View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4503_low_3 (Length: 377)

Name: NF4503_low_3
Description: NF4503
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4503_low_3
NF4503_low_3
[»] chr7 (27 HSPs)
chr7 (215-377)||(47675360-47675522)
chr7 (215-377)||(48490188-48490350)
chr7 (215-377)||(18391394-18391556)
chr7 (215-377)||(6593756-6593918)
chr7 (215-377)||(7093727-7093889)
chr7 (215-377)||(7350917-7351079)
chr7 (215-377)||(22135663-22135825)
chr7 (215-377)||(40550690-40550852)
chr7 (215-377)||(1048555-1048717)
chr7 (213-377)||(26213579-26213743)
chr7 (215-377)||(44725435-44725597)
chr7 (215-377)||(38394846-38395006)
chr7 (215-377)||(6047344-6047506)
chr7 (215-377)||(36310-36472)
chr7 (216-377)||(13289766-13289927)
chr7 (275-377)||(6570770-6570872)
chr7 (228-377)||(3903723-3903868)
chr7 (228-377)||(3890671-3890819)
chr7 (296-377)||(31159049-31159130)
chr7 (254-377)||(24816675-24816798)
chr7 (215-300)||(31157551-31157636)
chr7 (325-377)||(9679518-9679570)
chr7 (325-377)||(24749447-24749499)
chr7 (329-377)||(4294097-4294145)
chr7 (325-377)||(21678919-21678971)
chr7 (335-377)||(7471367-7471409)
chr7 (335-377)||(28486425-28486467)
[»] scaffold1908 (1 HSPs)
scaffold1908 (216-377)||(149-310)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (215-377)||(4732441-4732603)
chr8 (213-377)||(34255726-34255891)
chr8 (215-377)||(5591668-5591830)
chr8 (215-377)||(41366216-41366380)
chr8 (215-377)||(15069473-15069635)
chr8 (215-377)||(27827891-27828053)
chr8 (215-377)||(43080508-43080670)
chr8 (215-377)||(18811614-18811776)
chr8 (215-376)||(17848433-17848594)
chr8 (215-377)||(31577560-31577722)
chr8 (325-377)||(41383559-41383611)
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (215-377)||(9788444-9788606)
chr5 (215-377)||(16408118-16408280)
chr5 (215-377)||(29721158-29721320)
chr5 (215-377)||(40380899-40381061)
chr5 (238-377)||(26171550-26171689)
chr5 (215-377)||(16545223-16545385)
chr5 (215-377)||(42427654-42427816)
chr5 (242-377)||(534542-534677)
chr5 (215-377)||(6745919-6746081)
chr5 (215-377)||(10750549-10750711)
chr5 (215-377)||(15356115-15356277)
chr5 (215-377)||(23665897-23666059)
chr5 (215-377)||(31543584-31543746)
chr5 (215-377)||(18467535-18467697)
chr5 (215-377)||(34478685-34478847)
chr5 (242-377)||(13694391-13694526)
chr5 (215-377)||(20505472-20505634)
chr5 (229-341)||(13486844-13486956)
chr5 (241-373)||(32584643-32584775)
chr5 (335-373)||(31467281-31467319)
chr5 (325-377)||(27911283-27911335)
[»] chr4 (30 HSPs)
chr4 (215-377)||(5872598-5872760)
chr4 (215-377)||(52094585-52094747)
chr4 (215-377)||(7123491-7123653)
chr4 (215-377)||(8394201-8394363)
chr4 (215-377)||(5136875-5137037)
chr4 (262-377)||(12743198-12743313)
chr4 (215-377)||(22133883-22134045)
chr4 (213-377)||(11007832-11007996)
chr4 (215-377)||(22782003-22782165)
chr4 (215-377)||(9175738-9175900)
chr4 (215-377)||(12402362-12402524)
chr4 (215-377)||(16933414-16933576)
chr4 (238-377)||(12400111-12400250)
chr4 (215-377)||(4588735-4588897)
chr4 (229-375)||(5206900-5207046)
chr4 (215-377)||(22045981-22046143)
chr4 (238-376)||(26558493-26558631)
chr4 (275-377)||(12395186-12395288)
chr4 (316-377)||(3517280-3517341)
chr4 (325-377)||(16454208-16454260)
chr4 (338-377)||(10113763-10113802)
chr4 (215-266)||(12740955-12741006)
chr4 (215-266)||(12749161-12749212)
chr4 (335-377)||(36920884-36920926)
chr4 (316-377)||(3482972-3483033)
chr4 (300-358)||(3678181-3678239)
chr4 (340-377)||(7538866-7538903)
chr4 (336-377)||(47563660-47563701)
chr4 (325-377)||(14788809-14788861)
chr4 (325-377)||(22802113-22802165)
[»] chr3 (37 HSPs)
chr3 (215-377)||(5259545-5259707)
chr3 (215-377)||(29811652-29811814)
chr3 (215-376)||(9635346-9635507)
chr3 (216-377)||(37407472-37407633)
chr3 (213-377)||(6717296-6717460)
chr3 (215-377)||(7763054-7763216)
chr3 (215-377)||(23199361-23199523)
chr3 (215-377)||(22834231-22834393)
chr3 (215-377)||(10209984-10210146)
chr3 (216-377)||(11168931-11169092)
chr3 (215-377)||(4599942-4600104)
chr3 (215-377)||(10057028-10057190)
chr3 (215-377)||(10059250-10059412)
chr3 (215-377)||(10061472-10061634)
chr3 (215-377)||(10063694-10063856)
chr3 (215-377)||(10065916-10066078)
chr3 (216-375)||(32891875-32892034)
chr3 (215-377)||(4309776-4309938)
chr3 (215-377)||(6065059-6065221)
chr3 (218-377)||(456737-456896)
chr3 (215-377)||(5192480-5192642)
chr3 (215-377)||(5898239-5898401)
chr3 (215-377)||(18098437-18098599)
chr3 (215-376)||(10957589-10957750)
chr3 (215-376)||(15821908-15822069)
chr3 (215-376)||(43226908-43227069)
chr3 (215-377)||(23634275-23634437)
chr3 (215-377)||(27421468-27421630)
chr3 (239-377)||(7769385-7769523)
chr3 (215-377)||(15830464-15830626)
chr3 (325-377)||(28101384-28101436)
chr3 (325-377)||(3315512-3315564)
chr3 (325-377)||(43422846-43422898)
chr3 (325-377)||(42991129-42991181)
chr3 (325-376)||(30844876-30844927)
chr3 (215-272)||(5192816-5192873)
chr3 (325-377)||(53917050-53917102)
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (215-377)||(16567769-16567931)
chr6 (215-377)||(16553459-16553621)
chr6 (215-377)||(16630015-16630177)
chr6 (213-377)||(16651719-16651884)
chr6 (215-377)||(34165667-34165829)
chr6 (215-377)||(5408292-5408454)
chr6 (215-377)||(5412617-5412779)
chr6 (215-377)||(33309740-33309902)
chr6 (215-377)||(26067661-26067823)
chr6 (213-376)||(30444145-30444308)
chr6 (216-377)||(12158102-12158263)
chr6 (215-377)||(25462732-25462893)
chr6 (305-377)||(26931919-26931991)
chr6 (258-377)||(12936558-12936677)
chr6 (258-377)||(12910882-12911001)
chr6 (325-377)||(3631319-3631371)
chr6 (325-377)||(15533978-15534030)
chr6 (215-331)||(10456903-10457019)
[»] chr1 (25 HSPs)
chr1 (216-377)||(50168574-50168735)
chr1 (215-377)||(31657987-31658149)
chr1 (217-377)||(28222646-28222806)
chr1 (238-377)||(28202988-28203127)
chr1 (215-377)||(51750888-51751050)
chr1 (215-377)||(27338399-27338561)
chr1 (215-377)||(28841273-28841435)
chr1 (215-377)||(47178213-47178375)
chr1 (229-377)||(51758385-51758533)
chr1 (215-377)||(16227019-16227181)
chr1 (215-377)||(3805397-3805566)
chr1 (215-377)||(20300982-20301144)
chr1 (215-377)||(13127003-13127163)
chr1 (246-368)||(16456510-16456632)
chr1 (238-377)||(8348360-8348493)
chr1 (325-377)||(29003347-29003399)
chr1 (325-377)||(16429799-16429851)
chr1 (329-377)||(28997635-28997683)
chr1 (304-376)||(33094183-33094255)
chr1 (329-377)||(50078174-50078222)
chr1 (335-377)||(6996435-6996477)
chr1 (336-377)||(31424421-31424462)
chr1 (325-377)||(25250657-25250709)
chr1 (315-374)||(45655022-45655081)
chr1 (325-377)||(31736852-31736904)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (215-377)||(115386-115548)
[»] scaffold0140 (1 HSPs)
scaffold0140 (215-377)||(22977-23139)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (215-377)||(21519960-21520122)
chr2 (215-377)||(35217236-35217398)
chr2 (215-377)||(36560407-36560569)
chr2 (215-377)||(19503602-19503764)
chr2 (229-376)||(42019126-42019273)
chr2 (213-377)||(28569687-28569853)
chr2 (325-377)||(6263530-6263582)
[»] scaffold1899 (1 HSPs)
scaffold1899 (215-377)||(475-637)
[»] scaffold0025 (1 HSPs)
scaffold0025 (215-377)||(72783-72945)
[»] scaffold0219 (1 HSPs)
scaffold0219 (229-377)||(26653-26801)
[»] scaffold0011 (1 HSPs)
scaffold0011 (229-377)||(34401-34549)
[»] scaffold1674 (1 HSPs)
scaffold1674 (325-377)||(828-880)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (325-377)||(50869-50921)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (325-377)||(80717-80769)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 135; Significance: 3e-70; HSPs: 27)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 47675360 - 47675522
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47675360 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 47675459  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47675460 cttgtcttcgttcttaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 47675522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 48490350 - 48490188
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |    
T  48490350 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttgaaggattcaaatgatctcggtagagcacacgacaagagtacagc 48490251  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  48490250 cttttcttcgtcctcaagtttcacctcaatgttctccaaatcattaaggattttgttgaactc 48490188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 18391394 - 18391556
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |    
T  18391394 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgacctcggtagtgcgcacaacaagagtatagc 18391493  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  18391494 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcgtcgaggatcttgttgaactc 18391556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 6593756 - 6593918
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||  ||||||||||| |    
T  6593756 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgacctcggtagtgcgcaatacaagagtatagc 6593855  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  6593856 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcgtcgaggatcttgttgaactc 6593918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 7093727 - 7093889
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  7093727 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtataaa 7093826  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7093827 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 7093889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 7350917 - 7351079
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  7350917 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 7351016  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  7351017 tttatcctcgtcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 7351079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 22135825 - 22135663
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  22135825 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 22135726  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  22135725 tttatcctcgtcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 22135663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 40550852 - 40550690
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  40550852 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 40550753  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  40550752 tttatcctcgtcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 40550690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 1048555 - 1048717
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| |    
T  1048555 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcgatagagcacacaacaagagtatagc 1048654  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1048655 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 1048717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 213 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 26213743 - 26213579
Alignment:
Q  213 cacttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtata 312  Q
    ||||||||||||||  | |||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26213743 cacttgaacttcttccatggtgacagtgccttctttgccatagatcatggtattcttgaaggattcaaaagatctcggtagagcacacaacaagagtata 26213644  T
Q  313 actttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||| ||||  |||||||   |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  26213643 actttatctttatcctcaataggcacctcaatattctccaagtcatcaaagattttgttgaactc 26213579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 44725597 - 44725435
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||| |||||| |||||||||||| |    
T  44725597 cttgaacttcttccaagataacagtgccttctttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtatagcacaaaacaagagtatagc 44725498  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44725497 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 44725435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 38395006 - 38394846
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||  ||||||||||||||||||||| |    
T  38395006 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcg--agagcacacaacaagagtatagc 38394909  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38394908 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 38394846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 6047506 - 6047344
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||| | || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6047506 cttgaacttcttccaaggtgacaatgccttctttgccatatagaatggtatccttgaaggattcaaaagatctcggtagagcacacaacaagagaataac 6047407  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| ||||| |||| ||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  6047406 tttatcttcatcctaaaaatgcatctcaatgttctccaagtcatcaaggatattgtttaactc 6047344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 36472 - 36310
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    |||||| |||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||  ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| |    
T  36472 cttgaatttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatttttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaataagagtatagc 36373  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36372 tttatcctcatcctcaagttgtacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 36310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 216 - 377
Target Start/End: Original strand, 13289766 - 13289927
Alignment:
Q  216 ttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataact 315  Q
    |||||||||||  || ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| |||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  13289766 ttgaacttcttccaatgtgacagtgccttctttgccatagaacatggtatccatgaaagattaaaaagatctcggtatagcacacaacaagagtatagct 13289865  T
Q  316 ttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    || ||||| || ||||| |||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  13289866 ttatcttcatcgtcaagatgcacctccatattctccaagtcatcaaggaatttgttgaactc 13289927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 275 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 6570872 - 6570770
Alignment:
Q  275 attcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaa 374  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  6570872 attcaaatgatctcggtagagcacacaataagagtatcgctttgtcttcgccctcaggtttcacctcaatgttctccaaatcatcaagtattttattgaa 6570773  T
Q  375 ctc 377  Q
    |||    
T  6570772 ctc 6570770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 228 - 377
Target Start/End: Original strand, 3903723 - 3903868
Alignment:
Q  228 taaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcc 327  Q
    |||||||||  || ||||||||||| |||| ||||| |||| ||| |||||||| ||| | |||| |   |||||||||||||||||||||||||| ||     
T  3903723 taaggtgacaatgtcttctttgccatagagaatggtctcct-gaaggattcaaacgatttaggtata---cacaacaagagtataactttgtcttcatct 3903818  T
Q  328 tcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  3903819 tcaagatgcacctcaatgttctccaaattatcaagaattttgttgaactc 3903868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 228 - 377
Target Start/End: Original strand, 3890671 - 3890819
Alignment:
Q  228 taaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcc 327  Q
    ||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||  |  ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||  ||     
T  3890671 taaggtgacagtgtcttcgttgccatagagcatggactt-ttgaacgattcaaacgatctaggtagagcacaaaacaagagtttaactttgtttttatct 3890769  T
Q  328 tcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    | ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  3890770 ttaagatgcacctcaatgttctccatatcattaaggattttgttgaactc 3890819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 296 - 377
Target Start/End: Original strand, 31159049 - 31159130
Alignment:
Q  296 cacacaacaagagtataactttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  31159049 cacacaacaagagtatagctttatcctcgtcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 31159130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 254 - 377
Target Start/End: Original strand, 24816675 - 24816798
Alignment:
Q  254 agagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaa 353  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||| ||||  |||| || ||||| ||||||| |||  |||||||    
T  24816675 agagcatggtatctttgaacgattcaaaatatcttggtagagaacacaacaagagtatagctttaacttcatcttcaagatgcaccttaatcatctccaa 24816774  T
Q  354 atcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     |||||||| ||||||||||||||    
T  24816775 gtcatcaagaattttgttgaactc 24816798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 215 - 300
Target Start/End: Original strand, 31157551 - 31157636
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacac 300  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| |||||||| |||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  31157551 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatgatatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacac 31157636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 9679570 - 9679518
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  9679570 tcctcaagatgcacctcaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 9679518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 24749499 - 24749447
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  24749499 tcctcaagatgcacctcaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 24749447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 329 - 377
Target Start/End: Original strand, 4294097 - 4294145
Alignment:
Q  329 caagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  4294097 caagatgcacctcaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 4294145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 21678971 - 21678919
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  21678971 tcctcaagacgcacctcaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 21678919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 335 - 377
Target Start/End: Original strand, 7471367 - 7471409
Alignment:
Q  335 gcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  7471367 gcacctcaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 7471409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 335 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 28486467 - 28486425
Alignment:
Q  335 gcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  28486467 gcacctcaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 28486425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1908 (Bit Score: 130; Significance: 3e-67; HSPs: 1)
Name: scaffold1908
Description:

Target: scaffold1908; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 216 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 310 - 149
Alignment:
Q  216 ttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataact 315  Q
    |||||||||||  ||||||||  ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  310 ttgaacttcttccaaggtgacactgcgttctttgccatagagcatggtatccttgaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtatagct 211  T
Q  316 ttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  210 ttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 4732603 - 4732441
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  4732603 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgctatagagcatggtatccttgaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtatagt 4732504  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4732503 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 4732441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 213 - 377
Target Start/End: Original strand, 34255726 - 34255891
Alignment:
Q  213 cacttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtata 312  Q
    ||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34255726 cacttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatgatatccttgaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtata 34255825  T
Q  313 actttg-tcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34255826 gccttgttcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 34255891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 5591830 - 5591668
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    |||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  5591830 cttgaatttcttccaaggtgacggtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtatagt 5591731  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5591730 tttatcttcgtcctcaatttgcacctcaatgttctccaaatcatcaagaattttgttgaactc 5591668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 41366216 - 41366380
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |    
T  41366216 cttgaacttcttccaaggtgacggtgccttttttgccatagagcatggtatccttaaaggatccaaatgatctcggtaaaacacacaacaagagtatagc 41366315  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatc--atcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  41366316 tttatcttcgtcctcaatttgcacctcaatgttctccaaatcatatcaaggattttgttgaactc 41366380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 15069635 - 15069473
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| |    
T  15069635 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttctttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcgatagagcacacaacaagagtatagc 15069536  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15069535 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 15069473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 27828053 - 27827891
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| | ||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27828053 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatatagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtataac 27827954  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||  || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27827953 ttgatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 27827891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 43080670 - 43080508
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  43080670 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 43080571  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  43080570 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 43080508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 18811776 - 18811614
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| |    
T  18811776 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagaccatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaaaagtatagc 18811677  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18811676 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 18811614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 215 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 17848594 - 17848433
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||| || |||| | |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  17848594 cttgaacttcttccaaggtgacagtgcctttttagccataaagcatgatatccttgaaagattcaaatgatctcggtagagcacacaagaagagtataat 17848495  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaact 376  Q
    ||| ||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| | |||||||    
T  17848494 tttatcttcatccttaagatgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattgtattgaact 17848433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 31577560 - 31577722
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| |  ||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||      
T  31577560 cttgaacttcttccaaggtaatagtgccttctttgccatatagcatagtatctttgaaagattcaaaagatctcggtaaagcacacaacaagagtatagt 31577659  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  31577660 tttatcttcatcctcaagatgcacctcaatattctccaagtcatcatggattttgttgaactc 31577722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 41383611 - 41383559
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  41383611 tcctcaagatgcacctcaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 41383559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 9788444 - 9788606
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||| || ||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9788444 cttgaacttctttcaaggtgacagtgcattatttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtatagc 9788543  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9788544 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 9788606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 16408280 - 16408118
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  16408280 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgatctcggtagcgcacacaacaagagtatagc 16408181  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16408180 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 16408118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 29721320 - 29721158
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  29721320 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgatctcggtagcgcacacaacaagagtatagc 29721221  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29721220 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 29721158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 40381061 - 40380899
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  40381061 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtatagc 40380962  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||    
T  40380961 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaaccgtcgaggatcttgttgaactc 40380899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 238 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 26171689 - 26171550
Alignment:
Q  238 gtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcctcaagttgca 337  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||    
T  26171689 gtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgatctcggtagcgcacacaacaagagtatagccttgtcttcgtcctcaatttgca 26171590  T
Q  338 cctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26171589 ccttaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 26171550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 16545385 - 16545223
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |    
T  16545385 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgacctcggtagtgcgcacaacaagagtatagc 16545286  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  16545285 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcgtcgaggatcttgttgaactc 16545223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 42427654 - 42427816
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||| ||||  ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  42427654 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttttttgccatagagtgtggtatagttgaaggattcaaatgatctcggtagagcatacaacaagagtatagc 42427753  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42427754 tttgtcttcatcctcaagttgcacctcaatgttctcaaaatcatcaaggattttgttgaactc 42427816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 242 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 534677 - 534542
Alignment:
Q  242 cttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcctcaagttgcacctc 341  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||    
T  534677 cttctttgccatagagcatggtatccttgaaggattcaaatgatctctgtagagcacacaacaacagtatagccttgtcttcatcctcaagttgcacctc 534578  T
Q  342 aatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  534577 aatgttctccaaatcatcaagtattttgttgaactc 534542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 6746081 - 6745919
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  6746081 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttctttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 6745982  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6745981 tttttcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 6745919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 10750711 - 10750549
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  10750711 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 10750612  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  10750611 tttatcctcgtcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 10750549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 15356115 - 15356277
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  15356115 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 15356214  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  15356215 tttatcctcgtcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 15356277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 23666059 - 23665897
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  23666059 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 23665960  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  23665959 tttatcctcgtcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 23665897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 31543746 - 31543584
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  31543746 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 31543647  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  31543646 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 31543584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 18467697 - 18467535
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || || |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  18467697 cttgaacttcttccaaggtaacagtcccttctttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 18467598  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || |  ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18467597 tttatccttatccacaagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 18467535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 34478685 - 34478847
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| ||  ||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| |    
T  34478685 cttgaacttcttccaaggtaacaatgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagattttggtagagcacacaacaagagtatagc 34478784  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  34478785 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattttccaagtcatcaaggattttgttgaactc 34478847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 242 - 377
Target Start/End: Original strand, 13694391 - 13694526
Alignment:
Q  242 cttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcctcaagttgcacctc 341  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||| |||||||| || |  || ||||||||    
T  13694391 cttctttgccatagagcatggcatccttgaaggattcaaatgatctcagtagagaaaacaacaagagtataaccttgtcttcatcttagagatgcacctc 13694490  T
Q  342 aatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13694491 aatgttttccaactcatcaaggattttgttgaactc 13694526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 20505472 - 20505634
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || ||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||| |||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||| |    
T  20505472 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttctttcccatagagcatagtatctttgaacgattcaaaagatttcagtagagcacacaacaagagtatagc 20505571  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || | |||||||||||||| ||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||    
T  20505572 tttatcctcatactcaagttgcaccttaatattctccaagtcattaaggattttgttaaactc 20505634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 229 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 13486956 - 13486844
Alignment:
Q  229 aaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcct 328  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||| || ||    
T  13486956 aaggtgacagtgccttctttaccatagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagaacacacaacaagagtatagcctcgtctttgttct 13486857  T
Q  329 caagttgcacctc 341  Q
     ||| ||||||||    
T  13486856 gaaggtgcacctc 13486844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 241 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 32584775 - 32584643
Alignment:
Q  241 ccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcctcaagttgcacct 340  Q
    ||||| |||||| | | |||||||||| |||| || ||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| |   |||||| | |||||||  | || ||    
T  32584775 ccttccttgccataaatcatggtatccatgaaggactcaaaagatctaggtaaagcacacaacaagagtagagtcttgtctacatcctcaatgttcaact 32584676  T
Q  341 caatgttctccaaatcatcaaggattttgttga 373  Q
    ||||||| | | |||||| ||||||||| ||||    
T  32584675 caatgtttttcgaatcattaaggattttattga 32584643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 335 - 373
Target Start/End: Original strand, 31467281 - 31467319
Alignment:
Q  335 gcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttga 373  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  31467281 gcacctcaatgttctccaaatcaccaatgattttgttga 31467319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 27911335 - 27911283
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||||  ||| || |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  27911335 tcctcaagacgcaacttaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 27911283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 30)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 5872760 - 5872598
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||      
T  5872760 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatgatatccttgaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagggtatagt 5872661  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5872660 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 5872598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 52094585 - 52094747
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52094585 cttgaacttcttccaaggtgacaatgccttctttgccatagagcatggtatctttgaagaattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 52094684  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52094685 cttgtctttgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 52094747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 7123653 - 7123491
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7123653 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtatagc 7123554  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  7123553 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcgtcgaggatcttgttgaactc 7123491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 8394363 - 8394201
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  8394363 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtatagc 8394264  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  8394263 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcgtcgaggatcttgttgaactc 8394201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 5137037 - 5136875
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |    
T  5137037 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgacctcggtagtgcgcacaacaagagtatagc 5136938  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  5136937 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcgtcgaggatcttgttgaactc 5136875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 262 - 377
Target Start/End: Original strand, 12743198 - 12743313
Alignment:
Q  262 gtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaa 361  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12743198 gtatccttgaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtatagccttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaa 12743297  T
Q  362 ggattttgttgaactc 377  Q
     |||||||||||||||    
T  12743298 agattttgttgaactc 12743313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 22133883 - 22134045
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  22133883 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 22133982  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22133983 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 22134045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 213 - 377
Target Start/End: Original strand, 11007832 - 11007996
Alignment:
Q  213 cacttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtata 312  Q
    ||||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  11007832 cacttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtata 11007931  T
Q  313 actttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     |||| || || ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11007932 gctttatcctcatcctcaagtcgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 11007996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 22782003 - 22782165
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| |    
T  22782003 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcgcacaacaagagtatatc 22782102  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  22782103 tttatcctcgtcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 22782165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 9175738 - 9175900
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||  | |||||||| ||||||  |||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  9175738 cttgaacttcttccaaggtagcagtgccttccttgccattgagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 9175837  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  9175838 tttatcctcgtcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 9175900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 12402362 - 12402524
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| |  ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  12402362 cttgaacttcttcaaaggtaatagtgccttctttgccgtagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 12402461  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  12402462 tttatcttcatccttaagttgcacctcaatattctccaagtcatcacggattttgttgaactc 12402524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 16933414 - 16933576
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| |||||||| |||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  16933414 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatgatatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 16933513  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  16933514 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 16933576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 238 - 377
Target Start/End: Original strand, 12400111 - 12400250
Alignment:
Q  238 gtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcctcaagttgca 337  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||| |     
T  12400111 gtgccttctttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagctttatcttcatcctcaagttact 12400210  T
Q  338 cctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  12400211 cctcaatattctccaagtcatcacggattttgttgaactc 12400250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 4588897 - 4588735
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    |||||||||| || | |||||| ||| ||| ||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |    
T  4588897 cttgaacttcgttcatggtgacagtgtcttatttgcaatagagcatggtatccttgaaggattcaaatgatctcggtagagaacagaacaagagtatagc 4588798  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||  ||||||||||||| | ||| | |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  4588797 ttttccttcgtcctcaagattcacttgaatgttctcctaatcatcaacgattttgttgaactc 4588735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 229 - 375
Target Start/End: Original strand, 5206900 - 5207046
Alignment:
Q  229 aaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcct 328  Q
    |||||||  ||| ||||||| ||| |||| |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||    
T  5206900 aaggtgatagtgtcttcttttccatagaggatggtatcctggaaggattcaaatgatcttggtagagcacacaacaagagtatagccttgtcttcatcct 5206999  T
Q  329 caagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaac 375  Q
     ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  5207000 taagatgcacctcaatgttctctaaatcataaaggattttgttgaac 5207046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 22045981 - 22046143
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| ||  ||||||| |||||| ||||||||||||| || || |||||||  ||| ||||||||||| |||||||||||||| |    
T  22045981 cttgaacttcttccaaggtaacaatgccttccttgccaaagagcatggtatctttaaacgattcaatagatttcggtagagcagacaacaagagtatagc 22046080  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22046081 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 22046143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 238 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 26558631 - 26558493
Alignment:
Q  238 gtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcctcaagttgca 337  Q
    ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| || ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||||    
T  26558631 gtgccttttttgccttagagcatggtatccttgaaagattcgaaagatctcgataaagcacacaacaagagtatagctttatcttcatcctcaagatgca 26558532  T
Q  338 cctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaact 376  Q
    ||||||| || |||||||| ||||||| |||||||||||    
T  26558531 cctcaatattttccaaatcttcaaggaatttgttgaact 26558493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 275 - 377
Target Start/End: Original strand, 12395186 - 12395288
Alignment:
Q  275 attcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaa 374  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||| | ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  12395186 attcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagctttatcttcatcctcaagttactcctcaatattctccaagtcatcacggattttgttgaa 12395285  T
Q  375 ctc 377  Q
    |||    
T  12395286 ctc 12395288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 316 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 3517341 - 3517280
Alignment:
Q  316 ttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||| |||| || || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3517341 ttgtcttcatcctaaattttcacttcaatgttcaccaaatcatcaaggattttgttgaactc 3517280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 16454260 - 16454208
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  16454260 tcctcaagacgcacctcaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 16454208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 338 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 10113802 - 10113763
Alignment:
Q  338 cctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10113802 cctcaatgttttccaaatcatcaaggattttgttgaactc 10113763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 215 - 266
Target Start/End: Original strand, 12740955 - 12741006
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatc 266  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12740955 cttgaacttcttcaaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatc 12741006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 215 - 266
Target Start/End: Original strand, 12749161 - 12749212
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatc 266  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12749161 cttgaacttcttcaaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatc 12749212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 335 - 377
Target Start/End: Original strand, 36920884 - 36920926
Alignment:
Q  335 gcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  36920884 gcacctcaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 36920926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 316 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 3483033 - 3482972
Alignment:
Q  316 ttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||| ||||||| || ||| |||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3483033 ttgtcttcatcctcaattttcacttcaatgatcaccaaatcatcaagaattttgttgaactc 3482972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 300 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 3678239 - 3678181
Alignment:
Q  300 caacaagagtataactttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcat 358  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| |||||||| | ||||| |||||| ||||||||||    
T  3678239 caacaagagtataaccttgtattcatcctcaaggttcaccttaatgttttccaaatcat 3678181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 340 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 7538903 - 7538866
Alignment:
Q  340 tcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  7538903 tcaatgttcaccaaattatcaaggattttgttgaactc 7538866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 336 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 47563701 - 47563660
Alignment:
Q  336 cacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  47563701 cacctcaatgctctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 47563660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Original strand, 14788809 - 14788861
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||||  ||| || |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  14788809 tcctcaagacgcaacttaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 14788861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Original strand, 22802113 - 22802165
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||| |||| || ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||    
T  22802113 tcctcaagatgcaacttaatgttctcaaaatcaccaatgattttgttgaactc 22802165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 37)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 5259545 - 5259707
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5259545 cttgaacttcttccaaggtgacaatgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtatagc 5259644  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5259645 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 5259707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 29811814 - 29811652
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  29811814 cttgaacttcttccaaggtgacagtgtcttatttgccatagagcatggtatccttgaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtatagc 29811715  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29811714 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 29811652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 215 - 376
Target Start/End: Original strand, 9635346 - 9635507
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  9635346 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgatctcggtaaagcacacaacaagagtatagc 9635445  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaact 376  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9635446 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaact 9635507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 216 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 37407633 - 37407472
Alignment:
Q  216 ttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataact 315  Q
    |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  37407633 ttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatgatatccttgaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtatagcc 37407534  T
Q  316 ttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37407533 ttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttttccaaatcatcaaggattttgttgaactc 37407472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 213 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 6717460 - 6717296
Alignment:
Q  213 cacttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtata 312  Q
    ||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6717460 cacttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccataaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtata 6717361  T
Q  313 actttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6717360 gccttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggatcttgttgaactc 6717296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 7763216 - 7763054
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  7763216 cttgaacttcttccaaggtgacaatgccttctttgccatagagcatggtatccttgaaggattcaaatgatctcggtagagcatacaacaagagtatagc 7763117  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7763116 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctcaaaatcatcaaggattttgttgaactc 7763054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 23199361 - 23199523
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  23199361 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatctttaaaggattcaaatgatctcggtagcacacacaacaagagtataac 23199460  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23199461 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctctaaatcatcaaggattttgttgaactc 23199523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 22834231 - 22834393
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    |||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  22834231 cttgaatttcttccaaggtgacggtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtatagt 22834330  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22834331 tttatcttcgtcctcaatttgcacctcaatgttctccaaatcatcaagaattttgttgaactc 22834393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 10210146 - 10209984
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |    
T  10210146 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgacctcggtagtgcgcacaacaagagtatagc 10210047  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  10210046 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcgtcaaggatcttgttgaactc 10209984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 216 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 11169092 - 11168931
Alignment:
Q  216 ttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataact 315  Q
    |||||||||||  ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11169092 ttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccacagagcatggtatctttgaatgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtataact 11168993  T
Q  316 ttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    || || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11168992 ttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 11168931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 4599942 - 4600104
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |    
T  4599942 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgacctcggtagtgcgcacaacaagagtatagc 4600041  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  4600042 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcgtcgaggatcttgttgaactc 4600104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 10057190 - 10057028
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |    
T  10057190 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgacctcggtagtgcgcacaacaagagtatagc 10057091  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  10057090 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcgtcgaggatcttgttgaactc 10057028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 10059412 - 10059250
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |    
T  10059412 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgacctcggtagtgcgcacaacaagagtatagc 10059313  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  10059312 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcgtcgaggatcttgttgaactc 10059250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 10061634 - 10061472
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |    
T  10061634 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgacctcggtagtgcgcacaacaagagtatagc 10061535  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  10061534 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcgtcgaggatcttgttgaactc 10061472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 10063856 - 10063694
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |    
T  10063856 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgacctcggtagtgcgcacaacaagagtatagc 10063757  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  10063756 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcgtcgaggatcttgttgaactc 10063694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 10066078 - 10065916
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |    
T  10066078 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgacctcggtagtgcgcacaacaagagtatagc 10065979  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  10065978 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcgtcgaggatcttgttgaactc 10065916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 216 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 32892034 - 32891875
Alignment:
Q  216 ttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataact 315  Q
    |||||||||||  |||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||    
T  32892034 ttgaacttcttccaaggtggcagtgccttctttcccatagagcatggtatccttgaaggattcaaatgatctcgatagagcaaacaacaagagtatcgct 32891935  T
Q  316 ttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaac 375  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32891934 ttgtcttcgtcctcaagatccacctcaatgttctccaaatcatcatggattttgttgaac 32891875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 4309776 - 4309938
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  4309776 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttctttgccatatagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 4309875  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4309876 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 4309938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 6065059 - 6065221
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  6065059 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 6065158  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  6065159 tttatcctcgtcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 6065221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 218 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 456896 - 456737
Alignment:
Q  218 gaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataacttt 317  Q
    |||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  456896 gaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagcttt 456797  T
Q  318 gtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  456796 atcctcgtcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 456737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 5192642 - 5192480
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  5192642 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgatttaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 5192543  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5192542 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 5192480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 5898401 - 5898239
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  5898401 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttctttgccatagagaatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 5898302  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  5898301 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 5898239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 18098437 - 18098599
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||  ||||||||||||||||||||| |    
T  18098437 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttctttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcgtaagagcacacaacaagagtatagc 18098536  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18098537 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 18098599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 215 - 376
Target Start/End: Original strand, 10957589 - 10957750
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| ||  ||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  10957589 cttgaacttcttccaaggtaacaatgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 10957688  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaact 376  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10957689 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaact 10957750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 215 - 376
Target Start/End: Original strand, 15821908 - 15822069
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||| ||||| |||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||      
T  15821908 cttgaacttcttccaaggtgacggtgccttctatgccatagggcatggtatcattgaaagattcaaatggtctaagtagagcacacaacaagagtatagt 15822007  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaact 376  Q
     |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15822008 cttgtcttcatcctcaagatgcacctcaatgttctccaaatcattaaggattttgttgaact 15822069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 215 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 43227069 - 43226908
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| |    
T  43227069 cttgaacttcttccaaggtaacagtgtcttctttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagaacacacaacaagagtatagc 43226970  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaact 376  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  43226969 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaact 43226908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 23634437 - 23634275
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || || |||||||| ||| | ||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||      
T  23634437 cttgaacttcttccaaggtaacagttccttcttttccatatagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtaaagcacacaacaagagtatagt 23634338  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23634337 tttatcttcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 23634275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 27421630 - 27421468
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||| || |||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||||||| ||||||||| |    
T  27421630 cttgaacttctttcaaagtgacaatgccttctttgccatagagcatggtatccttgaaggattcaaaagatttcagtagagcacacaaaaagagtatagc 27421531  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| ||||| ||  |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  27421530 tttatcttcatctgcaagatgcacctcaatattctccaagtcatcaaggatcttgttgaactc 27421468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 239 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 7769523 - 7769385
Alignment:
Q  239 tgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcctcaagttgcac 338  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||| |||||||| |||||    
T  7769523 tgccttctttgccatagagcatggtaactttgaaagatttaaaagatctcggtagagcacacaacaagaatatagctttatcttcatcctcaagatgcac 7769424  T
Q  339 ctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||| |||||||  |||||||||||||| | ||||||    
T  7769423 ctcaatattctccacgtcatcaaggattttttagaactc 7769385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 15830464 - 15830626
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||| ||  |||||| | || |||||||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |    
T  15830464 cttgaactttttccaaggtggcagttccttctttgccatagaccatggtatctttgaaggattcaaatgatcgtggtatagcacacaacaaaagtatagc 15830563  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
      ||||||  |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15830564 catgtctttatcctcaagatgcgcctcaatgttctctaaatcatcaaggattttgttgaactc 15830626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Original strand, 28101384 - 28101436
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  28101384 tcctcaagatgcacctcaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 28101436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 3315564 - 3315512
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||    
T  3315564 tcctcaagatgcacctcaatgttctctaaatcaccaatgattttgttgaactc 3315512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Original strand, 43422846 - 43422898
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  43422846 tcctcaagatgcacctcaatgttcttcaaatcaccaatgattttgttgaactc 43422898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 42991181 - 42991129
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||||| ||| || |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  42991181 tcctcaagtcgcaacttaatgttctccaaatcagcaatgattttgttgaactc 42991129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 325 - 376
Target Start/End: Original strand, 30844876 - 30844927
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaact 376  Q
    ||||||| || ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  30844876 tcctcaattttcacttcaatgtgcaccaaatcatcaaggattttgttgaact 30844927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 215 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 5192873 - 5192816
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaa 272  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| |||||    
T  5192873 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaa 5192816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Original strand, 53917050 - 53917102
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||||  ||| || |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  53917050 tcctcaagacgcaacttaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 53917102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 16567931 - 16567769
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  16567931 cttgaacttcttccaaggtgacaatgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtatagt 16567832  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16567831 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 16567769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 16553621 - 16553459
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  16553621 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgatctcagtagagcacacaacaagagtatagc 16553522  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  16553521 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaagtcatcaaggatcttgttgaactc 16553459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 16630177 - 16630015
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  16630177 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgatctcagtagagcacacaacaagagtatagc 16630078  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  16630077 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaagtcatcaaggatcttgttgaactc 16630015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 213 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 16651884 - 16651719
Alignment:
Q  213 cacttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtata 312  Q
    ||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16651884 cacttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtata 16651785  T
Q  313 actttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgt-tctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     | |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  16651784 gccttgtcttcatcctcaagttgcacctcaatgtgtctccaagtcatcaaggatcttgttgaactc 16651719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 34165829 - 34165667
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |    
T  34165829 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttaaaggattcaaatgacctcggtagtgcgcacaacaagagtatagc 34165730  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  34165729 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcgtcgaggatcttgttgaactc 34165667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 5408292 - 5408454
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  ||||| ||||||||| ||||||      
T  5408292 cttgaacttcttccaaggtgatagtgccttcttttccatagagcatggtatccttgaaggattcaaatgatatcaatagagtacacaacaatagtatagt 5408391  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5408392 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgatctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 5408454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 5412617 - 5412779
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  ||||| ||||||||| ||||||      
T  5412617 cttgaacttcttccaaggtgatagtgccttcttttccatagagcatggtatccttgaaggattcaaatgatatcaatagagtacacaacaatagtatagt 5412716  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5412717 cttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgatctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 5412779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 33309902 - 33309740
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  33309902 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 33309803  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  33309802 tttatcctcgtcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 33309740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 26067661 - 26067823
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| |  |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  26067661 cttgaacttcttccaaggtaatagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 26067760  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  26067761 tttatcctcgtcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggatttttttgaactc 26067823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 213 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 30444308 - 30444145
Alignment:
Q  213 cacttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtata 312  Q
    ||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||   ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  30444308 cacttgaacttcttcctaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatcgttgacaaattcaaaagatctcggtagagcacacaagtagagtata 30444209  T
Q  313 actttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaact 376  Q
    ||||| ||||| | |||||| | |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  30444208 actttatcttcatgctcaagatacacctcaatgttctccaaattataaaggattttgttgaact 30444145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 216 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 12158263 - 12158102
Alignment:
Q  216 ttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataact 315  Q
    |||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||| | | ||| ||||||| ||| ||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||    
T  12158263 ttgaacatcttctaaggtgacagtgccttctttgccataaatcattgtatcctcgaaagattccaataatctcggtagcgcacagaacaagagtatatct 12158164  T
Q  316 ttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    || ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12158163 ttatcttcatccacaagatgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggatcttgttgaactc 12158102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 25462732 - 25462893
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || ||||||||||| ||| | |||||| |||| ||||| |||||||| | ||||||||| | |||||||||||||||||     
T  25462732 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttctttaccataaagcatgatatctttgaaagattcaaaag-tctcggtagggtacacaacaagagtataaa 25462830  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  25462831 tttatcttcatcctcaagatgcacctcaatattctccaagtcatcaaagattttgttgaactc 25462893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 305 - 377
Target Start/End: Original strand, 26931919 - 26931991
Alignment:
Q  305 agagtataactttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  26931919 agagtatagctttatcctcgtcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 26931991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 258 - 377
Target Start/End: Original strand, 12936558 - 12936677
Alignment:
Q  258 catggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatca 357  Q
    ||||||||| |||||||||||| | | |||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||  |||||||  |||||||||||  |||  || |||    
T  12936558 catggtatctttgaatgattcataagttctcggtagagcacacaacatgagtataattttacctttatcctcaatatgcacctcaatagtctttaagtca 12936657  T
Q  358 tcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||||||||| |||||    
T  12936658 tcaaggattttgttaaactc 12936677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 258 - 377
Target Start/End: Original strand, 12910882 - 12911001
Alignment:
Q  258 catggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatca 357  Q
    ||||||||| ||||| |||||| | | |||||| ||||||||||||| |||||||| |||  |||  |||||||  |||||||||||  |||  || |||    
T  12910882 catggtatctttgaaagattcataagttctcggaagagcacacaacatgagtataattttacctttatcctcaatatgcacctcaatagtctttaagtca 12910981  T
Q  358 tcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||||||||| |||||    
T  12910982 tcaaggattttgttaaactc 12911001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Original strand, 3631319 - 3631371
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  3631319 tcctcaagacgcacctcaatgttctccaaatcaccaatgattttattgaactc 3631371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Original strand, 15533978 - 15534030
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||    
T  15533978 tcctcaagacgcacctcaatgttctccaaatcaccaatgattttgtcgaactc 15534030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 215 - 331
Target Start/End: Original strand, 10456903 - 10457019
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    |||| ||||| | |||||||||  ||||||| ||| || | ||||||||||| ||||| ||  |||| ||||| |||| || |||||||||| ||| |      
T  10456903 cttggacttcctctaaggtgacactgccttcgttgtcataaagcatggtatcattgaaggacccaaaagatctaggtaaagtacacaacaagggtagagt 10457002  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaa 331  Q
    ||||||||| |||||||    
T  10457003 tttgtcttcatcctcaa 10457019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 122; Significance: 2e-62; HSPs: 25)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 216 - 377
Target Start/End: Original strand, 50168574 - 50168735
Alignment:
Q  216 ttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataact 315  Q
    |||||||||||  ||||||||  |||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  50168574 ttgaacttcttccaaggtgacaatgccttcttttccatagagcatggtatccttgaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataaaa 50168673  T
Q  316 ttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50168674 ttatcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 50168735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 31658149 - 31657987
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  31658149 cttgaacttcttccaaggtgacaatgccttctttgccatagagcatggtatccttgaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtatagc 31658050  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31658049 tttatctttgtcctcaagcttcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 31657987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 217 - 377
Target Start/End: Original strand, 28222646 - 28222806
Alignment:
Q  217 tgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactt 316  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||    
T  28222646 tgaacttcttccaaggtgacagtgccttcttttccatatagcatggtatccttgaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaaaagtattgctt 28222745  T
Q  317 tgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28222746 tgtctttgtcctcaagtttcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 28222806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 238 - 377
Target Start/End: Original strand, 28202988 - 28203127
Alignment:
Q  238 gtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcctcaagttgca 337  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||    
T  28202988 gtgccttctttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagctttatcttcatcctcaagttgca 28203087  T
Q  338 cctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28203088 cctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 28203127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 51751050 - 51750888
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  51751050 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 51750951  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  51750950 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 51750888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 27338399 - 27338561
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  27338399 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttctttcccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 27338498  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27338499 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattatccaagtcatcaaggattttgttgaactc 27338561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 28841435 - 28841273
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || ||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28841435 cttgaacttcttccaaggtaacagtgtcttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtataac 28841336  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28841335 tttatcctcatcctcaagtttcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 28841273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 47178375 - 47178213
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  || || || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  47178375 cttgaacttcttccaatgtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 47178276  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  47178275 tttatcctcgtcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 47178213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 229 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 51758533 - 51758385
Alignment:
Q  229 aaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcct 328  Q
    ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| || || ||||    
T  51758533 aaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaaagattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagctttatcctcatcct 51758434  T
Q  329 caagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  51758433 caagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 51758385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 16227181 - 16227019
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||| |    
T  16227181 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcagtagagcacacaacaagagtatagc 16227082  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  16227081 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 16227019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 3805397 - 3805566
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatgg-------tatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaaga 307  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||       |||||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||||||||    
T  3805397 cttgaacttcttctaaggtgacagtgtcttctttgccatagagcatggtatatggtatccttgaaagattcaaaagatctcggtagaatacacaacaaga 3805496  T
Q  308 gtataactttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||| |||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  3805497 gtatagctttatcttaatcctcaagatgcacctcaatgttctccaagtcatcaagaattttgttgaactc 3805566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 20301144 - 20300982
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||| ||| || ||||| ||||||||| ||||||| |    
T  20301144 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattgaaaagatttcagtagaccacacaacaggagtatagc 20301045  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  20301044 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcttcaaggattttgttgaactc 20300982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 13127003 - 13127163
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || || |||||||||||| ||||||||||||| | ||  ||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||| |    
T  13127003 cttgaacttcttccaaggtaacagtaccttctttgccatagagcatggtatcttcgatagattcaaaatatctcggtagagcacacaaca--agtatagc 13127100  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  13127101 tttatcttcatcctcaagatgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttaaactc 13127163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 246 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 16456632 - 16456510
Alignment:
Q  246 tttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatg 345  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||| |||||||||  | ||||  ||||| |||||||    
T  16456632 tttgccatagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatcacggtaaagcacataacaagagtatatctttgtctttattctcatattgcaactcaatg 16456533  T
Q  346 ttctccaaatcatcaaggatttt 368  Q
    ||||||||||||| ||| |||||    
T  16456532 ttctccaaatcattaagtatttt 16456510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 238 - 377
Target Start/End: Original strand, 8348360 - 8348493
Alignment:
Q  238 gtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcctcaagttgca 337  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||      ||||| |||||||| ||||    
T  8348360 gtgccttatttgccatagagcatgatatctttgaacgattcaaaagatctcggtagagcacacaacaagagtata------tcttcatcctcaagatgca 8348453  T
Q  338 cctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||| | || ||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  8348454 cctcattattttccaagtcatcaaagattttgttgaactc 8348493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Original strand, 29003347 - 29003399
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  29003347 tcctcaagatgcacctcaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 29003399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 16429851 - 16429799
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16429851 tcctcaagatgcacctcaataatctccaaatcatcaagggttttgttgaactc 16429799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 329 - 377
Target Start/End: Original strand, 28997635 - 28997683
Alignment:
Q  329 caagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  28997635 caagatgcacctcaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 28997683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 304 - 376
Target Start/End: Original strand, 33094183 - 33094255
Alignment:
Q  304 aagagtataactttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaact 376  Q
    |||||||||| ||||||||| || ||||  | ||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33094183 aagagtataattttgtcttcatcttcaaaattcactttaatgttctccaaatcattaaggattttgttgaact 33094255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 329 - 377
Target Start/End: Original strand, 50078174 - 50078222
Alignment:
Q  329 caagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  50078174 caagatgcacctcaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 50078222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 335 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 6996477 - 6996435
Alignment:
Q  335 gcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  6996477 gcacctcaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 6996435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 336 - 377
Target Start/End: Original strand, 31424421 - 31424462
Alignment:
Q  336 cacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  31424421 cacctcaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 31424462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Original strand, 25250657 - 25250709
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||| |||| || |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25250657 tcctcaaggtgcagcttaatgttgtccaaatcatcaatgattttgttgaactc 25250709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 315 - 374
Target Start/End: Original strand, 45655022 - 45655081
Alignment:
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaa 374  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  45655022 tttgtcttcatcctcaagatgtacctcattgttcatcaaatcatctaggattttgttgaa 45655081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Original strand, 31736852 - 31736904
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||||  ||| || |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  31736852 tcctcaagacgcaacttaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 31736904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 115548 - 115386
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  115548 cttgaacttcttccaaggtgacagtgccttctttgccatagagcatggtatccttgaaggattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtatagc 115449  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
     |  ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  115448 ctgttcttcgttctaaagtttcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 115386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0140 (Bit Score: 99; Significance: 9e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0140
Description:

Target: scaffold0140; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 23139 - 22977
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  23139 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 23040  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  23039 tttatcctcgtcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 22977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 99; Significance: 9e-49; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 21519960 - 21520122
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21519960 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttctttgccatagagcatgatatctttgaatgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtataac 21520059  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21520060 tttatcctcatccttaagttgcaccttaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 21520122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 35217236 - 35217398
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  35217236 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 35217335  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  35217336 tttatcctcgtcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 35217398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 36560407 - 36560569
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  36560407 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 36560506  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  36560507 tttatcctcgtcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatctaggattttgttgaactc 36560569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 19503602 - 19503764
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || |||||||  |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  19503602 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttacttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtatagc 19503701  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19503702 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 19503764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 229 - 376
Target Start/End: Original strand, 42019126 - 42019273
Alignment:
Q  229 aaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcct 328  Q
    ||||||||  |||||||||||  | |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  42019126 aaggtgacaatgccttctttgaaatagagcatggtatccttgaagaattcaaatgatctcggtatagcatacaacaagagtataactttgtctttatcct 42019225  T
Q  329 caagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaact 376  Q
     ||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  42019226 taagatgcacctcaatgttctccaagtcatcatggattttgttgaact 42019273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 213 - 377
Target Start/End: Original strand, 28569687 - 28569853
Alignment:
Q  213 cacttgaacttcttttaaggtgacc--gtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagta 310  Q
    |||||||||||||| |||| ||||   ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28569687 cacttgaacttcttctaagttgacaatgtgccttctttgccatagagcatgatatccttgaaggatttaaaagatctcggtagagcacacaacaagagta 28569786  T
Q  311 taactttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||||||| |||  ||| ||  || ||||||||||||||||||||    
T  28569787 taactttatcttcatcctcaagatgcaccttaatagtcttcatgtcttcaaggattttgttgaactc 28569853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Original strand, 6263530 - 6263582
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||    
T  6263530 tcctcaagatgcacctcaatgttctccaaatcaccaactgttttgttgaactc 6263582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1899 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold1899
Description:

Target: scaffold1899; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 637 - 475
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| |  |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  637 cttgaacttcttccaaggtaatagtgccttccttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcggtagagcacacaacaagagtataac 538  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  537 tttatcctcatcctcaagtttcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025 (Bit Score: 91; Significance: 5e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0025
Description:

Target: scaffold0025; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 215 - 377
Target Start/End: Original strand, 72783 - 72945
Alignment:
Q  215 cttgaacttcttttaaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataac 314  Q
    ||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||||      
T  72783 cttgaacttcttccaaggtaacagtgccttctttgccatagagcatggtatctttgaacgattcaaaagatttcgatagagcacataacaagagtatagt 72882  T
Q  315 tttgtcttcgtcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  72883 tttatcctcatcctcaagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgttgaactc 72945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0219 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0219
Description:

Target: scaffold0219; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 229 - 377
Target Start/End: Original strand, 26653 - 26801
Alignment:
Q  229 aaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcct 328  Q
    |||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||    
T  26653 aaggtggcagtgccttctttaccatagagcatggtacccttgaaggattcaaatgatcacggtagagcacacaaaaagagtatagctttgccttcatcct 26752  T
Q  329 caagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  26753 caagatgcacatcaatgttctccaaatcatcaagaatttgtttgaactc 26801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0011 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0011
Description:

Target: scaffold0011; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 229 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 34549 - 34401
Alignment:
Q  229 aaggtgaccgtgccttctttgccacagagcatggtatccttgaatgattcaaatgatctcggtagagcacacaacaagagtataactttgtcttcgtcct 328  Q
    ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| |||| || || ||||    
T  34549 aaggtaacagtgccttctttgccatagagcatggtatctttgaacaattcaaaagattttggtagagcacacaacaagagtatagctttatcctcatcct 34450  T
Q  329 caagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  34449 caagttgcacctcaatattctccaagtcatcaaggattttgtttaactc 34401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1674 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: scaffold1674
Description:

Target: scaffold1674; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Original strand, 828 - 880
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||||  ||| || |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  828 tcctcaagacgcaacttaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 50921 - 50869
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||||  ||| || |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  50921 tcctcaagacgcaacttaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 50869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 325 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 80769 - 80717
Alignment:
Q  325 tcctcaagttgcacctcaatgttctccaaatcatcaaggattttgttgaactc 377  Q
    ||||||||  ||| || |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  80769 tcctcaagacgcaacttaatgttctccaaatcaccaatgattttgttgaactc 80717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University