View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4475-Insertion-5 (Length: 913)

Name: NF4475-Insertion-5
Description: NF4475
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4475-Insertion-5
NF4475-Insertion-5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-912)||(40170897-40171796)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 697; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 697; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 912
Target Start/End: Original strand, 40170897 - 40171796
Alignment:
Q  8 agaatgattgaatataattagatgtatgtgtaaaatttatttacaccatcgggatatacaacttaaatcctaattcgtgcatgtatgtcctaattttatg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  40170897 agaatgattgaatataattagatgcatttgtaaattttatttacaccattgggatatacaacttaaatcctaattcgtgcatgtatgtgcaaattttatg 40170996  T
Q  108 tactttaataggactgtttttgttacttgaaggttccatgcgtgtccaaaaccgcaaagacaaaaaaggattctgttgcgagttcacagaaaaatgttat 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||    
T  40170997 tactttaataggactgtttttgttacttgaaggttccatgtgcgtccaaaactgcaaagacaaagaaggattccattgcaagttcgcagaaaaatgttat 40171096  T
Q  208 gtccgagaacattttgcaaccctcatcgagagtaaaatcgagtggatttctgctctccaaagaggcatgttcgaccaaagctagtcaaattaagactgga 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40171097 gtccgagaacattttgcaaccctcatcgagaataagatcgagtggatttctggtctccaaagaggcatgttcgaccaaagctagtcaaattaagactgga 40171196  T
Q  308 gttaaagcattcattgctccaagcaatgatggtgctgtttgtcccgattttaagagtgtggtctgtagtccgagatggatggacatttacccaagtaatt 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40171197 gttaaagcattcattgctccaagcaatgatggtgctgtttgtccagattttaagagtgtggtctgtagtccgagatggatggacatttacccaagtaatt 40171296  T
Q  408 ccttcagcggttccggttcactggatgagagcatgtcaaccagcgattctctgaggactccggaatttgaatatattcacaatgatgatgttgtatcaat 507  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||    
T  40171297 ccttcagcggttctgcttcactggatgagagcatgtcaaccagcgattctctgatgactccagaatttgaatatattcggaatgacgatgttgtatcaat 40171396  T
Q  508 caaatcaattgagaataaaacatgcaacattctcaatatttcagactcttctaaaatggcaggttcgtttattaaaggcttattcttatacttgcccttt 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  40171397 caaatcaattgagaataaaacatgcaacattctcaatatttcagactcttccaaaatgggaggttcgtttattaaaggcttaatcttatactcgcccttt 40171496  T
Q  608 cttatgctttggctaatttggacaatacttttttcaataattacaatttgtaaatctggaatactcatgcatcattcattgattttaggggagaatacat 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||    
T  40171497 cttatgctttggctaatttggacaatacttttttcaataattacaatttgt-aatctggaatactcatgcatcatcccatgatttta-gggagaatacat 40171594  T
Q  708 gatattgacacccatactgaagtcaagagcaaatgaaatttgaaggcattgactgcaatatcaaagacccacaggttttgtgcatcctttgcccacgaaa 807  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  40171595 gatattgata-ccatactgaagtcaagagcaaatg-aatttgtagacattgaccgcaataccaaagacccaca-gttttgtgcatcctttgcccatgaaa 40171691  T
Q  808 tctatgaaaatttgcgtgtatcagaggtttgtcgtcttcatttatttaaatgttttagtcacttgttgtaatttgccaagtgattgctagcagagtagca 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||    
T  40171692 tctatgaaaatttgcgtgtatcagaggtttgtcgtcttcatttattttaatgttttagtcacttgttgtaattgtcaaagtgattgctagcagagtagca 40171791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University