View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4466_low_1 (Length: 568)

Name: NF4466_low_1
Description: NF4466
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4466_low_1
NF4466_low_1
[»] chr4 (23 HSPs)
chr4 (19-540)||(27508218-27508739)
chr4 (289-539)||(27503544-27503794)
chr4 (289-538)||(27524146-27524394)
chr4 (289-519)||(27468624-27468855)
chr4 (96-287)||(27468899-27469090)
chr4 (81-287)||(27514265-27514471)
chr4 (289-523)||(27475853-27476088)
chr4 (288-520)||(27514505-27514736)
chr4 (96-283)||(27476133-27476320)
chr4 (96-289)||(27523910-27524104)
chr4 (96-282)||(27489498-27489684)
chr4 (165-285)||(27556962-27557082)
chr4 (183-283)||(27503399-27503499)
chr4 (162-278)||(27497858-27497975)
chr4 (19-83)||(27503216-27503280)
chr4 (223-287)||(27506260-27506324)
chr4 (23-75)||(27469122-27469174)
chr4 (306-398)||(27517383-27517475)
chr4 (223-287)||(27479400-27479464)
chr4 (19-75)||(27489410-27489466)
chr4 (216-287)||(27554104-27554174)
chr4 (132-209)||(27517168-27517243)
chr4 (226-287)||(27486460-27486521)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 490; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 540
Target Start/End: Original strand, 27508218 - 27508739
Alignment:
Q  19 cataagatatgagtcatgcccagacaagggcgtatgaaagatcacatggagttgtcttagagacttcaagggttatggtagctagataatgcataattct 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27508218 cataagatatgagtcatgcccagacaagggcatatgaaagatcacatggagttgtcttagagacttcaagcgttatggtagctagataatgcataattct 27508317  T
Q  119 tgagaagaagcatcatataattgatagacttgtaagtagaaccacaaacatgtagaatggtttctgttgatctattgttatctatggccttatagtcact 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27508318 tgagaagaagcatcatataattgatagacttgtaagtagaaccacaaacatgtagaatggtttctgttgatctattgttatctatggccttatagtcact 27508417  T
Q  219 taccagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaattatgaaggacatctcatttggtaggaagtggaagcttt 318  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27508418 tactagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttataaaattatgaaggacatctcatttggtaggaagtggaagcttt 27508517  T
Q  319 gtattggacattgtgtaagaaggtagggtacactctaagacaacaccacatgctaccttatcactatgctctctatccttccaccccttcaataatagtt 418  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27508518 gtattggacattgtttaagaaggtagggtacactctaagacagcaccacatgctaccttatcactatgctctctatccttccaccccttcaataatagtt 27508617  T
Q  419 tttctaggaattgggttttgagataacttcaaactctataaatacacttcatctctccttcacaaacagcacaactcattagcttcatcaattacttagt 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27508618 tttctaggaattgggttttgagataacttcaaactctataaatacacttcctctctccttcacaaacagcacaactcattagcatcatcaattacttagt 27508717  T
Q  519 tacatccttcttacttttgata 540  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  27508718 tacatccttcttacttttgata 27508739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 289 - 539
Target Start/End: Original strand, 27503544 - 27503794
Alignment:
Q  289 acatctcatttggtaggaagtggaagctttgtattggacattgtgtaagaa-ggtagggtacactctaagacaacaccacatgctaccttatcactatgc 387  Q
    |||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||     
T  27503544 acatcttattttttagcaagtggaagctttgtattggacattgtttaggaaaggtaggggacactctaagacaacaccacatgctacattatccctatga 27503643  T
Q  388 tctctatccttccaccccttcaataatagtttttctaggaattgggttttgagataacttcaaactctataaatacacttcatctctccttcacaaacag 487  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27503644 tctctatccttccaccccttcaataatagtttttctaggaattgggttttgagataacttcaaactctataaatacacttcctctctccttcacaaacag 27503743  T
Q  488 cacaactcattagcttcatcaattacttagttacatccttcttacttttgat 539  Q
    ||||| ||||| || ||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||||    
T  27503744 cacaattcatt-gcatcatcaaatacttaattacatccatcttacatttgat 27503794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 289 - 538
Target Start/End: Original strand, 27524146 - 27524394
Alignment:
Q  289 acatctcatttggtaggaagtggaagctttgtattggacattgtgtaagaaggtagggtacactctaagacaacaccacatgctaccttatcactatgct 388  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  27524146 acatctcatttggtagcaattggaagctttgtattggatattgtttaagaaggtagggtacactctaagacaacaccacatgctaccttatccctatgat 27524245  T
Q  389 ctctatccttccaccccttcaataatagtttttctaggaattgggttttgagataacttcaaactctataaatacacttcatctctccttcacaaacagc 488  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||| || ||||||| ||||| ||| |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||     
T  27524246 ctatatccttcaaccccttcaataatagtttttcttgaaatttgggtttgagagaactttaaaatctatatataaacttcctctctccttcacaaacaga 27524345  T
Q  489 acaactcattagcttcatcaattacttagttacatccttcttacttttga 538  Q
    | |||||||| || | ||||| || ||||||||||||||| ||| |||||    
T  27524346 aaaactcatt-gcattatcaaatatttagttacatccttcatacatttga 27524394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 289 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 27468855 - 27468624
Alignment:
Q  289 acatctcatttggtaggaagtggaagctttgtattggacatt-gtgtaagaaggtagggtacactctaagacaacaccacatgctaccttatcactatgc 387  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| ||||||    
T  27468855 acatctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggacatttgtttaagaaggtagggtacactcttagacaacaccacatgagaccttatccctatgc 27468756  T
Q  388 tctctatccttccaccccttcaataatagtttttctaggaattgggttttgagataacttcaaactctataaatacacttcatctctccttcacaaacag 487  Q
    ||||||||| || | ||||||||||||||||||| | | |||| | |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  27468755 tctctatccatcaaacccttcaataatagtttttgttgaaatttgattttgagagaacttcaaaatctataaatacacttcctctcgccttcacaaacag 27468656  T
Q  488 cacaactcattagcttcatcaattacttagtt 519  Q
     |||||||||| || ||||||| || ||||||    
T  27468655 gacaactcattggcatcatcaaatatttagtt 27468624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 96 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 27469090 - 27468899
Alignment:
Q  96 gtagctagataatgcataattcttgagaagaagcatcatataattgatagacttgtaagtagaaccacaaacatgtagaatggtttctgttgatctattg 195  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  27469090 gtagatagataatgcataattcttgagtagaagcatcatatgatagatagacttgaaagtagaaccacagacatgtagaatggtttgagttgatctattg 27468991  T
Q  196 ttatctatggccttatagtcacttaccagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaattatgaag 287  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  27468990 ttatccatggccttatagtcacttaccagcttcacatcggcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatgtttacaaaattatgaag 27468899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 81 - 287
Target Start/End: Original strand, 27514265 - 27514471
Alignment:
Q  81 acttcaagggttatggtagctagataatgcataattcttgagaagaagcatcatataattgatagacttgtaagtagaaccacaaacatgtagaatggtt 180  Q
    |||||||| ||| | |||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||||||    
T  27514265 acttcaagtgttgtagtagatagataatgcataattcttgagcataagcatcatataattgatagacttgaaagtaaagccacaaacatatagaatggtt 27514364  T
Q  181 tctgttgatctattgttatctatggccttatagtcacttaccagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaat 280  Q
    | ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  27514365 tatgttgttatattgttatctatggcattatagtcacttactagctggacatcagcattatcataatgcagaaaacatgtctaaagcatgtttacaaaat 27514464  T
Q  281 tatgaag 287  Q
    |||||||    
T  27514465 tatgaag 27514471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 289 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 27476088 - 27475853
Alignment:
Q  289 acatctcatttggtaggaagtggaagctttgtattggacattgtgtaagaa-ggtagggtacactctaagacaacaccacatgctaccttatcactatgc 387  Q
    |||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||    
T  27476088 acatcttattttttagcaagtggaagctttgtattggacattgtttaggaaaggtagggtacactctaagacaacaccccatgctaccttatccctgtgc 27475989  T
Q  388 tctctatccttccaccccttcaataatagtttttctaggaattgggttttgagataacttcaaactctataaatacacttcatctctccttcacaaacag 487  Q
    ||||||||| || | ||||||||||||||||| ||| | |||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27475988 tctctatccatcaaacccttcaataatagtttctcttgaaatttggttttgagagaacttcaaaatctataaatacacttcctctctccttcataaacag 27475889  T
Q  488 cacaactcattagcttcatcaattacttagttacat 523  Q
    ||||||| ||| || ||||||| || ||||||||||    
T  27475888 cacaactgattggcatcatcaaatatttagttacat 27475853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 288 - 520
Target Start/End: Original strand, 27514505 - 27514736
Alignment:
Q  288 gacatctcatttggtaggaagtggaagctttgtattggacatt-gtgtaagaaggtagggtacactctaagacaacaccacatgctaccttatcactatg 386  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||    
T  27514505 gacatctcatttggtagcaagtggaagctttgtattggacatttgtttaagaaggtagggtacactcttagacaacaccacatgagaccttatccctatg 27514604  T
Q  387 ctctctatccttccaccccttcaataatagtttttctaggaattgggttttgagataacttcaaactctataaatacacttcatctctccttcacaaaca 486  Q
    |||||||||| || | ||||||||||||||||| ||| | |||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||  |    
T  27514605 ctctctatccatcaaacccttcaataatagtttctcttgaaatttggttctgagagaacttcaaaatctataaatacacttcctctctccttcataa--a 27514702  T
Q  487 gcacaactcattagcttcatcaattacttagtta 520  Q
    |||||||||||| || ||||||| || |||||||    
T  27514703 gcacaactcattggcatcatcaagtatttagtta 27514736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 96 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 27476320 - 27476133
Alignment:
Q  96 gtagctagataatgcataattcttgagaagaagcatcatataattgatagacttgtaagtagaaccacaaacatgtagaatggtttctgttgatctattg 195  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27476320 gtagatagataatgcataattcttgagcagaagcatcatataattgatagacttgaaagtacaaccacagacatgtagaatggtttatgttgatctattg 27476221  T
Q  196 ttatctatggccttatagtcacttaccagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaattat 283  Q
    ||||| ||| ||||| |||||| ||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||    
T  27476220 ttatccatgtccttagagtcacataccagcttcacatcggcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatgcttacaaaattat 27476133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 96 - 289
Target Start/End: Original strand, 27523910 - 27524104
Alignment:
Q  96 gtagctagataatgcataattcttgagaagaagcatcatataattgatagacttgtaagtagaa-ccacaaacatgtagaatggtttctgttgatctatt 194  Q
    |||| |||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  27523910 gtagatagataatgcataattcttgtgcaaaagcatcatataattgatagacttgaaagtacaaaccacagacatgtagaatggtttatgttgatcaatt 27524009  T
Q  195 gttatctatggccttatagtcacttaccagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaattatgaagga 289  Q
    |||||| || ||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||    
T  27524010 gttatccatagccatgtagacacttaccagctggacatcagcattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatgtttacgaaattatgaagga 27524104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 96 - 282
Target Start/End: Original strand, 27489498 - 27489684
Alignment:
Q  96 gtagctagataatgcataattcttgagaagaagcatcatataattgatagacttgtaagtagaaccacaaacatgtagaatggtttctgttgatctattg 195  Q
    |||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||  | || ||||| ||      
T  27489498 gtagatagataatgcataattcttgtgcagaagcatcatataattgatagacttgaaagtacaaccacagacatgtagaatggcctatgatgatccataa 27489597  T
Q  196 ttatctatggccttatagtcacttaccagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaatta 282  Q
    ||||  || |||||||| ||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  27489598 ttatacattgccttataatcactaaccagctggacatcgacattttcataatgaagaaaacatgtctaaagcatgtttacaaaatta 27489684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 165 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 27557082 - 27556962
Alignment:
Q  165 aacatgtagaatggtttctgttgatctattgttatctatggccttatagtcacttaccagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttc 264  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||||| |||| || | ||||||||||||||||||||||      
T  27557082 aacatgtagaatggtttatgttgatctattgttatccattgcgttataatcacttaccagctggaaatcaacactatcataatgaagaaaacatgtctaa 27556983  T
Q  265 agcatgtttacaaaattatga 285  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  27556982 agcatgtttacaaaattatga 27556962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 183 - 283
Target Start/End: Original strand, 27503399 - 27503499
Alignment:
Q  183 tgttgatctattgttatctatggccttatagtcacttaccagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaatta 282  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  27503399 tgttgatctattgttatccattgccttatagtcacttatcagctggacatcaacattatcataatgaagaaaacatgtctgaagcatgtttacaaaatta 27503498  T
Q  283 t 283  Q
    |    
T  27503499 t 27503499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 162 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 27497975 - 27497858
Alignment:
Q  162 acaaacatgtagaatggtttctgttgatctattgttatctatggccttatag-tcacttaccagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgt 260  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  27497975 acaaacatgtagaatggtttatgttgatctattgttatccactgccttatatctcacttaccagctagacatcaacattatcataatgaagaaaacatgt 27497876  T
Q  261 cttcagcatgtttacaaa 278  Q
    | | ||| ||||||||||    
T  27497875 cctaagcctgtttacaaa 27497858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 83
Target Start/End: Original strand, 27503216 - 27503280
Alignment:
Q  19 cataagatatgagtcatgcccagacaagggcgtatgaaagatcacatggagttgtcttagagact 83  Q
    ||||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  27503216 cataagaaatgattcatggccagacaagggcatatgaaagatcacatggtgttgtcttcgagact 27503280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 223 - 287
Target Start/End: Original strand, 27506260 - 27506324
Alignment:
Q  223 agctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaattatgaag 287  Q
    ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||    
T  27506260 agctggacatcagcactttgataatgaagaaaacatgtctgaaacatgtttacaaaattatgaag 27506324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 23 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 27469174 - 27469122
Alignment:
Q  23 agatatgagtcatgcccagacaagggcgtatgaaagatcacatggagttgtct 75  Q
    |||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  27469174 agatatgagtcatggccagacaagagcatatgaaagatcacatggtgttgtct 27469122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 306 - 398
Target Start/End: Original strand, 27517383 - 27517475
Alignment:
Q  306 aagtggaagctttgtattggacattgtgtaagaaggtagggtacactc-taagacaacaccacatgctaccttatcactatgctctctatcctt 398  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||| ||||||| || ||||||||| ||||||||||  |||||  ||||||||||| ||||    
T  27517383 aagtggaagctttgtgttggccattgtttgagaaggtggggtacaatcttaagacaacgccacatgctatattatc-ttatgctctctaacctt 27517475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 223 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 27479464 - 27479400
Alignment:
Q  223 agctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaattatgaag 287  Q
    |||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||||||||    
T  27479464 agctggacatcagcaccatgataatgaagaaaacatgtctgaaacatgtttacacaattatgaag 27479400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 75
Target Start/End: Original strand, 27489410 - 27489466
Alignment:
Q  19 cataagatatgagtcatgcccagacaagggcgtatgaaagatcacatggagttgtct 75  Q
    |||||||| |||||||||  |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  27489410 cataagatttgagtcatgttcagacaagagcatatgaaagatcacatggtgttgtct 27489466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 216 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 27554174 - 27554104
Alignment:
Q  216 acttaccagctggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaattatgaag 287  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||| ||||||| |||||||||||   ||||||| |||||||||||||    
T  27554174 acttaccagctggagatcaacattatcaaaatgaag-aaacatgtcttagacatgtttgcaaaattatgaag 27554104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 132 - 209
Target Start/End: Original strand, 27517168 - 27517243
Alignment:
Q  132 catataattgatagacttgtaagtagaaccacaaacatgtagaatggtttctgttgatctattgttatctatggcctt 209  Q
    ||||||||| ||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||| ||||||| |||||    
T  27517168 catataattaatcaacttgaaagtataaccacaaacatgtagagtggtttatg--gatctattgctatctattgcctt 27517243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 226 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 27486521 - 27486460
Alignment:
Q  226 tggacatcagcattgtcataatgaagaaaacatgtcttcagcatgtttacaaaattatgaag 287  Q
    ||||||||| || | | ||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||||||||    
T  27486521 tggacatcaacactttaataatgaagaaaacatgtctgaaacatgtttacacaattatgaag 27486460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University