View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4490-Insertion-1 (Length: 990)

Name: NF4490-Insertion-1
Description: NF4490
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4490-Insertion-1
NF4490-Insertion-1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (36-990)||(43859759-43860716)
chr7 (8-276)||(43858060-43858328)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 860; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 860; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 990
Target Start/End: Original strand, 43859759 - 43860716
Alignment:
Q  36 attaattaacaacagagcacttccttctaatttgtccattcgaaccagtgagaacctcaatagctcccatcctcttcattgactgagaaaactcagtgaa 135  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43859759 attaattaacaacagagcacttccttctaatttctccattcgaaccagtgagaacctcaatagctcccatcctcttcattgactgagaaaactcagtgaa 43859858  T
Q  136 gaatttgttttgtgaaaccaatccattaacaatgtttctagactgcttggttgttagaagagcagcgtctgatgtgaagagacccttgttttgtagaagg 235  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43859859 gaatttgttttgtgaaaccaattcattaacaatgtttctagactgcttggttgttagaagagcagcgtctgatgtgaagagacccttgttttgtagaagg 43859958  T
Q  236 acaggataatagtcattgtcaaatgttgttgagctattaggatccatttcgactgttgtagtggtgtcacttaggccttggcatttggtcttcaagaaat 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43859959 acaggataatagtcattgtcaaatgttgttgagctattaggatccatttcgactgttgtagtggtgtcacttaggccttggcatttggtcttcaagaaat 43860058  T
Q  336 ttgcataagttggattcagagatggatcttgatcaccttttccagtgaagttgaaaagcctgttgctgaataagttgcaatgtcctactccaattgtgtg 435  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43860059 ttgcgtaagttggatttagagatggatcttgatcaccttttccagtgaagttgaaaagcctgttgctgaataagttgcaatgtcctactccaattgtgtg 43860158  T
Q  436 tgctcctatacatacgtatagccaataagttaatttaactagtttgtttgaataatttagcaccgacactttagaatatgtgtttgtgtccaaagtgact 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43860159 tgctcctatacatacgtatagccaataagttaatttaactagtttgtttgaataatttagcatcgacactttagaatatgcgtttgtgtccaaagtgact 43860258  T
Q  536 ccgacgcatgtggtcatatacaacaagctatattttctcaaatcattacatatatgtctacgcgtcaatttcatgtccgatgtttgttctatgttggtac 635  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43860259 ccgacgcatgtggtcatatacaacaaactatattttctcaaatcattacatatatgtctacgcgtcaatgtcatgtccgatgtttgttctacgttggtac 43860358  T
Q  636 tatatagtttaaattggttaattagcatggcttagactatattttaagtagcttggtaatcaag---ttatgcataatgtttatttttaacatggannnn 732  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||        
T  43860359 tatatagtttaaattggtttattagcatggcttagactatattttaagtagcttggtaatcaagtatttatgcataatgtttatttttaacatgga-ttt 43860457  T
Q  733 nnnngaaaacagacttaattaaacgtacctgataatacaaccaagtcatgaagagtaagctttttattagcaaagatttgtctgagctgtgtgatgttat 832  Q
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43860458 ttttgaaaacagacttaattaaatgtacctgataatacaaccaagtcatgaagagtaagctttttattagcaaagatttgtctgagctgtgtgatgttat 43860557  T
Q  833 ggaaaggtgccgggatattgattagggcttcaatgcttctggacacagtaccatctcttctacccgtaagtacttcccaatttggtttattcttaaactg 932  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43860558 ggaaaggtgccgggatattgattagggcttcaatgcttctggacacagtaccatctcttctacccgtaagcacttcccaatttggtttattcttaaactg 43860657  T
Q  933 taataaaaaatatgaatgaatcaatatgatgctacatgcat-aatatgtatagactcgt 990  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  43860658 taataaaaaatatgaatgaatcaatatgatgctacatgcataaatatgtatagactcgt 43860716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 8 - 276
Target Start/End: Original strand, 43858060 - 43858328
Alignment:
Q  8 aaacaattgttaattaaaccatcatttaattaattaacaacagagcacttccttctaatttgtccattcgaaccagtgagaacctcaatagctcccatcc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43858060 aaacaattgttaattaaaccatcatttaattaattaacaacagaacacttccttctaatttctccattcgaaccagtgagaacctcaatagctcccatcc 43858159  T
Q  108 tcttcattgactgagaaaactcagtgaagaatttgttttgtgaaaccaatccattaacaatgtttctagactgcttggttgttagaagagcagcgtctga 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43858160 tcttcattgactgagaaaactcagtgaagaatttgttttgtgaaaccaattcattaacaatgtttttagactgcttggttgttagaagagcagcgtctga 43858259  T
Q  208 tgtgaagagacccttgttttgtagaaggacaggataatagtcattgtcaaatgttgttgagctattagg 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43858260 tgtgaagagacccttgttttgtagaaggacaggataatagtcattgtcaaatgttgttgagctattagg 43858328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University