View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4507-Insertion-3 (Length: 553)

Name: NF4507-Insertion-3
Description: NF4507
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4507-Insertion-3
NF4507-Insertion-3
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (7-553)||(38320298-38320844)
chr8 (7-507)||(38305518-38306018)
chr8 (7-430)||(38312910-38313340)
chr8 (17-431)||(38316322-38316739)
chr8 (11-429)||(38325169-38325590)
chr8 (7-376)||(38299730-38300099)
chr8 (17-373)||(38308385-38308736)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-431)||(38850606-38851023)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 510; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 510; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 38320844 - 38320298
Alignment:
Q  7 acaatgcccgtgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgtcattatcagatgaatca 106  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38320844 acaatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaacccattttgcaaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgtcattctcagatgaatca 38320745  T
Q  107 tctaaagtgagagagaagatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtgggatcaacagtacaga 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38320744 tctaaagtgagagagaagatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtgggatcaacagtacaga 38320645  T
Q  207 aggtgagaaccttactctttaatttccaattcgcgtcagcaaaatgagcggtcaaacaaatataagtctcggtagtgcatgattcccacagatcaacagt 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38320644 aggtgagaaccttactctttaatttccaattcgcgtcagcaaaatgagcggtcaaacaaatataagtctcggtagtgcatgattcccacagatcaacagt 38320545  T
Q  307 taaagatatcctattaggaatggtagccaattcctgtttaagcttgagtttcgctttcgtgtacaaatccgagacataagccttaataacatttatagga 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38320544 taaagatatcctattaggaatggtagccaaatcctgtttaagcttgagtttcgctttcgtgtacaaatccgagacataagccttaataacatttatagga 38320445  T
Q  407 ggcataacagcatttggatttaagaccttcatgaagttactcataccctcgcgctcnnnnnnntcaaagggaaaatcatttgaaaggatcatagaagcac 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38320444 ggcataacagcatttggatttaagaccttcatgaagttactcataccctcgcgctcaaaaaaatcaaagggaaaatcatttgaaaggatcatagaagcac 38320345  T
Q  507 accttttaaccaaccataattgatctatctcgccaatagattccaca 553  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38320344 accttttaactaaccataattgatctatctcgccaatagattccaca 38320298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 7 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 38306018 - 38305518
Alignment:
Q  7 acaatgcccgtgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgtcattatcagatgaatca 106  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||  |  | | |||| ||     
T  38306018 acaatgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttccaaaccaagatgagatttcaactgttcttgcaaaatgttgtccttaaatgagtcc 38305919  T
Q  107 tctaaagtgagagagaagatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtgggatcaacagtacaga 206  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||   ||||  |||||    
T  38305918 tctaaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcggctacagtgggtaaaacaacacaga 38305819  T
Q  207 aggtgagaaccttactctttaatttccaattcgcgtcagcaaaatgagcggtcaaacaaatataagtctcggtagtgcatgattcccacagatcaacagt 306  Q
    || ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||| | ||||   |||||||||| ||||| |||    
T  38305818 agttgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgcgcagtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacaaatcaaaagt 38305719  T
Q  307 taaagatatcctattaggaatggtagccaattcctgtttaagcttgagtttcgctttcgtgtacaaatccgagacataagccttaataacatttatagga 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||| ||||||||||||| |||||||| || ||||    
T  38305718 taaagatatcctattaggaatggtagccaattcttgtttaagcttcagtttctctttcatgtataaatcagagacataagcctcaataacatctacagga 38305619  T
Q  407 ggcataacagcatttggatttaagaccttcatgaagttactcataccctcgcgctcnnnnnnntcaaagggaaaatcatttgaaaggatcatagaagcac 506  Q
    |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38305618 ggcaaaacaatatttggatttaagaccttcatgaagttcctcatcccctcgcgctcaaaaaactcaaagggaaaatcatttgaaaggatcatagaagcac 38305519  T
Q  507 a 507  Q
    |    
T  38305518 a 38305518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 7 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 38313340 - 38312910
Alignment:
Q  7 acaatgcccgtgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgtcattatcagatgaatca 106  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38313340 acaatgcacatgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaacaaagttgattttttaattgttcttgcaaaatgtcattctcagatgaatca 38313241  T
Q  107 tctaaagtgagagagaagatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtggga---tcaacagtac 203  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||  ||    
T  38313240 tctaaagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtaggagggtaaacaagac 38313141  T
Q  204 agaaggtgagaaccttactctttaatttccaattcgcgtcagcaaaatgagcggtcaaacaaatataagtctcggtagtgcatgattcccacagatcaac 303  Q
    ||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||    |||||||||| |||||     
T  38313140 agaagttgagaactttactatttaacttccaattcgcatcaacgaaatgagcagtcaaacaaatataagtctcagtagtattagattcccacaaatcaaa 38313041  T
Q  304 agttaaagatatcc----tattaggaatggtagccaattcctgtttaagcttgagtttcgctttcgtgtacaaatccgagacataagccttaataacatt 399  Q
    ||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||    
T  38313040 agttaaagatatcctatttattaggaatggtagccaattcttgcttaagcttgagtttctgattcgtgtacaaatcggagacataagcctcaagaacatt 38312941  T
Q  400 tataggaggcataacagcatttggatttaag 430  Q
    |  ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38312940 tgaaggaggcataacaacatttggatttaag 38312910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 17 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 38316739 - 38316322
Alignment:
Q  17 tgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgtcattatcagatgaatcatctaaagtga 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||| ||| ||  | ||| ||| ||||||||||||||||||    
T  38316739 tgaaagaactctccatcacataacaacccatttcgcaaacaaagttgatttttcaattgttctagcataacattattctcaaatgaatcatctaaagtga 38316640  T
Q  117 gagagaagatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtggga---tcaacagtacagaaggtgag 213  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || |||| |||||||||  | ||||| ||| || | |||   | ||||  ||  ||| ||||    
T  38316639 gagagaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaattcaatcattctctccgaaatctccgctgcaataggagggtaaacaagacgaaagttgag 38316540  T
Q  214 aaccttactctttaatttccaattcgcgtcagcaaaatgagcggtcaaacaaatataagtctcggtagtgcatgattcccacagatcaacagttaaagat 313  Q
    ||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| || |||   |||||||||| ||||| ||||||||||    
T  38316539 aaccttactattcaacttccaattcgcgtcaacaaaatgagctgtcaaacaaatataagtctcagtggtgttagattcccacaaatcaaaagttaaagat 38316440  T
Q  314 atcctattaggaatggtagccaattcctgtttaagcttgagtttcgctttcgtgtacaaatccgagacataagccttaataacatttataggaggcataa 413  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||| | ||||| ||||    
T  38316439 atcctattaggaatgctagccaattcttgtttaagctttagtttctctttcgtgtacaaatgcgaaacataagcctcaataacatttgtcggaggtataa 38316340  T
Q  414 cagcatttggatttaaga 431  Q
    ||||||||||||||||||    
T  38316339 cagcatttggatttaaga 38316322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 11 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 38325590 - 38325169
Alignment:
Q  11 tgcccgtgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgtcattatcagatgaatcatcta 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| | ||  | ||| ||   |||||||||||    
T  38325590 tgcccgtgaaagaactctccatcacacaacaacccattttgcaaaccaagatgagatttcaattgttcttgtagaacattattctcgactgaatcatcta 38325491  T
Q  111 aagtgagagagaagatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtg---ggatcaacagtacagaa 207  Q
    |||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| || |||| |||||| |||||||||||| | ||||||   || |  ||| |||||||    
T  38325490 aagtaagagaaaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaattcaatcattctttcacacatctcaccaccagtgtcagggtagacactacagaa 38325391  T
Q  208 ggtgagaaccttactctttaatttccaattcgcgtcagcaaaatgagcggtcaaacaaatataagtctcggtagtgcatgattcccacagatcaacagtt 307  Q
      ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| |   |||||||| |||||||||| ||||| ||||    
T  38325390 attgagaaccttactatttaccttccaattcgcgtcaacaaaatgagcggtcagacaaatgtaaggcatagtagtgcaagattcccacaaatcaaaagtt 38325291  T
Q  308 aaagatatcctattaggaatggtagccaattcctgtttaagcttgagtttcgctttcgtgtacaaatccgagacataagccttaataacatttataggag 407  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||   |||| ||||| |||||||||  | ||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  38325290 aaagataccctattaggaatggtagccaattgttgtttaagcttagatttctctttcatgtacaaatgagtgacataagcctcaataacatttgtaggag 38325191  T
Q  408 gcataacagcatttggatttaa 429  Q
    | |||||||||||| |||||||    
T  38325190 gtataacagcatttcgatttaa 38325169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 7 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 38300099 - 38299730
Alignment:
Q  7 acaatgcccgtgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgtcattatcagatgaatca 106  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||  |||  |||||||||||| | ||| | | |||||||     
T  38300099 acaatgcccgtgaaagaactccccgtcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatct 38300000  T
Q  107 tctaaagtgagagagaagatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtgggatcaacagtacaga 206  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||   ||||  |||||    
T  38299999 tctaaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggtaaaacaagacaga 38299900  T
Q  207 aggtgagaaccttactctttaatttccaattcgcgtcagcaaaatgagcggtcaaacaaatataagtctcggtagtgcatgattcccacagatcaacagt 306  Q
    |  | ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||   |||||||||||||||| |||    
T  38299899 aattaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgagcggtcaaacagatataagtctcagcagtgttagattcccacagatcaaaagt 38299800  T
Q  307 taaagatatcctattaggaatggtagccaattcctgtttaagcttgagtttcgctttcgtgtacaaatcc 376  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||  |  |||||||  ||||||||| |||  ||||||||||||    
T  38299799 taaagatatcctattaggaatagtagccagctgttgtttaatattgagtttctcttcagtgtacaaatcc 38299730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 17 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 38308736 - 38308385
Alignment:
Q  17 tgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgtcattatcagatgaatcatctaaagtga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||| ||  | ||| ||| |||||||||||||||| |    
T  38308736 tgaaagaactctccatcacataacaacccattttccaaaccaagttgagtcttcaattgttgttgcagaacattattctcaaatgaatcatctaaagtaa 38308637  T
Q  117 gagagaagatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtggga---tcaacagtacagaaggtgag 213  Q
      || || ||||||||||||| |||||||||        | |||||||||||||||||||| |  |||||||| |||     ||||  ||||||  |||     
T  38308636 atgaaaaaatctttttctctactccccaatc--------attcaaccattctctcacacatataggctccagtaggagggaaaacaagacagaaattgaa 38308545  T
Q  214 aaccttactctttaatttccaattcgcgtcagcaaaatgagcggtcaaacaaatataagtctcggtagtgcatgattcccacagatcaacagttaaagat 313  Q
    || |||||| ||||| ||||||| |||| || ||||||||||||  ||||||||||||||  | ||||| || ||||||||||  ||||  |||||||||    
T  38308544 aagcttactatttaacttccaatccgcgccaacaaaatgagcggataaacaaatataagtgccagtagtacaagattcccacaactcaaaggttaaagat 38308445  T
Q  314 atcctattaggaatggtagccaattcctgtttaagcttgagtttcgctttcgtgtacaaa 373  Q
    ||| ||| |||||||||||||| ||  ||||| |||||  ||||| ||| ||||||||||    
T  38308444 atcttataaggaatggtagccagttgttgtttgagcttatgtttctcttccgtgtacaaa 38308385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 188; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 17 - 431
Target Start/End: Original strand, 38850606 - 38851023
Alignment:
Q  17 tgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgtcattatcagatgaatcatctaaagtga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||    
T  38850606 tgaaagaactctccatcacataacaaaccattttgcaaaacaagttgagttttcaattgttcttgcaaaatctcattctcagatgaatcatcaatagtga 38850705  T
Q  117 gagagaagatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagt---gggatcaacagtacagaaggtgag 213  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||  | | |||    |||| ||||  || |||  |||     
T  38850706 gagagaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaactcaaccattctctcacaaatctccccactagtaggaggataaacaagacggaaattgat 38850805  T
Q  214 aaccttactctttaatttccaattcgcgtcagcaaaatgagcggtcaaacaaatataagtctcggtagtgcatgattcccacagatcaacagttaaagat 313  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||| ||||| || |||||||    
T  38850806 aaccttactatttaacttccaattcgcgtcaacaaaatgagcagtcaaacaaatataagtctcagtagtgttagattcccacaaatcaaaagataaagat 38850905  T
Q  314 atcctattaggaatggtagccaattcctgtttaagcttgagtttcgctttcgtgtacaaatccgagacataagccttaataacatttataggaggcataa 413  Q
    |||||||||||||||||||  ||||  |||||||||||  ||||| |||||||||||||||  || || ||||| |  ||||||||| ||||||| |||     
T  38850906 atcctattaggaatggtagttaattgttgtttaagcttaggtttctctttcgtgtacaaatgtgaaacgtaagcttcgataacatttctaggaggtatag 38851005  T
Q  414 cagcatttggatttaaga 431  Q
     |  ||||||||||||||    
T  38851006 gaatatttggatttaaga 38851023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University