View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4488-Insertion-4 (Length: 1100)

Name: NF4488-Insertion-4
Description: NF4488
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4488-Insertion-4
NF4488-Insertion-4
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (7-1073)||(6448063-6449114)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 775; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 775; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1073
Target Start/End: Complemental strand, 6449114 - 6448063
Alignment:
Q  7 atttatgtaatatgcaccctttgttctcaaggttgtaatattgtcggtttannnnnnnnnnnnnnnnnnaattatcatttatattaactatagtacatct 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6449114 atttatgtaatatgcaccctttgttctcaaggttgtaatattgtcggtttattttttctttccttttttaattatcatttatattaactatagtacatct 6449015  T
Q  107 caagcaagaaaagaacaaacatgatgttgcatgttctagccatatatttctatcgtaattgacttgtgatgatgatgcactgatgcttatgttttactat 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6449014 caagcaagaaaagaacaaacatgatgttgcatgttctagccatatatttctatcgtaattgacttgtgatgatgatgcactgatgcttatgttttactat 6448915  T
Q  207 atatttttgggcaacctgactcatatctccattttattcaatttacagcgtgcaagacatgtgcagtgctacacaaccagctaacctagtttattagata 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6448914 atatttttgggcaacctgactcatatctccattttattcaatttacagcgtgcaagacatgtgcagtgctacacaaccagctaacctagtttattagata 6448815  T
Q  307 tcatgaagatcgactcaaaaattcaacgtaacataagagaaatgaggttaaaattaaacatagaaatcagtgtgtgcttgtaattgataaacattaaact 406  Q
    || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6448814 tcttgaagatcgactcaaaaattcaacataacataagagaaatgaggttaaaattaaacatagaaatcagtgtgtgcttgtaattgataaacattaaact 6448715  T
Q  407 aatgaattgaaaatgtcatatagactttgttaaattctagctaaatttgtacgtgcaaggattcgatcgtattaataattaaataacctatgtatcattt 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||    |||              
T  6448714 aatgaattgaaaatgtcatatagactttgttaaattctagctaaatttgtacgtgcaaggattcg----tattaataattaaa----cta---------- 6448633  T
Q  507 tgcaatggatttgcataaactaatatatagtatttagcgaatatattaaaattgatgtaaacaatgtgacatgctgctgcaatcctcgtctatatacatt 606  Q
        ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6448632 ----atggatttgcagaaactaatatatagtatttagcaaatatattaaaattgatgtaaacaatgtgacatgctgctgcaatcctcgtctatatacatt 6448537  T
Q  607 atgatcatcaatttaaatacatatgcaacttgtgaaacttctaattccaaatcaaattaagtagtgaattcgcatgttaccttttgtcttcaaatatcaa 706  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6448536 atgatcgtcaatttaaatatatatgcaacttgtgaaacttctaattccaaatcaaattaagtagtgaattcgcatgttactttttgtcttcaaatatcaa 6448437  T
Q  707 cttgcaatagttaatgaaatggtcagtgttttaattaagacaataagaatcttgtaaaatgtttaagtaagtaagtaaaaatcgtgtatattattttcaa 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6448436 cttgcaatagttaatgaaatggtcagtg-tttaattaagacaataagaatcttgtaaaatgtttaagtaagtaagtagaaatcgtgtatattattttcaa 6448338  T
Q  807 aactaaatggctatatcttatcttaatgcatgtttaacaaataaattaccaaatgaaacatatcacaatataactcgagatttgagctatgattcacctt 906  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  6448337 aactaaatgactatatcttatcttaatgcatgtttaacaaataaattacgaaatgaaacatatcacaatataactcgagatttgagctatgattcacc-- 6448240  T
Q  907 tgatttgatggtggtaataatt-agagaaaatattgtctattagtaatga--gagaag-atattagcttcgtagttgttattggtgagatcag-atacag 1001  Q
       ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6448239 ---tttgatggtggtaataattaagaggaaatattgtctattagtaatgaagaagaagaatattagcttcgtagttgttattggtgagatcagaatacag 6448143  T
Q  1002 -catactac-agcatgtgttgctttgaaattagag-tatcac--tttccc-tagc-aatagc-atagcaaagtttatcta 1073  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| |||| |||||| |||||||||||||||||    
T  6448142 ccatactacaagcatgtgttgctttgaaattagagttatcaccttttcccttagcaaatagcaatagcaaagtttatcta 6448063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University