View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4507_low_1 (Length: 474)

Name: NF4507_low_1
Description: NF4507
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4507_low_1
NF4507_low_1
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (20-464)||(1361849-1362293)
chr2 (20-464)||(1354963-1355407)
chr2 (26-457)||(20492641-20493072)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (27-457)||(29954506-29954936)
chr4 (24-457)||(51369514-51369947)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (27-457)||(11531819-11532249)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (28-453)||(12846488-12846913)
chr6 (44-457)||(14622587-14623000)
chr6 (44-457)||(14588929-14589342)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 413; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 1362293 - 1361849
Alignment:
Q  20 agccacagagtccctagtaaaagacccatcttcctcactccttggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtca 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1362293 agccacagagtccctagtaaaagacccatcttcctcactccttggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtca 1362194  T
Q  120 agcaaataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgag 219  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1362193 agcaaataaggcagtgtcacaagaacatggccgaaatgaaccttctcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgag 1362094  T
Q  220 ctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcag 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1362093 ctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcag 1361994  T
Q  320 attcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatcca 419  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1361993 attcttcaaagcccaaaagaaagacaacccagaaagctcaattccatgagccaactcagttaaatcattctgactcaacttcaactcactcccaaatcca 1361894  T
Q  420 atgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaaccaccctttg 464  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1361893 atgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaaccaccctttg 1361849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 1355407 - 1354963
Alignment:
Q  20 agccacagagtccctagtaaaagacccatcttcctcactccttggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtca 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1355407 agccacagagtccctagtaaaagacccatcttcctcactccttggtacttcaacagccacttccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacactggtca 1355308  T
Q  120 agcaaataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgag 219  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1355307 agcaaataaggcagtgtcacaagaacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacaatgactcatacatccaccaattgctccatgag 1355208  T
Q  220 ctaagattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcag 319  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1355207 ctaagatcttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgtcctttcctcgaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcag 1355108  T
Q  320 attcttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatcca 419  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1355107 attcttcaaagtccaaaagaaagacaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatcca 1355008  T
Q  420 atgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaaccaccctttg 464  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1355007 atgtaaacaacagaagatgattctcttgaatccaaccaccctttg 1354963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 26 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 20493072 - 20492641
Alignment:
Q  26 agagtccctagtaaaagacccatcttcctcactccttggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtcaagcaaa 125  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |  | ||||  | | | | ||||||||||||||||| ||||  |||    
T  20493072 agagtccctagtaaaggacccatcttgctcattccttggtacctcaatagccaatttcctttcttctagttctcttgaaaacaaacattgatcaattaaa 20492973  T
Q  126 taaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaaga 225  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20492972 taaggcaatgtcacaagtacatgcccaaaatgaagcttctcaatgactgaacctgaaccacaatgactcatacatccaccaattgatccatgagctaaga 20492873  T
Q  226 ttttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattctt 325  Q
    | || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||   |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||    
T  20492872 tctttagctgtggtgcccatgttttccaaacgattccatattcttttgttctttcttcaaatccttcgggtaattcaagtgtaccttctttaaggttttt 20492773  T
Q  326 caaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaa 425  Q
    ||||| |||||||||||| |||| |||  |||||||||||| ||| |||||||||| |||||  ||| | ||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  20492772 caaagcccaaaagaaaggtaacctagattgctcaattccatgagctaactcagttagatcttgttgatttaactttaactcgctcccgaatccaatgtaa 20492673  T
Q  426 acaacagaagatgattctcttgaatccaacca 457  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  20492672 acaaccgaagatgattcttttgaatccaacca 20492641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 27 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 29954936 - 29954506
Alignment:
Q  27 gagtccctagtaaaagacccatcttcctcactccttggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtcaagcaaat 126  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||   ||||||  | | ||| ||||||||||||||||||||| | ||||    
T  29954936 gagtccctagtaaaggacccatcttgctcactccttggtacctcaattgccaccttcttttcttctagtgctcttgaaaacaaacattggtcaggtaaat 29954837  T
Q  127 aaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagat 226  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29954836 aaggcaatgtcacaaggacatgcccaaaatgaagcttctcaatgactgaacctgaaccacaatgactcatacatccaccaattgatccatgagctaagat 29954737  T
Q  227 tttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttc 326  Q
     ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  29954736 cttaagttgaggtgcccatgttttccaaacgattccacattcttttgttctttcctcaaatcctttaggtaattcaagtgtaccctctttaagatttttc 29954637  T
Q  327 aaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaa 426  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || |||||||||| |||||  || || ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29954636 aaagcccaaaagaaaggcaacctagaaagctcaattccatgcgctaactcagttagatcttgttggcttaacttcaactcgctcccaaatccaatgtaaa 29954537  T
Q  427 caacagaagatgattctcttgaatccaacca 457  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29954536 caacagaagatgattcttttgaatccaacca 29954506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 24 - 457
Target Start/End: Original strand, 51369514 - 51369947
Alignment:
Q  24 acagagtccctagtaaaagacccatcttcctcactccttggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtcaagca 123  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||  | | |   |||| | ||||||| |||||||| |    
T  51369514 acagagtccctagtaaaggacccatcttgctcactccttggtacttcaacagccactttcttttcttctagtaatcttgcatacaaacactggtcaagta 51369613  T
Q  124 aataaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaa 223  Q
     |||||||| ||| ||||| ||||| |||| ||||| | | ||||  || ||||    ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  51369614 tataaggcaatgtgacaagaacatgcccaagatgaagcatctcaacgactgaacttccaccacagtgactcatacatccaccaattgatggatgagctaa 51369713  T
Q  224 gattttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattc 323  Q
    |||||| | ||| ||| |||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||  |  ||| |||||  |||      
T  51369714 gattttgatctggggtacccaggttttccaaacaattccacgttcttttgttctttcctcgaatccttgaggtaattcagatacaccgtctttacgatct 51369813  T
Q  324 ttcaaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgt 423  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||   |||||  |||| || |||||||||||||    
T  51369814 ttcaaagcccaaaagaaaggtaacccagaaagttcaattccatgagctaactcagttaaatcttgttgatctaactttgactcgcttccaaatccaatgt 51369913  T
Q  424 aaacaacagaagatgattctcttgaatccaacca 457  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  51369914 aaacaacagaagatgattcttttgagtccaacca 51369947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 27 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 11532249 - 11531819
Alignment:
Q  27 gagtccctagtaaaagacccatcttcctcactccttggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtcaagcaaat 126  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||||||  | | | | ||||| ||||||||||||||||  ||||    
T  11532249 gagtccctagtaaaggacccgtctttctcactccttggtacctcaatagccactttcttttcttctagtactcttgagaacaaacattggtcaattaaat 11532150  T
Q  127 aaggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagat 226  Q
    |||||| |||||||||  |||| |||||||||| ||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||    
T  11532149 aaggcaatgtcacaagagcatgcccaaaatgaagcttctcaatgactgaacctgaaccacagtgactcatacatccaccgattgatccatgtgctaagat 11532050  T
Q  227 tttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttc 326  Q
     ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  11532049 cttaagttgtggtgcccatgttttccaaacaattccacgttcttttgttctttcctcaaattctttaggtaattcaagtgtaccctctttaagatttttc 11531950  T
Q  327 aaagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaa 426  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||  ||||| |  |||  ||| |||||||||||||||||||    
T  11531949 aaagcccaaaagaaaggcaacctagaaagctcaattccatgagctaactcaattagatcttgttgacttattttcgtctcgctcccaaatccaatgtaaa 11531850  T
Q  427 caacagaagatgattctcttgaatccaacca 457  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  11531849 caacagaagacgattcttttgaatccaacca 11531819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 178; Significance: 8e-96; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 28 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 12846913 - 12846488
Alignment:
Q  28 agtccctagtaaaagacccatcttcctcactccttggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtcaagcaaata 127  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||  ||||||  ||||||  | | | | ||||||||||||||||| || ||||||||    
T  12846913 agtccctagtaaaggacccatcctcctcacttcttggaacctcaatggccactttcttttcagctagttctcttgaaaacaaacattgatctagcaaata 12846814  T
Q  128 aggcagtgtcacaaggacatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagatt 227  Q
    ||||| ||| ||||| ||||| |||||||| | ||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| | ||||||     
T  12846813 aggcaatgtaacaagaacatgtccaaaatggagcttctcaatgactgaacctgaaccacaatgactcatacaccccccaattgctccatgggataagatc 12846714  T
Q  228 ttaagctgaggtgcccatgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttca 327  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||  || || ||||||| |||||| ||||||||||||| ||| || || ||||    
T  12846713 ttaagctggggtgcccatgttttccaaacaattccacgttctttggttcgatcttcgaatcctttaggtaactcaagtgtacccttttttaggtttttca 12846614  T
Q  328 aagtccaaaagaaaggcaacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaac 427  Q
    ||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| || || |||| |||||  ||  | ||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12846613 aagcccaaaagaaaggtaacctagaaagctcaattccatgagctaattcggttagatctttttgcgttaacctcaactcgctcccaaatccaatgtaaac 12846514  T
Q  428 aacagaagatgattctcttgaatcca 453  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||    
T  12846513 aacggaagatgattctcttgaatcca 12846488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 44 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 14623000 - 14622587
Alignment:
Q  44 cccatcttcctcactccttggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaagg 143  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  | | | | |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||     
T  14623000 cccatctggctcactccttggtacctcaacagccactttcttttcttctagtactcttgcaaacaaacattggtcaagtaaataaggcaatgtcacaaga 14622901  T
Q  144 acatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgccc 243  Q
    ||||| |||| ||||| | ||||||| || ||||  | |||||| ||| ||||||| |||| ||||| | |||||| |||||| |||| ||| |||||||    
T  14622900 acatgcccaagatgaagcatttcaatgactgaactgggaccacaatgagtcatacaaccactaattgattcatgagttaagatcttaaactggggtgccc 14622801  T
Q  244 atgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaagg 343  Q
    | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||| |||||||||  ||||||||| ||||  || |||| ||||||||| ||    
T  14622800 aagttttccaaacaattccgcgttcttttgttctttcctcgaaccctttaggcaattcaagtacaccctctttaagatcttttaaagcccaaaagaacgg 14622701  T
Q  344 caacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattct 443  Q
     |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||  ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14622700 taacctagaaagctcaattccatgagctaactcagttatatcttgttgacttaacttcgactcgctcccaaatccaatgtaaacaatagaagatgattct 14622601  T
Q  444 cttgaatccaacca 457  Q
     |||||||||||||    
T  14622600 tttgaatccaacca 14622587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 44 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 14589342 - 14588929
Alignment:
Q  44 cccatcttcctcactccttggtacctcaacagccactcccttttccaccaatgcccttgaaaacaaacattggtcaagcaaataaggcagtgtcacaagg 143  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  | | | | |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||     
T  14589342 cccatctggctcactccttggtacctcaacagccactttcttttcttctagtactcttgcaaacaaacattggtcaagtaaataaggcaatgtcacaaga 14589243  T
Q  144 acatggccaaaatgaaccttttcaataacagaaccagaaccacagtgactcatacatccaccaattgctccatgagctaagattttaagctgaggtgccc 243  Q
    ||||| |||| || || | ||||||  || ||||  | |||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||| |||||| |||| ||| ||| |||    
T  14589242 acatgcccaagataaagcatttcaaagactgaacttggaccacaatgagtcatacaaccaccaattgatccatgagttaagatcttaaactggggtaccc 14589143  T
Q  244 atgtcttccaaacaattccgcgttctttcgttctttcctcaaatccttcaggtaattcaagtgtaccctctttcagattcttcaaagtccaaaagaaagg 343  Q
    | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||| |||||||||  ||||||||| ||||  || |||| ||||||||| ||    
T  14589142 aagttttccaaacaattccgcgttcttttgttctttcctcgaaccctttaggcaattcaagtacaccctctttaagatcttttaaagcccaaaagaacgg 14589043  T
Q  344 caacccagaaagctcaattccataagccaactcagttaaatcttcctgactcaacttcaactcactcccaaatccaatgtaaacaacagaagatgattct 443  Q
     |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||  ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14589042 taacctagaaagctcaattccatgagctaactcagttatatcttgttgacttaacttcgactcgctcccaaatccaatgtaaacaatagaagatgattct 14588943  T
Q  444 cttgaatccaacca 457  Q
     |||||||||||||    
T  14588942 tttgaatccaacca 14588929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University