View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4496-Insertion-4 (Length: 828)
Name: NF4496-Insertion-4
Description: NF4496
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4496-Insertion-4 |
 | |
|
| [»] scaffold0493 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 786; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 786; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 821
Target Start/End: Original strand, 44999342 - 45000155
Alignment:
| Q |
8 |
actcttctccctgatagtttctctttcgccttcgcacttaaagggattgccaacgatgtttgttctaagagacaggggattcagctgcattctcatgctt |
107 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44999342 |
actcttctccctgatagtttctctttcgccttcacacttaaaggcattgcgaacgatggttgttctaagagacaggggattcagctgcattctcatgctt |
44999441 |
T |
|
| Q |
108 |
ttcgtcatgggtttgatgatcatatatttgttggaaccactttgattagtatgtatgctgaatgtgggtgttatgaatatgcgagaaaggtgtttgatga |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44999442 |
ttcgtcatggttttgatgatcatatatttgttggaaccactttgattagtatgtatgctgaatgtgggtgttatgaatatgcgagaaaggtgtttgatga |
44999541 |
T |
|
| Q |
208 |
aatgtctcaaccgaatgttgtagcatggaatgcggttgttactgcttgttttaggtgtggggatgtggagggtgcttggggtttgtttgaaaggatgccg |
307 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44999542 |
aatgtctcaaccgaatgttgtagcatggaatgcggttgttactgcttgttttaggtgtggggatgtggagggtgcttggggtttgtttgaaaggatgccg |
44999641 |
T |
|
| Q |
308 |
gttaggaacttgacttcttggaatacgatgcttgcgggttatgttaaagcaggtcagctttggttggcgagaagagttttttgtgaaatgaagatgagag |
407 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44999642 |
gttaggaatttgacttcttggaatacgatgcttgcgggttatgttaaagcaggtcagctttggttggcgagaagagttttttgtgaaatgaagatgagag |
44999741 |
T |
|
| Q |
408 |
atgatgcttcttggagtactatgattgttgggtttgctaaaagtggttcttttcatgatgcgtttgcgttttttaaggagttgttgcgggacagaaatag |
507 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44999742 |
atgatgcttcttggagtactatgattgttgggtttgctaaaagtggttcttttcatgatgcgtttgggttttttaaggagttgttgcgggacagaaatag |
44999841 |
T |
|
| Q |
508 |
gccgagtgaggttagtcttactggggtgttatccgcatgtgcacaggctggggcatttgagtttgggaagattttacatgggtttatggaaaaagcgggg |
607 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44999842 |
gccgagtgaggttagtcttactggggtgttatccgcatgtgcacaggctggggcatttgagtttgggaagattttacatgggtttatggaaaaagcgggg |
44999941 |
T |
|
| Q |
608 |
tttctttgtattgtttcagttaacaatgctctcattgatacttactcgaagtgtggaaatgttgatatggctaagttggtctttcaacatatgtctgcgg |
707 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44999942 |
tttctttgtattgtttcagttaacaatgctctcattgatacttactcgaagtgtggaaatgttgatatggctaagttggtctttcaacatatgtctgcgg |
45000041 |
T |
|
| Q |
708 |
aaaagtgcattgtgtcttggacgtcgatgatagcagcacttgcaatgcatggtcgtgcagatgaggcgatccgggtgtttcatgagatggaagagtctgg |
807 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45000042 |
aaaagtgcattgtgtcttggacgtcgatgatagcagcacttgcaatgcatggtcgtgcagatgaggcgatccgggtgtttcatgagatggaagagtctgg |
45000141 |
T |
|
| Q |
808 |
agttaggccagatg |
821 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |
|
|
| T |
45000142 |
agttaggccagatg |
45000155 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0493 (Bit Score: 763; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0493
Description:
Target: scaffold0493; HSP #1
Raw Score: 763; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 821
Target Start/End: Original strand, 2319 - 3131
Alignment:
| Q |
8 |
actcttctccctgatagtttctctttcgccttcgcacttaaagggattgccaacgatgtttgttctaagagacaggggattcagctgcattctcatgctt |
107 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2319 |
actcttctccctgatagtttctctttcgccttcacacttaaaggcattgcgaacgatggttgttctaagagacaggggattcagctgcattctcatgctt |
2418 |
T |
|
| Q |
108 |
ttcgtcatgggtttgatgatcatatatttgttggaaccactttgattagtatgtatgctgaatgtgggtgttatgaatatgcgagaaaggtgtttgatga |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2419 |
ttcgtcatggttttgatgatcatatatttgttggaaccactttgattagtatgtatgctgaatgtgggtgttatgaatatgcgagaaaggtgtttgatga |
2518 |
T |
|
| Q |
208 |
aatgtctcaaccgaatgttgtagcatggaatgcggttgttactgcttgttttaggtgtggggatgtggagggtgcttggggtttgtttgaaaggatgccg |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2519 |
aatgtctcaaccgaatgttgtagcatggaatgcggttgttactgcttgttttaggtgtggg-atgtggagggtgcttggggtttgtttgaaaggatgccg |
2617 |
T |
|
| Q |
308 |
gttaggaacttgacttcttggaatacgatgcttgcgggttatgttaaagcaggtcagctttggttggcgagaag-agttttttgtgaaatgaagatgaga |
406 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2618 |
gttaggaatttgacttcttggaatacgatgcttgcgggttatgttaaagcaggtcagctttggttggcgagaagtagttttttgtgaaatgaagatgaga |
2717 |
T |
|
| Q |
407 |
gatgatgcttcttggagtactatgattgttgggtttgctaaaagtggttcttttcatgatgcgtttgcgttttttaaggagttgttgcgggacagaaata |
506 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2718 |
gatgatgcttcttggagtactatgattgttgggtttgctaaaagtggttcttttcatgatgcgtttgggttttttaaggagttgttgcgggacagaaata |
2817 |
T |
|
| Q |
507 |
ggccgagtgaggttagtcttactggggtgttatccgcatgtgcacaggctggggcatttgagtttgggaagattttacatgggtttatggaaaaagcggg |
606 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2818 |
ggccgagtgaggttagtcttactggggtgttatccgcatgtgcacaggctggggcatttgagtttgggaagattttacatgggtttatggaaaaagcggg |
2917 |
T |
|
| Q |
607 |
gtttctttgtattgtttcagttaacaatgctctcattgatacttactcgaagtgtggaaatgttgatatggctaagttggtctttcaacatatgtctgcg |
706 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2918 |
gtttctttgtattgtttcagttaacaatgctctcattgatacttactcgaagtgtggaaatgttgatatggctaagttggtc-ttcaacatatgtctgcg |
3016 |
T |
|
| Q |
707 |
gaaaagtgcattgtgtcttggacgtcgatgatagcagcacttgcaatgcatggtcgtgcagatgaggcgatccgggtgtttcatgagatggaagagtctg |
806 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3017 |
gaaaagtgcattgtgtcttggacgtcgatgatagcagcacttgcaatgcatggtcgtgcagatgaggcgatccgggtgtttcatgagatggaagagtctg |
3116 |
T |
|
| Q |
807 |
gagttaggccagatg |
821 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |
|
|
| T |
3117 |
gagttaggccagatg |
3131 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University