775)||(48657015-48657109)
chr4 (653-787)||(16955341-16955480)
chr4 (631-914)||(31846962-31847237)
chr4 (657-747)||(8738090-8738181)
chr4 (685-840)||(34107728-34107889)
chr4 (653-725)||(50464449-50464522)
chr4 (684-747)||(50442610-50442673)
chr4 (804-918)||(50462899-50463015)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (650-931)||(34644444-34644732)
chr1 (664-917)||(2764371-2764632)
chr1 (653-849)||(22346776-22346979)
chr1 (620-733)||(5453943-5454057)
chr1 (656-882)||(28041117-28041350)
chr1 (805-913)||(19035486-19035596)
chr1 (668-734)||(45835330-45835396)
chr1 (802-913)||(45659605-45659719)
chr1 (684-741)||(4611102-4611159)
chr1 (660-732)||(28493477-28493550)
chr1 (801-849)||(29169816-29169865)
chr1 (824-913)||(50161375-50161465)
chr1 (627-775)||(47459538-47459689)
chr1 (621-749)||(48841211-48841340)
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (620-914)||(17249262-17249564)
chr6 (626-931)||(33220652-33220964)
chr6 (684-914)||(34304409-34304646)
chr6 (685-931)||(357658-357909)
chr6 (686-913)||(4206554-4206788)
chr6 (684-747)||(3137378-3137441)
chr6 (684-747)||(32115631-32115694)
chr6 (620-731)||(7749329-7749441)
chr6 (686-849)||(29338102-29338271)
chr6 (684-747)||(959494-959557)
chr6 (686-849)||(4165945-4166114)
chr6 (801-849)||(45700-45749)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (626-931)||(35310302-35310614)
chr5 (628-914)||(13166867-13167161)
chr5 (621-897)||(25663006-25663290)
chr5 (621-849)||(430451-430686)
chr5 (625-931)||(33691996-33692306)
chr5 (620-914)||(27336543-27336843)
chr5 (684-914)||(37873595-37873832)
chr5 (685-913)||(32269755-32269990)
chr5 (804-914)||(3114120-3114232)
chr5 (672-775)||(2566195-2566302)
chr5 (684-747)||(23023508-23023571)
chr5 (665-849)||(42921591-42921781)
chr5 (685-738)||(15292165-15292218)
chr5 (803-849)||(14423715-14423762)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (620-849)||(26772606-26772842)
chr3 (655-911)||(39583189-39583453)
chr3 (653-913)||(44198648-44198916)
chr3 (688-913)||(53785626-53785858)
chr3 (620-849)||(38670903-38671139)
chr3 (653-842)||(32546676-32546872)
chr3 (680-847)||(7900767-7900940)
chr3 (653-913)||(13582391-13582658)
chr3 (672-849)||(52741535-52741719)
chr3 (684-747)||(4669794-4669857)
chr3 (684-747)||(38145969-38146032)
chr3 (684-849)||(52411914-52412085)
chr3 (684-913)||(3443270-3443506)
chr3 (732-842)||(51234577-51234693)
chr3 (684-733)||(26276528-26276577)
chr3 (684-749)||(32690995-32691060)
chr3 (818-913)||(49018016-49018112)
[»] chr7 (21 HSPs)
chr7 (620-914)||(28517244-28517546)
chr7 (653-913)||(21326796-21327064)
chr7 (650-849)||(40726503-40726709)
chr7 (626-842)||(5825127-5825350)
chr7 (671-905)||(19277190-19277434)
chr7 (684-913)||(22197900-22198135)
chr7 (684-913)||(22239686-22239921)
chr7 (631-747)||(45003028-45003145)
chr7 (684-842)||(48539094-48539258)
chr7 (665-905)||(982842-983090)
chr7 (685-913)||(27521385-27521620)
chr7 (620-694)||(36931887-36931961)
chr7 (653-738)||(45613982-45614068)
chr7 (653-787)||(25187018-25187157)
chr7 (685-747)||(41117901-41117963)
chr7 (804-913)||(4501296-4501407)
chr7 (664-849)||(24527481-24527673)
chr7 (684-747)||(27027761-27027824)
chr7 (684-747)||(32584513-32584576)
chr7 (619-705)||(38766171-38766258)
chr7 (672-732)||(38839226-38839287)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (684-914)||(3187883-3188120)
chr8 (653-914)||(38815175-38815444)
chr8 (665-914)||(39434560-39434817)
chr8 (653-783)||(22589428-22589562)
chr8 (671-747)||(24451021-24451096)
chr8 (801-913)||(500262-500376)
chr8 (657-747)||(4066731-4066821)
chr8 (685-747)||(8882258-8882320)
chr8 (665-747)||(25021945-25022028)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (620-847)||(28224848-28225082)
chr2 (665-913)||(4413024-4413280)
chr2 (655-905)||(41867874-41868131)
chr2 (684-842)||(17344551-17344715)
chr2 (703-841)||(44686348-44686492)
chr2 (684-842)||(27502275-27502439)
chr2 (215-262)||(9585571-9585618)
chr2 (653-747)||(9685546-9685641)
chr2 (650-783)||(11921301-11921433)
chr2 (684-783)||(13413264-13413367)
chr2 (804-913)||(9685373-9685484)
chr2 (665-739)||(15515286-15515361)
chr2 (805-913)||(23484896-23485006)
chr2 (625-747)||(27494164-27494287)
chr2 (801-849)||(19161806-19161855)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (653-913)||(102987-103254)
[»] scaffold0490 (1 HSPs)
scaffold0490 (720-913)||(6283-6483)
[»] scaffold0148 (1 HSPs)
scaffold0148 (684-913)||(33163-33398)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 55937162 - 55936716
Alignment:
Q  8 gttgggacttagggagaaggggaaattgggggcagtgtaaataaaaagcaaaagataaaagggttattagaaggatggaggaataaccttggcaagtgaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55937162 gttgggacttagggagaaggggaaattgggggcagtgtaaataaaaagcaaaagataaaagggttattagaaggatggaggaataaccttggcaagtgaa 55937063  T
Q  108 aattctttgatccaacaactatataggacgaagacaaacataccaacattctttcnnnnnnnnnnnnnnnnatctttagtatccatgcatgttctttgtc 207  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  55937062 aatcctttgatccaacaactatataggacgaagacaaacataccaacattctttcctctctctct------atctt-agtatctatgcatgttctttgtc 55936970  T
Q  208 ctaagtgtttggatgtgaatggcatgcaaaaatgaaagctgcagataccactaatgcaattagattggatgttatgttatgtactttcttttatgcagca 307  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55936969 ctaagtatttggatgtgaatggcatgcaaaaatgaaagctgcagataccactaatgcaattagattggatgttatgttatgtactttcttttatgcagca 55936870  T
Q  308 tacctttatttttggtattattttgtctactaagtgtttcaaatttgaaacacgtgttgactgattgagatttttattggactcaaacataggtcaggcg 407  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55936869 tacctttatttttgctattattttgtctactaagtgtttcaaatttgaaacacgtgttgactgattgagatttttattggactcaaacataggtcaggcg 55936770  T
Q  408 tgcactaaaaatactactgttgtagtattatgttttcattggacattaagttag 461  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  55936769 tgcactaaaaataccactgtagtagtattatgttttcattgaacattaagttag 55936716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 489 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 55933850 - 55933403
Alignment:
Q  489 gtatatgtatgtccacattgagttatctagaacagtccctagtactttgctatgcccaataaagaaaaaggtacttggctactttttcaaaagagannnn 588  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  55933850 gtatatgtatgtacacattgagttatctagaacagtccctagtactttgctatgcccaataaagaaaaaggtacttggctactttttcaaaagagatttt 55933751  T
Q  589 nnnnnnnnagaaattcaaaagaggttaagtaatttaatatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagact-tt 687  Q
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  55933750 ttttttttagaaattcaaaagaggttaagtaatttaatatcaatattacttgcacatgaataggaggcaagcggacaacaaactgcgtcgctagactttt 55933651  T
Q  688 ttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataaca---ttatgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaaca 783  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  55933650 ttggatggcaaaatcaatcatcgtaaacacaacattcacggacctaggagacataatattgttatgtataaccctttggactctatgtagaaggtcaaca 55933551  T
Q  784 acctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagc-aatgggataaaagcatgttgattgttagaac-aaccttctcatggtttggccaccttgtttgacg 881  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  55933550 acctgatgctaggaagt-cgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgttagaacaaactttctcat-gtttggccactttgtttgacg 55933453  T
Q  882 c-acttttagggctacctgtcctaccgtaaaagcaccggacccttaaaccc 931  Q
    | ||||||||||||  |||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  55933452 caacttttagggctgactgtcctaccgtaaaagc-cctgacccttaaaccc 55933403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 620 - 842
Target Start/End: Original strand, 3329844 - 3330073
Alignment:
Q  620 atttaatatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacaca 718  Q
    ||||| |||||||||||||| |||   || |||||||||||||  ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  3329844 atttactatcaatattacttacacgtgaataggaggcaagcgggcaacaagctgcgccgctagacctttttggatggcaaaaccaatcatcgtaaacaca 3329943  T
Q  719 gcattcacggacctaggagacataacat---tatgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtca 812  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||   |||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||  |  ||||||||||| || || |||||||||    
T  3329944 gcattcatggacctaggagacataacattgctatgcataaccctttggactctatgtagaaggtcaactgcctctgatgctaggaag-ccaaaagtgtca 3330042  T
Q  813 aaagc-aatgggataaaagcatgttgattgt 842  Q
    ||||| ||| | |||||||||||||||||||    
T  3330043 aaagcaaatagtataaaagcatgttgattgt 3330073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 630 - 813
Target Start/End: Original strand, 4419122 - 4419310
Alignment:
Q  630 aatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagactttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacgga 729  Q
    |||||||||||||||  || |||||||||||||  ||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||| |||    
T  4419122 aatattacttgcacatgaataggaggcaagcgggcaacaagctgcgccgctagattttttggatggcaaaaccaatcatcgtaaacacaacattcatgga 4419221  T
Q  730 cctaggagacataaca---ttatgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaa 813  Q
    ||||||||||||||||   ||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||||| | || |||||||||||||    
T  4419222 cctaggagacataacattgttatgcataaccctttgaactctatgtagaaggtcaacaacctctgatgctacgaag-ccgaaagtgtcaa 4419310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 620 - 914
Target Start/End: Complemental strand, 50001185 - 50000882
Alignment:
Q  620 atttaatatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctaga-ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacaca 718  Q
    ||||| ||| |||||||||| ||||  || |||||||||||||  ||||| ||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  50001185 atttactattaatattacttacacatgaataggaggcaagcgggcaacaagctgcgccgctagatctttttggatggcaaaatcaatcttcgtaaacaca 50001086  T
Q  719 gcattcacggacctaggagacataacat---tatgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtca 812  Q
     |||| | ||| ||||||||||||||||   |||| |||||| |||||||| ||||||| ||||||||  |  ||||||||||  || || |||||||||    
T  50001085 acatttatggatctaggagacataacattgctatgcataaccctttggactatatgtagaaggtcaactgcctctgatgctagaaag-ccaaaagtgtca 50000987  T
Q  813 aaagcaa--tgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgca-cttttagggctacctgtcctaccgt 908  Q
    |||||||  ||   |||||||||||||||||| ||||||  | ||||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||| |||  ||||||||||||    
T  50000986 aaagcaaattgtattaaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcat-gtttgaccactttgcttgacgcagcttttagagctgtctgtcctaccgt 50000888  T
Q  909 aaaagc 914  Q
    ||||||    
T  50000887 aaaagc 50000882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 620 - 914
Target Start/End: Original strand, 53619434 - 53619736
Alignment:
Q  620 atttaatatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacaca 718  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||  || |||||| |||  |  ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||  |||||||||||    
T  53619434 atttactatcaatattacttacacatgaataggaggtaagtaggcaacaagctgcgccgctagacctttttggatggcaaaaccaattctcgtaaacaca 53619533  T
Q  719 gcattcacggacctaggagacataaca---ttatgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtca 812  Q
     |||||| ||||||| |||||||||||   ||||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||  |  ||||||||||| ||| | |||||||||    
T  53619534 acattcatggacctaagagacataacattgttatgcataaccctttagactctatgtagaaggtcaactgcctctgatgctaggaagt-caaaagtgtca 53619632  T
Q  813 aaagc-aatgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgca-cttttagggctacctgtcctaccgta 909  Q
    ||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||    ||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||| | |||||||||| |||    
T  53619633 aaaacaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgttttctcat-gtttggccactttgcttgacgcagcttttagggttgcctgtcctactgta 53619731  T
Q  910 aaagc 914  Q
    |||||    
T  53619732 aaagc 53619736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 620 - 775
Target Start/End: Original strand, 23255561 - 23255720
Alignment:
Q  620 atttaatatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagactttt-tggatgggaaaatcaatcatcgtaaacaca 718  Q
    ||||| |||||||||||||  || |  || |||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  23255561 atttactatcaatattactcacatatgaataggaggtaagcggacaacaagctgcgccgctagacttttctggatggcaaaatcaatcctcgtaaacaca 23255660  T
Q  719 gcattcacggacctaggagacataaca---ttatgtataaccatttggactctatgtaga 775  Q
      ||||| |||| ||||||||||||||   ||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  23255661 atattcatggacttaggagacataacattgttatgcataaccctttggactctatgtaga 23255720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 653 - 849
Target Start/End: Complemental strand, 600918 - 600715
Alignment:
Q  653 aggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataaca---tta 748  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||| || ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||   |||    
T  600918 aggcaagcggacaacaagctacgtcgctatacatttttggatggcaaaactaatcatcgtaaacacagcattaatggacctaggagacatgacatagtta 600819  T
Q  749 tgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagc-aatgggataaaagcatgttgattgtta 844  Q
    |  || ||| |||| ||||||||||| |||||||||||  ||| || || |||  ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||    
T  600818 tacatgaccttttgaactctatgtagaaggtcaacaacctctggtgtta-ggaaaccgaaagtgacaaaagcaaatggtataaaagcatgttaattgtta 600720  T
Q  845 gaaca 849  Q
    |||||    
T  600719 gaaca 600715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 650 - 775
Target Start/End: Original strand, 39001275 - 39001404
Alignment:
Q  650 aggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataaca--- 745  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||       
T  39001275 aggaggcaagcgggcaacaaactgcgccgctagacctttttggatgacaaaaccaatcctcgtaaacacaacattcatggacctaggagacacaacattg 39001374  T
Q  746 ttatgtataaccatttggactctatgtaga 775  Q
    ||||| |||| | |||||||||||||||||    
T  39001375 ttatgcataatcctttggactctatgtaga 39001404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 653 - 849
Target Start/End: Complemental strand, 30940958 - 30940762
Alignment:
Q  653 aggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt---a 748  Q
    ||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || | |||||| ||||||  ||||||||| | || |||||   |    
T  30940958 aggcaagcgggcaacaagctgcgtcgctagacctttttggatggcaaaatcaatcctcatgaacacaacattcatagacctaggatatatgacattgtta 30940859  T
Q  749 tgtataaccatttggactctatgtagaggtcaacaacctga--tgctagggagtccgaaagtgtcaaaagcaatgggataaaagcatgttgattgttaga 846  Q
    || || ||| |||| ||||||||||||     ||| ||| |  ||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  30940858 tgcatgaccttttgaactctatgtaga-----acagcctcaggtgctaggaaatc-gaaagtgtcaaaagcaatggtataaaagcatgttgattgtcaga 30940765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 684 - 775
Target Start/End: Complemental strand, 48657109 - 48657015
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacat---tatgtataaccatttggactctatgtaga 775  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| ||||||||||||   |||| |||| |||||||||||||||||||    
T  48657109 ctttttggacggcaaaatcaatcatcgtaaacacaacattcatagacctatgagacataacattgctatgcataatcatttggactctatgtaga 48657015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 653 - 787
Target Start/End: Original strand, 16955341 - 16955480
Alignment:
Q  653 aggcaagcggataacaaactgcgtcgctaga-ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacat---ta 748  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||   || |||||| |||||  ||||||||| ||||||||||| |||||| || |||||||||||| ||||   ||    
T  16955341 aggcaagcggacaacaaactgcgtcgtcggatcttttttgatggccaaatcaatcctcgtaaacacaacattcatgggcctaggagacatgacattgcta 16955440  T
Q  749 tgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaacct 787  Q
    || || ||| |||| ||||||||||| |||||| ||||||    
T  16955441 tgcatgaccttttgaactctatgtagaaggtcagcaacct 16955480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 631 - 914
Target Start/End: Original strand, 31846962 - 31847237
Alignment:
Q  631 atattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacgga 729  Q
    ||||||||| ||||  || |||||||||||||  ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| | ||  |||| |||  |||||| |||||| |||    
T  31846962 atattacttacacatgaataggaggcaagcgggcaacaacctgcgccgctagacctttttggatggcataacgaatcctcgctaacacaacattcatgga 31847061  T
Q  730 cctaggagacataacattatgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagc-aatgggat 825  Q
    ||||||||||             ||||| |||||||||||||||| ||||||||  |  ||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| |     
T  31847062 cctaggagac-------------taaccgtttggactctatgtagaaggtcaaccgcttctgatgctaggaag-ccaaaagtgtcaaaagcaaatggtaa 31847147  T
Q  826 aaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgca-cttttagggctacctgtcctaccgtaaaagc 914  Q
    |||| |||||||| ||| ||||||    ||||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  31847148 aaaaacatgttgactgtcagaacatggtttctcat-gtttgaccactttgcttgacgcagcttttagggctgcctgtcctactgtaaaagc 31847237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 657 - 747
Target Start/End: Original strand, 8738090 - 8738181
Alignment:
Q  657 aagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt 747  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||  |||||||||| | ||| ||||| |||||| | ||||| ||||||| |||||    
T  8738090 aagcggataacaaactgcgccgctaaacttttttggatgacaaaatcaatctttgtatacacaacattcatgaacctaagagacatgacatt 8738181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 685 - 840
Target Start/End: Complemental strand, 34107889 - 34107728
Alignment:
Q  685 tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataaca---ttatgtataaccatttggactctatgtag-aggtca 780  Q
    ||||||||||  |||| ||||| |||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||   ||||| || ||  |||| ||||||||||| ||||||    
T  34107889 tttttggatgacaaaaccaatcctcgtgaacacaacattcatggatctaggagacataacattgttatgcatgactttttgaactctatgtagaaggtca 34107790  T
Q  781 acaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagc-aatgggataaaagcatgttgatt 840  Q
    ||| |  ||| ||||||| | | |||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||||||    
T  34107789 acagcctctggtgctaggaaat-cgaaagtgtcaaaaacaaatggtataaaaacatgttgatt 34107728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 653 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 50464522 - 50464449
Alignment:
Q  653 aggcaagcggataacaaactgcgtcgctaga-ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattca 725  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| ||||||  |||||||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||    
T  50464522 aggcaagcggacaacaagctgcgccgctaggtctttttggatggcaaaataaatcctcgtaaacacaacattca 50464449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 684 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 50442673 - 50442610
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt 747  Q
    |||||||||||| |||| ||||| || |||||||| ||| || | |||||||||||||||||||    
T  50442673 ctttttggatggcaaaaccaatcctcttaaacacaacatccatgaacctaggagacataacatt 50442610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 804 - 918
Target Start/End: Complemental strand, 50463015 - 50462899
Alignment:
Q  804 aaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgc-acttttagggctacctgt 900  Q
    |||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||  ||| | || ||||||| |||||| || |||| ||||||| ||||||| ||||  ||||    
T  50463015 aaagtgtcaaaagcaaatggtatgaaagcatgttgattgtcggaagacactttctcat-gtttggtcatcttgcttgacgcaacttttaaggctgtctgt 50462917  T
Q  901 cctaccgtaaaagcaccg 918  Q
    ||||||||| ||| ||||    
T  50462916 cctaccgtagaagtaccg 50462899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 111; Significance: 2e-55; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 650 - 931
Target Start/End: Original strand, 34644444 - 34644732
Alignment:
Q  650 aggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagactttt-tggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacat-- 746  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||      
T  34644444 aggaggtaagcgggcaacaaactgcgccgctagacttttttggatggcaaaatcaatcatcgtaaacacaacattcatggacctaggagacataacattg 34644543  T
Q  747 -tatgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagc-aatgggataaaagcatgttgattg 841  Q
     |||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||| | |||    
T  34644544 atatgcataaccctttggactctatgtagaaggtcaacaacctctgatgctaggaag-ccgaaagtgtcaaaaacaaatggtataaaagcatgtaggttg 34644642  T
Q  842 ttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgc-acttttagggctacctgtcctaccgtaaaagcaccggacccttaaaccc 931  Q
    | ||||||  | ||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||| | | ||||||||||||||||| || ||||| |||||||    
T  34644643 tcagaacacgctttctcat-gtttggccactttgtttgacgcaacttttagggttgcttgtcctaccgtaaaagc-cccgacccctaaaccc 34644732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 664 - 917
Target Start/End: Original strand, 2764371 - 2764632
Alignment:
Q  664 taacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacat---tatgtataaccat 759  Q
    |||||| ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||||||   | || |||||| |    
T  2764371 taacaagctgcgccgctaaacctttttggatggtaaaatcaatcatcgtaaacacaacatttatggacctaagagacataacattgatttgcataaccct 2764470  T
Q  760 ttggactctatgtag-aggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaag-caatgggataaaagcatgttgattgttagaaca-acctt 854  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||| || | ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||  |||||    ||    
T  2764471 ttggactttatgtagaaggtcaacaacctctgatgctaggaag-ctgaaagtgtcaaaagaaaatggcataaaagcatgttgattgtcggaacacgtttt 2764569  T
Q  855 ctcatggtttggccaccttgtttgacgc-acttttagggctacctgtcctaccgtaaaagcacc 917  Q
    ||||| ||||| |||| |||| |||| | ||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||    
T  2764570 ctcat-gtttgaccactttgtctgacacaacttttaggactgcctatcctaccataaaagcacc 2764632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 653 - 849
Target Start/End: Original strand, 22346776 - 22346979
Alignment:
Q  653 aggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacat---ta 748  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||  |||| |||| |||||| ||||||   ||||||||||||| ||||   ||    
T  22346776 aggcaagcggacaacaagctgcgccgctagacctttttggatggcaaaactaatcctcgtgaacacaacattcataaacctaggagacatgacatttcta 22346875  T
Q  749 tgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaacctgatgcta--gggagtccgaaagtgtcaaaagc-aatgggataaaagcatgttgattgtta 844  Q
    || || ||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||  |||||   |||  ||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||| |    
T  22346876 tgcatgaccttttgaactctgtgtagaaggtcaacaacct-ctgctactaggaaaccgaaagtgtcaaaagcaaaaggtataaacgcatgttgattgtca 22346974  T
Q  845 gaaca 849  Q
    |||||    
T  22346975 gaaca 22346979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 620 - 733
Target Start/End: Original strand, 5453943 - 5454057
Alignment:
Q  620 atttaatatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctaga-ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacaca 718  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||  || |||||||||||||  ||||| ||||| ||||||| |||||||||||  |||| ||||| | |||||||||    
T  5453943 atttactatcaatattacttacacatgaataggaggcaagcgggcaacaagctgcgccgctagacctttttggatgacaaaaccaatccttgtaaacaca 5454042  T
Q  719 gcattcacggaccta 733  Q
     |||||| |||||||    
T  5454043 acattcatggaccta 5454057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 656 - 882
Target Start/End: Complemental strand, 28041350 - 28041117
Alignment:
Q  656 caagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt---atgt 751  Q
    |||||||| ||||| || || |||||||| ||||||||||| |||||||||| || | | |||| |||||| |||| |||  ||||| |||||   |||     
T  28041350 caagcggacaacaagctccgccgctagacctttttggatggaaaaatcaatcctcatgagcacaacattcatggacttagaggacatgacattgctatgc 28041251  T
Q  752 ataaccatttggactctatgtaga-ggtcaacaacct--gatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagc-aatgggataaaagcatgttgattgttagaa 847  Q
    || ||| |||| |||||||||||| |||||||  |||  | ||||||| |  ||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||| ||||    
T  28041250 atgaccttttgaactctatgtagaaggtcaaccgcctctggtgctaggaaa-ccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaaacctgttgattgtcagaa 28041152  T
Q  848 ca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgc 882  Q
    || || ||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  28041151 cacactttctcat-gtttggccactttgtttgacgc 28041117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 805 - 913
Target Start/End: Original strand, 19035486 - 19035596
Alignment:
Q  805 aagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgca-cttttagggctacctgtc 901  Q
    |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||  | ||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||| |    
T  19035486 aagtgtcaaaagtaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcat-gtttggccactttgcttgacgcagcttttagggctgcctgcc 19035584  T
Q  902 ctaccgtaaaag 913  Q
    |||| |||||||    
T  19035585 ctacggtaaaag 19035596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 668 - 734
Target Start/End: Complemental strand, 45835396 - 45835330
Alignment:
Q  668 aaactgcgtcgctagactttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctag 734  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||    
T  45835396 aaactgcgcagctagactttttggatggcaaaatcaatcctcgtaaacacaacattcatagacctag 45835330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 802 - 913
Target Start/End: Complemental strand, 45659719 - 45659605
Alignment:
Q  802 cgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgca-ctttt-agggctacc 897  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||  | ||||| | |||||||||||||  |||||||| ||||| |||||| |     
T  45659719 cgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcgt-gtttggccaccttacttgacgcagcttttaagggctgca 45659621  T
Q  898 tgtcctaccgtaaaag 913  Q
    |||||||| |||||||    
T  45659620 tgtcctacggtaaaag 45659605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 684 - 741
Target Start/End: Original strand, 4611102 - 4611159
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacat 741  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||||    
T  4611102 ctttttggatgacaaaatcaatcatcgtgaacacaatattcatggacctaggagacat 4611159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 660 - 732
Target Start/End: Complemental strand, 28493550 - 28493477
Alignment:
Q  660 cggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacct 732  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||| |||| | |||||| ||||||    
T  28493550 cggacaacaaactgcgccgctagacctttttggatggcaaaatcaatcctcgtgaacataacattcatggacct 28493477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 801 - 849
Target Start/End: Complemental strand, 29169865 - 29169816
Alignment:
Q  801 ccgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca 849  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  29169865 ccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaaca 29169816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 824 - 913
Target Start/End: Complemental strand, 50161465 - 50161375
Alignment:
Q  824 ataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgc-acttttagggctacctgtcctaccgtaaaag 913  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||  | ||||||| ||||| |||| ||| ||||||| |||||||||| |  |||||||||||||||||    
T  50161465 ataaaagcatgttgattgtgagaacacgctttctcat-gtttgtccactttgcttgacgcaacttttagggttgtctgtcctaccgtaaaag 50161375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 627 - 775
Target Start/End: Original strand, 47459538 - 47459689
Alignment:
Q  627 atcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattca 725  Q
    ||||||||| ||| ||||  || ||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||| ||||  ||||||||  ||||||||||| |||| |    
T  47459538 atcaatattccttacacatgaataggagccaagcagacaacaagctgcg-cgctagacctttttgaatggctaaatcaattctcgtaaacacaacattta 47459636  T
Q  726 cggacctaggagacataacatt---atgtataaccatttggactctatgtaga 775  Q
      ||| ||||||||||||||||   ||| |||  | |||||||||||||||||    
T  47459637 tagacttaggagacataacattgctatgcatattcctttggactctatgtaga 47459689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 621 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 48841340 - 48841211
Alignment:
Q  621 tttaatatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagacttttt-ggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacag 719  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||  || | |||| ||||||| |||||  ||||  |||||||||||| |||| | |||||||||| ||||||||| |     
T  48841340 tttactattaatattacttacacatgaatatgaggtaagcggacaacaagttgcgctgctagacttttttggattgcaaaatcaatcctcgtaaacataa 48841241  T
Q  720 cattcacggacctaggagacataacattat 749  Q
     |||||  ||  ||||||||||||||||||    
T  48841240 tattcatagatttaggagacataacattat 48841211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 92; Significance: 3e-44; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 620 - 914
Target Start/End: Complemental strand, 17249564 - 17249262
Alignment:
Q  620 atttaatatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacaca 718  Q
    ||||| ||||||||||||||  |||  || |||||||||||||  ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||    
T  17249564 atttactatcaatattacttatacatgaataggaggcaagcgggcaacaagctgcgccgctagacctttttggatggcaaaaccaatcctcgtaaacaca 17249465  T
Q  719 gcattcacggacctaggagacataacatt---atgtataaccatttggactctatgtaga-ggtcaacaacct--gatgctagggagtccgaaagtgtca 812  Q
     |||||| | || ||||||||||||||||   ||  |||| | ||||||||||||||||| |||||||  |||  ||||||||| || || |||||||||    
T  17249464 acattcatgaacttaggagacataacattgctatacataatcctttggactctatgtagaaggtcaactgcctctgatgctaggaag-ccaaaagtgtca 17249366  T
Q  813 aaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgc-acttttagggctacctgtcctaccgta 909  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||| |   ||||||||||||    
T  17249365 aaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacactttctcat-gtttggccactttgtttgacgcaacttttagggttgtttgtcctaccgta 17249267  T
Q  910 aaagc 914  Q
    |||||    
T  17249266 aaagc 17249262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 626 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 33220964 - 33220652
Alignment:
Q  626 tatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctaga-ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattc 724  Q
    |||||||||||||| ||||  || |||||||||||||  ||||| ||||| ||||||| ||||| |||||| |||| |||| ||||||||| || |||||    
T  33220964 tatcaatattacttacacatgaataggaggcaagcggccaacaagctgcgccgctagaccttttaggatggcaaaaccaattatcgtaaacgcaacattc 33220865  T
Q  725 acggacctaggagacataacat---tatgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaacct--gatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagc- 817  Q
    | |||||||| ||||| |||||   |||| |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||  ||||||||| || |||||||||||||||||     
T  33220864 atggacctagaagacacaacattgctatgcataaccctttggactatatgtagaaggtcaacaacctcggatgctaggaag-ccgaaagtgtcaaaagca 33220766  T
Q  818 aatgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgca-cttttagggctacctgtcctaccgtaaaagca 915  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |  |||  | ||||||| |||||||||| ||| |||| ||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||     
T  33220765 aatggtataaaagcatgttgattgtcaacacacgctttctcat-gtttggccactttgcttgatgcagcttttagagctgtctgtcctaccgtaaaagc- 33220668  T
Q  916 ccggacccttaaaccc 931  Q
    || ||||| |||||||    
T  33220667 cccgacccctaaaccc 33220652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 684 - 914
Target Start/End: Original strand, 34304409 - 34304646
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt---atgtataaccatttggactctatgtaga-ggtc 779  Q
    |||||||||| | |||||||||| ||||||| ||| ||||||  |||||| ||||||| | |||   ||| |||||  ||||||||||||||||| ||||    
T  34304409 ctttttggattgcaaaatcaatcctcgtaaatacaacattcatagacctatgagacatgatattgctatgcataactctttggactctatgtagaaggtc 34304508  T
Q  780 aacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgt 875  Q
    |||| |  ||||||||||| || || |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||  | ||||||| ||||||  |  |||     
T  34304509 aacatcatctgatgctaggaagccc-aaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcat-gtttggttattttgc 34304606  T
Q  876 ttgacgca-cttttagggctacctgtcctaccgtaaaagc 914  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  34304607 ttgacgcagcttttagggctagctgtccaaccgtaaaagc 34304646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 685 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 357909 - 357658
Alignment:
Q  685 tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt---atgtataaccatttggactctatgtaga-ggtca 780  Q
    ||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||   |||  ||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  357909 tttttagatggcaaaattaatcttcgtaaacacaacattcatggacctaggagagataacattgctatgcttaatcatttggactctatgtagaaggtca 357810  T
Q  781 acaacctg--atgctagggagtccgaaagtgtcaaaagcaatggg-ataaaagcatgttgattgttagaacaacctt-ctcatggtttggccaccttgtt 876  Q
     ||||||   ||| |||| |   | ||||||| |||| ||| ||  ||||||||||||| ||||| ||||||  ||| |||||| ||||||||| ||| |    
T  357809 tcaacctctaatgttaggaaa--caaaagtgttaaaaacaaaggttataaaagcatgttcattgtcagaacacgctttctcatg-tttggccactttgct 357713  T
Q  877 tgacgca-cttttagggctacctgtcctaccgtaaaagcaccggacccttaaaccc 931  Q
    ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  357712 tgacgaagcttttagggctgcctgtcctaccgtaaaagcacc-gacccctaaaccc 357658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 686 - 913
Target Start/End: Complemental strand, 4206788 - 4206554
Alignment:
Q  686 ttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt---atgtataaccatttggactctatgtaga-ggtcaa 781  Q
    |||||||||| |||| ||||| ||||||||||   |||||  |||||||| ||||| |||||   ||| || ||| |||| |||||||||||| ||||||    
T  4206788 ttttggatggcaaaaccaatcctcgtaaacactatattcattgacctaggtgacatgacattgtcatgcatgaccttttgaactctatgtagaaggtcaa 4206689  T
Q  782 caacct--gatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaacaacctt-ctcatggtttggccaccttgttt 877  Q
    ||||||  | ||||||| |  ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||||| ||||||  ||| |||||| ||| ||||| ||| ||    
T  4206688 caacctctggtgctaggaac-ccgaaagtgtcaaaagcaaatgatataaaagcatgttcattgtcagaacacgctttctcatg-tttagccactttgctt 4206591  T
Q  878 gacgc-acttttagggctacctgtcctaccgtaaaag 913  Q
    ||||| ||||||| |||| | ||||||||||||||||    
T  4206590 gacgccacttttaaggctgcatgtcctaccgtaaaag 4206554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 684 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 3137441 - 3137378
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt 747  Q
    |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  3137441 ctttttggatggcaaaaccaatcctcgtaaacacaacattcatggacctaggagacatgacatt 3137378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 684 - 747
Target Start/End: Original strand, 32115631 - 32115694
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt 747  Q
    |||||| ||| | |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  32115631 ctttttagatagcaaaatcaatcatcgtaaacacaacattcatggacctaggagacatgacatt 32115694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 620 - 731
Target Start/End: Original strand, 7749329 - 7749441
Alignment:
Q  620 atttaatatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagacttttt-ggatgggaaaatcaatcatcgtaaacaca 718  Q
    ||||| ||||||||||| || ||||  || |||||||||||||  ||||| ||||  |||||||| |||| |||||| |||| ||||| |||||||||||    
T  7749329 atttactatcaatattagttacacatgaataggaggcaagcgggcaacaagctgcaccgctagaccttttaggatggcaaaaccaatcctcgtaaacaca 7749428  T
Q  719 gcattcacggacc 731  Q
     |||||| |||||    
T  7749429 acattcatggacc 7749441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 686 - 849
Target Start/End: Complemental strand, 29338271 - 29338102
Alignment:
Q  686 ttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt-atgt--ataaccatttggactctatgtaga-ggtcaa 781  Q
    |||||||| | |||||||||| | ||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||  || ||| |||| ||  |||||||| ||||||    
T  29338271 ttttggatagaaaaatcaatccttgtaaacacaacattcatggacctaggagtcatgacattgatgtgcatgaccctttgaaccatatgtagaaggtcaa 29338172  T
Q  782 caacct--gatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca 849  Q
    | | ||  | ||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  29338171 cgatctctggtgctaggaagtcagaa-gtgtcaaaagcaaatggtataagagcatgttgattgttagaaca 29338102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 684 - 747
Target Start/End: Original strand, 959494 - 959557
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt 747  Q
    |||||| ||||  |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||    
T  959494 ctttttagatgacaaaatcaatcctcgtaaacacaacattcatggacctaggagacacaacatt 959557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 686 - 849
Target Start/End: Complemental strand, 4166114 - 4165945
Alignment:
Q  686 ttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt---atgtataaccatttggactctatgtaga-ggtcaa 781  Q
    |||||||||| |||| ||||| ||||||||||   ||| |  |||||||| ||||| |||||   ||| || ||| |||  |||||||||||| ||||||    
T  4166114 ttttggatggcaaaaccaatcctcgtaaacactatatttattgacctaggtgacatgacattgtcatgcatgaccttttaaactctatgtagaaggtcaa 4166015  T
Q  782 caacct--gatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca 849  Q
    ||||||  | ||||||| |  ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  4166014 caacctctggtgctaggaac-ccgaaagtgtcaaaagcaaatgatataaaagcatgttgattgtcagaaca 4165945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 801 - 849
Target Start/End: Complemental strand, 45749 - 45700
Alignment:
Q  801 ccgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca 849  Q
    ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  45749 ccgaaagtgtcaaaaacaaatggaataaaagcatgttgattgtcagaaca 45700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 91; Significance: 1e-43; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 626 - 931
Target Start/End: Original strand, 35310302 - 35310614
Alignment:
Q  626 tatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagactt-tttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattc 724  Q
    |||||||||||||| ||||  || |||||||||||||  ||||| |||||||| || || | ||||||||| |||| ||||  ||||||||||| |||||    
T  35310302 tatcaatattacttacacatgaataggaggcaagcgggcaacaagctgcgtcgttaaacctctttggatggcaaaaccaattctcgtaaacacaacattc 35310401  T
Q  725 acggacctaggagacataacat---tatgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagca 818  Q
    | ||||||||||||||||||||   |||| | |||| |||||||||||||||| |||| |||| |  ||||||| ||| || ||||||||||||||||||    
T  35310402 atggacctaggagacataacattgatatgcaaaaccctttggactctatgtagaaggttaacagcctctgatgccaggaag-ccgaaagtgtcaaaagca 35310500  T
Q  819 -atgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgca-cttttagggctacctgtcctaccgtaaaagca 915  Q
     |||| ||||||||||||||||||| ||||||  | ||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||| |  ||||||||||||||||||     
T  35310501 gatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcat-gtttggccactttgcttgacgcatcttttagggttgtctgtcctaccgtaaaagc- 35310598  T
Q  916 ccggacccttaaaccc 931  Q
    || ||||| |||||||    
T  35310599 cccgacccctaaaccc 35310614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 628 - 914
Target Start/End: Complemental strand, 13167161 - 13166867
Alignment:
Q  628 tcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctaga-ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcac 726  Q
    ||||||||| || ||||  || |||||||||| ||  ||||| ||||| ||||||| ||||||||||   | ||||||||||||||||| || ||||||     
T  13167161 tcaatattaattacacatgaataggaggcaagtgggcaacaagctgcgccgctagatctttttggataacagaatcaatcatcgtaaacccaacattcat 13167062  T
Q  727 ggacctaggagacataacat---tatgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaaca--acctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagc-aa 819  Q
    |||||||||||||||| |||   |||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||    ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||    
T  13167061 ggacctaggagacataccattgctatgcataaccctttggactctatgtagaaggtcaacagtctctgatgctaggaag-ccgaaagtgtcaaaagcaaa 13166963  T
Q  820 tgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgca-cttttagggctacctgtcctaccgtaaaagc 914  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||||  | ||||||| |||| ||||| ||| ||||||||  |||||||| |  |||||| |||||||||||    
T  13166962 tggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcat-gtttagccactttgcttgacgcagattttagggttgtctgtcccaccgtaaaagc 13166867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 621 - 897
Target Start/End: Complemental strand, 25663290 - 25663006
Alignment:
Q  621 tttaatatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacag 719  Q
    |||| |||||||||||||| ||||  || ||||||||| ||   ||||| |||||||| ||||| ||||||||||  |||  ||||| |||||||| ||     
T  25663290 tttactatcaatattacttacacataaaaaggaggcaaacgagcaacaagctgcgtcgttagacctttttggatgacaaagccaatcctcgtaaactcaa 25663191  T
Q  720 cattcacggacctaggagacataacat---tatgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaa 813  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||   |||| |||||| |||||||||||||||| || ||||||||  ||||||||||| || | |||||||||||    
T  25663190 cattcatggacctaggggacataacattgatatgcataaccctttggactctatgtagaagatcaacaacttctgatgctaggaag-ctgaaagtgtcaa 25663092  T
Q  814 aagc-aatgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgca-cttttagggctacc 897  Q
    |||| ||||| |||||| |||||||||| | ||||||  | ||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  25663091 aagcaaatggtataaaaacatgttgattatcagaacacgctttctcat-gtttggccactttgtttgatgcagcttttagggctacc 25663006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 621 - 849
Target Start/End: Original strand, 430451 - 430686
Alignment:
Q  621 tttaatatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacag 719  Q
    |||| |||||||||||||||||||  || ||||||||||| ||  |||| ||||  || ||||| ||||||||||| | |||||||| |||||||||||     
T  430451 tttactatcaatattacttgcacatgaataggaggcaagcagacnacaagctgcaccgatagacctttttggatggcataatcaatcctcgtaaacacaa 430550  T
Q  720 cattcacggacctaggagacataacat---tatgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaa 813  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||   |||| |||||| |||||| ||||||||| ||||||||  |  ||||||||| | ||  | ||||||||||    
T  430551 cattcatggacctaggagacataacattactatgcataaccctttggaatctatgtagaaggtcaactgcctctgatgctatgaag-acaaaagtgtcaa 430649  T
Q  814 aagc-aatgggataaaagcatgttgattgttagaaca 849  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  430650 aagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaaca 430686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 625 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 33692306 - 33691996
Alignment:
Q  625 atatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctaga-ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcatt 723  Q
    ||||||||||||||| ||||  || ||||||||||| |  ||||| ||||| ||||||| |||||||||||| |||| |||  |||||||||| | ||||    
T  33692306 atatcaatattacttacacatgaataggaggcaagcaggcaacaagctgcgccgctagatctttttggatggaaaaaccaa--atcgtaaacagaacatt 33692209  T
Q  724 cacggacctaggagacataaca---ttatgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaaca--acctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagc 817  Q
    || | ||||| |||||||||||   ||||| || ||| ||||||| |||||||| |||||||||    ||||||||| | || |||||||||||||||||    
T  33692208 catgaacctatgagacataacattgttatgcat-accctttggacactatgtagaaggtcaacagtctctgatgctaagaag-ccgaaagtgtcaaaagc 33692111  T
Q  818 -aatgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgca-cttttagggctacctgtcctaccgtaaaagc 914  Q
     ||||| | ||||||||||||||||| | ||||    || |||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||    
T  33692110 aaatggtacaaaagcatgttgattgtcataacacgttttgtcat-gtttggccactttgcttgacgcagcttttaggcctgcctgtcctaccgtaaaagc 33692012  T
Q  915 accggacccttaaaccc 931  Q
     || ||||| |||||||    
T  33692011 -cccgacccctaaaccc 33691996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 620 - 914
Target Start/End: Original strand, 27336543 - 27336843
Alignment:
Q  620 atttaatatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacaca 718  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||  || ||||| |||||||| || |||||||  |||||||| ||||| ||||| |||||||||| | ||||| |||    
T  27336543 atttactatcaatattacttacacatgaataggagacaagcggacaataaactgcaccgctagaccttttttgatggcaaaatcaatccttgtaaaaaca 27336642  T
Q  719 gcattcacggacctaggagacataacat---tatgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtca 812  Q
     |||||| |||| |||||||||||||||   |||  ||||||||||   |||||||||| ||||||||  |  ||||||||||| || ||  ||||||||    
T  27336643 acattcatggacttaggagacataacattgctatacataaccattt--tctctatgtagaaggtcaactgcctctgatgctaggaag-ccacaagtgtca 27336739  T
Q  813 aaagc-aatgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgc-acttttagggctacctgtcctaccgta 909  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||    ||||||| ||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||  |||    
T  27336740 aaagcaaatggtataaaagtatgttgattgtcagaacacgatttctcat-gtttgaccactttgcttgacgcaacttttagggctgtctgtcctattgta 27336838  T
Q  910 aaagc 914  Q
    |||||    
T  27336839 aaagc 27336843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 684 - 914
Target Start/End: Complemental strand, 37873832 - 37873595
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacattat---gtataaccatttggactctatgtaga-ggtc 779  Q
    |||||| ||| | |||||||||| || |||||||| ||||||  ||||||| || ||| ||||| |   | || ||| |||| |||||||||||| ||||    
T  37873832 cttttttgatagcaaaatcaatcctcttaaacacaacattcatagacctagaagtcatgacattgttctgcatgaccctttgaactctatgtagaaggtc 37873733  T
Q  780 aacaacct--gatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaacaacctt-ctcatggtttggccaccttgt 875  Q
    ||||||||  | ||||||| || || |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||| ||||||  ||| |||||| ||||||||| |||     
T  37873732 aacaacctctggtgctaggaag-ccaaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaaacatgttgattgtcagaacacgctttctcatg-tttggccactttgc 37873635  T
Q  876 ttgacgca-cttttagggctacctgtcctaccgtaaaagc 914  Q
    |||||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||    
T  37873634 ttgacgcaacttttagagctgtctgtcctaccgtaaaagc 37873595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 685 - 913
Target Start/End: Complemental strand, 32269990 - 32269755
Alignment:
Q  685 tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacat---tatgtataaccatttggactctatgtag-aggtca 780  Q
    |||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||   |||| || ||| |||| |||  ||| || ||||||    
T  32269990 tttttggatggcgaaatcaatcctcgtaaacacaacattcatggacctaggagacatgacattgctatgcatgaccttttgaacttcatgcagaaggtca 32269891  T
Q  781 acaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagc-aatgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtt 876  Q
    |||||  ||  ||||||| | | ||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||| |||||| || ||||||| ||||| |||| ||| |    
T  32269890 acaacctctagtgctaggaaat-cgaaagtatcaaaagcaaatggtataaaagcgtgttgattgtcagaacacactttctcat-gtttgaccactttggt 32269793  T
Q  877 tgacgca-cttttagggctacctgtcctaccgtaaaag 913  Q
    ||| ||| ||||||||| | | ||||||||| ||||||    
T  32269792 tgatgcagcttttagggttgcatgtcctaccataaaag 32269755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 804 - 914
Target Start/End: Complemental strand, 3114232 - 3114120
Alignment:
Q  804 aaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaacaacctt-ctcatggtttggccaccttgtttgacgca-cttttagggctacctgt 900  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||| ||| ||||||  ||| |||||| ||||||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  3114232 aaagtgtcaaaaacaaatggtataaaaacatgttgactgtcagaacatgctttctcatg-tttggccactttgtttgatgcaacttttagggctgcctgt 3114134  T
Q  901 cctaccgtaaaagc 914  Q
    ||||||||||||||    
T  3114133 cctaccgtaaaagc 3114120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 672 - 775
Target Start/End: Complemental strand, 2566302 - 2566195
Alignment:
Q  672 tgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacat---tatgtataaccatttggactc 767  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| | ||| ||||||||||| ||||   |||| || ||| |||| ||||    
T  2566302 tgcgccgctagacctttttggatggcaaaatcaatcctcgtaaacacaacattgatggatctaggagacatgacattgctatgcatgaccttttgaactc 2566203  T
Q  768 tatgtaga 775  Q
    ||||||||    
T  2566202 tatgtaga 2566195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 684 - 747
Target Start/End: Original strand, 23023508 - 23023571
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt 747  Q
    |||||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||    
T  23023508 ctttttggatgacaaaatcaatcttcgtaaacacaacattcatcgacctaggagacatgacatt 23023571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 665 - 849
Target Start/End: Original strand, 42921591 - 42921781
Alignment:
Q  665 aacaaactgcgtcgctaga-ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt---atgtataaccatt 760  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||||||||||| |||| ||||| | |||||||||  ||| | |||| |||||||||| |||||   ||| || ||| |     
T  42921591 aacaagctgcgccgctagatctttttggatggcaaaaccaatccttgtaaacacaatatt-atggacttaggagacatgacattgttatgcatgaccttc 42921689  T
Q  761 tggactctatgtaga-ggtcaacaacct--gatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca 849  Q
    || |||||||||||| || |||||||||  | ||||||| |  |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  42921690 tgaactctatgtagaaggccaacaacctctggtgctaggaaa-ccgaaagtgtcataagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaaca 42921781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 685 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 15292218 - 15292165
Alignment:
Q  685 tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggaga 738  Q
    ||||||||||| |||||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||    
T  15292218 tttttggatggcaaaatcaatcctcataaacacaacattcatggacctaggaga 15292165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 803 - 849
Target Start/End: Original strand, 14423715 - 14423762
Alignment:
Q  803 gaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca 849  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  14423715 gaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaaca 14423762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 85; Significance: 5e-40; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 620 - 849
Target Start/End: Original strand, 26772606 - 26772842
Alignment:
Q  620 atttaatatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacaca 718  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||  || |||||||||||||  ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  26772606 atttattatcaatattacttacacatgaataggaggcaagcgggcaacaagctgcgccgctagacctttttggatggcaaaatcaatcctcgtaaacaca 26772705  T
Q  719 gcattcacggacctaggagacataaca---ttatgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtca 812  Q
     |||||| |||||||||||||||||||   ||||| |||| | |||| ||||||| ||| ||||||||  |  ||||||||||| || || |||||||||    
T  26772706 acattcatggacctaggagacataacattgttatgcataatcctttgtactctatatagaaggtcaactgcctctgatgctaggaag-ccaaaagtgtca 26772804  T
Q  813 aaagc-aatgggataaaagcatgttgattgttagaaca 849  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  26772805 aaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaaca 26772842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 655 - 911
Target Start/End: Complemental strand, 39583453 - 39583189
Alignment:
Q  655 gcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacat---tatg 750  Q
    |||||| || |||||  |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||| | ||||||||||||| ||||   ||||    
T  39583453 gcaagcagacaacaagttgcgccgctagacctttttggatggcaaaatcaatcctcgtaaacacgacattcatgaacctaggagacatgacattgctatg 39583354  T
Q  751 tataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaacc--tgatgctagggagtccgaaagtgtc-aaaagcaatgggataaaagcatgttgattgttaga 846  Q
     || ||| |||| |||||||| || ||||||||||||  |||||||| |||  ||||||||||| ||||  ||||  ||||||||||||||||||| |||    
T  39583353 catgaccctttgaactctatgcagaaggtcaacaacctatgatgcta-ggaaaccgaaagtgtcgaaaacaaatgatataaaagcatgttgattgtcaga 39583255  T
Q  847 aca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgca-cttttagggctacctgtcctaccgtaaa 911  Q
    |||  | ||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||    
T  39583254 acacgctttctcat-gtttggccactttgcttgacgcagcttttagggctgcctatcctaccataaa 39583189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 653 - 913
Target Start/End: Original strand, 44198648 - 44198916
Alignment:
Q  653 aggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacat---ta 748  Q
    ||||||||||| ||||| ||| ||||||  || ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||   ||    
T  44198648 aggcaagcggacaacaagctgtgtcgctcaacctttttggatggcaaaatcaattatcgcaaacacaacattcatggacctaggagacatgacattgcta 44198747  T
Q  749 tgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaacct--gatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagc-aatgggataaaagcatgttgattgtta 844  Q
    || |||||| | || ||||||||||| ||||||||| |||  | || ||  ||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | |    
T  44198748 tgcataaccttctgaactctatgtagaaggtcaacagcctcgggtgtta-agaaaccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattctca 44198846  T
Q  845 gaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgc-acttttagggctacctgtcctaccgtaaaag 913  Q
    |||||  | ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||| |||| ||||| |||||||    
T  44198847 gaacacgctttctcat-gtttggccactttgcttgacgcaacttttagagctgcctgacctacggtaaaag 44198916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 688 - 913
Target Start/End: Original strand, 53785626 - 53785858
Alignment:
Q  688 ttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt---atgtataaccatttggactctatgtaga-ggtcaaca 783  Q
    |||||||| |||| ||||| ||||||||| | |||||| ||||||||||||||| |||||   ||| || ||| |||| |||||||||||| ||||||||    
T  53785626 ttggatggcaaaaccaatcctcgtaaacataacattcatggacctaggagacatgacattgctatgcatgaccttttgaactctatgtagaaggtcaaca 53785725  T
Q  784 acct--gatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttga 879  Q
    ||||  | ||||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||  | ||||| | |||||||||||||  ||||    
T  53785726 acctctggtgctaggaaa-ccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcgt-gtttggccaccttacttga 53785823  T
Q  880 cgc-acttttagggctacctgtcctaccgtaaaag 913  Q
    |||  |||| |||||| ||| |||||| |||||||    
T  53785824 cgcggctttaagggctgcctatcctacggtaaaag 53785858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 620 - 849
Target Start/End: Complemental strand, 38671139 - 38670903
Alignment:
Q  620 atttaatatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagactttttg-gatgggaaaatcaatcatcgtaaacaca 718  Q
    ||||| ||||||||||| || ||||  || |||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||  ||||| |||| ||||| ||||| |||||    
T  38671139 atttactatcaatattatttacacataaataggaggtaagcggacaacaagctgcgccgctagacttttttagatggcaaaaccaatcctcgtacacaca 38671040  T
Q  719 gcattcacggacctaggagacataacat---tatgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtca 812  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||   |||| |||||  ||| |||||||||||| |||||| |  |  ||||||||||  || || |||||||||    
T  38671039 acattcatggacctaggagacataacattgctatgcataactctttagactctatgtagaaggtcatccgcctctgatgctagaaag-ccaaaagtgtca 38670941  T
Q  813 aaagc-aatgggataaaagcatgttgattgttagaaca 849  Q
    ||| | ||| | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  38670940 aaaacaaattgtataaaagcatgttgattgtcagaaca 38670903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 653 - 842
Target Start/End: Original strand, 32546676 - 32546872
Alignment:
Q  653 aggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacat---ta 748  Q
    ||||||||||  ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||| |||||| |||||| ||||||||||||||| ||||   ||    
T  32546676 aggcaagcgggcaacaagctgcgccgctagacctttttggatggcaaaaccaatcctcgtgaacacaacattcatggacctaggagacatgacattacta 32546775  T
Q  749 tgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaacc--tgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagc-aatgggataaaagcatgttgattgt 842  Q
    || || ||  |||| ||||||||||| ||||||||| ||  || ||||| |||  | ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  32546776 tgcatgactttttgaactctatgtagaaggtcaacagcctttggtgcta-ggaaactgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagtatgttgattgt 32546872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 680 - 847
Target Start/End: Original strand, 7900767 - 7900940
Alignment:
Q  680 tagactttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacat---tatgtataaccatttggactctatgtag-a 775  Q
    |||| ||||||||||| ||||  |||||| ||||||| |  ||| | |||||||||| |||||||||   ||||||||| | ||   ||||||||||| |    
T  7900767 tagattttttggatggtaaaactaatcattgtaaacaaaatattgatggacctaggaaacataacattgctatgtataatccttcaaactctatgtagaa 7900866  T
Q  776 ggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagc-aatgggataaaagcatgttgattgttagaa 847  Q
    ||||||||||  ||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  7900867 ggtcaacaacctctgatgctaggaag-ccgaaagtgtcaaaaacaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaa 7900940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 653 - 913
Target Start/End: Original strand, 13582391 - 13582658
Alignment:
Q  653 aggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataaca---tta 748  Q
    ||||||||||  || |||| |||||||||| | |||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||| || |||||||||||| |||   |||    
T  13582391 aggcaagcgggcaataaacagcgtcgctaggcctttttggatggctaaatcaatcttcgtaaacacaacattcatggtcctaggagacatgacattgtta 13582490  T
Q  749 tgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaa--cctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagcaatgggataaaagcatgttgattgttag 845  Q
    || || ||| |||| ||||| ||||| ||||||||||    || ||||||| | | | ||||||| ||||  ||||| |||||| || ||||||||| ||    
T  13582491 tgcatgaccttttgaactctctgtagaaggtcaacaattgttggtgctaggaaat-caaaagtgtaaaaacaaatggtataaaaacacgttgattgtcag 13582589  T
Q  846 aaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgca-cttttagggctacctgtcctaccgtaaaag 913  Q
    |||| || |||| || |||||  ||| ||| |||||||| ||||||||||| | |||||||| |||||||    
T  13582590 aacacactttcttat-gtttgatcactttgattgacgcagcttttagggctgcttgtcctacggtaaaag 13582658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 672 - 849
Target Start/End: Complemental strand, 52741719 - 52741535
Alignment:
Q  672 tgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt---atgtataaccatttggactc 767  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||| |||| || |||  ||  | ||| ||||||||||| |||||   ||| || ||| |||| ||||    
T  52741719 tgcgtcgctagacctttttggatggcaaaacaaatcttcgtgaatacaagataaatggatctaggagacatgacattgctatgcatgaccttttgaactc 52741620  T
Q  768 tatgtaga-ggtcaacaacct--gatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca 849  Q
    |||||||| ||||||||||||  | ||||||| |  || |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  52741619 tatgtagaaggtcaacaacctctggtgctaggaaa-ccaaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaaca 52741535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 684 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 4669857 - 4669794
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt 747  Q
    ||||||||||   |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  4669857 ctttttggataacaaaatcaatcatcgtaaacacaacattcatggaccaaggagacatgacatt 4669794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 684 - 747
Target Start/End: Original strand, 38145969 - 38146032
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt 747  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| |||||    
T  38145969 ctttttagatgacaaaatcaatcatcgtaaacacaacgttcatggacctaggagacatgacatt 38146032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 684 - 849
Target Start/End: Complemental strand, 52412085 - 52411914
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt---atgtataaccatttggactctatgtaga-ggtc 779  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||  ||| | ||  ||||||||||| |||||   ||| || ||| |||| |||||||||||| ||||    
T  52412085 ctttttggatggcaaaatcaatcattgtaaacacaatatttatgggtctaggagacatgacattgttatgcatgaccctttgaactctatgtagaaggtc 52411986  T
Q  780 aacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca 849  Q
    ||| ||  ||  || |||  || | ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  52411985 aacgacatctagtgttagaaag-ctgaaagtgtcaaaagcaaatggaataaaagcatgttgattgtcagaaca 52411914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 684 - 913
Target Start/End: Complemental strand, 3443506 - 3443270
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt---atgtataaccatttggactctatgtaga-ggtc 779  Q
    |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||  ||  |||||||||  |||||   | | || ||| |||| |||||||||||| ||||    
T  3443506 ctttgtggatggcaaaaccaatcatcgtaaacacaacattcatagatttaggagacaagacattcctacgcatgaccctttgaactctatgtagaaggtc 3443407  T
Q  780 aacaacctga--tgctagggagtccgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgt 875  Q
    ||||||||    ||||||| |  | ||||||||||| || || ||| |||||||||||||||||||||||| | || || |||| |||||||||  |||     
T  3443406 aacaacctctagtgctaggaaa-ctgaaagtgtcaacagaaaatggtataaaagcatgttgattgttagaatacactttttcat-gtttggccattttgc 3443309  T
Q  876 ttgacgc-acttttagggctacctgtcctaccgtaaaag 913  Q
    ||||||| ||||||||| ||  |||||||| ||||||||    
T  3443308 ttgacgcaacttttaggactctctgtcctatcgtaaaag 3443270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 732 - 842
Target Start/End: Original strand, 51234577 - 51234693
Alignment:
Q  732 taggagacataacatt---atgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtc-aaaagcaatggga 824  Q
    ||||||||||||||||   ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||  ||| |||||||||| ||||  ||||| |    
T  51234577 taggagacataacattgttatgcataaccttttgaactctatgtagaaggtcaacaacctctgatgctagaaagt-cgaaagtgtcaaaaataaatggta 51234675  T
Q  825 taaaagcatgttgattgt 842  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  51234676 taaaagcatgttggttgt 51234693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 684 - 733
Target Start/End: Original strand, 26276528 - 26276577
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggaccta 733  Q
    |||||||||||| |||||||||| || |||||||| |||||| |||||||    
T  26276528 ctttttggatggcaaaatcaatcctcataaacacaacattcatggaccta 26276577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 684 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 32691060 - 32690995
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacattat 749  Q
    |||||||||||  |||||||||| || |||||||| ||||||  ||| |||||||||||| |||||    
T  32691060 ctttttggatgataaaatcaatcctcttaaacacaacattcatagacttaggagacataatattat 32690995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 818 - 913
Target Start/End: Original strand, 49018016 - 49018112
Alignment:
Q  818 aatgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacg-cacttttagggctacctgtcctaccgtaaaag 913  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||| |||||| |||  ||||| |||| | | ||||||||||||||||    
T  49018016 aatggtataaaaacatgttgattgttagaacacactttctcat-gtttggtcactttgttttacgtaactttcagggttgcttgtcctaccgtaaaag 49018112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 76; Significance: 1e-34; HSPs: 21)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 620 - 914
Target Start/End: Complemental strand, 28517546 - 28517244
Alignment:
Q  620 atttaatatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagacttttt-ggatgggaaaatcaatcatcgtaaacaca 718  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||  || ||||||||  |||  ||||| ||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||    
T  28517546 atttactatcaatattacttacacatgaataggaggcagacgggcaacaagctgtgtcgctagacttttttggatggcaaaaccaatcctcgtaaacaca 28517447  T
Q  719 gcattcacggacctaggagacataaca---ttatgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaac--aacctgatgctagggagtccgaaagtgtca 812  Q
     |||||| |||| ||||||||||||||   ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||     ||||||||||| ||| | |||||||||    
T  28517446 acattcatggacttaggagacataacattgttatgcataaccctttggactctatgtagaaggtcaactgtctctgatgctaggaagt-caaaagtgtca 28517348  T
Q  813 aaagc-aatgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgca-cttttagggctacctgtcctaccgta 909  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||||||||||   ||||  | ||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||| |  ||||||||| |||    
T  28517347 aaagcaaatggtataaaaacatgttgattgtctaaacacgctttctcat-gtttggccactttgcttgacgcagcttttagggttgtctgtcctactgta 28517249  T
Q  910 aaagc 914  Q
    |||||    
T  28517248 aaagc 28517244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 653 - 913
Target Start/End: Complemental strand, 21327064 - 21326796
Alignment:
Q  653 aggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacat---ta 748  Q
    |||||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||| |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||   ||    
T  21327064 aggcaagcagacaacaagctgcgccgttagacctttttggatggcaaaatcaatcctcgtgaacacaacattcatggacctaggagacataacattgcta 21326965  T
Q  749 tgtataaccatttggactctatgt-agaggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagc-aatgggataaaagcatgttgattgtta 844  Q
    || || ||| |||| ||||||||| | ||||||||| |  ||| ||||||| | | |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |    
T  21326964 tgcatgaccttttgaactctatgtaaaaggtcaacagcctctggtgctaggaaat-cgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtca 21326866  T
Q  845 gaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgc-acttttagggctacctgtcctaccgtaaaag 913  Q
    |||||  | ||||||| |||||||||| ||| |||||||  |||||||||||   |||||||| |||||||    
T  21326865 gaacacgctttctcat-gtttggccactttgcttgacgcggcttttagggctgtttgtcctacggtaaaag 21326796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 650 - 849
Target Start/End: Complemental strand, 40726709 - 40726503
Alignment:
Q  650 aggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataaca--- 745  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||  | ||||| ||||||||||| |||||||||| || |||||||| |||||| ||| |||||||||||| ||       
T  40726709 aggaggcaagcgggcaacaagctgcgatgttagacatttttggatggcaaaatcaatcctcataaacacaacattcatggatctaggagacatagcattg 40726610  T
Q  746 ttatgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagc-aatgggataaaagcatgttgattg 841  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| | || ||||||||||||||| | ||||| |||||| |||||||||||    
T  40726609 ttatgcataaccctttggactctatgtagaaggtcaacaacctctgatgctatgaag-ccgaaagtgtcaaaaacaaatggtataaaaacatgttgattg 40726511  T
Q  842 ttagaaca 849  Q
    | ||||||    
T  40726510 tcagaaca 40726503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 626 - 842
Target Start/End: Original strand, 5825127 - 5825350
Alignment:
Q  626 tatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattc 724  Q
    |||||||||| ||| ||||  || ||||||||||| | |||||| ||||| ||  |||| ||||| ||||| |||| ||||| ||||||||||| ||| |    
T  5825127 tatcaatatttcttacacatgaataggaggcaagcaggtaacaagctgcgccgtaagacctttttcgatggcaaaaccaatcctcgtaaacacaacatcc 5825226  T
Q  725 acggacctaggagacataacatt---atgtataaccatttggactctatgtaga-ggtcaacaacct--gatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagca 818  Q
    |  ||||||||||||||||||||   ||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||  | |||||||  | |||||||||||||||| |    
T  5825227 atagacctaggagacataacattgctatgcataaccctttcgactctatgtagaaggtcaacaacctctggtgctaggatg-ccgaaagtgtcaaaagta 5825325  T
Q  819 a-tgggataaaagcatgttgattgt 842  Q
    | ||| |||||| ||||||||||||    
T  5825326 aatggtataaaaacatgttgattgt 5825350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 671 - 905
Target Start/End: Original strand, 19277190 - 19277434
Alignment:
Q  671 ctgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgta--aacacagcattcacggacctaggagacataacatt---atgtataaccatttgga 764  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||  ||||   |||||| |||||| ||||||||||||||| |||||   ||| || ||| |||| |    
T  19277190 ctgcgccgctagacctttttggatggcaaaaccaattttcgtgtgaacacaacattcatggacctaggagacatgacattgctatgcatgaccttttgaa 19277289  T
Q  765 ctctatgtaga-ggtcaacaacct--gatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcat 859  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  | ||||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||    
T  19277290 ctctatgtagaaggtcaacaacctctggtgctaggaaa-ccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcat 19277388  T
Q  860 ggtttggccaccttgtttgacgca-cttttagggctacctgtcctac 905  Q
     ||||||| || ||| |||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  19277389 -gtttggctactttgcttgacgcagcttttaggactgcctgtcctac 19277434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 684 - 913
Target Start/End: Original strand, 22197900 - 22198135
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatta-tgt-ataaccatttggactctatgtaga-ggtca 780  Q
    |||||||||||  ||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||||||| || ||  | | |||||| |||| |||||||||||| |||||    
T  22197900 ctttttggatgacaaaatcaattatcgtaaacacaacattcattgacctaggagacatgacgttgctatcataaccttttgaactctatgtagaaggtca 22197999  T
Q  781 acaacct--gatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtt 876  Q
    |||||||  ||||||||| |  ||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||| |||||| ||| ||| |    
T  22198000 acaacctctgatgctaggaaa-ccgaaagtgacaaaagcaaatggtataaaaacatgttgattgttggaacacactttctcat-gtttggtcactttgct 22198097  T
Q  877 tgacg-cacttttagggctacctgtcctaccgtaaaag 913  Q
    ||||| | ||||||||||| |  |||||||| ||||||    
T  22198098 tgacgccgcttttagggctgcgcgtcctaccataaaag 22198135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 684 - 913
Target Start/End: Complemental strand, 22239921 - 22239686
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatta-tgt-ataaccatttggactctatgtaga-ggtca 780  Q
    |||||||||||  ||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||||||| || ||  | | |||||| |||| |||||||||||| |||||    
T  22239921 ctttttggatgacaaaatcaattatcgtaaacacaacattcattgacctaggagacatgacgttgctatcataaccttttgaactctatgtagaaggtca 22239822  T
Q  781 acaacct--gatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtt 876  Q
    |||||||  ||||||||| |  ||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||| |||||| ||| ||| |    
T  22239821 acaacctctgatgctaggaaa-ccgaaagtgacaaaagcaaatggtataaaaacatgttgattgttggaacacactttctcat-gtttggtcactttgct 22239724  T
Q  877 tgacg-cacttttagggctacctgtcctaccgtaaaag 913  Q
    ||||| | ||||||||||| |  |||||||| ||||||    
T  22239723 tgacgccgcttttagggctgcgcgtcctaccataaaag 22239686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 631 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 45003145 - 45003028
Alignment:
Q  631 atattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacgga 729  Q
    ||||||||| ||||  || |||||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||| ||     
T  45003145 atattacttacacatgaataggaggcaagcggacaataagctgcgccgctagacctttttggatggcaaaatcaatcttcgtaaacacaacattcatggt 45003046  T
Q  730 cctaggagacataacatt 747  Q
    |||| |||||||||||||    
T  45003045 cctatgagacataacatt 45003028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 684 - 842
Target Start/End: Original strand, 48539094 - 48539258
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacat---tatgtataaccatttggactctatgtaga-ggtc 779  Q
    |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||   |||| || ||| ||||||||||||||||| | ||    
T  48539094 ctttttggatggcaaaaccaatcctcgtaaacacaacattcatggacctaggagacatgacattgctatgcatgaccttttggactctatgtagacgatc 48539193  T
Q  780 aacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagc-aatgggataaaagcatgttgattgt 842  Q
    |||| |  ||| ||||| | |  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  48539194 aacagcctctggtgcta-gaaaaccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgt 48539258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 665 - 905
Target Start/End: Original strand, 982842 - 983090
Alignment:
Q  665 aacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt---atgtataaccatt 760  Q
    ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| || | ||||| |||| |||||| |||||| |||| ||| |||||| |||||   ||| || ||| ||    
T  982842 aacaagctgtgtcgctagacctttttggatggcaataccaatcctcgtgaacacaacattcatggacatagaagacatgacattgatatgcatgaccttt 982941  T
Q  761 tggactctatgtaga-ggtcaacaacct--gatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttc 855  Q
    || |||||||||||| || |||||||||  | ||||||  |  |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||    |||    
T  982942 tgaactctatgtagaaggccaacaacctctggtgctagaaaa-ccgaaagtatcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgatttc 983040  T
Q  856 tcatggtttggccaccttgtttgacgca-cttttagggctacctgtcctac 905  Q
    |||| |||||||||| ||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||    
T  983041 tcat-gtttggccactttgcttgacgcagcttttatggctgcctgtcctac 983090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 685 - 913
Target Start/End: Original strand, 27521385 - 27521620
Alignment:
Q  685 tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataaca---ttatgtataaccatttggactctatgtag-aggtca 780  Q
    ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||  ||| |||||||||| |||   ||||| || ||| |||| ||||||||||| ||||||    
T  27521385 tttttcgatggcaaaatcaatcctcgtaaacacaacattcatagacttaggagacatgacattgttatgcatgaccttttgaactctatgtagaaggtca 27521484  T
Q  781 acaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaag-caatgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtt 876  Q
    |||||  ||||||||| |||  || |||||||||||||  ||| | ||||| ||||||||||||| ||||||    ||||||| ||||| |||| |||||    
T  27521485 acaacctctgatgcta-ggaaaccaaaagtgtcaaaagtaaattgtataaatgcatgttgattgtcagaacacgttttctcat-gtttgaccactttgtt 27521582  T
Q  877 tgacgc-acttttagggctacctgtcctaccgtaaaag 913  Q
    | |||| ||||||| || | | ||||||||||||||||    
T  27521583 taacgcaacttttaagggtgcatgtcctaccgtaaaag 27521620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 620 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 36931961 - 36931887
Alignment:
Q  620 atttaatatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagactttttggatg 694  Q
    ||||| |||||||||||||| || |  || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  36931961 atttactatcaatattacttacatatgaataggaggcaagcggataacaagctgcgccgctagactttttggatg 36931887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 653 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 45614068 - 45613982
Alignment:
Q  653 aggcaagcggataacaaactgcgtcgctagacttttt-ggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggaga 738  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||| |||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  45614068 aggcaagcggacaacaagctgcgccgctagaccttttcggatggcaaaaccaatcctcgtaaacacaacattcatggacctaggaga 45613982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 653 - 787
Target Start/End: Complemental strand, 25187157 - 25187018
Alignment:
Q  653 aggcaagcggataacaaactgcgtcgctaga-ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacat---ta 748  Q
    ||||||||||  ||||| ||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||||| |  |||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||   ||    
T  25187157 aggcaagcgggcaacaagctgcgccgctagatctttttagatggtaaaatcaatcattgggaacacaacattcatggatctaggagacatgacattgcta 25187058  T
Q  749 tgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaacct 787  Q
    || || ||| |||| ||||||| ||| |||||||||||||    
T  25187057 tgcatgaccttttgaactctatatagaaggtcaacaacct 25187018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 685 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 41117963 - 41117901
Alignment:
Q  685 tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt 747  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| |||| |||||    
T  41117963 tttttggatagcaaaatcaatcatcgtgaacacaacattcatggacctaggaaacatgacatt 41117901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 804 - 913
Target Start/End: Original strand, 4501296 - 4501407
Alignment:
Q  804 aaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgca-cttttagggctacctgt 900  Q
    |||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||| ||||||  | ||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||| |   |||    
T  4501296 aaagtgtcaaaagcaaattatataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcat-gtttggccactttgtttgacgcagcttttagggttgtttgt 4501394  T
Q  901 cctaccgtaaaag 913  Q
    ||||| |||||||    
T  4501395 cctacggtaaaag 4501407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 664 - 849
Target Start/End: Original strand, 24527481 - 24527673
Alignment:
Q  664 taacaaactgcgtcgctaga-ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt---atgtataaccat 759  Q
    |||||| ||||| ||||||| |||||||||||  |||| ||||| |||| || ||| |||||| ||||| |||||| || |||||   ||| || ||| |    
T  24527481 taacaagctgcgccgctagatctttttggatgacaaaaccaatcctcgtgaatacaacattcatggaccaaggagaaatgacattgctatgcatgacctt 24527580  T
Q  760 ttggactctatgtaga-ggtcaacaacctga--tgctagggagtccgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca 849  Q
    ||| |||||||||||| |||||||  |||    ||||||| |  | ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  24527581 ttgaactctatgtagaaggtcaaccgcctctcgtgctaggaaa-ctgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaaca 24527673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 684 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 27027824 - 27027761
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt 747  Q
    |||||||||| | |||| ||||| |||| |||||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  27027824 ctttttggatagcaaaaccaatcctcgtgaacacaacattcatggacctaggagacatgacatt 27027761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 684 - 747
Target Start/End: Original strand, 32584513 - 32584576
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt 747  Q
    |||||||||||| |||||||||| | ||||||||| ||||||  || ||| |||||||||||||    
T  32584513 ctttttggatggtaaaatcaatctttgtaaacacaacattcatcgatctatgagacataacatt 32584576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 619 - 705
Target Start/End: Original strand, 38766171 - 38766258
Alignment:
Q  619 aatttaatatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctaga-ctttttggatgggaaaatcaat 705  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||  || |||||||||||||  ||||| |||||  |||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  38766171 aatttactatcaatattacttacacatgaataggaggcaagcgggcaacaagctgcgcagctagacctttttggatggcaaaaccaat 38766258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 672 - 732
Target Start/End: Original strand, 38839226 - 38839287
Alignment:
Q  672 tgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacct 732  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||    
T  38839226 tgcgtcgttagacatttttggatggtaaaaccaatcttcgtaaacacaacattcatggacct 38839287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 72; Significance: 3e-32; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 684 - 914
Target Start/End: Original strand, 3187883 - 3188120
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacat---tatgtataaccatttggactctatgtag-aggtc 779  Q
    |||||||||||| |||| ||||  ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||   |||| |||||| ||| |||||||||||| ||||     
T  3187883 ctttttggatggcaaaaccaattctcgtaaacacaacattcatggacctaggagacataacattgctatgcataacccttt-gactctatgtagaaggtt 3187981  T
Q  780 aacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagc-aatgggataaaagcatgttgattgttagaacaacctt-ctcatggtttggccaccttgt 875  Q
    ||||||  ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||| |||| ||||| |||     
T  3187982 aacaacctctgatgctaggaag-ccgaaagtttcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgcttcctcat-gttttgccactttgc 3188079  T
Q  876 ttgacgc-acttttag-ggctacctgtcctaccgtaaaagc 914  Q
    |||| || |||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  3188080 ttgatgcaacttttagaggcttcctgtcctaccgtaaaagc 3188120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 653 - 914
Target Start/End: Original strand, 38815175 - 38815444
Alignment:
Q  653 aggcaagcggataacaaactgcgtcgcta-gactttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacat---ta 748  Q
    ||||||||||  ||||| ||||| ||||| | |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||   ||    
T  38815175 aggcaagcgggcaacaagctgcgccgctaagcctttttggatggaaaaaccaatcctcgtaaacacaacattcatggacctaggagacatgacattgcta 38815274  T
Q  749 tgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagc-aatgggataaaagcatgttgattgtta 844  Q
    || || ||| |||| ||||||||||| ||||||||| |  ||| ||||||| || | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |    
T  38815275 tgcatgaccctttgaactctatgtagaaggtcaacaccctctggtgctaggaag-cggaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtca 38815373  T
Q  845 gaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacg-cacttttagggctacctgtcctaccgtaaaagc 914  Q
    |||||  | ||||||| |||||||||| ||||||| ||   |||||||||||  |||||||||| |||||||    
T  38815374 gaacacgctttctcat-gtttggccactttgtttggcgtggcttttagggctgtctgtcctaccataaaagc 38815444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 665 - 914
Target Start/End: Original strand, 39434560 - 39434817
Alignment:
Q  665 aacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacat---tatgtataaccatt 760  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||| ||||   |||| |||||| ||    
T  39434560 aacaagctgcgccgctagacctttttggatggcaaaatcaatcctcgtaaacacaacattcatggatctaagagacattacattgatatgcataaccctt 39434659  T
Q  761 tggactctatgtag-aggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagc-aatgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttc 855  Q
    |||||||||||||| || ||||   |  ||||||||||| ||| | |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||  | |||    
T  39434660 tggactctatgtagaagatcaaatgcctctgatgctaggaagt-caaaagtgtcaaaaacaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttc 39434758  T
Q  856 tcatggtttggccaccttgtttgacgc-acttttagggctacctgtcctaccgtaaaagc 914  Q
    |||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  39434759 tcat-gtttggccactttgcttgacgcaacttttagagcttcctgtcctactgtaaaagc 39434817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 653 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 22589562 - 22589428
Alignment:
Q  653 aggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacat---ta 748  Q
    ||||||||||  ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||| |||||| ||||||  |||||| ||||||| ||||   ||    
T  22589562 aggcaagcgggcaacaagctgcgccgctagacctttttggatggcaaaaccaatcctcgtgaacacaacattcatagacctatgagacatgacattgcta 22589463  T
Q  749 tgtataaccatttggactctatgtagaggtcaaca 783  Q
    || || ||| |||| |||||||||| | |||||||    
T  22589462 tgcatgaccttttgaactctatgtaaaagtcaaca 22589428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 671 - 747
Target Start/End: Original strand, 24451021 - 24451096
Alignment:
Q  671 ctgcgtcgctagactttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt 747  Q
    ||||| |||||||  |||||||||| |||| |||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  24451021 ctgcgccgctagatattttggatggcaaaa-caatcatcgtgaacacaacattcatggacctaggagacatgacatt 24451096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 801 - 913
Target Start/End: Original strand, 500262 - 500376
Alignment:
Q  801 ccgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgc-acttttagggctacc 897  Q
    |||||| ||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||    ||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||  |    
T  500262 ccgaaaatgtcaaaagtaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgttttctcat-gtttggccactttgcttgacgcaacttttagggctgtc 500360  T
Q  898 tgtcctaccgtaaaag 913  Q
     |||||||||||||||    
T  500361 ggtcctaccgtaaaag 500376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 657 - 747
Target Start/End: Original strand, 4066731 - 4066821
Alignment:
Q  657 aagcggataacaaactgcgtcgctagactttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt 747  Q
    ||||||| |||||  |||||| |||  |||||||||||| |||| |||||||||| |||||| || ||| |||||||||| |||| |||||    
T  4066731 aagcggacaacaagttgcgtcactaagctttttggatggtaaaaccaatcatcgtgaacacaacagtcatggacctaggacacattacatt 4066821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 685 - 747
Target Start/End: Original strand, 8882258 - 8882320
Alignment:
Q  685 tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt 747  Q
    ||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  8882258 ttttttgatggcaaaattaatcctcgtaaacacaacattcatggacctaggagacatgacatt 8882320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 665 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 25022028 - 25021945
Alignment:
Q  665 aacaaactgcgtcgctagacttttt-ggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt 747  Q
    ||||| || |||||||||| ||||| |||||  |||||||||||| ||||||||| |||||  |||||||||||| || |||||    
T  25022028 aacaagctacgtcgctagaattttttggatgataaaatcaatcattgtaaacacaacattcctggacctaggagatatgacatt 25021945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 67; Significance: 3e-29; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 620 - 847
Target Start/End: Original strand, 28224848 - 28225082
Alignment:
Q  620 atttaatatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacaca 718  Q
    ||||| |||||||||||||| || |  || ||||| |||||||  || || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||  |||| || ||||||||    
T  28224848 atttactatcaatattacttacaaatgaataggagacaagcgggcaataagctgcgccgctagacctttttggatggcaaaacaaatcttcataaacaca 28224947  T
Q  719 gcattcacggacctaggagacataacatt---atgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtca 812  Q
     ||||||  |||||||||||||||| |||   ||| |||| | |||||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||| || ||||||||||||    
T  28224948 acattcattgacctaggagacataatattgtcatgcataatcctttggactctatgtagaaggtcaacaacctctgaagctaggaag-ccgaaagtgtca 28225046  T
Q  813 aaagc-aatgggataaaagcatgttgattgttagaa 847  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  28225047 aaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaa 28225082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 665 - 913
Target Start/End: Complemental strand, 4413280 - 4413024
Alignment:
Q  665 aacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt---atgtataaccatt 760  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| || | |||||| |||||| ||||||||||||||| || ||   ||| || ||| ||    
T  4413280 aacaagctgcgccgctagacctttttggatggcaaaatcaatcctcatgaacacaacattcatggacctaggagacatgactttgctatgcatgaccttt 4413181  T
Q  761 tggactctatgtaga-ggtcaacaacct--gatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttc 855  Q
    || || ||||||||| ||||||||| ||  | ||||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||  | |||    
T  4413180 tgaaccctatgtagaaggtcaacaatctctggtgctaggaaa-ccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttc 4413082  T
Q  856 tcatggtttggccaccttgtttgacgca-cttttagggctacctgtcctaccgtaaaag 913  Q
    |||| |||||||||| ||| ||||| || ||||||||| | |||||||||| |||||||    
T  4413081 tcat-gtttggccactttgcttgacacagcttttagggttgcctgtcctacggtaaaag 4413024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 655 - 905
Target Start/End: Complemental strand, 41868131 - 41867874
Alignment:
Q  655 gcaagcggataacaaactgcgtcgctaga-ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt---atg 750  Q
    ||||||||  |||||  |||| ||||||| |||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||| |||||||| |||||   |||    
T  41868131 gcaagcgggcaacaagttgcgccgctagatctttttgg-tggcaaaaccaatcctcgtaaacacaacattcatggacctgggagacatgacattgttatg 41868033  T
Q  751 tataaccatttggactctatgtaga-ggtcaacaacct--gatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttaga 846  Q
     || ||| |||| |||||||||||| |||||||| |||  | ||||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||    
T  41868032 catgaccttttgaactctatgtagaaggtcaacagcctctggtgctaggaac-ccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcaga 41867934  T
Q  847 aca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgca-cttttagggctacctgtcctac 905  Q
    |||  | ||||||| ||||| |||| ||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||    
T  41867933 acatgctttctcat-gtttgaccactttgcttgacgcagcttttaaggctgcctgtcctac 41867874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 684 - 842
Target Start/End: Original strand, 17344551 - 17344715
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataaca---ttatgtataaccatttggactctatgtag-aggtc 779  Q
    |||||||||| | |||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||   ||||| || ||| |||| ||||||||||| |||||    
T  17344551 ctttttggatcgaaaaatcaatcctcgtaaacacaacattcatggacctaggagacatgacattgttatgcatgaccttttgaactctatgtagaaggtc 17344650  T
Q  780 aacaacc--tgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagc-aatgggataaaagcatgttgattgt 842  Q
    |||| ||  || ||||| |||  | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  17344651 aacagcctatggtgcta-ggaaactgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgt 17344715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 703 - 841
Target Start/End: Original strand, 44686348 - 44686492
Alignment:
Q  703 aatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacat---tatgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaa--cctgatgctagg 796  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||   |||||||||||    
T  44686348 aatcctcgtaaacacaacattcacggacctaggagacataacattgctatgcataaccctttggaatctatgtagaaggtcaacaaactctgatgctagg 44686447  T
Q  797 gagtccgaaagtgtcaaaagc-aatgggataaaagcatgttgattg 841  Q
     || ||||||||||||||||| ||    ||||||||||||||||||    
T  44686448 aag-ccgaaagtgtcaaaagcgaacaatataaaagcatgttgattg 44686492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 684 - 842
Target Start/End: Original strand, 27502275 - 27502439
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacat---tatgtataaccatttggactctatgtag-aggtc 779  Q
    |||||||||| | |||||||||| ||||||||||| ||||||  || ||||||||||| | ||   |||| |||||| |||||| ||||||||| |||||    
T  27502275 ctttttggattgcaaaatcaatcttcgtaaacacaacattcatagatctaggagacatgatattgctatgcataaccctttggattctatgtagaaggtc 27502374  T
Q  780 aaca--acctgatgctagggagtccgaaagtgtc-aaaagcaatgggataaaagcatgttgattgt 842  Q
    ||||  |  |||||||||| ||| |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  27502375 aacagtatatgatgctaggaagt-cgaaagtgtcaaaaagcaattgtataaaagcatgttgtttgt 27502439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 215 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 9585618 - 9585571
Alignment:
Q  215 tttggatgtgaatggcatgcaaaaatgaaagctgcagataccactaat 262  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9585618 tttggatgtgaatggcatgcagaaatgaaagctgcagataccactaat 9585571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 653 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 9685641 - 9685546
Alignment:
Q  653 aggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatt 747  Q
    ||||||||||  ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||| | || |||||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  9685641 aggcaagcgggcaacaagctgcgccgctagacctttttggatggcaaaaacaatctttgtgaacacaacattcatggacctaggagacatgacatt 9685546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 650 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 11921433 - 11921301
Alignment:
Q  650 aggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctaga-ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacatta 748  Q
    |||||| |||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||  |||  |||| | ||||||||| |||||| |||||||| ||| |||| |||     
T  11921433 aggagggaagcgggtaacaagctgcgacgctagatctttttggatggcgaaactaatcctagtaaacacaacattcatggacctagaagatataaaatt- 11921335  T
Q  749 tgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaaca 783  Q
       |||||| |||| ||||||||||| |||||||||    
T  11921334 --gataaccctttgaactctatgtagaaggtcaaca 11921301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 684 - 783
Target Start/End: Original strand, 13413264 - 13413367
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataaca---ttatgtataaccatttggactctatgtag-aggtc 779  Q
    |||||||||||| |||| ||||  || |||||||| |||||| ||||||||||||||| |||   ||||| || ||| |||| ||||||||||| |||||    
T  13413264 ctttttggatggcaaaaccaattctcataaacacaacattcatggacctaggagacatgacattgttatgcatgaccttttgaactctatgtagaaggtc 13413363  T
Q  780 aaca 783  Q
    ||||    
T  13413364 aaca 13413367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 804 - 913
Target Start/End: Complemental strand, 9685484 - 9685373
Alignment:
Q  804 aaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgc-acttttagggctacctgt 900  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||  | || |||| |||||||||| ||| |||||||   |||||||||| ||| |    
T  9685484 aaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacacgctttttcat-gtttggccactttgcttgacgcggattttagggctgcctat 9685386  T
Q  901 cctaccgtaaaag 913  Q
    ||||| |||||||    
T  9685385 cctacggtaaaag 9685373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 665 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 15515361 - 15515286
Alignment:
Q  665 aacaaactgcgtcgctagacttttt-ggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagac 739  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||| |||||| ||||   |||||||||||||    
T  15515361 aacaaactgcgccgctagacttttttggatggcaaaaccaatcctcgtgaacacaacattggtggacctaggagac 15515286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 805 - 913
Target Start/End: Complemental strand, 23485006 - 23484896
Alignment:
Q  805 aagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgca-cttttagggctacctgtc 901  Q
    ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||  ||||||||| |||||||||| | ||||||||||||  ||||    
T  23485006 aagtgtcaaaaacaaatggtataaaagcatgttgattgtcagaacatgctttctcat-atttggccactttgtttgacgtagcttttagggctagttgtc 23484908  T
Q  902 ctaccgtaaaag 913  Q
    | ||||| ||||    
T  23484907 ccaccgttaaag 23484896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 625 - 747
Target Start/End: Original strand, 27494164 - 27494287
Alignment:
Q  625 atatcaatattacttgcacaccaagaggaggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcatt 723  Q
    |||| |||||||||| || |  || ||||||||||| |  ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||| ||||  |||||||||||  |||    
T  27494164 atattaatattacttacatatgaataggaggcaagcaggcaacaagctgcgccgttagacctttttggatggcaaaaccaatattcgtaaacacaatatt 27494263  T
Q  724 cacggacctaggagacataacatt 747  Q
    ||  ||| ||||||||||||||||    
T  27494264 catagacttaggagacataacatt 27494287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 801 - 849
Target Start/End: Complemental strand, 19161855 - 19161806
Alignment:
Q  801 ccgaaagtgtcaaaagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca 849  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||| ||||||    
T  19161855 ccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaaacatgttgattgtcagaaca 19161806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 53; Significance: 6e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 653 - 913
Target Start/End: Original strand, 102987 - 103254
Alignment:
Q  653 aggcaagcggataacaaactgcgtcgctagac-tttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataaca---tta 748  Q
    ||||||||||  |||||  |||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||  |||   |||    
T  102987 aggcaagcgggcaacaagttgcgccgctagacctttttggatggcaaaaccaatcctcgtaaacacaacattcatggacctaggagacacgacattgtta 103086  T
Q  749 tgtataaccatttggactctatgtag-aggtcaacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaagc-aatgggataaaagcatgttgattgtta 844  Q
    || || ||| ||||  ||| |||||| ||||||||| |  ||| ||||| |||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |    
T  103087 tgcatgaccttttgagctcgatgtagaaggtcaacagcctctggtgcta-ggaaaccgaaagtgtcaaaagcaaatggtataaaagcatgttgattgtca 103185  T
Q  845 gaacaaccttctcatggtttggccaccttgtttgacgca-cttttagggctacctgtcctaccgtaaaag 913  Q
    ||    | ||||| | ||||||||| |||  |||||||| |||| |||||| |||||||||| |||||||    
T  103186 gacacgctttctcgt-gtttggccatcttacttgacgcagctttgagggctgcctgtcctacggtaaaag 103254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0490 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0490
Description:

Target: scaffold0490; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 720 - 913
Target Start/End: Original strand, 6283 - 6483
Alignment:
Q  720 cattcacggacctaggagacataacatt---atgtataaccatttggactctatgtaga-ggtcaacaacct--gatgctagggagtccgaaagtgtcaa 813  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||   ||| || ||| |||| |||||||||||| |||||||| |||  | ||||||| |  | |||||||||||    
T  6283 cattcatggacctaggagacatgacattgctatgcatgaccttttgaactctatgtagaaggtcaacagcctctggtgctaggaaa-ctgaaagtgtcaa 6381  T
Q  814 aagcaa-tgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgtttgacgc-acttttagggctacctgtcctaccgtaa 910  Q
    |||||| ||| ||| ||||||||||||||| ||||||  | ||||||| |||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||    
T  6382 aagcaaatggtatagaagcatgttgattgtcagaacacgctttctcat-gtttggccactttacttgacgcaacttttagggctgtctgtcctacggtaa 6480  T
Q  911 aag 913  Q
    |||    
T  6481 aag 6483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0148 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0148
Description:

Target: scaffold0148; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 684 - 913
Target Start/End: Original strand, 33163 - 33398
Alignment:
Q  684 ctttttggatgggaaaatcaatcatcgtaaacacagcattcacggacctaggagacataacat---tatgtataaccatttggactctatgtag-aggtc 779  Q
    |||||||||||  |||||||||| ||||||||||  | |||| ||||||||||||||||| ||   |||| || ||| |||| ||||||||||| |||||    
T  33163 ctttttggatgacaaaatcaatcctcgtaaacacgacgttcatggacctaggagacataaaattgctatgcatgaccttttgaactctatgtagaaggtc 33262  T
Q  780 aacaac--ctgatgctagggagtccgaaagtgtcaaaag-caatgggataaaagcatgttgattgttagaaca-accttctcatggtttggccaccttgt 875  Q
    ||||||  ||| || || |||  |||||| |||||||||  ||||| |||||| |||||||||||| ||||||  | ||||||| |||| ||||| |||     
T  33263 aacaacctctggtgtta-ggaaaccgaaaatgtcaaaagtaaatggtataaaaacatgttgattgtcagaacacgctttctcat-gtttagccactttgc 33360  T
Q  876 ttgacgcacttttagggctacctgtcctaccgtaaaag 913  Q
    |||| ||   |||| || | ||||||||||||||||||    
T  33361 ttgatgccactttaaggttgcctgtcctaccgtaaaag 33398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University