View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4466-Insertion-3 (Length: 751)

Name: NF4466-Insertion-3
Description: NF4466
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4466-Insertion-3
NF4466-Insertion-3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (12-751)||(33637513-33638253)
[»] scaffold0267 (1 HSPs)
scaffold0267 (117-616)||(12966-13465)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (117-612)||(3837485-3837980)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (201-613)||(13784358-13784767)
[»] scaffold0128 (2 HSPs)
scaffold0128 (175-613)||(34021-34456)
scaffold0128 (201-386)||(29236-29418)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (208-473)||(29124533-29124798)
chr8 (241-524)||(31669440-31669720)
chr8 (488-606)||(40794177-40794295)
chr8 (488-609)||(29124849-29124973)
chr8 (183-406)||(40794307-40794526)
chr8 (541-592)||(29126468-29126519)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (186-612)||(20475969-20476395)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 621; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 621; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 33638253 - 33637513
Alignment:
Q  12 taccagaagttttatccccttatttaagttataaagaaagtgggacacataatggaacatga------taaattattgcccattggtgttgtgaaaaagt 105  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |      ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33638253 taccagaagttttatccccctatttaagttataaagaaagtgggacacataatggaacataaaattaataaattattgcacattggtgttgtgaaaaagt 33638154  T
Q  106 gacttaatgcattagtttaagcacatacagttaatatctttggattaatttctctatttaatatatgataggtggtggttgtgttttgggattgtacaac 205  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33638153 gatttaatgcattagtttaagcacatacagttactatcttcggattaatttttctatttaatatatgataggtggtggttgtgttttgggattgtacaac 33638054  T
Q  206 acagaaatgggaggggagggttcattgcatgggagatagttgttggagaaagactattgcttgccctgattttccaattctacttggaggcactctcgtt 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33638053 acagaaatgggaggggagggttcattgcatgggagatagttgttggagaaagactattgcttgccctgattttccaattctacttggaggcactctcgtt 33637954  T
Q  306 ggaccatccgtgaatggtagtgttaattggttagcacgtcacaacataaattgtcatatgtataaatggaaaaatgttaccatcaaccaattagtgattt 405  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33637953 ggacaattcgtgaatggtagtgttaattggttagcacgtcacaacataaattgtcatatgtataaatggaaaaatgttaccatcaaccaattagtgattt 33637854  T
Q  406 tatcgtttgatatgcggatggaggcgtgtaagtatatgatgttacctgatggttttgttgaagtgcccaaagatgaaccaactcttgttgttttgaggga 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33637853 tatcgtttgatatgcggatggaggcgtgtaagtatatgatgttacctgatggttttgtt---gtacccaaagatgaaccaactcttgttgttttgaggga 33637757  T
Q  506 tcgtttgtgcctttattatgtccacatgagaacctattttgttttgtgggaaatgagagagtttggagttcaagagtcttggactcgattggtgaatgtt 605  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33637756 tcgtctgtgcctttattatgtccacatgagaacccatcttgttttgtgagaaatgagagagtttggagttcaagagtcttggactcgattggtgaatgtt 33637657  T
Q  606 agctatgttcaattgggtatttctatgaatctcaatttagttgattggttgtttccggtttgtctctctgaaaatggaaatgtcatgttgatgggctagc 705  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  33637656 agctatgttcaattgggtatttgtgtgaatctcaatttagttgattggttgtttccggtttgtctctctgaaaatggaaatgtcatgttgct-ggctagc 33637558  T
Q  706 aaaggagcttttgatgatattattatgtataatagggagagatgat 751  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  33637557 aaaggagcttttgatgatattagtatgtataata-ggagagatgat 33637513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0267 (Bit Score: 148; Significance: 1e-77; HSPs: 1)
Name: scaffold0267
Description:

Target: scaffold0267; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 117 - 616
Target Start/End: Original strand, 12966 - 13465
Alignment:
Q  117 ttagtttaagcacatacagttaatatctttggattaatttctctatttaatatatgataggtggtggttgtgttttgggattgtacaacacagaaatggg 216  Q
    |||||||||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||| |  ||  |||||||| | |||||||||| |||||| | |||| ||   ||    
T  12966 ttagtttaagcacatacttttaatctttttggattaatttctctatttactccattctaggtggtagctgtgttttggaattgtatagcacaaaagatgg 13065  T
Q  217 aggggagggttcattgcatgggagatagttgttggagaaagactattgcttgccctgattttccaattctacttggaggcactctcgttggaccatccgt 316  Q
    ||| ||  |||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||   | | ||| ||||||||||||   |    
T  13066 aggcgaaagttcattgcatgggcgatagttcttggagaaatactcttgcttgccatgattttccaattttactacaaaggactatcgttggaccatttct 13165  T
Q  317 gaatggtagtgttaattggttagcacgtcacaacataaattgtcatatgtataaatggaaaaatgttaccatcaaccaattagtgattttatcgtttgat 416  Q
    ||||||||||||||| |||||| |   ||| ||| ||||||||||| ||||| || || ||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||| |||||    
T  13166 gaatggtagtgttaactggttaacgtatcataacttaaattgtcatttgtatgaaagggaaaatgttaccattaaccagttattgattttttcgcttgat 13265  T
Q  417 atgcggatggaggcgtgtaagtatatgatgttacctgatggttttgttgaagtgcccaaagatgaaccaactcttgttgttttgagggatcgtttgtgcc 516  Q
     |||| | |||| | |||||||||||  |||| || ||| ||      | |||| || |||||  || ||  |||| ||||||||||| | | |||||      
T  13266 ttgcgaaaggagacatgtaagtatattttgttgccagatagtacaaccgtagtgtcccaagatctactaaaacttgctgttttgaggggttgcttgtgtt 13365  T
Q  517 tttattatgtccacatgagaacctattttgttttgtgggaaatgagagagtttggagttcaagagtcttggactcgattggtgaatgttagctatgttca 616  Q
    ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  13366 tttattataaccacatgagaacccattttgttttgtgggaaatgaaagagtttggagttcaagagtcttggactcagttggtgaatgttagctatgttca 13465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 148; Significance: 1e-77; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 117 - 612
Target Start/End: Original strand, 3837485 - 3837980
Alignment:
Q  117 ttagtttaagcacatacagttaatatctttggattaatttctctatttaatatatgataggtggtggttgtgttttgggattgtacaacacagaaatggg 216  Q
    |||||||||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||| |  ||  |||||||  | |||||||||| |||||| | |||| ||   ||    
T  3837485 ttagtttaagcacatacttttaatctttttggattaatttctctatttactccattctaggtggcagctgtgttttggaattgtatagcacaaaagatgg 3837584  T
Q  217 aggggagggttcattgcatgggagatagttgttggagaaagactattgcttgccctgattttccaattctacttggaggcactctcgttggaccatccgt 316  Q
    ||| ||  |||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||   | | ||| |||||||||||| |||    
T  3837585 aggcgaaagttcattgcatgggcgatagttcttggagaaatactcttgcttgccatgattttccaattttactacaaaggactatcgttggaccattcgt 3837684  T
Q  317 gaatggtagtgttaattggttagcacgtcacaacataaattgtcatatgtataaatggaaaaatgttaccatcaaccaattagtgattttatcgtttgat 416  Q
    ||||||||||||||| |||||| |   ||| ||| ||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| |||||    
T  3837685 gaatggtagtgttaactggttaacgtatcataacttaaattgtcatttgtatgaaagggaaaatgttaccatcaaccagttattgattttttcgcttgat 3837784  T
Q  417 atgcggatggaggcgtgtaagtatatgatgttacctgatggttttgttgaagtgcccaaagatgaaccaactcttgttgttttgagggatcgtttgtgcc 516  Q
     |||| | |||||| |||||||||||  |||| || |||| |      | |||| || |||||  |  ||  |||| ||||||||| | | | |||||      
T  3837785 ttgcgaaaggaggcatgtaagtatattttgttgccagatgctacaaccgtagtgtcccaagatctattaaaacttgctgttttgagaggttgcttgtgtt 3837884  T
Q  517 tttattatgtccacatgagaacctattttgttttgtgggaaatgagagagtttggagttcaagagtcttggactcgattggtgaatgttagctatg 612  Q
    ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  3837885 tttattataaccacatgagaacccattttgttttgtgggaaatgaaagagtttggagttcaagagtcttggactcagttggtgaatgttagctatg 3837980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 147; Significance: 4e-77; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 201 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 13784767 - 13784358
Alignment:
Q  201 acaacacagaaatgggaggggagggttcattgcatgggagatagttgttggagaaagactattgcttgccctgattttccaattctacttggaggcactc 300  Q
    |||||||| |||  ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||||  ||   |||     
T  13784767 acaacacataaaatggaggggagagttcattgtatgggtgatagttgttggagaaagactatcgattgccctacttttccaattctactacga---actt 13784671  T
Q  301 tcgttggaccatccgtgaatggtagtgttaattggttagcacgtcacaacataaattgtcatatgtataaatggaaaaatgttaccatcaaccaattagt 400  Q
     |  |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||  || ||   ||||||||| ||||| |||| ||| | ||||||||    
T  13784670 ccaatggaccattcgtgaatggtagtgttaactggttagcacttcacaacttaaacagtgatgattataaatgggaaaatattactatccaacaattagt 13784571  T
Q  401 gattttatcgtttgatatgcggatggaggcgtgtaagtatatgatgttacctgatggttttgttgaagtgcccaaagatgaaccaactcttgttgttttg 500  Q
    | |||| ||  ||||| |||||| ||||   |||||||||||  || | ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| |||||| |||||||    
T  13784570 ggttttttcacttgatctgcggaaggagaaatgtaagtatattttgctgcctgatggttttggtgaggtgccccaagatgaaccagctcttgctgttttg 13784471  T
Q  501 agggatcgtttgtgcctttattatgtccacatgagaacctattttgttttgtgggaaatgagagagtttggagttcaagagtcttggactcgattggtga 600  Q
    |||| |||  | |||||||||||||  || ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  13784470 aggggtcgcctctgcctttattatgatcaaatgagaacacattttgttttgtgggaaatgagagagtatggagttcaagaatcttggactcggttggtga 13784371  T
Q  601 atgttagctatgt 613  Q
    |||| || |||||    
T  13784370 atgtcagttatgt 13784358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0128 (Bit Score: 133; Significance: 9e-69; HSPs: 2)
Name: scaffold0128
Description:

Target: scaffold0128; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 175 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 34456 - 34021
Alignment:
Q  175 aggtggtggttgtgttttgggattgtacaacacagaaatgggaggggagggttcattgcatgggagatagttgttggagaaagactattgcttgccctga 274  Q
    ||||||| | ||| |||||||||  || |||||| |||  ||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| | | |||||||      
T  34456 aggtggtagctgtcttttgggatcataaaacacataaaatggaggggagagttcactgtatgggtgatagttgttggagaaagactctcgattgccctac 34357  T
Q  275 ttttccaattctacttggaggcactctcgttggaccatccgtgaatggtagtgttaattggttagcacgtcacaacataaattgtcatatgtataaatgg 374  Q
    |||||||||||||||  ||   | |  |  |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||| ||||  || ||   |||||||||    
T  34356 ttttccaattctactacga---atttccaatggaccattcgtgaatggcagtgttaactggttagcacttcacaacttaaacagtgatgattataaatgg 34260  T
Q  375 aaaaatgttaccatcaaccaattagtgattttatcgtttgatatgcggatggaggcgtgtaagtatatgatgttacctgatggttttgttgaagtgccca 474  Q
     |||||||||||||| | ||||||||| |||| ||  ||||| |||||| |||| | |||||||||||  |||| ||   |||||||| |||  |||||     
T  34259 gaaaatgttaccatccaacaattagtggttttttcacttgatctgcggaaggagacatgtaagtatattttgttgcccattggttttggtgagctgcccg 34160  T
Q  475 aagatgaaccaactcttgttgttttgagggatcgtttgtgcctttattatgtccacatgagaacctattttgttttgtgggaaatgagagagtttggagt 574  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||| |||  | |||||||||||||  || ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34159 aagatgaaccagctcttgctgttttgaggggtcgcctctgcctttattatgatcatatgagaacacattttgttttgtgggaaatgagagagtatggagt 34060  T
Q  575 tcaagagtcttggactcgattggtgaatgttagctatgt 613  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  34059 tcaagaatcttggactcggttggtgaatgtcagttatgt 34021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0128; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 201 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 29418 - 29236
Alignment:
Q  201 acaacacagaaatgggaggggagggttcattgcatgggagatagttgttggagaaagactattgcttgccctgattttccaattctacttggaggcactc 300  Q
    |||||||| |||  ||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||||||||||||   | |||||||  |||||||||||||||  ||   |||     
T  29418 acaacacataaaatggaggggagagttcattgtatgagtgatagttgttggagaaagactcccgattgccctacttttccaattctactacga---actt 29322  T
Q  301 tcgttggaccatccgtgaatggtagtgttaattggttagcacgtcacaacataaattgtcatatgtataaatggaaaaatgttacc 386  Q
     |  |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| |||| ||| |||  ||||||||| |||||||||||    
T  29321 gcaatggaccattcgtgaatggtagtgttaactggttagcacttcaaaacgtaaactgtgataattataaatgggaaaatgttacc 29236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 208 - 473
Target Start/End: Original strand, 29124533 - 29124798
Alignment:
Q  208 agaaatgggaggggagggttcattgcatgggagatagttgttggagaaagactattgcttgccctgattttccaattctacttggaggcactctcgttgg 307  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| |||||    
T  29124533 agaaatgggaagggagagttcattgcatgggtgaaagttgttggagaaagactcttgcttgccctgattttccaattctaccaaaaggcactcttgttgg 29124632  T
Q  308 accatccgtgaatggtagtgttaattggttagcacgtcacaacataaattgtcatatgtataaatggaaaaatgttaccatcaaccaattagtgatttta 407  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| | |||||||||||| | | |||||||||||||| || ||| |||||||||||   || | || ||| | ||||||    
T  29124633 accattcgtgaatggtagtattaactagttagcacgtcatagcttaaattgtcatatgaatgaattgaaaaatgttattgtcgatcagttaataatttta 29124732  T
Q  408 tcgtttgatatgcggatggaggcgtgtaagtatatgatgttacctgatggttttgttgaagtgccc 473  Q
    ||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||  || |||||||| ||||| |||||    
T  29124733 tcacttgatatgcggctggaggcatgtaagtatatgttgttgtctaatggttttattgaaatgccc 29124798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 241 - 524
Target Start/End: Original strand, 31669440 - 31669720
Alignment:
Q  241 atagttgttggagaaagactattgcttgccctgattttccaattctacttggaggcactctcgttggaccatccgtgaatggtagtgttaattggttagc 340  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||   || | || | |||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||||    
T  31669440 atagatgttggagaaagacttttgcttgccctgattttccaattttactaaaagacgcttttgttggaccattcgtgaatggtagtattaacttgttagc 31669539  T
Q  341 acgtcacaacataaattgtcatatgtataaatggaaaaatgttaccatcaaccaattagtgattttatcgtttgatatgcggatggaggcgtgtaagtat 440  Q
    || ||| | | ||||||  |||||| || |||   ||||||||| | || |||| ||||| ||||||||| ||||||||  |||| || | | |||||||    
T  31669540 acatcatagcttaaatttccatatgaatgaatttcaaaatgttatcgtcgaccacttagtaattttatcgcttgatatgaagatgaagacatataagtat 31669639  T
Q  441 atgatgttacctgatggttttgttgaagtgcccaaagatgaaccaactcttgttgttttgagggatcgtttgtgcctttattat 524  Q
    ||| ||   ||| |||||||||||||| ||||| || |||  |||| ||||| |||||| |||  |||  ||||||||||||||    
T  31669640 atgctg---cctaatggttttgttgaaatgccccaaaatgggccaaatcttgatgttttaaggagtcgcatgtgcctttattat 31669720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 488 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 40794295 - 40794177
Alignment:
Q  488 tcttgttgttttgagggatcgtttgtgcctttattatgtccacatgagaacctattttgttttgtgggaaatgagagagtttggagttcaagagtcttgg 587  Q
    ||||| ||||||||||| |||  | |||||||||||||   ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  40794295 tcttgctgttttgaggggtcgcctttgcctttattatgattacatgagaacacattttgttttgtgggaaatgagagagtttggagttcaagaatcttgg 40794196  T
Q  588 actcgattggtgaatgtta 606  Q
    ||||| ||| || ||||||    
T  40794195 actcggttgatggatgtta 40794177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 488 - 609
Target Start/End: Original strand, 29124849 - 29124973
Alignment:
Q  488 tcttgttgttttgagggatcgtttgtgcctttattat---gtccacatgagaacctattttgttttgtgggaaatgagagagtttggagttcaagagtct 584  Q
    ||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||   | ||| ||||||||| ||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29124849 tcttgctgttttgaggggtcgattgtgcctttattattatgaccagatgagaacccatttcactttgtggggaatgagagagtttggagttcaagagtct 29124948  T
Q  585 tggactcgattggtgaatgttagct 609  Q
    ||||| |  ||||||||| ||||||    
T  29124949 tggacccacttggtgaatattagct 29124973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 183 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 40794526 - 40794307
Alignment:
Q  183 gttgtgttttgggattgtacaacacagaaatgggaggggagggttcattgcatgggagatagttgttggagaaagactattgcttgccctgattttccaa 282  Q
    ||||| |||||||||  ||||||||| |||  ||||||||||||| |||| ||||| ||||||| || |||||||||| ||| ||||| |  |||||||     
T  40794526 gttgtcttttgggatcatacaacacataaaatggaggggagggtttattgtatggg-gatagttcttagagaaagactcttgattgccttacttttccat 40794428  T
Q  283 ttctacttggaggcactctcgttggaccatccgtgaatggtagtgttaattggttagcacgtcacaacataaattgtcatatgtataaatggaaaaatgt 382  Q
    ||||||    | | |||  |  |||||||| | || | ||||||||||| | |||||||| ||||||| ||||  || ||   ||||||||| |||||||    
T  40794427 ttctac---catgaacttccaatggaccattcatgtacggtagtgttaactagttagcacttcacaacttaaacagtaatgattataaatgggaaaatgt 40794331  T
Q  383 taccatcaaccaattagtgatttt 406  Q
    ||||||| | ||||||||| ||||    
T  40794330 taccatccaacaattagtggtttt 40794307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 541 - 592
Target Start/End: Original strand, 29126468 - 29126519
Alignment:
Q  541 attttgttttgtgggaaatgagagagtttggagttcaagagtcttggactcg 592  Q
    ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29126468 attttattttgggtgaaatgagagagtttggagtttaagagtcttggactcg 29126519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 87; Significance: 3e-41; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 186 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 20476395 - 20475969
Alignment:
Q  186 gtgttttgggattgtacaacacagaaatgggaggggagggttcattgcatgggagatagttgttggagaaagactattgcttgccctgattttccaattc 285  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| ||  | | ||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| |||| ||| | ||||||   |||||||||||    
T  20476395 gtgttttgggattctaccacacaggaaatgcaagggcgggttcattgcatgggtgataattgttggaggaagattatagtttgccccacttttccaattc 20476296  T
Q  286 tacttggaggcactctcgttggaccatccgtgaatggtagtgttaattggttagcacgtcacaacataaattgtcatatgtataaatggaaaaatgttac 385  Q
    |||| |    || ||   ||||| |||  |||| ||||| |||||| |||||||||   ||||||  ||| | ||||   ||| ||||| ||||||||||    
T  20476295 tactggattacaatcagattggatcatttgtgagtggtaatgttaactggttagcattgcacaactcaaaatttcatgaatatgaatgggaaaatgttac 20476196  T
Q  386 catcaaccaattagtgattttatcgtttgatatgcggatggaggcgtgtaagtatatgatgttacctgatggttttgttgaagtgcccaaagatgaacca 485  Q
    |||||| || ||||  ||||| ||  ||||| | |  | |||| | || ||||||| | |||| ||||||||||||  |||| | ||| |||||||||||    
T  20476195 catcaatcagttagctattttttcacttgatctacaaaaggagacatgcaagtatacgttgttgcctgatggttttagtgaacttcccgaagatgaacca 20476096  T
Q  486 actcttgttgttttgagggatcgtttgtgcctttattatgtccacatgagaacctattttgttttgtgggaaatgagagagtttggagttcaagagtctt 585  Q
    |  |||  |||||||||||   |  | ||| |||||||||   | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20476095 aggcttactgttttgaggggctgcctatgcttttattatgattatatgagaacccattttgttttgtgggaaatgagagagtttggggttcaagagtctt 20475996  T
Q  586 ggactcgattggtgaatgttagctatg 612  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||    
T  20475995 ggactcggttggtgaatgttagctatg 20475969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University