View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4490-Insertion-2 (Length: 723)

Name: NF4490-Insertion-2
Description: NF4490
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4490-Insertion-2
NF4490-Insertion-2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (6-723)||(36286672-36287388)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 614; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 614; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 36287388 - 36286672
Alignment:
Q  6 caacttcaactcaaacacaacctcctccaacttagatagaacattttgatcataccccacatccatggccacatgaggaactcgtgaatttcaccatcca 105  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36287388 caacttcaactcagacacaacctcctccaacttagatagaacattttgatcataccccacatccatggccacatgaggaactcgtgaatttcaccatcca 36287289  T
Q  106 cgtgtgaattgagctgtatccaggattttttctcactcgcccnnnnnnngcaatgaaaatattcaggtggaatttttaaccgtagttcatcccactacct 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||       ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  36287288 cgtgtgaattgagctgtatccaggaatttttctcactcgccctttttttgcactgaaaatattcaggtggaatttttaactgtagttcatcccactacct 36287189  T
Q  206 tctttggcatagatatttgagnnnnnnncttaacaacttgaatcttctggagccaattctagagcttgaattgcagctgtattccccattacaaagttat 305  Q
    ||||||||||||||||||| |       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36287188 tctttggcatagatatttgtgaaaaaaacttaacaacttgaatcttctggagccaattctagagcttgaaatgcagctgtattccccattacaaagttat 36287089  T
Q  306 tgtccttcaagcaagcactgagaatattcttccaaatcaaaacatcaagctcgaaaggcatgtcgcatgtaatcccaagagcctcttctaatcaacctgc 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36287088 tgtccttcaagcaagcactgagaatattcttccaaatcaaaacatcaagctcgaaaggcatgtcgcatgtaatcccaagagcctcttctaatcaacctgc 36286989  T
Q  406 tctagcaataaggtcaataatgcacccacaaacacttaaaagcagtaagaaagttatatcatccgacttaagttcttccctttccaattctaataaaagc 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  36286988 tctagcaataaggtcaataatgcacccacaaacacttaaaagcagtaagaaagttatatcatccgacttaagttcttccctttccaattctaaaaaaagc 36286889  T
Q  506 tcgatcgctgcattacccagtccatgtaaatcaagtccagagatcaaagaattccaatcccaacattccttcagttacaaatgcttctaaatacactatg 605  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36286888 tcgatcgctgcatgacccagtccatgtaaatcaagtccagagatcaaagaattccaatcccaacattccttcagttacaaatgcttctaaatacactatg 36286789  T
Q  606 agcattttctatctggctacatttaacgtacatgttaacaagtactgattcaatnnnnnnnctaaaacaatgatgtattttattactaaacacataagtg 705  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36286788 agcattttctatctggccacatttaacgtacatgttaacaagtactgattcaat-aaaaaactaaaacaatgatgtattttattactaaacacataagtg 36286690  T
Q  706 tatatccatttcccttcc 723  Q
    ||||||||||||||||||    
T  36286689 tatatccatttcccttcc 36286672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University