View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4504_low_2 (Length: 239)

Name: NF4504_low_2
Description: NF4504
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4504_low_2
NF4504_low_2
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (51-237)||(7466485-7466669)
chr7 (51-237)||(22901154-22901351)
chr7 (51-231)||(47419540-47419729)
chr7 (48-239)||(27761395-27761595)
chr7 (48-237)||(27756846-27757044)
chr7 (51-238)||(35705633-35705830)
chr7 (18-152)||(733597-733729)
chr7 (93-239)||(7940083-7940242)
chr7 (93-237)||(7944636-7944793)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (18-238)||(43547722-43547952)
chr3 (17-237)||(9697586-9697817)
chr3 (51-237)||(9105275-9105470)
chr3 (51-237)||(11004365-11004560)
chr3 (50-239)||(21847107-21847307)
chr3 (50-239)||(21850197-21850397)
chr3 (18-155)||(43554660-43554797)
chr3 (158-239)||(43554290-43554371)
chr3 (146-239)||(54167410-54167503)
chr3 (93-238)||(54171924-54172082)
chr3 (146-237)||(39399190-39399279)
chr3 (93-126)||(54167344-54167377)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (18-230)||(43683603-43683813)
chr4 (17-239)||(50627870-50628089)
chr4 (17-237)||(27186142-27186375)
chr4 (51-239)||(8892582-8892780)
chr4 (51-238)||(31670089-31670286)
chr4 (51-237)||(10317025-10317220)
chr4 (51-238)||(53722006-53722202)
chr4 (51-209)||(35842797-35842942)
chr4 (93-237)||(3770842-3770999)
chr4 (93-239)||(44151556-44151715)
chr4 (93-237)||(44147023-44147180)
chr4 (174-239)||(31359149-31359213)
chr4 (174-237)||(41884925-41884987)
chr4 (174-238)||(49274606-49274669)
chr4 (174-237)||(31354678-31354740)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (51-239)||(17886810-17887002)
chr6 (50-238)||(27574699-27574885)
chr6 (51-237)||(17096236-17096431)
chr6 (51-237)||(17895685-17895881)
chr6 (35-237)||(14531733-14531945)
chr6 (50-239)||(27552071-27552269)
chr6 (52-239)||(8315466-8315663)
chr6 (52-237)||(8320005-8320199)
chr6 (51-237)||(17779914-17780110)
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (37-239)||(26336753-26336966)
chr5 (51-237)||(36632314-36632497)
chr5 (35-237)||(32485931-32486143)
chr5 (35-237)||(19502307-19502520)
chr5 (51-237)||(30695293-30695488)
chr5 (93-239)||(37682034-37682182)
chr5 (51-239)||(40367573-40367759)
chr5 (93-237)||(37658732-37658878)
chr5 (93-239)||(12023287-12023446)
chr5 (93-237)||(12018731-12018888)
chr5 (93-239)||(7099374-7099533)
chr5 (93-237)||(7103943-7104100)
chr5 (61-237)||(43384945-43385138)
chr5 (146-237)||(40371803-40371892)
chr5 (93-239)||(16798667-16798826)
chr5 (93-237)||(16794108-16794265)
chr5 (35-155)||(20830275-20830394)
chr5 (146-239)||(10277202-10277293)
chr5 (146-237)||(10274546-10274635)
chr5 (124-155)||(20808675-20808706)
chr5 (104-155)||(40371750-40371801)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (51-237)||(33071918-33072113)
chr8 (50-237)||(28644562-28644758)
chr8 (51-237)||(42234656-42234851)
chr8 (51-237)||(38757003-38757186)
chr8 (48-237)||(30410288-30410486)
chr8 (93-239)||(197684-197843)
chr8 (93-239)||(312521-312680)
chr8 (93-238)||(202202-202360)
chr8 (93-238)||(317039-317197)
chr8 (48-239)||(30405779-30405962)
chr8 (93-239)||(43807485-43807642)
chr8 (93-237)||(43812044-43812199)
chr8 (146-239)||(41949800-41949891)
chr8 (158-237)||(41945339-41945416)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (51-239)||(26316011-26316196)
chr1 (51-237)||(26311522-26311705)
chr1 (51-239)||(43591783-43591980)
chr1 (50-237)||(16588439-16588635)
chr1 (52-237)||(39793831-39794025)
chr1 (146-238)||(10504435-10504525)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (51-237)||(6463400-6463583)
chr2 (51-237)||(12999426-12999622)
chr2 (88-237)||(13270984-13271131)
chr2 (52-239)||(8055390-8055586)
chr2 (52-237)||(8050839-8051033)
chr2 (93-239)||(36675049-36675208)
chr2 (93-238)||(36670502-36670660)
chr2 (146-239)||(35950506-35950597)
chr2 (146-237)||(41093824-41093913)
[»] scaffold0440 (2 HSPs)
scaffold0440 (146-239)||(7504-7596)
scaffold0440 (93-239)||(2978-3137)
[»] scaffold0044 (2 HSPs)
scaffold0044 (93-239)||(44865-45024)
scaffold0044 (93-237)||(49445-49602)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (146-235)||(60214-60302)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 51 - 237
Target Start/End: Original strand, 7466485 - 7466669
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaaca 150  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7466485 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 7466584  T
Q  151 aacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    |||||  ||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7466585 aactt-gtaacaaact-aaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7466669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 51 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 22901351 - 22901154
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaaca 150  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  22901351 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 22901252  T
Q  151 a-----------acttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    |           |||||||||||||||||||  ||  ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22901251 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaactttaattaaaacaaactaaca 22901154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 51 - 231
Target Start/End: Original strand, 47419540 - 47419729
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctc----- 145  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||         
T  47419540 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaaacacaaacaatgtaacaaactctagatattatctgctaacctctaaga 47419639  T
Q  146 ------taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaa 231  Q
          ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47419640 aacttgtaacaaacttcataacaaact-aaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaa 47419729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 48 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 27761595 - 27761395
Alignment:
Q  48 ataaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctcta 147  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||    
T  27761595 ataaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctacaaacctcta 27761496  T
Q  148 acaa-----------acttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaac 236  Q
    ||||           ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27761495 acaaacttgtaacaaacttcataacaaact-aaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaac 27761398  T
Q  237 atc 239  Q
    |||    
T  27761397 atc 27761395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 48 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 27757044 - 27756846
Alignment:
Q  48 ataaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctcta 147  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||    
T  27757044 ataaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctacaaacctcta 27756945  T
Q  148 acaa-----------acttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaac 236  Q
    ||||           ||||||||||||||| |||||| |||| || ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27756944 acaaacttgtaacaaacttcataacaaact-aaaacagaatgcgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaac 27756847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 51 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 35705830 - 35705633
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaagga-ggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaac 149  Q
    ||||||||||||| | ||||||| || |||||||||| |||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35705830 aaaatatacaaagaaaggtagcttatatacaatgtctagctg-gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaac 35705732  T
Q  150 aaactt-----------cataa-caaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    ||||||           ||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35705731 aaacttgtaacaaactccataaacaaactaaaa-caaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 35705634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 152
Target Start/End: Original strand, 733597 - 733729
Alignment:
Q  18 tgaagaatatagttgtcgttattgattatgataaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaa 117  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||  | || ||| |||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  733597 tgaagaatatagttgta-ttattgatctt-atgaaagtatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgctcgaagcacaagcaatgtaa 733694  T
Q  118 caaactctagatcttatttgttaacctctaacaaa 152  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  733695 caaactctagatcttatttgctaacctctaacaaa 733729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 93 - 239
Target Start/End: Original strand, 7940083 - 7940242
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaac-----------aaacttcataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||           |||||||||||||||||||||  ||  |||    
T  7940083 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7940182  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    || ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7940183 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 7940242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 93 - 237
Target Start/End: Original strand, 7944636 - 7944793
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaac-----------aaacttcataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||           |||||||||||||||||||||  ||  |||    
T  7944636 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7944735  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    || ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7944736 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7944793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 142; Significance: 1e-74; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 43547952 - 43547722
Alignment:
Q  18 tgaagaatatagttgtcgttattgattatgataaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaa 117  Q
    ||||||||||| ||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43547952 tgaagaatata-ttgttattattgattctgatgaaaatatacaaaggagatagcttatatacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaa 43547854  T
Q  118 caaactctagatcttatttgttaacctctaacaa-----------acttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcact 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  43547853 caaactctagatcttatttgttaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtaattaatcactgattgtgattatcact 43547754  T
Q  207 aaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 238  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43547753 aaaactaaacttgaattaaaacaagctaacat 43547722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 17 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 9697817 - 9697586
Alignment:
Q  17 atgaagaatatagttgtcgttattgattatgataaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgta 116  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||||| | || ||||||||||||||||| |||| || |||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||     
T  9697817 atgaagaaaatagttgttattattgattctcatgaaaatatacaaaggaggcagcttatatacaatgtctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgtt 9697718  T
Q  117 acaaactctagatcttatttgttaacctctaacaaactt-----------cataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcac 205  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  9697717 acaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgattaatcactaattgtgattatcac 9697618  T
Q  206 taaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9697617 taaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 9697586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 51 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 9105470 - 9105275
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaaca 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9105470 aaaatatacaaaggaggtagctcatatacaatgtctagttaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaaca 9105371  T
Q  151 a-----------acttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    |           ||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9105370 aacttgtaacatacttcataacaaact-aaagcaaaatgtgattaatcattgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 9105275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 51 - 237
Target Start/End: Original strand, 11004365 - 11004560
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaaca 150  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11004365 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaggttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 11004464  T
Q  151 aa-----------cttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    ||           ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11004465 aacttgtaacaatcttcataacaagct-aaaacaaaatgtgattattcactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 11004560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 50 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 21847307 - 21847107
Alignment:
Q  50 aaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaac 149  Q
    |||||| |||||||||||||||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  21847307 aaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaac 21847208  T
Q  150 aa-----------acttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaatt-aaaacaaactaaca 237  Q
    ||           ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21847207 aaacttgtaacaaacttcataacaaact-aaaacaaactgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaaacaaactaaca 21847109  T
Q  238 tc 239  Q
    ||    
T  21847108 tc 21847107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 50 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 21850397 - 21850197
Alignment:
Q  50 aaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaac 149  Q
    |||||| |||||||||||||||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  21850397 aaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaac 21850298  T
Q  150 aa-----------acttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaatt-aaaacaaactaaca 237  Q
    ||           ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21850297 aaacttgtaacaaacttcataacaaact-aaaacaaactgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaaacaaactaaca 21850199  T
Q  238 tc 239  Q
    ||    
T  21850198 tc 21850197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 43554797 - 43554660
Alignment:
Q  18 tgaagaatatagttgtcgttattgattatgataaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaa 117  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||    
T  43554797 tgaagaatatagttgttattattgattatgataaaaatatacaaaagaggtagctcatatacaatgtcttactaagttgcttgaaacagaagcaatgtaa 43554698  T
Q  118 caaactctagatcttatttgttaacctctaacaaactt 155  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43554697 taaactctagatcttatttgttaacctctaacaaactt 43554660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 158 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 43554371 - 43554290
Alignment:
Q  158 taacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43554371 taacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 43554290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 146 - 239
Target Start/End: Original strand, 54167410 - 54167503
Alignment:
Q  146 taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||  ||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54167410 taacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 54167503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 93 - 238
Target Start/End: Original strand, 54171924 - 54172082
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaac-----------aaacttcataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||           |||||||||||||||||||||  ||  |||    
T  54171924 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 54172023  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 238  Q
    || ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54172024 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 54172082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 146 - 237
Target Start/End: Original strand, 39399190 - 39399279
Alignment:
Q  146 taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||  | |||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39399190 taacaaaattcataacaaactgaat-ctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 39399279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 93 - 126
Target Start/End: Original strand, 54167344 - 54167377
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactcta 126  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  54167344 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactcta 54167377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 141; Significance: 5e-74; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 230
Target Start/End: Original strand, 43683603 - 43683813
Alignment:
Q  18 tgaagaatatagttgtcgttattgattatgataaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaa 117  Q
    ||||||||||||||||  ||||| ||| | || ||||||||||||||| |||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43683603 tgaagaatatagttgttattattaattcttatgaaaatatacaaaggatgtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaa 43683702  T
Q  118 caaactctagatcttatttgttaacctctaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaact 217  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43683703 caaactctatatcttatttgctaacctctaacaaacttcataacaaact-aaaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaa-taaact 43683800  T
Q  218 tgaattaaaacaa 230  Q
    |||||||||||||    
T  43683801 tgaattaaaacaa 43683813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 239
Target Start/End: Original strand, 50627870 - 50628089
Alignment:
Q  17 atgaagaatatagttgtcgttattgattatgataaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgta 116  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  50627870 atgaagaaaatagttgttattattgattctgatgaaaatatataaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagtacaagcaatgta 50627969  T
Q  117 acaaactctagatcttatttgttaacctctaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaac 216  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  50627970 acaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaactt-gtaacaaactaaaaa-aaaaagtgattaatcactgattgtgatta-cactaaaactaatc 50628066  T
Q  217 ttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  50628067 ttgaattaaaacaaactaacatc 50628089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 27186375 - 27186142
Alignment:
Q  17 atgaagaatatagttgtcgttattgattatgataaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgta 116  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||||| | || ||||||||||||||||| |||| || |||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||     
T  27186375 atgaagaaaatagttgttattattgattctcatgaaaatatacaaaggaggcagcttatatacaatgtctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgtt 27186276  T
Q  117 acaaactctagatcttatttgttaacctctaacaa-----------acttcataac-aaact-aaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatc 203  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||           |||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  27186275 acaaactctagatcttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaaactaaaaaacaaaatgtgattaatcactaattgtgattatc 27186176  T
Q  204 actaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27186175 actaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 27186142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 51 - 239
Target Start/End: Original strand, 8892582 - 8892780
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaaca 150  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||| | ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||    
T  8892582 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcgatgtaacaaactctatatcttatttgctaatctctaaca 8892681  T
Q  151 aa-----------cttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    ||           |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8892682 aatttgtaacaaacttcataacaaactaaaa-caaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 8892780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 51 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 31670286 - 31670089
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaaca 150  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  31670286 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcagaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 31670187  T
Q  151 a-----------acttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 238  Q
    |           ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31670186 aacttgtaacaaacttcataacaaact-aaaacaaactgtgattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 31670089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 51 - 237
Target Start/End: Original strand, 10317025 - 10317220
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctc----- 145  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||         
T  10317025 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 10317124  T
Q  146 ------taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
          ||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10317125 aacttgtaacaaacttcataacaaact-acaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattataact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 10317220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 51 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 53722202 - 53722006
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaaca 150  Q
    ||||| |||||||||||||||| || |||||| | | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  53722202 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatatagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctagcctctaaca 53722103  T
Q  151 aactt-----------cataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 238  Q
    |||||           ||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53722102 aacttgtaacaaacttcataacaaactaaaa-caaaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 53722006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 51 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 35842942 - 35842797
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaaca 150  Q
    |||||||||||||||||||| | || ||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35842942 aaaatatacaaaggaggtagtttatatacaatgtctaactaagttgcttgaagcacaagcattgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 35842843  T
Q  151 aacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaa 209  Q
     |||             |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35842842 tact-------------aaaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcactaaa 35842797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 93 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 3770999 - 3770842
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaacaaactt-----------cataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||||||||           |||||||||||||||  ||  |||    
T  3770999 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 3770900  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3770899 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 3770842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 93 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 44151715 - 44151556
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaacaaactt-----------cataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||||||||           |||||||||||||||  ||  |||    
T  44151715 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44151616  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    || ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44151615 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 44151556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 93 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 44147180 - 44147023
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaacaaactt-----------cataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||||||||           |||||||||||||||  ||  |||    
T  44147180 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44147081  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    || ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44147080 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 44147023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 174 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 31359213 - 31359149
Alignment:
Q  174 aaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    |||||||| ||| |||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31359213 aaatgtgattaaccactaattgtgattatcattaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaacatc 31359149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 174 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 41884987 - 41884925
Alignment:
Q  174 aaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    |||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  41884987 aaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaaccaaca 41884925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 174 - 238
Target Start/End: Original strand, 49274606 - 49274669
Alignment:
Q  174 aaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 238  Q
    |||||||| ||| |||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  49274606 aaatgtgattaaccactaattatgatcatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaacat 49274669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 174 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 31354740 - 31354678
Alignment:
Q  174 aaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    |||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  31354740 aaatgtgattaaccactaattgtaattatcactaaa-ctaaacttaaattaaaacaaactaaca 31354678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 51 - 239
Target Start/End: Original strand, 17886810 - 17887002
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaaca 150  Q
    |||| ||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17886810 aaaaaatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagctgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 17886909  T
Q  151 aacttca-----taacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    ||||| |     ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17886910 aactttactttataacaaactaaaa-caaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 17887002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 50 - 238
Target Start/End: Original strand, 27574699 - 27574885
Alignment:
Q  50 aaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaac 149  Q
    |||||| | |||||||||||||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||    
T  27574699 aaaaatgttcaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactttagatcttatctgctaacctctaac 27574798  T
Q  150 aaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 238  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27574799 aaacttcataacaaact-aaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 27574885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 51 - 237
Target Start/End: Original strand, 17096236 - 17096431
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctc----- 145  Q
    ||||| |||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| || |||||||         
T  17096236 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactatagatcttatctgctaacctctaaca 17096335  T
Q  146 ------taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
          ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17096336 aacttgtaacaaacttcataacaaact-aaaacaaaatgtgattaatcactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 17096431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 51 - 237
Target Start/End: Original strand, 17895685 - 17895881
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctc----- 145  Q
    |||| ||||||||||||||||| || ||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||         
T  17895685 aaaaaatacaaaggaggtagcttatatacaatgcctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaattctagatcttatttgctaacctctaaca 17895784  T
Q  146 ------taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
          |||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17895785 aacttgtaacaaacttcagaacaaact-aaaataaaatgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 17895881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 35 - 237
Target Start/End: Original strand, 14531733 - 14531945
Alignment:
Q  35 gttattgattatgataaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttat 134  Q
    |||||||||| | || |||||||||||||| |||||   || |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14531733 gttattgattctaatgaaaatatacaaaggtggtagagtatatacaatgtctagctaagttgcttcaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttat 14531832  T
Q  135 ttgttaacctc-----------taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaatt 223  Q
    ||| |||||||           |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14531833 ttgctaacctctaacaaacctgtaacaaacttcataacgaact-aaaacaaaatgtgattaatcattgattgtgattataactaaaactaaacttgaatt 14531931  T
Q  224 aaaacaaactaaca 237  Q
    ||||||||||||||    
T  14531932 aaaacaaactaaca 14531945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 50 - 239
Target Start/End: Original strand, 27552071 - 27552269
Alignment:
Q  50 aaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaac------- 142  Q
    |||||| |||||||||||||||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||           
T  27552071 aaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacgtttaac 27552170  T
Q  143 ----ctctaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 238  Q
        || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27552171 aaacctgtaacaaacttcataacaaactaaaa-caaaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 27552268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Original strand, 8315466 - 8315663
Alignment:
Q  52 aaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctc------ 145  Q
    |||| |||||||||||||||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |||||||          
T  8315466 aaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaa 8315565  T
Q  146 -----taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
         |||||||||||||||||||||||||  ||  ||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8315566 acttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 8315663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 52 - 237
Target Start/End: Original strand, 8320005 - 8320199
Alignment:
Q  52 aaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctc------ 145  Q
    |||| |||||||||||||||| || |||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |||||||          
T  8320005 aaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagtttcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaa 8320104  T
Q  146 -----taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
         ||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8320105 acttgtaacaaacttcataacaaact-aaaacatattgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 8320199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 51 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 17780110 - 17779914
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaaca 150  Q
    ||||| |||||||||| ||||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |  || |||||||||    
T  17780110 aaaatgtacaaaggagatagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaaatcttatctactagcctctaaca 17780011  T
Q  151 aactt-----------cataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaatt-aaaacaaactaaca 237  Q
    |||||           ||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17780010 aacttttaacaaacttcataacaaactaaaa-caaaatgtgattaatctctgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattcaaaacaaactaaca 17779914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 37 - 239
Target Start/End: Original strand, 26336753 - 26336966
Alignment:
Q  37 tattgattatgataaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttattt 136  Q
    |||||||| | || |||||||||||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26336753 tattgattctaatgaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttattt 26336852  T
Q  137 gttaacctc-----------taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaa 225  Q
    | |||||||           |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26336853 gctaacctctaacaaacatgtaacaaacatcataacaaactaaaaacaaaatgtgattaatcaccgattgtgattatcactaaaattaaacttgaattaa 26336952  T
Q  226 aacaaactaacatc 239  Q
    ||||||||||||||    
T  26336953 aacaaactaacatc 26336966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 51 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 36632497 - 36632314
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaaca 150  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36632497 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 36632398  T
Q  151 aacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    |||||  ||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36632397 aactt-gtaacaaact-aaaacaaagtgtgattattcactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 36632314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 35 - 237
Target Start/End: Original strand, 32485931 - 32486143
Alignment:
Q  35 gttattgattatgataaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttat 134  Q
    |||||||||| | || |||||||| ||||||||||||| || |||||||||| ||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32485931 gttattgattttaatgaaaatatataaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaaggaggttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttat 32486030  T
Q  135 ttgttaacctctaacaaactt-----------cataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaatt 223  Q
    ||| |||||||||||||||||           ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32486031 ttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaa-caaaatgtgattaatcattgattgtgattatcactaaaactaaacttgaatt 32486129  T
Q  224 aaaacaaactaaca 237  Q
    ||||||||||||||    
T  32486130 aaaacaaactaaca 32486143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 35 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 19502520 - 19502307
Alignment:
Q  35 gttattgattatgataaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttat 134  Q
    |||||||||| | || |||||||| ||||||||||||| || |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19502520 gttattgattcttatgaaaatatataaaggaggtagcttatatacaatgtttagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctatatcttat 19502421  T
Q  135 ttgttaacctctaacaa-----------acttcataacaaactaaaaacaaaatgtga-ctaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaat 222  Q
    ||  |||||||||||||           ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  19502420 tttctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaact-aaaacaaaatgtgatttaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttaaat 19502322  T
Q  223 taaaacaaactaaca 237  Q
    |||||||||||||||    
T  19502321 taaaacaaactaaca 19502307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 51 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 30695488 - 30695293
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaaca 150  Q
    ||||| |||||||||||||||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  30695488 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatatactaacctctaaca 30695389  T
Q  151 a-----------acttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    |           ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30695388 aacttgtaacaaacttcataacaaact-aaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 30695293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 93 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 37682182 - 37682034
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcact 190  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||| ||| ||||    
T  37682182 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgtgattaaccact 37682083  T
Q  191 gattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37682082 gattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 37682034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 51 - 239
Target Start/End: Original strand, 40367573 - 40367759
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagtt-gcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaac 149  Q
    ||||| |||||||||||||||| || |||||| |||  | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  || ||||||||    
T  40367573 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctaaccaagtttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactagcctctaac 40367672  T
Q  150 aaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    ||||||  ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40367673 aaactt-gtaacaaact-aaaacaaaatgtgattaatctctgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 40367759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 93 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 37658878 - 37658732
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcact 190  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||  ||||| ||| ||||    
T  37658878 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttcataacaagctaaaacaaacttgtgattaaccact 37658779  T
Q  191 gattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37658778 gattatgattatgactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 37658732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 93 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 12023446 - 12023287
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaacaaactt-----------cataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||||||||           |||||||||||||||  ||  |||    
T  12023446 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 12023347  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12023346 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 12023287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 93 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 12018888 - 12018731
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaacaaactt-----------cataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||||||||           |||||||||||||||  ||  |||    
T  12018888 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 12018789  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12018788 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 12018731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 93 - 239
Target Start/End: Original strand, 7099374 - 7099533
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaac-----------aaacttcataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||           |||||||||||||||||||||  ||  |||    
T  7099374 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7099473  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    || ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7099474 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 7099533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 93 - 237
Target Start/End: Original strand, 7103943 - 7104100
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaac-----------aaacttcataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||           |||||||||||||||||||||  ||  |||    
T  7103943 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 7104042  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    || ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7104043 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 7104100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 61 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 43385138 - 43384945
Alignment:
Q  61 aaggaggtagctc-atgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaacaa-------- 151  Q
    ||||||||||||  || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||||            
T  43385138 aaggaggtagctttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaaccctagattttatttgctaacttctaacaaacttgtaa 43385039  T
Q  152 ---acttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcacta----aaactaaacttgaatt--aaaacaaactaaca 237  Q
       ||||||||||||||||||| | |||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||    ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  43385038 caaacttcataacaaactaaaagc-aaatgtgattaaccactaattatgattatcactaaactaaactaaacttgaattaaaaaacaaactaaca 43384945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 146 - 237
Target Start/End: Original strand, 40371803 - 40371892
Alignment:
Q  146 taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40371803 taacaatcttcataacaaactaaaa-caaaatgtgattaatctctgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 40371892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 93 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 16798826 - 16798667
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaacaaactt-----------cataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||||||||           |||||||||||||||  ||  |||    
T  16798826 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 16798727  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    || ||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16798726 gattaaccacttattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 16798667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 93 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 16794265 - 16794108
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaacaaactt-----------cataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||||||||           |||||||||||||||  ||  |||    
T  16794265 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 16794166  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    || ||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16794165 gattaaccacttattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 16794108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 35 - 155
Target Start/End: Original strand, 20830275 - 20830394
Alignment:
Q  35 gttattgattatgataaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttat 134  Q
    |||||||||  |||| |||||||| || | |||||||| || |||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||    
T  20830275 gttattgatactgatgaaaatatataa-gtaggtagcttatatacaatgtctagttaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaacacttgatcttat 20830373  T
Q  135 ttgttaacctctaacaaactt 155  Q
    ||| ||| |||||||||||||    
T  20830374 ttgctaatctctaacaaactt 20830394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 146 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 10277293 - 10277202
Alignment:
Q  146 taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||  | |||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10277293 taacaaaattcataacaaactgaat-ctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaacatc 10277202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 146 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 10274635 - 10274546
Alignment:
Q  146 taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||  | |||||||| ||| || | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10274635 taacaaaattcataacaaactgaat-ctaaatgtgattaaccattaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 10274546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 124 - 155
Target Start/End: Original strand, 20808675 - 20808706
Alignment:
Q  124 ctagatcttatttgttaacctctaacaaactt 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20808675 ctagatcttatttgttaacctctaacaaactt 20808706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 104 - 155
Target Start/End: Original strand, 40371750 - 40371801
Alignment:
Q  104 cacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaacaaactt 155  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |  || ||||||||||||||    
T  40371750 cacaaacaatgtaataaactctagatcttatctactagcctctaacaaactt 40371801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 112; Significance: 9e-57; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 51 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 33072113 - 33071918
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctc----- 145  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||         
T  33072113 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctccaaca 33072014  T
Q  146 ------taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
          ||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33072013 aacttgtaacaaacttcataacaaact-aaaagaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 33071918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 50 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 28644758 - 28644562
Alignment:
Q  50 aaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaac 149  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  28644758 aaaaatatacaaaggaggtagcttatatacactgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaac 28644659  T
Q  150 aa-----------acttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    ||           ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28644658 aaacttgtaacaaacttcataacaaact-aaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 28644562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 51 - 237
Target Start/End: Original strand, 42234656 - 42234851
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctc----- 145  Q
    ||||||||||||| |||||| | || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||         
T  42234656 aaaatatacaaagaaggtagtttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatttgctaacctctaaca 42234755  T
Q  146 ------taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
          ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42234756 aacttgtaacaaacttcataacaaact-aaaacaaagtgtgattaatcactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 42234851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 51 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 38757186 - 38757003
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaaca 150  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||| ||| |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  38757186 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatatctggctaggttgcttgaatcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 38757087  T
Q  151 aacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    |||||  ||||||||| |||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38757086 aactt-gtaacaaact-aaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 38757003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 48 - 237
Target Start/End: Original strand, 30410288 - 30410486
Alignment:
Q  48 ataaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctc-- 145  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || |||||| ||| |||| ||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| |  |||||||      
T  30410288 ataaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaaatctagatcttatctactaacctcta 30410387  T
Q  146 ---------taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaac 236  Q
             ||||||||||||||||||| | |||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30410388 acaaacttgtaacaaacttcataacaaa-ttaaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaac 30410485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 93 - 239
Target Start/End: Original strand, 197684 - 197843
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaac-----------aaacttcataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||           |||||||||||||||||||||  ||  |||    
T  197684 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 197783  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  197784 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 197843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 93 - 239
Target Start/End: Original strand, 312521 - 312680
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaac-----------aaacttcataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||           |||||||||||||||||||||  ||  |||    
T  312521 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 312620  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  312621 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 312680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 93 - 238
Target Start/End: Original strand, 202202 - 202360
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaac-----------aaacttcataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||           |||||||||||||||||||||  ||  |||    
T  202202 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 202301  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 238  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202302 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 202360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 93 - 238
Target Start/End: Original strand, 317039 - 317197
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaac-----------aaacttcataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||           |||||||||||||||||||||  ||  |||    
T  317039 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 317138  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 238  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  317139 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 317197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 48 - 239
Target Start/End: Original strand, 30405779 - 30405962
Alignment:
Q  48 ataaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctcta 147  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || |||||| ||| |||| ||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| |  |||||||||    
T  30405779 ataaaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagtacaagcaatgtaacaaattctagatcttatctactaacctcta 30405878  T
Q  148 acaaacttcataacaaac-taaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    ||||||||  |||||||| | | |||||      |||||  || || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30405879 acaaactt-gtaacaaacttcataacaa------actaa-aacagaatgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 30405962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 93 - 239
Target Start/End: Original strand, 43807485 - 43807642
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaacaaactt-----------cataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||||||||           ||||||||||||||| || |||||    
T  43807485 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaa-cagaatgt 43807583  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    || ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43807584 gattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaagctaacatc 43807642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 93 - 237
Target Start/End: Original strand, 43812044 - 43812199
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaacaaactt-----------cataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||||||||           ||||||||||||||| || |||||    
T  43812044 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaa-cagaatgt 43812142  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    || ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43812143 gattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaagctaaca 43812199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 146 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 41949891 - 41949800
Alignment:
Q  146 taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    |||||||||||| |||||||||||| || | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  41949891 taacaaacttcaaaacaaactaaaa-cagagtgtgattaatcactgattgtgattatcact-aaactaagcttgaattaaaagaaactaacatc 41949800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 158 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 41945416 - 41945339
Alignment:
Q  158 taacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41945416 taacaaactaaaa-caaagtgtgattaatcattgattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 41945339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 109; Significance: 6e-55; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 51 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 26316196 - 26316011
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaaca 150  Q
    ||||||||||||||| |||||| || |||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  26316196 aaaatatacaaaggaagtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 26316097  T
Q  151 aacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    |||||  ||||||||| |||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26316096 aactt-gtaacaaact-aaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 26316011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 51 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 26311705 - 26311522
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaaca 150  Q
    ||||||||||||||| |||||| || |||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  26311705 aaaatatacaaaggaagtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 26311606  T
Q  151 aacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    |||||  ||||||||| |||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26311605 aactt-gtaacaaact-aaaacagaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 26311522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 51 - 239
Target Start/End: Original strand, 43591783 - 43591980
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctc----- 145  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||         
T  43591783 aaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagccaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagattttatttgctaacctctaaca 43591882  T
Q  146 ------taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
          ||||||||||||||||||||| |||| ||| || || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43591883 atattgtaacaaacttcataacaaact-aaaataaagtgcgattaatcactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 43591980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 50 - 237
Target Start/End: Original strand, 16588439 - 16588635
Alignment:
Q  50 aaaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctc---- 145  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||        
T  16588439 aaaaatatacaaaggaggtagcttatatacaatgtctagctaagttgcttaaaacacaagcaatgtaacaaactctagatcttatatgataacctctaac 16588538  T
Q  146 -------taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
           ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16588539 aaacttgtaacaaacttcataacaaact-aaaacaaaatgtgattaaccacttattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 16588635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 52 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 39794025 - 39793831
Alignment:
Q  52 aaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaacaa 151  Q
    |||| |||||||||||||||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  39794025 aaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaa 39793926  T
Q  152 -----------acttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
               ||||||||||||||| |||||| |||| || ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39793925 acttgtaacaaacttcataacaaact-aaaacagaatgagattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 39793831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 146 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 10504525 - 10504435
Alignment:
Q  146 taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 238  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||  | |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10504525 taacaaaattcataacaaactgaat-ctaaatgtgattaatcactaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaacat 10504435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 107; Significance: 9e-54; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 51 - 237
Target Start/End: Original strand, 6463400 - 6463583
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaaca 150  Q
    ||||| |||||||||||||||| || |||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  6463400 aaaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaaataatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaaca 6463499  T
Q  151 aacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    |||||  ||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6463500 aactt-gtaacaaact-aaaacaaaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaagacaaactaaca 6463583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 51 - 237
Target Start/End: Original strand, 12999426 - 12999622
Alignment:
Q  51 aaaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctc----- 145  Q
    |||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| || |||||||         
T  12999426 aaaatatacaaaggagatagcttatatacaatgtctagctaagttgcttgaagcacaagtaatgtaacaaactctagatcttatctgctaacctctaaca 12999525  T
Q  146 ------taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
          ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12999526 aacttgtaacaaacttcataacaaact-aaaacaaaatgtgattaaccactgattgttattatcactaaaactaaacttaaattaaaacaaactaaca 12999622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 88 - 237
Target Start/End: Original strand, 13270984 - 13271131
Alignment:
Q  88 gctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatc 187  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||| ||| | |||||    
T  13270984 gctaagttgcttgaagcaaaaacaatgtaacaaactttagatcttatttactaacctctaacaaactt-ataacaaactaaaat-aaagtgtaattaatc 13271081  T
Q  188 actgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13271082 actgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 13271131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 52 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 8055586 - 8055390
Alignment:
Q  52 aaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaacaa 151  Q
    |||| |||||||||||||||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  8055586 aaatgtacaaaggaggtagcttatatacaatatctagctaagttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaa 8055487  T
Q  152 -----------acttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
               ||||||||||||||| |||| | ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8055486 acttgcaacaaacttcataacaaact-aaaatagaatgtgattaaccactgattgtgattatcact-aaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 8055390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 52 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 8051033 - 8050839
Alignment:
Q  52 aaatatacaaaggaggtagctcatgtacaatgtcttgctaagttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctagatcttatttgttaacctctaacaa 151  Q
    |||| ||||||||||| |||| || |||||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  8051033 aaatgtacaaaggaggcagcttatatacaatatctagctaggttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctagatcttatctactaacctctaacaa 8050934  T
Q  152 actt-----------cataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    ||||           |||||||||||||||  | ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8050933 acttgtaacaaacttcataacaaactaaaat-agaatgtgattaaccactgattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaaca 8050839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 93 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 36675208 - 36675049
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaacaaactt-----------cataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||||||||           |||||||||||||||  ||  |||    
T  36675208 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 36675109  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    || ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36675108 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 36675049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 93 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 36670660 - 36670502
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaacaaactt-----------cataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||||||||           |||||||||||||||  ||  |||    
T  36670660 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 36670561  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 238  Q
    || ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36670560 gattaaccactgattgtgattatcactgaaactaaacttgaattaaaacaaactaacat 36670502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 146 - 239
Target Start/End: Original strand, 35950506 - 35950597
Alignment:
Q  146 taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||  | |||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35950506 taacaaaattcataacaaactgaac-ctaaatgtgattaaccactaattgtgattatcactaaa-ctaaacttgaattaaaacaaactaacatc 35950597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 146 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 41093913 - 41093824
Alignment:
Q  146 taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||  | |||| ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  41093913 taacaaaattcataacaaactgaat-ctaaatatgattaatcactaattgtgattatcact-aaactaaatttgaattaaaacaaaccaaca 41093824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 2)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 146 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 7596 - 7504
Alignment:
Q  146 taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7596 taacaaacttcataacaaactaaaa-caaattgtgattaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 7504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 93 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 3137 - 2978
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaacaaactt-----------cataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||||||||           |||||||||||||||  ||  |||    
T  3137 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 3038  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3037 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 2978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044 (Bit Score: 71; Significance: 3e-32; HSPs: 2)
Name: scaffold0044
Description:

Target: scaffold0044; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 93 - 239
Target Start/End: Original strand, 44865 - 45024
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaac-----------aaacttcataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||           |||||||||||||||||||||  ||  |||    
T  44865 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 44964  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 239  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44965 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaacatc 45024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0044; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 93 - 237
Target Start/End: Original strand, 49445 - 49602
Alignment:
Q  93 gttgcttgaagcacaaacaatgtaacaaactctag--atcttatttgttaacctctaac-----------aaacttcataacaaactaaaaacaaaatgt 179  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||| |||||||||||           |||||||||||||||||||||  ||  |||    
T  49445 gttgcttgaagcacaagcaatgtaacaaactctaacaaccttatttgctaacctctaacaaacttgtaacaaacttcataacaaactaaaacaaacttgt 49544  T
Q  180 gactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 237  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49545 gattaaccactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaaca 49602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 146 - 235
Target Start/End: Original strand, 60214 - 60302
Alignment:
Q  146 taacaaacttcataacaaactaaaaacaaaatgtgactaatcactgattgtgattatcactaaaactaaacttgaattaaaacaaactaa 235  Q
    ||||||| || |||||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||||||  |  ||| | ||||||||||||||||||||||    
T  60214 taacaaaatttataacaaactaaaaattaaatgtgattaatcactaattgtgattatatcacaaagt-aacttgaattaaaacaaactaa 60302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University