View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4486_high_20 (Length: 241)

Name: NF4486_high_20
Description: NF4486
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4486_high_20
NF4486_high_20
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (19-241)||(20092219-20092439)
chr7 (19-219)||(20241322-20241520)
chr7 (19-219)||(20170213-20170411)
chr7 (19-219)||(20172206-20172404)
chr7 (19-235)||(20229372-20229586)
chr7 (19-233)||(20271524-20271736)
chr7 (19-216)||(20261955-20262150)
chr7 (19-235)||(20064659-20064873)
chr7 (22-219)||(20296760-20296955)
chr7 (19-227)||(20292331-20292537)
chr7 (19-219)||(20301533-20301731)
chr7 (19-204)||(20286960-20287143)
chr7 (19-219)||(20281838-20282036)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (54-227)||(40821305-40821477)
chr4 (19-204)||(40825998-40826181)
[»] scaffold0027 (1 HSPs)
scaffold0027 (38-227)||(135259-135446)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 19 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 20092439 - 20092219
Alignment:
Q  19 attctttagccctacaaactctacaagtcgctacgttggaatttggcgtggaagtctcaatctagattcatatgggtggcaaacagaaaccaaccactga 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20092439 attctttagccctacaaactctacaagtcgctacgttggaatttgg--tggaagtctcaatctagattcatatgggtggcaaacagaaaccaaccactga 20092342  T
Q  119 atgattctaatgggattgtcataatatttgaagatggaaatcttgtggtattaaatggaaagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20092341 atgattctaatgggattgtcataatatttgaagatggaaatcttgtggtattaaatggaaagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagc 20092242  T
Q  219 atccaataccacttcccgaattt 241  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  20092241 atccaataccacttcccgaattt 20092219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 19 - 219
Target Start/End: Original strand, 20241322 - 20241520
Alignment:
Q  19 attctttagccctacaaactctacaagtcgctacgttggaatttggcgtggaagtctcaatctagattcatatgggtggcaaacagaaaccaaccactga 118  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20241322 attctttagccctaaaaattctacaaaccgctacgttggaatttgg--tggaagtctcaatctacaatcatatgggtggcaaacagaaaccaaccactga 20241419  T
Q  119 atgattctaatgggattgtcataatatttgaagatggaaatcttgtggtattaaatggaaagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagc 218  Q
    |||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20241420 atgactctaatgggattgtcacgatatctgaagatggaaatcttgtggtattaaatggacagaaacgagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagc 20241519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 20170411 - 20170213
Alignment:
Q  19 attctttagccctacaaactctacaagtcgctacgttggaatttggcgtggaagtctcaatctagattcatatgggtggcaaacagaaaccaaccactga 118  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  20170411 attctttagccctaaaaattctacaaaccgctacgttggaatttgg--tggaagtctcaatctacaatcatatgggtggctaacagaaactaaccactga 20170314  T
Q  119 atgattctaatgggattgtcataatatttgaagatggaaatcttgtggtattaaatggaaagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagc 218  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20170313 atgattctaatgggattgtcacaatatttgaagatggaaatcttgtggtattgaatggacagaaacgagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagc 20170214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 20172404 - 20172206
Alignment:
Q  19 attctttagccctacaaactctacaagtcgctacgttggaatttggcgtggaagtctcaatctagattcatatgggtggcaaacagaaaccaaccactga 118  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  20172404 attctttagccctaaaaattctacaaaccgctacgttggaatttgg--tggaagtctcaatctacaatcatatgggtggctaacagaaactaaccactga 20172307  T
Q  119 atgattctaatgggattgtcataatatttgaagatggaaatcttgtggtattaaatggaaagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagc 218  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20172306 atgattctaatgggattgtcacaatatttgaagatggaaatcttgtggtattgaatggacagaaacgagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagc 20172207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 235
Target Start/End: Original strand, 20229372 - 20229586
Alignment:
Q  19 attctttagccctacaaactctacaagtcgctacgttggaatttggcgtggaagtctcaatctagattcatatgggtggcaaacagaaaccaaccactga 118  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  20229372 attctttagccctaaaaattctacaaaccgctacgttggaatttgg--tggaagtctcaatctacaatcatatgggttgcaaacagaaacaaaccactga 20229469  T
Q  119 atgattctaatgggattgtcataatatttgaagatggaaatcttgtggtattaaatggaaagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagc 218  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||     
T  20229470 atgattctaatgggattgtcacaatatctgaacatggaaatctcgtggtattaaatggacagaaacaagtcatttggtcatcgtatgtttccaacatagt 20229569  T
Q  219 atccaataccacttccc 235  Q
    |||||||||||| ||||    
T  20229570 atccaataccacctccc 20229586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 19 - 233
Target Start/End: Original strand, 20271524 - 20271736
Alignment:
Q  19 attctttagccctacaaactctacaagtcgctacgttggaatttggcgtggaagtctcaatctagattcatatgggtggcaaacagaaaccaaccactga 118  Q
    |||||||||  ||| ||| |||||||  ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  20271524 attctttagtgctaaaaattctacaaaccgctatgttggaatttgg--tggaagtctcaatctactatcatatgggtggcaaacagaaaccaaccattga 20271621  T
Q  119 atgattctaatgggattgtcataatatttgaagatggaaatcttgtggtattaaatggaaagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagc 218  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  20271622 atgatactaatgggattgtcacaatatctgaagatggaaatcttgtggtattgaatggacagaaacgagtctattggtcatcaaatgtttccaacatagc 20271721  T
Q  219 atccaataccacttc 233  Q
    |||||||||||||||    
T  20271722 atccaataccacttc 20271736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 19 - 216
Target Start/End: Original strand, 20261955 - 20262150
Alignment:
Q  19 attctttagccctacaaactctacaagtcgctacgttggaatttggcgtggaagtctcaatctagattcatatgggtggcaaacagaaaccaaccactga 118  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||| ||| |||||    
T  20261955 attctttagccctaaaaattctacaaaccgctacgttggaatttgg--tggaagtctcaatctacaatcatatgggttgcaaacagaaacaaactactga 20262052  T
Q  119 atgattctaatgggattgtcataatatttgaagatggaaatcttgtggtattaaatggaaagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacata 216  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  20262053 atgattctaatgggattgtcacaatatctgaacatggaaatcttgtggtattaaatggacagaaacaagttgtttggtcatcaaatgtttccaacata 20262150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 19 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 20064873 - 20064659
Alignment:
Q  19 attctttagccctacaaactctacaagtcgctacgttggaatttggcgtggaagtctcaatctagattcatatgggtggcaaacagaaaccaaccactga 118  Q
    |||||||||||||  ||| |||| || |||||||| ||||||||||  ||||| ||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  20064873 attctttagccctggaaattctataaatcgctacgctggaatttgg--tggaattctcgttctacagtcatatgggtggcaaacagaaaccaaccaataa 20064776  T
Q  119 atgattctaatgggattgtcataatatttgaagatggaaatcttgtggtattaaatggaaagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagc 218  Q
    ||||||||||||||| | |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20064775 atgattctaatgggactatcaccatatctgaagatggaaatcttgtggtattaaatggacagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacataga 20064676  T
Q  219 atccaataccacttccc 235  Q
    |||||||||||||||||    
T  20064675 atccaataccacttccc 20064659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 22 - 219
Target Start/End: Original strand, 20296760 - 20296955
Alignment:
Q  22 ctttagccctacaaactctacaagtcgctacgttggaatttggcgtggaagtctcaatctagattcatatgggtggcaaacagaaaccaaccactgaatg 121  Q
    |||||| |||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||  ||||||||||   ||| | || |||||||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  20296760 ctttagtcctataaactctacaaatcgctatgttggaatttgg--tggaagtctcgcactacagtcgtatgggtggctaacaaaaaccaatcactgaatg 20296857  T
Q  122 attctaatgggattgtcataatatttgaagatggaaatcttgtggtattaaatggaaagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagca 219  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20296858 attctaatgggattgtcacaatatctgaagatggaaatcttgtggtattaaatggatagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagca 20296955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 19 - 227
Target Start/End: Original strand, 20292331 - 20292537
Alignment:
Q  19 attctttagccctacaaactctacaagtcgctacgttggaatttggcgtggaagtctcaatctagattcatatgggtggcaaacagaaaccaaccactga 118  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20292331 attctttagtcctaaaaactctacaaatcgctacgttggaatttgg--tggaagtctcagtctacaatcatatgggtggcgaacagaaaccaaccactga 20292428  T
Q  119 atgattctaatgggattgtcataatatttgaagatggaaatcttgtggtattaaatggaaagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagc 218  Q
    ||||||||||||||| ||    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  20292429 atgattctaatgggactgcggcaatatctgaagatggaaatcttgtggtattaaacggacagaagcaagtcatttggacatcaaatgtctccaacatagc 20292528  T
Q  219 atccaatac 227  Q
    | |||||||    
T  20292529 aaccaatac 20292537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 19 - 219
Target Start/End: Original strand, 20301533 - 20301731
Alignment:
Q  19 attctttagccctacaaactctacaagtcgctacgttggaatttggcgtggaagtctcaatctagattcatatgggtggcaaacagaaaccaaccactga 118  Q
    |||||||||||||  ||| ||||||| |||||||||||||||||||  ||||| ||||  |||| | || |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20301533 attctttagccctgaaaattctacaaatcgctacgttggaatttgg--tggaattctcgttctacagtcgtatgggtggctaacagaaaccaaccactga 20301630  T
Q  119 atgattctaatgggattgtcataatatttgaagatggaaatcttgtggtattaaatggaaagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagc 218  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20301631 atgattctaatgggattgtcacaatatccgaagatggaaatattgaggtattaaatggacagaaacgagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagc 20301730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 204
Target Start/End: Original strand, 20286960 - 20287143
Alignment:
Q  19 attctttagccctacaaactctacaagtcgctacgttggaatttggcgtggaagtctcaatctagattcatatgggtggcaaacagaaaccaaccactga 118  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||  |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  20286960 attctttagccctaaaaactctacaaatcgctatgttggaatttgg--tggaagtctcaatcttcaatcatatgggtggcaaacagaaacaaaccactaa 20287057  T
Q  119 atgattctaatgggattgtcataatatttgaagatggaaatcttgtggtattaaatggaaagaaacaagtcatttggtcatcaaat 204  Q
     |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  20287058 gtgattctaatgggattgtcacaatatctgaggatggaaatcttgtggtattgaatggacaaaaacaagtaatttggtcatcaaat 20287143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 19 - 219
Target Start/End: Original strand, 20281838 - 20282036
Alignment:
Q  19 attctttagccctacaaactctacaagtcgctacgttggaatttggcgtggaagtctcaatctagattcatatgggtggcaaacagaaaccaaccactga 118  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||| |||| | ||||||||||||  |||||||||||||||| | |||| ||||||| |||||||||||| |||||||    
T  20281838 attctttagccgtagaaattctacaaatcgcaatgttggaatttgg--tggaagtctcaatctacaatcatgtgggtggaaaacagaaaccagccactga 20281935  T
Q  119 atgattctaatgggattgtcataatatttgaagatggaaatcttgtggtattaaatggaaagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagc 218  Q
    ||||||||||||||| | ||| |||||  |||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  20281936 atgattctaatgggaatttcacaatatccgaagatggaaatcttgcgatattaaatggacagaaacgagtcatatggtcatcgaatgtttccaacatagc 20282035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 104; Significance: 6e-52; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 54 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 40821477 - 40821305
Alignment:
Q  54 ttggaatttggcgtggaagtctcaatctagattcatatgggtggcaaa-cagaaaccaaccactgaatgattctaatgggattgtcataatatttgaaga 152  Q
    |||||||||||  || ||||||||  ||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  40821477 ttggaatttgg--tgcaagtctcagcctacaatcatatgggtggcaaaacagaaaccaaccactgaacgattctaatgggactgtcacaatatctgaaga 40821380  T
Q  153 tggaaatcttgtggtattaaatggaaagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagcatccaatac 227  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40821379 tggaaatcttgtggtattgaatggacataaacaagtcatttggacatcaaatgtttccaacatagcatccaatac 40821305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 40826181 - 40825998
Alignment:
Q  19 attctttagccctacaaactctacaagtcgctacgttggaatttggcgtggaagtctcaatctagattcatatgggtggcaaacagaaaccaaccactga 118  Q
    ||||||||||||||  || ||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  40826181 attctttagccctaagaattctacaaatcgctacgttggaatttgg--tggaagtctcagtctacaatcatatgggtggcaaacagaaaccgatcactga 40826084  T
Q  119 atgattctaatgggattgtcataatatttgaagatggaaatcttgtggtattaaatggaaagaaacaagtcatttggtcatcaaat 204  Q
    ||||||||||||||||| | |  |||| ||| ||||| ||||||| |||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  40826083 atgattctaatgggattattactatatctgaggatggcaatcttgcggtattgaatggacaaaaacaagtcatttggtcatcaaat 40825998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0027 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0027
Description:

Target: scaffold0027; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 38 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 135446 - 135259
Alignment:
Q  38 tctacaagtcgctacgttggaatttggcgtggaagtctcaatctagattcatatgggtggcaaacagaaaccaaccactgaatgattctaatgggattgt 137  Q
    ||||||| ||||||| |||||| ||| ||  ||||||| | |||| | ||||||| |||| ||||| ||| |||||| |  ||||||| |||| ||||||    
T  135446 tctacaaatcgctacattggaacttgacg--gaagtcttattctacaatcatatgagtggaaaacataaatcaaccatttgatgattcgaatgagattgt 135349  T
Q  138 cataatatttgaagatggaaatcttgtggtattaaatggaaagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagcatccaatac 227  Q
    || ||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||| |||| | |  |||| ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||    
T  135348 cacaatatttgaagatggaaatattatggtaataattggacagaagcgaagcattgggtcatcaaatatttcgaacatagcatccgatac 135259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University