View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4499-Insertion-3 (Length: 1069)

Name: NF4499-Insertion-3
Description: NF4499
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4499-Insertion-3
NF4499-Insertion-3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-1066)||(5848963-5850024)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 951; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 951; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1066
Target Start/End: Original strand, 5848963 - 5850024
Alignment:
Q  8 ctttcttgttacttttctaatcctccatccaatcttgtctcacatatcatttacattttcttgtggtagctcacaatctctctaaaatctagtgtagaaa 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5848963 ctttcttgttacttttctaatcctccgtccaatcttgtctcacatatcatttacattttcttgtggtagctcacaatctctctaaaatctagtgtagaaa 5849062  T
Q  108 aatccattgttttacttacttcaaaagccaccatttgaactgtggagacccatcacgacttcttatcgtcgctctcctctcaaccttaattacatcgata 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5849063 aatccattgttttacttacttcaaaagccaccatttgaactgtggagacccatcacgacttcttatcgtcgctctcctctcaaccttaattacatcgata 5849162  T
Q  208 acaaatactctatgttggataaaatatgtttgaaaaacaaagaaacatgttcgaaaacatgttatctcactcttgtatgtgataaaatatgatcatctct 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5849163 acaaatactctatgttggataaaatatgtttgaaaaacaaagaaacatgttcgaaaacattttatctcactcttgtatgtgataaaatatgatcatctct 5849262  T
Q  308 cttttgaaagcaatgtattaactatagtaagatcaaaaggtggcaaaaaatatagggtatatttaccctccatttacctcctcaagaccatacttctcat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5849263 cttttgaaagcaatgtattaactatagtaagatcaaaaggtggcaaaaaatatagggtatatttaccctccatttacctcctcaagaccatacttctcat 5849362  T
Q  408 gcaagcccttaaaacattttcgatacacttccagcatgcccatttagctctcctcctagacaaatcttttcttagtgttgtatcttgaagtaagcctttt 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5849363 gcaagcccttaaaacattttcgatacacttcctgcatgcccatttagctctccttctagacaaatcttttcttagtgttgtatcttgaagtaagtctttt 5849462  T
Q  508 aagttctccttaaactttactttaaagtgttctttgaaccttacataaggtgcgtaagcatgaatagcataaaaggtgtcttgttctatgacaatttcag 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5849463 aagttctccttaaactttactttaaagtattcttccaaccttacataaggtgcgtaagcatgaataacataaaaggtatcttgttctatgacaatttcag 5849562  T
Q  608 ggctatgacccaatctcatatcctttgctacatccacaatatccttcttccattctttatgatcaatggtgcctactccatttctacatttaacgttatc 707  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5849563 ggccatgacccaatctcatatcctttgctacatccacaatatccttcttccattctttatgaccaatggtgcctactccatttctacatttaactttatc 5849662  T
Q  708 gctatatcaaagtttttgcttttgacctgcccacttagttttttgtaggcacacaaaattgattctcgttcctaatcacaatgtcaactattttcattga 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5849663 gctatatcaaagtttttgcttttgacctgcccacttagttttttgtaggcacacaaaattgattctcgttcctaagcacaatgtcaactattttcattga 5849762  T
Q  808 ttttcttttaagagtgtatagattcctaattacaaaaa-gaattatactataatgaactaacttctttaaccacatccatttac-aaaatttgagaactc 905  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5849763 ttttcttttaagagtgtacagattcctagttacaaaaaggaattatactataatgaactaacttctttaaccacatccatttacaaaaatttgagaactc 5849862  T
Q  906 atgcttatttttcatttcattcaaacacatatggagcaactctgacttaattatttgataatgtactcgagttatacaatgtgttgctttgaggcaacga 1005  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5849863 atgcttatttttcatttcatccaaacacatatggagcaactctgacttaattatttgataatgtactcgagttatacaatgtgttgctttcaggcaacga 5849962  T
Q  1006 cat-atcacattcattaattacctatttgatctatgtcatagaagattc-actgtctaacaca 1066  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  5849963 cataatcacattcattaattacctatttgatctatgtcatag-agattcaactgtctaacaca 5850024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University