View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4500-Insertion-1 (Length: 1025)

Name: NF4500-Insertion-1
Description: NF4500
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4500-Insertion-1
NF4500-Insertion-1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (60-1008)||(5112154-5113086)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 810; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 810; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 60 - 1008
Target Start/End: Complemental strand, 5113086 - 5112154
Alignment:
Q  60 aacaatgatcaaaaccttaaatccatacccaaatccagcaaaaacagctgagattatgtcaaggtatagaccaatagcaccaaagccagaaacatgttca 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5113086 aacaatgatcaaaaccttaaatccatacccaaatccagcaaaaacagctgagattatgtcaaggtatagaccaatagcaccaaagccagaaacatgttca 5112987  T
Q  160 agtaacaattcaacgagtgatggatcttcatcatcaaactcactttctcaaaagatcaaacaatctccttaccttaggaatctttggccacagttacaag 259  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5112986 agtaacaattcaactagtgatggatcttcatcatcaaactcactttctcaaaagatcaaacaatctccttaccttaggaatctttggccacagttacaag 5112887  T
Q  260 caagaccaacaaggacaagaaagagaggtagagctcctatttcactaccctcttctttgaaaagacaaaaaacacatgtcttaggtttttgtcaaccttt 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5112886 caagaccaacaaggacaagaaagagaggtagagctcctatttcactaccctcttctttgaaaagacaaaaaacacatgtcttaggtttttgtcaaccttt 5112787  T
Q  360 gcatgtaacatctccaataaaaaaccttactttacaaggtaattttgttcctccttcttcacttcctcaactccctcttccaaatcatggagttggagtt 459  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5112786 gcatgtaacatctccaataaaaaaccttactttacaaggtaattttgttcctccttcttcacttcctcaactccctcttccaaatcatggagttggagtt 5112687  T
Q  460 ctcaattgcaacaatttggacaaaaattcaactactaatccaaatttagtaacactccctcttcttccttgttctcctaattcaccnnnnnnnnnnnnnn 559  Q
    ||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  
T  5112686 ctcaattgca---------acaaaaattcaactactaatccaaatttagtaacactccctcttcttccttgttctcctaattcacc------taataata 5112602  T
Q  560 nnnnngcaccaaaatttgaactagaggtgatagatttgaacaacactaaagtggaagttccacaagagagggatcttttgcaacaactacaaaaaccagc 659  Q
         |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5112601 ataatgcattaaaatttgaactagaggtgatagatttgaacaacactaaagtggaagttccacaagagagggatcttttgcaacaactacaaaaaccagc 5112502  T
Q  660 ttctagcaccaacaatgtcatcaatgtgatcgcgccgcaaccgattcgaccaattggttcatgcataaatgttggttgcataagtgaagtttcagctata 759  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5112501 ttctagcaccaacaatgtcatcaatgtgatctcgccgcaaccgattcgaccaattggttcatgcataaatgttggttgcataagtgaagtttcagctata 5112402  T
Q  760 ccatgtgtaacaaaaacaccnnnnnnncctgaggaattagaacaagaggttgagtcagaggaattgccagctgtcatttcagattcaaacaacagagtta 859  Q
    ||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5112401 ccatgtgtaacaaaaacacctaaaaaacctgaggaattagaacaagaggttgagtcagaggaattgccagctgtcatttcagattcaaacaacagagtta 5112302  T
Q  860 ggatggcaaattcagcttacaaagaaatggtgggtcaaccagaatgtccttggcttgaaattcaatgtggttcatcatgcaagaggattagtggtggagg 959  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5112301 ggatggcaaattcagcttacaaagaaatggtgggtcaaccagaatgtccttggcttgaaattcaatgtggttcatcatgcaagaggattagtggt-gagg 5112203  T
Q  960 taacattgcaactttctgattcttcaaatataccaatttcttcaaatgg 1008  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5112202 taacattgcaactttctgattcttcaaatataccaatttcttcaaatgg 5112154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University