View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4488-Insertion-5 (Length: 873)

Name: NF4488-Insertion-5
Description: NF4488
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4488-Insertion-5
NF4488-Insertion-5
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (48-873)||(28948370-28949187)
chr4 (7-873)||(22990252-22991103)
chr4 (416-873)||(22703014-22703454)
chr4 (7-421)||(22714557-22714973)
chr4 (7-302)||(22696875-22697172)
chr4 (67-302)||(46956624-46956859)
chr4 (690-871)||(22698733-22698911)
chr4 (690-871)||(22981619-22981797)
chr4 (690-871)||(22995206-22995384)
chr4 (686-769)||(56560508-56560591)
chr4 (686-769)||(24036214-24036297)
chr4 (686-770)||(16565539-16565623)
chr4 (686-770)||(15618844-15618928)
chr4 (7-55)||(22714959-22715007)
chr4 (7-55)||(22990218-22990266)
chr4 (7-55)||(28949216-28949264)
chr4 (103-154)||(28949166-28949217)
chr4 (103-150)||(46956572-46956619)
chr4 (839-873)||(46957494-46957528)
chr4 (720-765)||(52056997-52057042)
[»] scaffold0009 (3 HSPs)
scaffold0009 (48-873)||(199986-200813)
scaffold0009 (7-55)||(200842-200890)
scaffold0009 (103-154)||(200792-200843)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (48-385)||(20087654-20087992)
chr7 (686-771)||(37638703-37638788)
chr7 (686-771)||(10372714-10372799)
chr7 (103-150)||(20087624-20087671)
chr7 (725-770)||(12963342-12963387)
chr7 (163-210)||(20087624-20087671)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (7-302)||(19646309-19646606)
chr8 (690-871)||(19648194-19648372)
chr8 (686-769)||(193387-193470)
chr8 (686-769)||(720991-721074)
chr8 (686-769)||(882098-882181)
chr8 (686-769)||(30983223-30983306)
chr8 (686-769)||(44240122-44240205)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (7-302)||(4344222-4344518)
chr1 (690-873)||(4345989-4346169)
chr1 (686-769)||(46407488-46407571)
chr1 (686-769)||(50978939-50979022)
chr1 (693-769)||(35606336-35606412)
chr1 (686-770)||(35569906-35569990)
chr1 (310-385)||(5928144-5928219)
chr1 (728-768)||(50979027-50979067)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (48-302)||(22808138-22808392)
chr5 (690-871)||(22809984-22810162)
chr5 (686-769)||(33232457-33232540)
chr5 (686-769)||(7072032-7072115)
chr5 (686-770)||(22481515-22481599)
chr5 (583-629)||(22808657-22808703)
chr5 (101-154)||(22808106-22808159)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (9-302)||(23362369-23362651)
chr2 (690-871)||(23360879-23361058)
chr2 (686-769)||(13895999-13896082)
chr2 (686-769)||(14036616-14036699)
chr2 (686-769)||(14380107-14380190)
chr2 (686-873)||(5916844-5917028)
chr2 (686-770)||(36311597-36311681)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (690-871)||(7011653-7011831)
chr3 (686-769)||(51125383-51125466)
chr3 (686-769)||(52692542-52692625)
chr3 (713-770)||(16246819-16246876)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (686-769)||(21515703-21515786)
chr6 (686-769)||(30019220-30019303)
chr6 (686-770)||(16547456-16547540)
chr6 (693-771)||(17830767-17830845)
[»] scaffold0394 (1 HSPs)
scaffold0394 (693-764)||(6607-6678)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 667; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 667; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 48 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 28949187 - 28948370
Alignment:
Q  48 actatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgt 147  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28949187 actatgaagtactgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgt 28949088  T
Q  148 tatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatccctta 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  28949087 tatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaaaaagtgctagtaactatgaagtactcttatgaagtacaaataacttatgtaatgtttctatccctta 28948988  T
Q  248 acgaaagcttatgttgtgtggtaattatgctcgtatttttggttcacttatgttgnnnnnnngcttcggatttgttgttctcttatcctccataaactct 347  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  28948987 atgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcacttatgttgtttttttgcttcggatttgttgttcacttatcctccttaaactct 28948888  T
Q  348 atatttcagttttaactagttatatataagctatatttgcaatgccatgatttcttatgttttttgtgacattcaaagcatgtttcttatggttttgcgg 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28948887 atatttcagttttaactagttatatataagctatatttgtaatgccatgatttcttatgttttttgtgacattcaaagcatgtttcttatggttttgcgg 28948788  T
Q  448 ctggtttggttgcgacttcaggtgctgttcctggcccgctaacctgctacggctgggggtagttttttggccaagggcctggttggtttttgttgtctct 547  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  28948787 ctggtttggttgcggcttcagctgctgttcctggcctgctaacctgctacggttgggggtagttttttggccaagggcctggttggttttgtttgtctct 28948688  T
Q  548 gtaattgctttctagactttctaggcnnnnnnnnatgttaactggactgcctcttccttctggtgtttcggtttgcagacatcagttgggcaaacatgtt 647  Q
    |||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28948687 gtaattgctttctagactttctagg-atttttttatgttaactggactgcctcttccttctggtgtttcggtttgcaaacatcagttgggcaaacatgtt 28948589  T
Q  648 taaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcagtaatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtg 747  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28948588 taaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcaataatgaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtg 28948489  T
Q  748 tatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatgcctaaattcacaattaagacacaggttcaagtggttattgcaacaatggacacaactt 847  Q
    |||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28948488 tatggaagaatag-------atttgcaattctacgacgcatgcctaaattcacaattaagacacaggttcaagtggttattgcaacaatggacacaactt 28948396  T
Q  848 tattagaaggaatgctgatatggatg 873  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  28948395 tattagaaggaatgctgatatggatg 28948370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 663; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 873
Target Start/End: Original strand, 22990252 - 22991103
Alignment:
Q  7 aggaagtactatgaattaagaagtaatctaagctaggat--gta-ctatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtctttaa 103  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |  || ||  ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990252 aggatgtactatgaattaagaagtaatctagga-agtattagtaactatgaagtactgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtctttaa 22990350  T
Q  104 attaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactatgaagta 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990351 attaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactatgaagta 22990450  T
Q  204 ctcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtggtaattatgctcgtatttttggttcacttatgttgn 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  22990451 ctcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaatgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcacttattttgt 22990550  T
Q  304 nnnnnngcttcggatttgttgttctcttatcctccataaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgcaatgccatgatttctt 403  Q
          |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990551 ttttttgcttcggatttgttgttcacttatcctccataaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgcaatgccatgatttctt 22990650  T
Q  404 atgttttttgtgacattcaaagcatgtttcttatggttttgcggctggtttggttgcgacttcaggtgctgttcctggcccgctaacctgctacggctgg 503  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22990651 atgttttttgtaacattcaaagcatgtttcttatggttttgcggctggtttggttgcggcttcaggtgctgttcctggcctgctaacctgctacggctgg 22990750  T
Q  504 gggtagttttttggccaagggcctggttggtttttgttgtctctgtaattgctttctagactttctaggcnnnnnnnnatgttaactggactgcctcttc 603  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |            ||||||||||||||||||||||    
T  22990751 gggtagttttttggccaagggtctggttggtttttgttgtctctgtagttgctttctaggcttttt----------ttatgttaactggactgcctcttc 22990840  T
Q  604 cttctggtgtttcggtttgcagacatcagttgggcaaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcagtaatgaggtatttaatta 703  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  22990841 cttctggtgtttcggtttgcagacatcagttgggcaaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcaataatgaggtattcaatta 22990940  T
Q  704 ttatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatgcctaaattcacaat 803  Q
    |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990941 ttatcactcaagtttaaggtgcccaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatag-------atttgcaattctacgacgcatgcctaaattcacaat 22991033  T
Q  804 taagacacaggttcaagtggttattgcaacaatggacacaactttattagaaggaatgctgatatggatg 873  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22991034 tatgacacaggttcaagtggttattgcaacaatggacacaactttattagaatgaatgctgatatggatg 22991103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 416 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 22703454 - 22703014
Alignment:
Q  416 acattcaaagcatgtttcttatggttttgcggctggtttggttgcgacttcaggtgctgttcctggcccgctaacctgctacggctgggggtagtttttt 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22703454 acattcaaagcatgtttcttatggttttgcggctggtttggttgcggcttcaggtgctgttcctggcctgctaacctgctacggctgggggtagtttttt 22703355  T
Q  516 ggccaagggcctggttggtttttgttgtctctgtaattgctttctagactttctaggcnnnnnnnnatgttaactggactgcctcttccttctggtgttt 615  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |            ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22703354 ggccaagggtctggttggtttttgttgtctctgtagttgctttctaggcttttt----------ttatgttaactggactgcctcttccttctggtgttt 22703265  T
Q  616 cggtttgcagacatcagttgggcaaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcagtaatgaggtatttaattattatcacttaag 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  22703264 cggtttgcagacatcagttgggcaaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcaataatgaggtattcaattattatcactcaag 22703165  T
Q  716 tgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatgcctaaattcacaattaagacacaggt 815  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22703164 tttaaggtgcccaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgc-------aattctacgacgcatgcctaaattcacaattatgacacaggt 22703072  T
Q  816 tcaagtggttattgcaacaatggacacaactttattagaaggaatgctgatatggatg 873  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22703071 tcaagtggttattgcaacaatggacacaactttattagaatgaatgctgatatggatg 22703014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 22714973 - 22714557
Alignment:
Q  7 aggaagtactatgaattaagaagtaatctaagctaggat--gta-ctatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtctttaa 103  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |  || ||  ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22714973 aggatgtactatgaattaagaagtaatctagga-agtattagtaactatgaagtactgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtctttaa 22714875  T
Q  104 attaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactatgaagta 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22714874 attaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaaaaagtgctagtaactatgaagta 22714775  T
Q  204 ctcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtggtaattatgctcgtatttttggttcacttatgttgn 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  22714774 ctcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaatgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcacttattttgt 22714675  T
Q  304 nnnnnngcttcggatttgttgttctcttatcctccataaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgcaatgccatgatttctt 403  Q
          |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22714674 ttttttgcttcggatttgttgttcacttatcctccataaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgcaatgccatgatttctt 22714575  T
Q  404 atgttttttgtgacattc 421  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  22714574 atgttttttgtaacattc 22714557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 7 - 302
Target Start/End: Original strand, 22696875 - 22697172
Alignment:
Q  7 aggaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtctttaaa 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||  |   ||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  22696875 aggaagtactatgaattaagaagtaatctacgaagtactagtaactatgaagtactattttgtttagtctttaatgttgtaatgctctgttgtctttaaa 22696974  T
Q  105 ttaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactatgaagtac 204  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22696975 ttaagaagtaatctaggaagtaccggtaactttgaagtactgttatgtttttcctttcaattaggaagtaatctaagaagtggtagtaactatgaagtac 22697074  T
Q  205 tcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtggtaattatgctcgtatttttggttcacttatgttg 302  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22697075 tcttatgaagtactagtaacttatgtaatgtttctatcccttaatgaagacttatgttgtgtgataattatgctcgtatttatggttcacttatgttg 22697172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 180; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 67 - 302
Target Start/End: Original strand, 46956624 - 46956859
Alignment:
Q  67 tttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaatt 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  46956624 tttagtctttaatgttgtaatgttccattatctttaaattaagaagtaatctaggaagtactagtaactatcaagtactgttatgttttgccttttaatt 46956723  T
Q  167 aggaagtaatctaagaagtgctagtaactatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgt 266  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||    
T  46956724 aggaagtaatctaagaagtgctagtaactatgaagtactattatgaagtactagtaacttatgtaatgtttctataccttaatgaaggcttatgttgtgt 46956823  T
Q  267 ggtaattatgctcgtatttttggttcacttatgttg 302  Q
    | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  46956824 gataattatgcttgtattttttgttcacttatgttg 46956859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 690 - 871
Target Start/End: Original strand, 22698733 - 22698911
Alignment:
Q  690 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatg 789  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||    
T  22698733 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagattt-------gcaattctacgacgcatg 22698825  T
Q  790 cctaaattcacaattaagacacaggttcaagtggttattgcaacaatgg----acacaactttattagaaggaatgctgatatgga 871  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||    ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22698826 cctaaattcacaattaagacacaagttgaagttgttgttgcaacaatggctatacataactttattagaaggaatgctgatatgga 22698911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 690 - 871
Target Start/End: Complemental strand, 22981797 - 22981619
Alignment:
Q  690 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatg 789  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||    
T  22981797 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt-------ctacgacgcatg 22981705  T
Q  790 cctaaattcacaattaagacacaggttcaagtggttattgcaacaatgg----acacaactttattagaaggaatgctgatatgga 871  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||    ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22981704 cctaaattcacaattaagacacaagttgaagttgttgttgcaacaatggctatacataactttattagaaggaatgctgatatgga 22981619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 690 - 871
Target Start/End: Complemental strand, 22995384 - 22995206
Alignment:
Q  690 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatg 789  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||    
T  22995384 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt-------ctacgacgcatg 22995292  T
Q  790 cctaaattcacaattaagacacaggttcaagtggttattgcaacaatgg----acacaactttattagaaggaatgctgatatgga 871  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||    ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22995291 cctaaattcacaattaagacacaagttgaagttgttgttgcaacaatggctatacataactttattagaaggaatgctgatatgga 22995206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 686 - 769
Target Start/End: Original strand, 56560508 - 56560591
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 769  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  56560508 taatgaagtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 56560591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 686 - 769
Target Start/End: Complemental strand, 24036297 - 24036214
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 769  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  24036297 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 24036214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 686 - 770
Target Start/End: Original strand, 16565539 - 16565623
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 770  Q
    |||||| ||| | ||||| ||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16565539 taatgaagtaatcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 16565623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 686 - 770
Target Start/End: Original strand, 15618844 - 15618928
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 770  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| |||| || | |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15618844 taatgaagtattcaattactatcactcaagtttaggatgcacaattgaaaaaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 15618928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 7 - 55
Target Start/End: Complemental strand, 22715007 - 22714959
Alignment:
Q  7 aggaagtactatgaattaagaagtaatctaagctaggatgtactatgaa 55  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22715007 aggaagtactatgaattaagaagtaatctaagataggatgtactatgaa 22714959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 7 - 55
Target Start/End: Original strand, 22990218 - 22990266
Alignment:
Q  7 aggaagtactatgaattaagaagtaatctaagctaggatgtactatgaa 55  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22990218 aggaagtactatgaattaagaagtaatctaagataggatgtactatgaa 22990266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 7 - 55
Target Start/End: Complemental strand, 28949264 - 28949216
Alignment:
Q  7 aggaagtactatgaattaagaagtaatctaagctaggatgtactatgaa 55  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28949264 aggaagtactatgagttaagaagcaatctaagctaggatgtactatgaa 28949216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 103 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 28949217 - 28949166
Alignment:
Q  103 aattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttt 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  28949217 aattaagaagtaatctaggaagtaatagtaactatgaagtactgttatgttt 28949166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 103 - 150
Target Start/End: Original strand, 46956572 - 46956619
Alignment:
Q  103 aattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttat 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  46956572 aattaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagcactgttat 46956619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 839 - 873
Target Start/End: Original strand, 46957494 - 46957528
Alignment:
Q  839 acacaactttattagaaggaatgctgatatggatg 873  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46957494 acacaactttattagaaggaatgctgatatggatg 46957528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 720 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 52057042 - 52056997
Alignment:
Q  720 aggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttg 765  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| |||||||    
T  52057042 aggtgcacaatagaaataacttttagggtatggaagaacagatttg 52056997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 641; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 641; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 48 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 200813 - 199986
Alignment:
Q  48 actatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtact-- 145  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  200813 actatgaagtactgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactat 200714  T
Q  146 --------gttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgttt 237  Q
            |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200713 gaagtactgttatgtttttcctttcaattaggaattaatctaagaagtgctagtaactatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgttt 200614  T
Q  238 ctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtggtaattatgctcgtatttttggttcacttatgttgnnnnnnngcttcggatttgttgttctcttatcctc 337  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||       |||||||||||||||||| |||||||||    
T  200613 ctatcccttaatgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcacttattttgtttttttgcttcggatttgttgttcacttatcctc 200514  T
Q  338 cataaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgcaatgccatgatttcttatgttttttgtgacattcaaagcatgtttcttat 437  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  200513 cataaactatatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgcaatgccatgatttcttatgttttttgtaacattcaaagcatgtttcttat 200414  T
Q  438 ggttttgcggctggtttggttgcgacttcaggtgctgttcctggcccgctaacctgctacggctgggggtagttttttggccaagggcctggttggtttt 537  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  200413 ggttttgcggctggtttggttgcagcttcaggtgctgttcctggcctgctaacctgctacggctgggggtagttttttggccaagggtctggttggtttt 200314  T
Q  538 tgttgtctctgtaattgctttctagactttctaggcnnnnnnnnatgttaactggactgcctcttccttctggtgtttcggtttgcagacatcagttggg 637  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200313 tgttgtctctgtagttgctttctagactttctaggc-tttttttatgttaactggactgcctcttccttctggtgtttcggtttgcagacatcagttggg 200215  T
Q  638 caaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcagtaatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaaga 737  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||    
T  200214 caaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcaataatgaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcccaatagaaaga 200115  T
Q  738 acttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatgcctaaattcacaattaagacacaggttcaagtggttattgcaacaatg 837  Q
    |||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200114 acttttggtgtatggaagaatag-------atttgcaattctacgacgcatgcctaaattcacaattatgacacaggttcaagtggttattgcaacaatg 200022  T
Q  838 gacacaactttattagaaggaatgctgatatggatg 873  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  200021 gacacaactttattagaaagaatgctgatatggatg 199986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 7 - 55
Target Start/End: Complemental strand, 200890 - 200842
Alignment:
Q  7 aggaagtactatgaattaagaagtaatctaagctaggatgtactatgaa 55  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200890 aggaagtactatgaattaagaagtaatctaagctaggatgtactatgaa 200842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 103 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 200843 - 200792
Alignment:
Q  103 aattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttt 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  200843 aattaagaagtaatctaggaagtaatagtaactatgaagtactgttatgttt 200792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 48 - 385
Target Start/End: Original strand, 20087654 - 20087992
Alignment:
Q  48 actatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgt 147  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||    
T  20087654 actatgaagtactgttatatttagtctttaatgttgtaatgttccgttatctttaaattaagaagtaatctagaaagtactagtaactatgaagtactgt 20087753  T
Q  148 tatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatccctta 247  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20087754 tatgttttgccttttaattaggaagtaatctaagaagtactagtaactatgaagtactattatgaagtactagtaacttatgtaatgtttctatccctta 20087853  T
Q  248 acgaaagcttatgttgtgtggtaattatgctcgtatttttggttcacttatgttg-nnnnnnngcttcggatttgttgttctcttatcctccataaactc 346  Q
    | |||  ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||         |||| |||||||||||| | | |||||||||| |||    
T  20087854 atgaagacttatgttgtgtgataattatgcttgtatttttggttcacttatgttgttttttttccttcagatttgttgttcacctgtcctccataagctc 20087953  T
Q  347 tatatttcagttttaactagttatatataagctatattt 385  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  20087954 tatatttcagttttaactggttatatataagctctattt 20087992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 686 - 771
Target Start/End: Original strand, 37638703 - 37638788
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattt 771  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37638703 taatgaagtattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattt 37638788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 686 - 771
Target Start/End: Complemental strand, 10372799 - 10372714
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattt 771  Q
    |||||| |||||  |||| || |||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10372799 taatgaagtattcgattactaccactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaattt 10372714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 103 - 150
Target Start/End: Original strand, 20087624 - 20087671
Alignment:
Q  103 aattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttat 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  20087624 aattaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttat 20087671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 725 - 770
Target Start/End: Original strand, 12963342 - 12963387
Alignment:
Q  725 cacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 770  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12963342 cacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 12963387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 163 - 210
Target Start/End: Original strand, 20087624 - 20087671
Alignment:
Q  163 aattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactatgaagtactcttat 210  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  20087624 aattaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttat 20087671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 7 - 302
Target Start/End: Original strand, 19646309 - 19646606
Alignment:
Q  7 aggaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtctttaaa 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||  |   ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19646309 aggaagtactatgaattaagaagtaatctacgaagtactagtaactatgaagtactcttatgtttaatctttaatgttgtaatgttctgttgtctttaaa 19646408  T
Q  105 ttaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactatgaagtac 204  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19646409 ttaagaagtaatctaggaagtaccggtaactttgaagtattgttatgtttttcctttcaattaggaagtaatctaagaagtggtagtaactatgaagtac 19646508  T
Q  205 tcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtggtaattatgctcgtatttttggttcacttatgttg 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19646509 tcttatgaagtaccagtaacttatgtaatatttctatcccttaatgaagacttatgttgtgtgataattatgcttgtatttttggttcacttatgttg 19646606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 690 - 871
Target Start/End: Original strand, 19648194 - 19648372
Alignment:
Q  690 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatg 789  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||    
T  19648194 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagattt-------gcaattctacgacgcatg 19648286  T
Q  790 cctaaattcacaattaagacacaggttcaagtggttattgcaacaatgg----acacaactttattagaaggaatgctgatatgga 871  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||    ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19648287 cctaaattcacaattaagacacaagttgaagtcgttgttgcaacaatggctatacataactttattagaaggaatgctgatatgga 19648372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 686 - 769
Target Start/End: Original strand, 193387 - 193470
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 769  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  193387 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 193470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 686 - 769
Target Start/End: Original strand, 720991 - 721074
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 769  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  720991 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 721074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 686 - 769
Target Start/End: Original strand, 882098 - 882181
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 769  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  882098 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 882181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 686 - 769
Target Start/End: Complemental strand, 30983306 - 30983223
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 769  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  30983306 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 30983223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 686 - 769
Target Start/End: Original strand, 44240122 - 44240205
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 769  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  44240122 taatgaagtatttaattattatcactcaagtttaagatacacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacatatttgcaat 44240205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 195; Significance: 1e-105; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 7 - 302
Target Start/End: Original strand, 4344222 - 4344518
Alignment:
Q  7 aggaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtctttaaa 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |   ||  |   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  4344222 aggaagtactatgaattaagaagtaatctacgaagtactagtaactatgaagtactgttatgtttagtctttaatgtt-taatgtttcgttgtctttaaa 4344320  T
Q  105 ttaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactatgaagtac 204  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4344321 ttaagaagtaatctaggaagtaccagtaactttgaagtattgttatgtttttcctttcaattaggaagtaatctaagaagtggtagtaactatgaagtac 4344420  T
Q  205 tcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtggtaattatgctcgtatttttggttcacttatgttg 302  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  4344421 tcttatgaagtactagtaacttatgtaatgtttctatcccttaatgaagacttatgttgtgtgataattatgcttgtattttttgttcacttatgttg 4344518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 690 - 873
Target Start/End: Original strand, 4345989 - 4346169
Alignment:
Q  690 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatg 789  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||    
T  4345989 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagattt-------gcaattctacgacgcatg 4346081  T
Q  790 cctaaattcacaattaagacacaggttcaagtggttattgcaacaatgg----acacaactttattagaaggaatgctgatatggatg 873  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4346082 cctaaattcacaattaagacacaagttgaagtcgttgttgcaacaatggctatacataactttattagaaggaatgctgatatggatg 4346169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 686 - 769
Target Start/End: Original strand, 46407488 - 46407571
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 769  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  46407488 taatgaagtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 46407571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 686 - 769
Target Start/End: Complemental strand, 50979022 - 50978939
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 769  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  50979022 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 50978939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 693 - 769
Target Start/End: Original strand, 35606336 - 35606412
Alignment:
Q  693 gtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 769  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||    
T  35606336 gtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaactgttggggtatggaagaacagatttgcaat 35606412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 686 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 35569990 - 35569906
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 770  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  35569990 taatgaagtattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaataaatttgcaatt 35569906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 310 - 385
Target Start/End: Original strand, 5928144 - 5928219
Alignment:
Q  310 gcttcggatttgttgttctcttatcctccataaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatattt 385  Q
    ||||| |||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| |||||    
T  5928144 gcttcagatttgttgtgcacttatcctcaataaactctatatttcagttttaagtggttctatataagctctattt 5928219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 728 - 768
Target Start/End: Complemental strand, 50979067 - 50979027
Alignment:
Q  728 aatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaa 768  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  50979067 aatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaa 50979027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 191; Significance: 1e-103; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 48 - 302
Target Start/End: Original strand, 22808138 - 22808392
Alignment:
Q  48 actatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgt 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |    
T  22808138 actatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttatctttaaattaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactat 22808237  T
Q  148 tatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatccctta 247  Q
    ||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  22808238 tatatttttcttttcaattaggaagtaatctaagaagtggtagtaaccatgaagtactcttatgaagtactagtaacttatgtaatttttttatccctta 22808337  T
Q  248 acgaaagcttatgttgtgtggtaattatgctcgtatttttggttcacttatgttg 302  Q
    | |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22808338 atgaagacttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcacttatgttg 22808392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 690 - 871
Target Start/End: Original strand, 22809984 - 22810162
Alignment:
Q  690 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatg 789  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  22809984 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatag-------atttgcaattctacgacgcatg 22810076  T
Q  790 cctaaattcacaattaagacacaggttcaagtggttattgcaacaatgg----acacaactttattagaaggaatgctgatatgga 871  Q
     |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||    ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22810077 actaaattcacaattaagacacaagttgaagtcgttgttgcaacaatggctatacataactttattagaaggaatgctgatatgga 22810162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 686 - 769
Target Start/End: Original strand, 33232457 - 33232540
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 769  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  33232457 taatgaagtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 33232540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 686 - 769
Target Start/End: Complemental strand, 7072115 - 7072032
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 769  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  7072115 taatgaagtatttaattattatcactcaaatttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacatatttgcaat 7072032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 686 - 770
Target Start/End: Original strand, 22481515 - 22481599
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 770  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22481515 taatgaagtattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 22481599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 583 - 629
Target Start/End: Original strand, 22808657 - 22808703
Alignment:
Q  583 tgttaactggactgcctcttccttctggtgtttcggtttgcagacat 629  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22808657 tgttaattggactgcctcttccttctggtgtttcggtctgcagacat 22808703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 101 - 154
Target Start/End: Original strand, 22808106 - 22808159
Alignment:
Q  101 taaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttt 154  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||||||||    
T  22808106 taaattaagaagtaatctatgaagtactagtaactatgaagtattgttatgttt 22808159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 165; Significance: 9e-88; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 9 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 23362651 - 23362369
Alignment:
Q  9 gaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtctttaaatt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |   ||  |   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23362651 gaagtactatgaattaagaagtaatctacgaagtactagtaactattaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtctttaaatt 23362552  T
Q  107 aagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactatgaagtactc 206  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||     
T  23362551 aagaagtaatctaggaagtactaataactatgaagtactgttatgtttttcctttcaattaggaagtaatctaagaagtggtagtaaccatgaagtact- 23362453  T
Q  207 ttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtggtaattatgctcgtatttttggttcacttatgttg 302  Q
                ||||||||||||||||||| |||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23362452 ------------agtaacttatgtaatgtttttatcccttaatgaagacttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcacttatgttg 23362369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 690 - 871
Target Start/End: Complemental strand, 23361058 - 23360879
Alignment:
Q  690 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaac-ttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcat 788  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  23361058 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaactttttggtgtatgaaagaatag-------atttgcaattctacgacgcat 23360966  T
Q  789 gcctaaattcacaattaagacacaggttcaagtggttattgcaacaatg----gacacaactttattagaaggaatgctgatatgga 871  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||| |||| |||  ||||||||||     ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23360965 gactaaattcacaattaagacacaagttgaagtcgttgctgcaacaatgactatacataactttattagaaggaatgctgatatgga 23360879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 686 - 769
Target Start/End: Original strand, 13895999 - 13896082
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 769  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  13895999 taatgaagtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 13896082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 686 - 769
Target Start/End: Original strand, 14036616 - 14036699
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 769  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  14036616 taatgaagtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 14036699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 686 - 769
Target Start/End: Original strand, 14380107 - 14380190
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 769  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  14380107 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 14380190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 686 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 5917028 - 5916844
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacg 785  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||       |||||||||  |    
T  5917028 taatgaagtattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgc-------aattctacgtag 5916936  T
Q  786 catgcctaaattcacaattaagacacaggttcaagtggttattgcaacaatgg----acacaactttattagaaggaatgctgatatggatg 873  Q
    ||||||||| |||| |  | ||||||| |||||  | ||| | ||||||||||    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  5916935 catgcctaagttcaaatatgagacacaagttcatatagttgtcgcaacaatggcaatacacaactttattagaaggagtgctgaaatggatg 5916844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 686 - 770
Target Start/End: Original strand, 36311597 - 36311681
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 770  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36311597 taatgaagtattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 36311681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 99; Significance: 2e-48; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 690 - 871
Target Start/End: Original strand, 7011653 - 7011831
Alignment:
Q  690 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatg 789  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  7011653 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatag-------atttgcaattctacgacgcatg 7011745  T
Q  790 cctaaattcacaattaagacacaggttcaagtggttattgcaacaatgg----acacaactttattagaaggaatgctgatatgga 871  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||| ||||||| ||||    ||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7011746 cctaaattcacaattaagatacaagttgaagtcgttgttgcaacgatggctatacataactttattagaaggaatgttgatatgga 7011831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 686 - 769
Target Start/End: Complemental strand, 51125466 - 51125383
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 769  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  51125466 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 51125383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 686 - 769
Target Start/End: Original strand, 52692542 - 52692625
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 769  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  52692542 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 52692625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 713 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 16246876 - 16246819
Alignment:
Q  713 aagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 770  Q
    |||| |||| |||||||| ||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||    
T  16246876 aagtttaagatgcacaattgaaagaacttttaaggcatggaagaatagatttgcaatt 16246819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 60; Significance: 4e-25; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 686 - 769
Target Start/End: Complemental strand, 21515786 - 21515703
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 769  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  21515786 taatgaagtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacatatttgcaat 21515703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 686 - 769
Target Start/End: Original strand, 30019220 - 30019303
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 769  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  30019220 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacatatttgcaat 30019303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 686 - 770
Target Start/End: Original strand, 16547456 - 16547540
Alignment:
Q  686 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 770  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16547456 taatgaagtattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 16547540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 693 - 771
Target Start/End: Complemental strand, 17830845 - 17830767
Alignment:
Q  693 gtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattt 771  Q
    ||||| ||||| || |||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17830845 gtattcaattactaccactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaattt 17830767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0394 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0394
Description:

Target: scaffold0394; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 693 - 764
Target Start/End: Complemental strand, 6678 - 6607
Alignment:
Q  693 gtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagattt 764  Q
    ||||| ||||| || |||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6678 gtattcaattactaccactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagattt 6607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University