View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4465-Insertion-4 (Length: 651)

Name: NF4465-Insertion-4
Description: NF4465
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4465-Insertion-4
NF4465-Insertion-4
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-651)||(33453841-33454492)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 598; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 598; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 651
Target Start/End: Original strand, 33453841 - 33454492
Alignment:
Q  8 ccgttaaggtaacccaaaatgtaaagtgcaaacattatccaaaatgatatgaatgattagaagttaaaattaagagttaacaccattccaagaagattat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33453841 ccgttaaggtaacccaaaatgtaaagtgcaaacattatccaaaatgatatgaatgattagaagttaaaattaagagttaacaccattccaagaagattat 33453940  T
Q  108 atattaatgcatgttaaagaaggcgaaacataaaaaacacctgtaaaaatcaaaggcttcaccaaaatggaaaatgaacatgaccatcaagtgacagcgc 207  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33453941 ----taatgcatgttaaagaaggcgaaacataaaaaacacctgtaaaaatcaaaggcttcaccaaaatggaaaatgaacatgaccatcaagtgacagcgc 33454036  T
Q  208 caaaccttaaagcggttatgggtgcttttcagaaactatgtctcccacacaattaaacctaacttgtctattttgcccatccaatggcacgtgccatcca 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33454037 caaaccttaaagcggttatgggtgcttttcagaaactatgtctcccacacaattaaacctaacttgtctattttgcccatccaatggcacgtgccatcca 33454136  T
Q  308 tccacttcctttacccttcctcatttatcaatttctcattacccttctcttctcctatctcacttcacctatt------------aattaattttgtaac 395  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||    
T  33454137 tccacttcctttacccttcctcatttatcaatttctcattacccttctcttctcctatctcacttcacctattaattaattcataaattaattttgtaac 33454236  T
Q  396 aatttcaatgaccaaattgaccttgctacttgtctaactaaacatctatatatgcaatgattacctaggttattatagtcatttcaacataattaaaaag 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33454237 aatttcaatgaccaaattgaccttgctacttgtctaactaaacatctatatatgcaatgattacctaggttattatagtcatttcaacataattaaaaag 33454336  T
Q  496 atgggatagtttggatcattgagagatgactttgtactggccttatctttattttattccgcataattttatgttggtttccaaaggacgtattcaaatg 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33454337 atgggatagtttggatcattgagagatgactttgtactggccttatctttattttattccgcataattttatgttggtttccaaaggacgtattcaaatg 33454436  T
Q  596 acaataaaatccaacacttccaatagcatcatcatggatatatattttacaccacc 651  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33454437 acaataaaatccaacacttccaatagcatcatcatggatatatattttacaccacc 33454492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University