View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4493-Insertion-8 (Length: 544)

Name: NF4493-Insertion-8
Description: NF4493
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4493-Insertion-8
NF4493-Insertion-8
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (8-544)||(38249500-38250036)
chr3 (15-538)||(38254624-38255139)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (14-217)||(20657151-20657354)
chr6 (8-278)||(20655704-20655974)
chr6 (8-160)||(12036828-12036980)
chr6 (8-287)||(12035623-12035899)
chr6 (164-278)||(12037137-12037251)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (8-218)||(22169289-22169499)
chr2 (8-278)||(22177564-22177834)
chr2 (399-540)||(22177947-22178084)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (43-246)||(4355951-4356154)
chr1 (43-246)||(4674758-4674961)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 517; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 517; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 544
Target Start/End: Original strand, 38249500 - 38250036
Alignment:
Q  8 tcaattggggtaaaaagacaagttacaatagttcaatttgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcagg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38249500 tcaattggggtaaaaagacaagttacaatagttcaatttgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcagg 38249599  T
Q  108 ttcatggcaaaaagtatcgaaagtgagagtacgagcattgggattgaaggagaaagatcctaatgttagagggtttatggttatgaacggtgatctttta 207  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38249600 ttcatggcaaaaagtattgaaagtgagagtaagagcattgggattgaaggagaaagatcctaatgttagagggtttatggttatgaacggtgatctttta 38249699  T
Q  208 atttttgctacagaagaaaaggtttacagttgcggtttggactgtgaacgatatatgatggtggaggaaatttgccaacatagttgtggtttttaccctc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38249700 atttttgctacagaagaaaaggtttacagttgcggtttggactgtgaacgatatatgatggtggaggaaatttgccaacatagttgtggtttttaccctc 38249799  T
Q  308 gctttatctcctactcagatactcttcgtctgtgtcggactaatgctgaagttatgccttgctaggtaggaactttggttgctgcatatataattggatg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38249800 gctttatctcctactcagatactcttcgtttgtgtcggactaatgctgaagttatgccttgctaggtaggaactttggttgctgcatatataattggatg 38249899  T
Q  408 aagtccaaacattaattctgctattacatatgctgccgtgtttaatttgtagattattgttgagaactctagtatctaatcttattctatcaaatttaag 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38249900 aagtccaaacattaattctgctattacatatgctgccgtgtttaattcgtagattattgttgagaactctagtatcttatcttattctatcaaatttaag 38249999  T
Q  508 tcataagtagtttttagtgttggatttattatagtta 544  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38250000 tcataagtagtttttagtgttggatttattatagtta 38250036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 15 - 538
Target Start/End: Original strand, 38254624 - 38255139
Alignment:
Q  15 gggtaaaaagacaagttacaatagttcaatttgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcaggttcatgg 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| || |||||||| ||  ||||| || |||||||||||||||||||||| |||    
T  38254624 gggtaaaaagacaagttacaatagttctatttgtttggtgcaattaagaaattctgttttcacggtttggtttataaaagactatgagtcaggttcgtgg 38254723  T
Q  115 caaaaagtatcgaaagtgagagtacgagcattgggattgaaggagaaagatcctaatgttagagggtttatggttatgaacggtgatcttttaatttttg 214  Q
     |||| |||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| | |||| |||||||||  ||||||||||||||| |||  ||| ||| | ||||    
T  38254724 aaaaaggtattgaaagtgagggtaagagcattgggattgaatgagacaaatcccaatgttagaaagtttatggttatgaatggtagtctcttagtctttg 38254823  T
Q  215 ctacagaagaaaaggtttacagttgcggtttggactgtgaacgatatatgatggtggaggaaatttgccaacatagttgtggtttttaccctcgctttat 314  Q
    | || ||| | ||  |||| ||||  ||||||||  ||||| | ||||||||| | || ||||| ||   ||| | || ||  ||| ||||||| |||||    
T  38254824 caacggaacagaaactttatagttatggtttggagggtgaaagttatatgatgctcgaagaaatatgtggacacaattatgcatttaaccctcgttttat 38254923  T
Q  315 ctcctactcagatactcttcgtctgtgtcggactaatgctgaagttatgccttgctaggtaggaactttggttgctgcatatataattggatgaagtcca 414  Q
    ||||||||| ||||| ||||||   ||| ||||||||| |  || ||||||||    | ||| |||||  ||||||||    | ||||||||| ||||||    
T  38254924 ctcctactctgatacacttcgttcatgtgggactaatgttagagctatgcctt----gttagaaacttatgttgctgc----aaaattggatggagtcca 38255015  T
Q  415 aa-cattaatt----ctgctattacatatgctgccgtgtttaatttgtagattattgttgagaactctagtatctaatcttattctatcaaatttaagtc 509  Q
    || ||||| ||     ||| |||| |||||||||| | ||||||  |||||||||| ||||||||| ||||     ||||||||  || ||||||||  |    
T  38255016 aaccattacttactattgcaattaaatatgctgccatctttaatcggtagattattattgagaactgtagt-----atcttatttcattaaatttaatgc 38255110  T
Q  510 ataagtagtttttagtgttggatttatta 538  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||    
T  38255111 ataagtagtttttaattttggatttatta 38255139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 14 - 217
Target Start/End: Original strand, 20657151 - 20657354
Alignment:
Q  14 ggggtaaaaagacaagttacaatagttcaatttgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcaggttcatg 113  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  20657151 ggggtaaaaagagaagtttcaatagttctatttgtttggtgaaattaagaaattatgttttcactgtttggtttttaaaagactatgagtcaggttcgtg 20657250  T
Q  114 gcaaaaagtatcgaaagtgagagtacgagcattgggattgaaggagaaagatcctaatgttagagggtttatggttatgaacggtgatcttttaattttt 213  Q
    | |||| |||| || |||||| ||| |||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||| ||| |||||    
T  20657251 gaaaaaggtattgacagtgagggtaagagcattgagattgaatgagacaaatcctaatgttagagggtttatgtttatgaatggtaatctcttagttttt 20657350  T
Q  214 gcta 217  Q
    ||||    
T  20657351 gcta 20657354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 8 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 20655974 - 20655704
Alignment:
Q  8 tcaattggggtaaaaagacaagttacaatagttcaatttgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcagg 107  Q
    |||||||||| |||||||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||| ||| ||||  ||| |||||||| |||||||||    
T  20655974 tcaattggggcaaaaagagtagttccaatagttctatttgtttggtgaaattaagaaattttgttttcactgtttgattttcaaaagactgtgagtcagg 20655875  T
Q  108 ttcatggcaaaaagtatcgaaagtgagagtacgagcattgggattgaaggagaaagatcctaatgttagagggtttatggttatgaacggtgatctttta 207  Q
    ||  ||| |||| ||||  |||||||||||| |||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||    
T  20655874 tttgtggaaaaaggtattaaaagtgagagtaagagcattgggattgaatgagacaaatcctaatgttagagggtttatggttatgaatggtaatctatta 20655775  T
Q  208 atttttgctacagaagaaaaggtttacagttgcggtttggactgtgaacgatatatgatggtggaggaaat 278  Q
     ||||| ||||  |||| ||  ||||| |||  ||||||||  ||||| | ||||||||||| || |||||    
T  20655774 gtttttcctacgaaagagaaactttacggttatggtttggagggtgaaagttatatgatggtcgaagaaat 20655704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 8 - 160
Target Start/End: Original strand, 12036828 - 12036980
Alignment:
Q  8 tcaattggggtaaaaagacaagttacaatagttcaatttgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcagg 107  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||| || | |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12036828 tcaactggggtaaaaagagaagttccaataattctatttgtttggtgaaattaagaaattttgttttcactgtttggtttttaaaagactatgagtcagg 12036927  T
Q  108 ttcatggcaaaaagtatcgaaagtgagagtacgagcattgggattgaaggaga 160  Q
    ||| ||| |||| |||| |||||||||  || |||||||||||||||| ||||    
T  12036928 ttcgtggaaaaaggtattgaaagtgaggttaagagcattgggattgaatgaga 12036980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 8 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 12035899 - 12035623
Alignment:
Q  8 tcaattggggtaaaaagacaagttacaatagttcaatttgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaa-gactatgagtcag 106  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||        |||||| ||| ||||| |||||||| |||||  ||||||    
T  12035899 tcaactggggtaaaaagagaagttccaatagttatatttgtttggtgaaatta--------tgttttcactgtttggtttttaaaaagacta--agtcag 12035810  T
Q  107 gttcatggcaaaaagtatcgaaagtgagagtacgagcattgggattgaaggagaaagatcctaat------gttagagggtttatggttatgaacggtga 200  Q
    |||| ||| |||| ||||  |||||||| ||| |||||||||||||||| |||| | ||||||||      |||||||||||||||||||||||  || |    
T  12035809 gttcgtggaaaaaggtattaaaagtgagggtaagagcattgggattgaatgagacaaatcctaatgttaatgttagagggtttatggttatgaatcgtaa 12035710  T
Q  201 tcttttaatttttgctacagaagaaaaggtttacagttgcggtttggactgtgaacgatatatgatggtggaggaaatttgccaaca 287  Q
    ||| ||  |||||||||| ||||| ||  ||||||| |  ||||||||  ||||| | ||||||||||| || ||||| || |||||    
T  12035709 tctcttcgtttttgctacggaagagaaactttacagctatggtttggagggtgaaagttatatgatggtcgaagaaatgtgtcaaca 12035623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 164 - 278
Target Start/End: Original strand, 12037137 - 12037251
Alignment:
Q  164 atcctaatgttagagggtttatggttatgaacggtgatcttttaatttttgctacagaagaaaaggtttacagttgcggtttggactgtgaacgatatat 263  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||   |||| ||  |||||||||  |||||| |  ||||| | |||||    
T  12037137 atcctcatgttagagggtttatggttatgaatggtaatctattagtttttgctatgaaagagaaactttacagttatggtttgaagggtgaaagttatat 12037236  T
Q  264 gatggtggaggaaat 278  Q
    |||||| || |||||    
T  12037237 gatggtcgaagaaat 12037251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 8 - 218
Target Start/End: Original strand, 22169289 - 22169499
Alignment:
Q  8 tcaattggggtaaaaagacaagttacaatagttcaatttgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcagg 107  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||  || |||||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  22169289 tcaactggggtaaaaagacaagtttcaatagttatatttgtttggtgaaattaaaaaattctgttttcactgtttggtttttaaaagactacgagtcagg 22169388  T
Q  108 ttcatggcaaaaagtatcgaaagtgagagtacgagcattgggattgaaggagaaagatcctaatgttagagggtttatggttatgaacggtgatctttta 207  Q
    ||| ||| |||| |||| ||||||||| ||| ||||||||  |||||| |||| | |||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||    
T  22169389 ttcgtggaaaaaggtattgaaagtgagggtaagagcattgaaattgaatgagacaaatcccaatgttagagggtttatggttatgaatggtaatctctta 22169488  T
Q  208 atttttgctac 218  Q
     | ||||||||    
T  22169489 gtctttgctac 22169499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 8 - 278
Target Start/End: Original strand, 22177564 - 22177834
Alignment:
Q  8 tcaattggggtaaaaagacaagttacaatagttcaatttgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcagg 107  Q
    |||| ||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||  || | |||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  22177564 tcaactggggtaaaaagacaagttccgatagttctatttgtttggtgaaattaataaattatgttttcactgtttggtttttaaaagactacgagtcagg 22177663  T
Q  108 ttcatggcaaaaagtatcgaaagtgagagtacgagcattgggattgaaggagaaagatcctaatgttagagggtttatggttatgaacggtgatctttta 207  Q
    ||| ||  |||| |||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||| |||| | |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| |||    
T  22177664 ttcgtgcaaaaaggtattgaaagtgagggtaagagcattgagattgaatgagacaaatcccaatgttagagggtttattgttatgaatggtaatctctta 22177763  T
Q  208 atttttgctacagaagaaaaggtttacagttgcggtttggactgtgaacgatatatgatggtggaggaaat 278  Q
     | |||||||| ||||| ||  |||| ||||  ||||||||  ||||| | ||||||||||| || |||||    
T  22177764 gtctttgctacggaagagaaactttatagttatggtttggagggtgaaagttatatgatggtcgaagaaat 22177834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 399 - 540
Target Start/End: Original strand, 22177947 - 22178084
Alignment:
Q  399 aattggatgaagtccaaac-attaattctgctattacatatgctgccgtgtttaatttgtagattattgttgagaactctagtatctaatcttattctat 497  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| || ||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| || | |||        
T  22177947 aattggatggagtccaaaccattacttttgcaatttcatatgctgccatgtttaattcgtagattattattgagaactgtagtatcttatttcatt---- 22178042  T
Q  498 caaatttaagtcataagtagtttttagtgttggatttattata 540  Q
     ||||||||  ||||| ||||||||| | ||||||||||||||    
T  22178043 -aaatttaatgcataaatagtttttaattttggatttattata 22178084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 43 - 246
Target Start/End: Original strand, 4355951 - 4356154
Alignment:
Q  43 atttgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcaggttcatggcaaaaagtatcgaaagtgagagtacgag 142  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||||  ||| ||||| ||||||||  |||||||||| ||||| | |||||| |||||  |||    
T  4355951 atttgtttggtgaaagtaagaaagtcagtttttactgtttggtatttgaaagattatgagtcgagttcatggcagaaagtgttgaaagttagagtgagag 4356050  T
Q  143 cattgggattgaaggagaaagatcctaatgttagagggtttatggttatgaacggtgatcttttaatttttgctacagaagaaaaggtttacagttgcgg 242  Q
     | | |||||  | |||||| ||||| | ||||  |||||||  ||||  || || ||| | ||  |||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||    
T  4356051 gactaggattacaagagaaaaatcctcaagttaccgggtttacagttacaaatggagatatcttggtttttgctactgaagaaaaagtttatagttgtgg 4356150  T
Q  243 tttg 246  Q
    ||||    
T  4356151 tttg 4356154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 43 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 4674961 - 4674758
Alignment:
Q  43 atttgtttggtgaaattaagtaagtctgtttttactatttgggttttaaaagactatgagtcaggttcatggcaaaaagtatcgaaagtgagagtacgag 142  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||||  ||| ||||| ||||||||  |||||||||| ||||| | |||||| |||||  |||    
T  4674961 atttgtttggtgaaagtaagaaagtcagtttttactgtttggtatttgaaagattatgagtcgagttcatggcagaaagtgttgaaagttagagtgagag 4674862  T
Q  143 cattgggattgaaggagaaagatcctaatgttagagggtttatggttatgaacggtgatcttttaatttttgctacagaagaaaaggtttacagttgcgg 242  Q
     | | |||||  | |||||| ||||| | ||||  |||||||  ||||  || || ||| | ||  |||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||    
T  4674861 gactaggattacaagagaaaaatcctcaagttaccgggtttacagttacaaatggagatatcttggtttttgctactgaagaaaaagtttatagttgtgg 4674762  T
Q  243 tttg 246  Q
    ||||    
T  4674761 tttg 4674758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University