View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4476-Insertion-1 (Length: 999)

Name: NF4476-Insertion-1
Description: NF4476
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4476-Insertion-1
NF4476-Insertion-1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-973)||(5714765-5715712)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 685; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 685; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 973
Target Start/End: Original strand, 5714765 - 5715712
Alignment:
Q  8 gtatgaacaccagcaaagctgttattacaatctttccgggttataaggaactgtgcgtacatagttttggtagaagaaaacaaaatctcttatttttcat 107  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5714765 gtatgaacaccaacaaagctgttattacaatctttccgggttataaggaactgtgcgtacatagttttggtagaagaaaacaaaatctcttatttttcat 5714864  T
Q  108 gattttggacagaattttcttgtacatttttatcaaagcaacgtgcttgggttaatcccaaaaaacattttactaataaatctcactgaaaactttatta 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5714865 gattttggacagaattttcttgtacatttttatcaaagcaacgtgcttgggttaatcccaaaaaaaaatttactaataaatctcactgaaaactttatta 5714964  T
Q  208 gcaaaatgggtcaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacaaaaatagttaacgggacaactttgtttcaaataatattatgaaatttataccgatacatca 307  Q
    |||||| ||| ||||                    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5714965 gcaaaacgggacaactttttttttttgtt------gagaaaaatagttaacgggacaactttgtttcaaataatattatgaaatttatac-gatacatca 5715057  T
Q  308 tttttgcaactgtgaacaattaataaatctcactgacagtataaccttatcagatgttagttgccaaatccacctatatttcaaaccaatctccataaat 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5715058 tttttgcaactgtgaacaattaataaatctcactgacagtgtaaccttatcagatgttagttgccaaatcaacctatatttcaaaccaatctccataaat 5715157  T
Q  408 atgttagataaaaagctcactacattactacactccccctacatttcctcctccatgcaaataaccgacgccgctatttttaagcatcacccccaattgt 507  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5715158 atgttagataaaaagctcactacaatactacactccccctgcatttcctcctccatgcaaataaccgacaccgctatttttaagcatcacccccaattgt 5715257  T
Q  508 acaacctaaaggatacatctcagttactgtttgaaaacaattcttagctaaagcatacaatcttctaaacctatcaaaaatctccccctctatccaagca 607  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5715258 acaacctaaaggatacatctcaactactgtttgaaaacaattcttagttaaagcatacaatcttctaaacctatcaaaaatctccccctctatccaagca 5715357  T
Q  608 tctcatcaaaataaattttttccccatcccacaaaccttatccttagagcatctctcaagtgcgattccatcacccctatgaatatatcccatctgacac 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5715358 tctcatcaaaataaattttttccccatcccacaaaccttatccttagagcatctctcaagtgcgattccatcacccctatgaatatatctcatctgacac 5715457  T
Q  708 aaccaaactgatgttatatatatgcccattttttctaatacaaccgacattcaccatatatctcaatttgagcaccttaaaccatagggtatcccctatc 807  Q
     | ||||| ||| |    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  5715458 gatcaaaccgatct----tatatgcccattttttctaatacaacctacattcaccatatatctcaatttaagcaccttaaaccataaggtat-ccctatc 5715552  T
Q  808 cacatacaacctccatcaactacttacctaataatgccgagttaaaannnnnnnnaatcctccaaaccctcaagcctccgtttctcctttttcttagcag 907  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||         ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||     
T  5715553 cacatacaacctccatc-actacttacctaataatgccaagttaaa--tttttttaatcctccaaaccctcaagcctccg-ttctcc-ttttcttagca- 5715646  T
Q  908 ggttgttttctttttatccaaggtattaccacccccaccaacccaaatcgg-aaacataactacata 973  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  5715647 ggttgtttccttttaatccaaggtattacca-ccccaccaacccaaatcggcaaacctaactacata 5715712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University