View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4479_low_1 (Length: 460)

Name: NF4479_low_1
Description: NF4479
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4479_low_1
NF4479_low_1
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (8-460)||(46322744-46323196)
chr7 (11-460)||(46531916-46532365)
chr7 (11-460)||(46524363-46524812)
chr7 (14-460)||(46326455-46326901)
chr7 (11-452)||(46520305-46520746)
chr7 (11-452)||(46490077-46490518)
chr7 (11-452)||(46478875-46479316)
chr7 (8-452)||(46494375-46494819)
chr7 (8-381)||(46516735-46517108)
chr7 (266-369)||(46464833-46464934)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (116-448)||(7475311-7475643)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-381)||(37151822-37152192)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-381)||(88038-88408)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 441; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 460
Target Start/End: Original strand, 46322744 - 46323196
Alignment:
Q  8 gagcacagaacagtggaagtgaatggaatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacctgttgttttgttccttcacggctttcctgaactct 107  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46322744 gagcacagaagagtggaagtgaatggaatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacctgttgttttgttccttcacggctttcctgaactct 46322843  T
Q  108 ggtactcttggcgccaccagattgcggctctcggctccctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46322844 ggtactcttggcgccaccagattgcggctctcggctctctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttc 46322943  T
Q  208 aataagcagctacactggttttcacattgtaggtgatctggttgcacttatagatttgcttggcgttgatcaagtgtttcttgtagctcatgattggggt 307  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46322944 aataagcagctacacaggttttcacattgtaggtgatctggttgcacttatagatttgcttggcgttgatcaagtgtttcttgtagctcatgattggggt 46323043  T
Q  308 gccatcattggttggtacctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtctcagtgttccatttacgcgtagaaaccctaaaatcagaa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46323044 gccatcattggttggtacctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtctcagtgttccatttacgcgtagaaaccctaaaatcagaa 46323143  T
Q  408 ctgttgatggcatgcgtgctgcttatggagatgattattatatctctagattt 460  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46323144 ctgttgatggcatgcgtgctgcttatggagatgattattatatctctagattt 46323196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 11 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 46532365 - 46531916
Alignment:
Q  11 cacagaacagtggaagtgaatggaatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacctgttgttttgttccttcacggctttcctgaactctggt 110  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||    
T  46532365 cacagaacagtggaggtgaatggaatcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggacctgttgtcttgttccttcatggcttcccagaactctggt 46532266  T
Q  111 actcttggcgccaccagattgcggctctcggctccctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaat 210  Q
    | || ||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  46532265 attcatggcgccaccaaattgtagctcttggctccctcggttaccgcgccgttgctccagatctgcgtggctatggtgacaccgaggctccatcttcaat 46532166  T
Q  211 aagcagctacactggttttcacattgtaggtgatctggttgcacttatagatttgcttggcgttgatcaagtgtttcttgtagctcatgattggggtgcc 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  46532165 aagcagctacactggttttcacattgtaggtgaccttgttgcacttatagatttgcttggtgttgaccaagtgtttcttgtggctcatgattggggtgct 46532066  T
Q  311 atcattggttggtacctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtctcagtgttccatttacgcgtagaaaccctaaaatcagaactg 410  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |    ||||||||||| |||||||  || |    
T  46532065 atcattggttggtatctttgtatgtttcgccctgaaagaatcaaagcttatgtctgtctcagtgttccactactccgtagaaaccccaaaatcaagaccg 46531966  T
Q  411 ttgatggcatgcgtgctgcttatggagatgattattatatctctagattt 460  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46531965 ttgatgccatgcgtgctgcttatggagatgattattatatctctagattt 46531916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 11 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 46524812 - 46524363
Alignment:
Q  11 cacagaacagtggaagtgaatggaatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacctgttgttttgttccttcacggctttcctgaactctggt 110  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||    
T  46524812 cacagaagagtggaagtgaatggaatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacctgttgtcttgttccttcatggcttcccagaactctggt 46524713  T
Q  111 actcttggcgccaccagattgcggctctcggctccctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaat 210  Q
    | || ||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||| |    
T  46524712 attcatggcgccaccagattgtagctctcagctccctcggctaccgtgctgttgctcccgatctccgtggctatggtgacaccgatgctccgtcttcagt 46524613  T
Q  211 aagcagctacactggttttcacattgtaggtgatctggttgcacttatagatttgcttggcgttgatcaagtgtttcttgtagctcatgattggggtgcc 310  Q
     || |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  46524612 tagtagctacacaggttttcacatagtaggtgatcttgttgcacttatagattttctgggtgttgatcaagtgtttcttgttgctcatgattggggtgct 46524513  T
Q  311 atcattggttggtacctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtctcagtgttccatttacgcgtagaaaccctaaaatcagaactg 410  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |    ||||||||||| |||||||| || |    
T  46524512 atcattggttggtatctttgtatgtttcgccctgaaagaatcaaagcttatgtctgtctcagtgttccactactccgtagaaaccccaaaatcaggaccg 46524413  T
Q  411 ttgatggcatgcgtgctgcttatggagatgattattatatctctagattt 460  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||||    
T  46524412 ttgatgccatgcatgctgcttatggagatgattattacatatgtagattt 46524363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 14 - 460
Target Start/End: Original strand, 46326455 - 46326901
Alignment:
Q  14 agaacagtggaagtgaatggaatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacctgttgttttgttccttcacggctttcctgaactctggtact 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46326455 agaacagtggaagtgaatggaatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacctgttgttttgttccttcacggctttcctgaactctggtact 46326554  T
Q  114 cttggcgccaccagattgcggctctcggctccctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataag 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||| || | ||| ||||| || ||    
T  46326555 cttggcgccaccagattgcggctctcggatccctcggttaccgtgctgttgctcccgatctccgtggctatggtgacacagatgttccgtcttccattag 46326654  T
Q  214 cagctacactggttttcacattgtaggtgatctggttgcacttatagatttgcttggcgttgatcaagtgtttcttgtagctcatgattggggtgccatc 313  Q
    |||||||||  |||||||| | || |||||  | ||| | || || || |||||||| || || ||||| || ||||| | |||||||  ||||||||||    
T  46326655 cagctacacatgttttcacgtagttggtgacattgtttctctcatcgacttgcttggtgtggaacaagttttccttgttggtcatgatatgggtgccatc 46326754  T
Q  314 attggttggtacctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtctcagtgttccatttacgcgtagaaaccctaaaatcagaactgttg 413  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||   | | ||||||||||||||||||| ||||    
T  46326755 attggttggtatctttgtatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtgtgcctcagtgttccatttctccatcgaaaccctaaaatcagaaccgttg 46326854  T
Q  414 atggcatgcgtgctgcttatggagatgattattatatctctagattt 460  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  46326855 atggcatgcgtgcggtttatggagatgattattatatctgtagattt 46326901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 11 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 46520746 - 46520305
Alignment:
Q  11 cacagaacagtggaagtgaatggaatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacctgttgttttgttccttcacggctttcctgaactctggt 110  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  46520746 cacagaacggtggaagtgaatggcatcaaaatgcatattgcagagaaaggaaaagaaggtccagttgttttgttccttcacggcttccctgaactctggt 46520647  T
Q  111 actcttggcgccaccagattgcggctctcggctccctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaat 210  Q
    | || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| |||||||| || ||||| || |||||  |||||||    
T  46520646 attcatggcgccaccagattgctgctcttggctccctcggttaccgtgctgttgctccagatcttcgtggctacggcgacaccgatgctcccgcttcaat 46520547  T
Q  211 aagcagctacactggttttcacattgtaggtgatctggttgcacttatagatttgcttggcgttgatcaagtgtttcttgtagctcatgattggggtgcc 310  Q
    ||||||||||||    || ||| | || |||||| | ||||| || || || |  || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  46520546 aagcagctacacaatcttccacttggtgggtgatatcgttgctctcatcgactcactcggcgttgaccaagtgttccttgtagctcatgattggggtgcc 46520447  T
Q  311 atcattggttggtacctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtctcagtgttccatttacgcgtagaaaccctaaaatcagaactg 410  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||| | | | |   ||     
T  46520446 atgattggttggtatctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtcttagtgttccatttaaccatagaaaccccacagtgaagccta 46520347  T
Q  411 ttgatggcatgcgtgctgcttatggagatgattattatatct 452  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  46520346 ttgatggtaggcgtgctgcttatggagacgattattatatct 46520305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 11 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 46490518 - 46490077
Alignment:
Q  11 cacagaacagtggaagtgaatggaatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacctgttgttttgttccttcacggctttcctgaactctggt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  46490518 cacagaacagtggaagtgaatggcatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacccgttgtcctgttccttcatggcttccctgaactctggt 46490419  T
Q  111 actcttggcgccaccagattgcggctctcggctccctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaat 210  Q
    | || ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||  | || ||    
T  46490418 attcatggcgccaccagatttctgctcttggctccctcggttaccgcgctgttgctccagatctccgtggttatggcgacaccgatgctccggcctccat 46490319  T
Q  211 aagcagctacactggttttcacattgtaggtgatctggttgcacttatagatttgcttggcgttgatcaagtgtttcttgtagctcatgattggggtgcc 310  Q
     || ||||||||    || ||  | || |||||  | ||||| || || || |  ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46490318 tagtagctacacaatcttccatttggttggtgacatcgttgctctcatcgactcacttggcgttgaccgagtgtttcttgtagctcatgattggggtgcc 46490219  T
Q  311 atcattggttggtacctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtctcagtgttcc--atttacgcgtagaaaccctaaaatcagaac 408  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||  |||||| |  |||||||| ||| | | | |    
T  46490218 atcattggttggtatctttgtttgtttcgccctgaaagaatcaaagcctacgtgtgtctgagtgttccgtatttaccc--agaaacccaaaattgaaacc 46490121  T
Q  409 tgttgatggcatgcgtgctgcttatggagatgattattatatct 452  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  46490120 tgttgatggcatgcgagctgtgtatggtgatgattattatatct 46490077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 11 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 46479316 - 46478875
Alignment:
Q  11 cacagaacagtggaagtgaatggaatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacctgttgttttgttccttcacggctttcctgaactctggt 110  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  46479316 cacagaacggtggaagtgaatggcatcaaaatgcatattgcagagaaaggaaaagaaggtccagttgttttgttccttcacggcttccctgaactctggt 46479217  T
Q  111 actcttggcgccaccagattgcggctctcggctccctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaat 210  Q
    | || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| ||||| |||||||| || ||||| || |||||  |||||||    
T  46479216 attcatggcgccaccagattgctgctcttggctccctcggttaccgtgctgttgctccagatcttcgtggctacggcgacaccgatgctcccgcttcaat 46479117  T
Q  211 aagcagctacactggttttcacattgtaggtgatctggttgcacttatagatttgcttggcgttgatcaagtgtttcttgtagctcatgattggggtgcc 310  Q
    ||||||||||||    || ||| | || |||||| | ||||| || || || |  || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  46479116 aagcagctacacaatcttccacttggtgggtgatatcgttgctctcatcgactcactcggcgttgaccaagtgttccttgtagctcatgattggggtgcc 46479017  T
Q  311 atcattggttggtacctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtctcagtgttcc--atttacgcgtagaaaccctaaaatcagaac 408  Q
    || ||||||||||| |||||  | ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||| ||  |||||| |  |||||||| ||||| | | |    
T  46479016 atgattggttggtatctttgtttatttcgccctgaaaaaatcaaagcttatgtttgtttgagtgtgccgtatttaccc--agaaaccccaaaatgaaacc 46478919  T
Q  409 tgttgatggcatgcgtgctgcttatggagatgattattatatct 452  Q
     |||||||||||||| |||   | |||||||||||| |||||||    
T  46478918 agttgatggcatgcgagctttgtttggagatgattactatatct 46478875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 8 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 46494819 - 46494375
Alignment:
Q  8 gagcacagaacagtggaagtgaatggaatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacctgttgttttgttccttcacggctttcctgaactct 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||    
T  46494819 gagcacagaacagtggaagtgaatggaatcaaaatgcatattgctgaaaaaggaaaagaaggacctgttgtcctgttccttcacggattccctgaactct 46494720  T
Q  108 ggtactcttggcgccaccagattgcggctctcggctccctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| |  ||   |||    
T  46494719 ggtactcttggcgccaccagattgcggctctcggctctctcggttaccgggctgtggctcccgatcttcgtggttatggcgatactgatgtccccagttc 46494620  T
Q  208 aataagcagctacactggttttcacattgtaggtgatctggttgcacttatagatttgcttggcgttgatcaagtgtttcttgtagctcatgattggggt 307  Q
      ||| ||| || ||    || ||| | || |||||  | ||||| || || || | |||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  46494619 ggtaaacagttatacaatcttccacttggttggtgacattgttgcgctcatcgactcgcttggggttgatcaagtcttccttgtggctcatgattggggt 46494520  T
Q  308 gccatcattggttggtacctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtctcagtgttcc--atttacgcgtagaaaccctaaaatcag 405  Q
    |||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||  |||||| |  |||||||| ||| | |     
T  46494519 gccatcgttggttggtatctttgcttgtttcgccctgagagagttaaagcctatgtgtgtctcagtgtgccgtatttaccc--agaaaccccaaagtgaa 46494422  T
Q  406 aactgttgatggcatgcgtgctgcttatggagatgattattatatct 452  Q
    | | |||||||||||||| |||   | ||||||||| ||||||||||    
T  46494421 accagttgatggcatgcgagctttatttggagatgactattatatct 46494375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 8 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 46517108 - 46516735
Alignment:
Q  8 gagcacagaacagtggaagtgaatggaatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacctgttgttttgttccttcacggctttcctgaactct 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||||  | || ||||||||||| || ||||||||| |||    
T  46517108 gagcacagaacagtggaagtgaatggaatcaaaatgcatgtcgcagagaaaggaaaagaaggaccaatagtattgttccttcatggttttcctgaaatct 46517009  T
Q  108 ggtactcttggcgccaccagattgcggctctcggctccctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttc 207  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||  ||||||| ||||||||||| |||||  ||||    
T  46517008 ggtactcatggcgccaccagattgttgctctcagctcccttggctaccgcaccgtggctccagatctctgtggctacggtgacactgatgctcccacttc 46516909  T
Q  208 aataagcagctacactggttttcacattgtaggtgatctggttgcacttatagatttgcttggcgttgatcaagtgtttcttgtagctcatgattggggt 307  Q
    | | || ||||||||   ||| ||  | || |||||| | ||||| || || || |  || || || || ||||| || ||||| |||||||||||||||    
T  46516908 agttagtagctacacaattttacatttggttggtgatatcgttgctctaattgactcactgggtgtggaccaagttttccttgtggctcatgattggggt 46516809  T
Q  308 gccatcattggttggtacctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtctcagtgttccatt 381  Q
    || |||||||||||||| |||||  ||||||| ||||| | | |||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  46516808 gctatcattggttggtatctttgtttgtttcgtcctgagaaagtcaaggcttatgtttgcctcagtgttccatt 46516735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 266 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 46464934 - 46464833
Alignment:
Q  266 cttggcgttgatcaagtgtttcttgtagctcatgattggggtgccatcattggttggtacctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgttt 365  Q
    ||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| | | |||||||||  | ||  ||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  46464934 cttggggttgatcaagtcttttttgttgctcatgattggggtgccttaactggttggta--tctgtttgtttcgtcctgaaagagtcaaagcctatgttt 46464837  T
Q  366 gtct 369  Q
    ||||    
T  46464836 gtct 46464833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 116 - 448
Target Start/End: Original strand, 7475311 - 7475643
Alignment:
Q  116 tggcgccaccagattgcggctctcggctccctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttcaataagca 215  Q
    |||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||  | ||| ||| | ||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||    
T  7475311 tggcgccaccagattatagctctcagctccctcggctaccatgtcgtggctactgatctccgtggctatggtgacaccgattctccatcttcaataagca 7475410  T
Q  216 gctacactggttttcacattgtaggtgatctggttgcacttatagatttgcttggcgttgatcaagtgtttcttgtagctcatgattggggtgccatcat 315  Q
    ||||||| || ||||| || || ||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7475411 gctacacagggtttcatatggttggtgaccttgttgcacttatagattttcttggtgttgatcaagtgtttcttgtggctcatgattggggtgccatcat 7475510  T
Q  316 tggttggtacctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtctcagtgttccatttacgcgtagaaaccctaaaatcagaactgttgat 415  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    || |||||||||||| | |  || ||||||    
T  7475511 tggttggtacctttgcacgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtctcagtgttcccttgcaccgaagaaaccctaaactgaagacagttgat 7475610  T
Q  416 ggcatgcgtgctgcttatggagatgattattat 448  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7475611 ggcatgcatgctgcttatggagatgattattat 7475643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 8 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 37152192 - 37151822
Alignment:
Q  8 gagcacagaacagtggaagtgaatggaatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacctgttgttttgttccttcacggctttcctgaactct 107  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||||| || ||||||||| |||| ||||||||   |||||| || || || ||| |  | ||||| || ||||| || |    
T  37152192 gagcacagaatagtagaagtaaatggcattaaaatgcatgttgcagagaaagg---agaaggtccagtggtgttgatgttgcacggtttccctgagctat 37152096  T
Q  108 ggtactcttggcgccaccagattgcggctctcggctccctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttc 207  Q
    |||||||||||||||| ||||||  || | |  |||||   || ||||| || || || || ||||| || ||||| ||||||||||| ||||||   ||    
T  37152095 ggtactcttggcgccatcagattctggatttgagctccaagggttaccgtgcagtggcccctgatcttcggggctacggtgacactgaagctccagaatc 37151996  T
Q  208 aataagcagctacactggttttcacattgtaggtgatctggttgcacttatagatttgcttggcgttgatcaagtgtttcttgtagctcatgattggggt 307  Q
    | | | |||||||||  |||||||| |||| |||||| |  ||||||| || || |  || || || ||  ||||||  ||||| |  ||||||||||||    
T  37151995 agtgaccagctacacctgttttcaccttgtgggtgatatcattgcactcattgactctctaggggtggacaaagtgtaccttgtcggacatgattggggt 37151896  T
Q  308 gccatcattggttggtacctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtctcagtgttccatt 381  Q
    || ||||| ||||||||  |||||||||| || || |||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  37151895 gcaatcatcggttggtatgtttgcatgttccgaccagaaagagtcaaggcctatgtttgtcttagtgttccatt 37151822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 8 - 381
Target Start/End: Original strand, 88038 - 88408
Alignment:
Q  8 gagcacagaacagtggaagtgaatggaatcaaaatgcatattgctgagaaaggtaaagaaggacctgttgttttgttccttcacggctttcctgaactct 107  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||||| || ||||||||| |||| ||||||||   |||||| || || || ||| |  | ||||| || ||||| || |    
T  88038 gagcacagaatagtagaagtaaatggcattaaaatgcatgttgcagagaaagg---agaaggtccagtggtgttgatgttgcacggtttccctgagctat 88134  T
Q  108 ggtactcttggcgccaccagattgcggctctcggctccctcggctaccgcgccgtagctccggatctacgtggctatggtgacactgaggctccatcttc 207  Q
    |||||||||||||||| ||||||  || | |  |||||   || ||||| || || || || ||||| || ||||| ||||||||||| ||||||   ||    
T  88135 ggtactcttggcgccatcagattctggatttgagctccaagggttaccgtgcagtggcccctgatcttcggggctacggtgacactgaagctccagaatc 88234  T
Q  208 aataagcagctacactggttttcacattgtaggtgatctggttgcacttatagatttgcttggcgttgatcaagtgtttcttgtagctcatgattggggt 307  Q
    | | | || ||||||  |||||||| |||| |||||| |  ||||||| || || |  || || || ||  ||||||  ||||| |  ||||||||||||    
T  88235 agtgaccaactacacctgttttcaccttgtgggtgatatcattgcactcattgactctctaggggtggacaaagtgtaccttgtcggacatgattggggt 88334  T
Q  308 gccatcattggttggtacctttgcatgtttcgccctgaaagaatcaaagcctatgtttgtctcagtgttccatt 381  Q
    || ||||| ||||||||  |||||||||| || || |||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  88335 gcaatcatcggttggtatgtttgcatgttccgaccagaaagagtcaaggcctatgtttgtcttagtgttccatt 88408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University