View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4482_low_2 (Length: 836)

Name: NF4482_low_2
Description: NF4482
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4482_low_2
NF4482_low_2
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (276-822)||(31942944-31943494)
chr6 (18-170)||(31943596-31943746)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (276-823)||(9393313-9393861)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (276-822)||(1341144-1341682)
chr7 (19-156)||(1341726-1341861)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (415-822)||(46630240-46630644)
chr4 (346-820)||(5643211-5643687)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 506; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 506; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 276 - 822
Target Start/End: Complemental strand, 31943494 - 31942944
Alignment:
Q  276 gggggaggaaggaaaagaggattacattgctaggattgttgagttgtttgaaactcctgatgaagaacaatattttactgcccaatggttttatagagcc 375  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31943494 gggggaggaaggaaaagaggattacattgctaggattgtggagttgtttgaaactcctgatgaagaacaatattttactgcccaatggttttatagagcc 31943395  T
Q  376 gaagacacggtaaagattgaattttaactc----gtgttttggtttgtttagctgtttagggttattgttgattttggtgatttgaatgtgtgtgcaggt 471  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31943394 gaagacacggtaaagattgaattttaactcttttgtgttttggtttgtttagctgtttagggttattgttgattttggtgatttgaatgtgtgtgcaggt 31943295  T
Q  472 gattaaggaccatgggaatctagttgacaaaaagaggattttcaaatctgatgtaaaagatgaaaatcctttagattgtttagttaggaaagtaaacatt 571  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31943294 gattaaggaccatggtaatctagttgacaaaaagaggattttcaaatctgatgtaaaagatgaaaatcctttagattgtttagttaggaaagtaaacatt 31943195  T
Q  572 gtacaaatttcttctgatgtaagtgctttgtgtagttcttcttttgttgtataacttataattttgcattataatgttcagagttttgaaatatgttgat 671  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31943194 gtacaaatttctcctgatgtaagtgctttgtgtagttcttcttttgttgtataacttctaattttgcattataatgttcagagttttgaaatatgttgat 31943095  T
Q  672 tttgtttactacaggctgcaaaaaagaagaaaattcctccttgtgacttctatttcgatatgaagtacactgtgccatatttaaccttctgtaacattga 771  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31943094 tttgtttactacaggctgcaaaaaagaagaaaattcctccttgtgacttctatttcgatatgaagtacactgtgccatatttaactttctgtaacattga 31942995  T
Q  772 caatggtatgatttcataaattaattatgatgatttgcttaagtttcttgc 822  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31942994 caatggtatgattttgtaaattaattatgatgatttgcttaagtttcttgc 31942944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 18 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 31943746 - 31943596
Alignment:
Q  18 gttttagggtttatttctctaatttaaaattgaaaactatgtttttgttttatatatgatttcatgttgaaaaatgtgtaatttagggttcatttcttta 117  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  31943746 gttttagggtttatttctgtaatttaaaattgaaaactatgtttttgttttatatacgatttcatgttgaaaaatgtgt--tttagggttcatttcttta 31943649  T
Q  118 tgtcatgttaaaatatttttattattgattttaattcatgttgaaaatcttgt 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31943648 tgtcatgttaaaatatttttattattgattttaattcatgttgaaaatcttgt 31943596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 441; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 276 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 9393861 - 9393313
Alignment:
Q  276 gggggaggaaggaaaagaggattacattgctaggattgttgagttgtttgaaactcctgatgaagaacaatattttactgcccaatggttttatagagcc 375  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9393861 gggggaggaaggaaaagaggattacatcgctacgattgtggagatgtttgaaactcctgaggaagaacaatattttactgcccaatggttttacagagcc 9393762  T
Q  376 gaagacacggtaaagattgaattttaactc--gtgttttgg-tttgtttagctgtttagggttattgttgattttggtgatttgaatgtgtgtgcaggtg 472  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  9393761 gaagacaccgtaaatattgaattttaactcttgtgttttgggtttgtttagctgtttagggttattgttgattttggtgatatgaatgcgtgtgcaggtg 9393662  T
Q  473 attaaggaccatgggaatctagttgacaaaaagaggattttcaaatctgatgtaaaagatgaaaatcctttagattgtttagttaggaaagtaaacattg 572  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9393661 attaaggaccatgggaatctagttgacaaaaagagaattttcaaatctgatgtaaaagatgaaaatcctttagattgtttagttaggaaaataaacattg 9393562  T
Q  573 tacaaatttcttctgatgtaagtgctttgtgtagttcttcttttgttgtataacttataattttgcattataatgttcagagttttgaaatatgttgatt 672  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||    
T  9393561 tacaaatttctcctgatgtaagtgctttgtgtagttcttcttttgttgtataacttgtaattttgcattataatgttc--agttttgaaatacgttgatt 9393464  T
Q  673 ttgtttactacaggctgcaaaaaagaagaaaattcctccttgtgacttctatttcgatatgaagtacactgtgccatatttaaccttctgtaacattgac 772  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  9393463 ttgtttactacaggctgcaaaaaagaagaaaattcctccttgtgacttctattttgatatgaagtacaatgtgccatatttaactttctctaatattgac 9393364  T
Q  773 aatggtatgatttcataaattaattatgatgatttgcttaagtttcttgct 823  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9393363 aatggtatgatttcataaattaattatgatgatttgcttaagtttcttgct 9393313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 276 - 822
Target Start/End: Complemental strand, 1341682 - 1341144
Alignment:
Q  276 gggggaggaaggaaaagaggattacattgctaggattgttgagttgtttgaaactcctgatgaagaacaatattttactgcccaatggttttatagagcc 375  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1341682 gggggaggaaggaaaggaggattacattgctaggattgtggagatgtttgaaactcctgatgaagaacaatattttactgcccaatggttttacagagcc 1341583  T
Q  376 gaagacacggtaaagattgaattttaactc----gtgttttggtttgtttagctgtttagggttattgttgattttggtgatttgaatgtgtgtgcaggt 471  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1341582 gaagacacagtaaagattgaattgtaactctttcgtgttttggtttgtttagctgtttagggttattgttgattttggtgatttgaatgtgtgtgcaggt 1341483  T
Q  472 gattaaggaccatgggaatctagttgacaaaaagaggattttcaaatctgatgtaaaagatgaaaatcctttagattgtttagttaggaaagtaaacatt 571  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1341482 gattaaggaccatgggaatctggttgacaaaaagaggattttcatatctgatgtaaaagatgaaaatcctttagattgtttagttaggaaagttaacatt 1341383  T
Q  572 gtacaaatttcttctgatgtaagtgctttgtgtagttcttcttttgttgtataacttataattttgcattataatgttcagagttttgaaatatgttgat 671  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  |||||   ||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1341382 gtacaaatttctcctgatgtaagtgcttcatgtag---ttcttttgttgtataa---------ttgcattataatgttcagagttttgaaatatgttgat 1341295  T
Q  672 tttgtttactacaggctgcaaaaaagaagaaaattcctccttgtgacttctatttcgatatgaagtacactgtgccatatttaaccttctgtaacattga 771  Q
    ||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||  ||  |||     
T  1341294 tttatacactacaggctgcaaaaaagaagaaaattcctccttgtgaattctattttgacatgaagtacactgtgccatatttaacgttctcaaatgttgg 1341195  T
Q  772 caatggtatgatttcataaattaattatgatgatttgcttaagtttcttgc 822  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1341194 caatggtatgatttcataatttaattatgatgatttgtttaagtttcttgc 1341144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 19 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 1341861 - 1341726
Alignment:
Q  19 ttttagggtttatttctctaatttaaaattgaaaactatgtttttgttttatatatgatttcatgttgaaaaatgtgtaatttagggttcatttctttat 118  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| ||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||    
T  1341861 ttttatggtttatttctctgattcaatgttgaaaactgtgtttttattttatatatgatttcatgttgaagaatgtgt--tttagggttcatttctttat 1341764  T
Q  119 gtcatgttaaaatatttttattattgattttaattcat 156  Q
    || ||||||||| |||||  |||||||||| |||||||    
T  1341763 gttatgttaaaacattttatttattgatttcaattcat 1341726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 415 - 822
Target Start/End: Complemental strand, 46630644 - 46630240
Alignment:
Q  415 tttgtttagctgtttagggttattgttgattttggtgatttgaatgtgtgtgcaggtgattaaggaccatgggaatctagttgacaaaaagaggattttc 514  Q
    ||||||||  ||||||| |||||| || |||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  46630644 tttgtttaaatgtttagcgttattttttattttggtgatttgaatacgtgtgcaggtgatcaaggaccacgggaatctgtttgacaaaaagaggattttc 46630545  T
Q  515 aaatctgatgtaaaagatgaaaatcctttagattgtttagttaggaaagtaaacattgtacaaatttcttctgatgtaagtgctttgtgtagttcttctt 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||||| |       
T  46630544 aaatctgatgtaaaagatgaaaatcctttagattgtttagttaagaaagtaggaattgtacggatttctcctgatgcaagtgctttgtgtagttcct--- 46630448  T
Q  615 ttgttgtataacttataattttgcattataatgttcagagttttgaaatatgttgattttgtttactacaggctgcaaaaaagaagaaaattcctccttg 714  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  46630447 ttgttgcatgacttatacttttgcattataatgtttggagttttgaaatatgttgattttgtatactaaaggctgcaaaaaagaagaaaattcctcctag 46630348  T
Q  715 tgacttctatttcgatatgaagtacactgtgccatatttaaccttctgtaacattgacaatggtatgatttcataaattaattatgatgatttgcttaag 814  Q
    ||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||| ||||||||||    
T  46630347 tgaattttattttgatatgaagtacactgtaccatatttaactttctccaacattgacaatggtatgatttcatatttaaattacgatggtttgcttaag 46630248  T
Q  815 tttcttgc 822  Q
    ||||||||    
T  46630247 tttcttgc 46630240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 346 - 820
Target Start/End: Complemental strand, 5643687 - 5643211
Alignment:
Q  346 tattttactgcccaatggttttatagagccgaagacacggtaaagattgaatttta----actcgtgttttggttt-gtttagctgtttagggttattgt 440  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    | ||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  5643687 tattttactgctcagtggttttacagagctgaagatacggtaaagattgaattttatttgattcgtgctttggttttgtttatatgtttagggttattgt 5643588  T
Q  441 tgattttggtgatttgaatgtgtgtgcaggtgattaaggaccatgggaatctagttgacaaaaagaggattttcaaatctgatgtaaaagatgaaaatcc 540  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||| ||||  ||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  5643587 tgatttttgtgatttgaatgtgtgtgcaggttatcaagaaccatggggatctcattgatgaaaaaaggattttcaaatctgatgtgaaagatgaaaaccc 5643488  T
Q  541 tttagattgtttagttaggaaagtaaacattgtacaaatttcttctgatgtaagtgctttgtgtagttcttcttttgttgtataacttataattttgcat 640  Q
    | | ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||      |||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  5643487 tcttgattgtttagttaagaaagttaacattgtacaaatttctcctgatgtaagtgctttgtg------ttcttttgttgtgtaatttataattttgcat 5643394  T
Q  641 tataatgttcagagttttgaaatatgttgattttg---tttactacaggctgcaaaaaagaagaaaattcctccttgtgacttctatttcgatatgaagt 737  Q
    |||  | || |||||||||| | ||||| | ||||   | ||||||||| ||| ||| |||||||  |||||||||||||  | ||||  |||||||| |    
T  5643393 tatgttttttagagttttgataaatgtttaatttgatatatactacaggatgctaaagagaagaatgttcctccttgtgatctatattatgatatgaaat 5643294  T
Q  738 acactgtgccatatttaaccttctgtaacattgacaatggtatgatttcataaattaattatgatgatttgcttaagtttctt 820  Q
    ||||| |||||||| |||| || |  | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  5643293 acactttgccatatctaactttttcaagcattgacaatggtatgatttcataatttaattatgatgatttctttaagtttctt 5643211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University