View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4507_low_6 (Length: 257)

Name: NF4507_low_6
Description: NF4507
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4507_low_6
NF4507_low_6
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (12-257)||(25381455-25381709)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (12-257)||(38253270-38253522)
chr2 (12-257)||(43156020-43156272)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (12-257)||(11473344-11473596)
chr1 (117-257)||(28246440-28246580)
chr1 (12-117)||(28246609-28246714)
chr1 (12-257)||(10465704-10465956)
chr1 (12-257)||(43735356-43735608)
chr1 (117-257)||(7282286-7282426)
chr1 (12-101)||(7282469-7282558)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (12-257)||(10124460-10124711)
chr6 (15-257)||(19308132-19308397)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (38-257)||(25862078-25862302)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (117-257)||(5910724-5910864)
chr3 (12-117)||(5910580-5910685)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 12 - 257
Target Start/End: Original strand, 25381455 - 25381709
Alignment:
Q  12 agagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaaaaacata 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25381455 agagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgggaaaaacata 25381554  T
Q  112 cacaca---------tttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatata 202  Q
    ||||||         ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  25381555 cacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatatgtaccagttagacatgaatctgactctctttgtgaatatg 25381654  T
Q  203 tcatcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttc 257  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25381655 tcatcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttc 25381709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 12 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 38253522 - 38253270
Alignment:
Q  12 agagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaaaaacata 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  38253522 agagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaaaaacata 38253423  T
Q  112 cacaca-------tttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatatc 204  Q
    ||||||       ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38253422 cacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatgtc 38253323  T
Q  205 atcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttc 257  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253322 atcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttc 38253270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 12 - 257
Target Start/End: Original strand, 43156020 - 43156272
Alignment:
Q  12 agagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaaaaacata 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  43156020 agagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaaaaacata 43156119  T
Q  112 cacaca-------tttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatatc 204  Q
    ||||||       ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  43156120 cacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatgtc 43156219  T
Q  205 atcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttc 257  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43156220 atcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttaatttaaccgtgtttc 43156272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 12 - 257
Target Start/End: Original strand, 11473344 - 11473596
Alignment:
Q  12 agagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaaaaacata 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  11473344 agagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaattcaaatgggaaaaacata 11473443  T
Q  112 cacaca-------tttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatatc 204  Q
    ||||||       ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  11473444 cacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatgtc 11473543  T
Q  205 atcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttc 257  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473544 atcacaaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttc 11473596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 117 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 28246580 - 28246440
Alignment:
Q  117 atttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatatcatcactaaggca 216  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  28246580 atttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatgtcatcacaaaggca 28246481  T
Q  217 aaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttc 257  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28246480 aaacatgaaggatcttgaagagtttcatttaaccgtgtttc 28246440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 12 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 28246714 - 28246609
Alignment:
Q  12 agagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaaaaacata 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28246714 agagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgggaaaaacata 28246615  T
Q  112 cacaca 117  Q
    ||||||    
T  28246614 cacaca 28246609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 12 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 10465956 - 10465704
Alignment:
Q  12 agagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaaaaacata 111  Q
    |||||| ||||||| |||  ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| | |||    
T  10465956 agagagaaaaagaactgaaatgtgattatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaagatata 10465857  T
Q  112 cacaca-------tttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatatc 204  Q
    ||||||       ||||| ||||||||| | | |||||||||||||||  |||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||    
T  10465856 cacacacactatatttgagttgtttcaaaacgagtttaagttattcttggctttgtctatacctattagacatgaaactgactctctatgtgaatatgtc 10465757  T
Q  205 atcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttc 257  Q
    || |||||  | ||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||    
T  10465756 attactaatacgaaacatgaaggatcttttagagtgtcatttaatcgtgtttc 10465704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 12 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 43735608 - 43735356
Alignment:
Q  12 agagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaaaaacata 111  Q
    |||||| ||||||| |||  ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| | |||    
T  43735608 agagagaaaaagaactgaaatgtgattatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaagatata 43735509  T
Q  112 cacaca-------tttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatatc 204  Q
    ||||||       ||||| ||||||||| | | |||||||||||||||  |||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||    
T  43735508 cacacacactatatttgagttgtttcaaaacgagtttaagttattcttggctttgtctatacctattagacatgaaactgactctctatgtgaatatgtc 43735409  T
Q  205 atcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttc 257  Q
    || |||||  | ||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||    
T  43735408 attactaatacgaaacatgaaggatcttttagagtgtcatttaatcgtgtttc 43735356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 117 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 7282426 - 7282286
Alignment:
Q  117 atttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatatcatcactaaggca 216  Q
    |||||| ||||||||| | | |||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||  |     
T  7282426 atttgagttgtttcaaaacgagtttaagttattcttggctttgtctgtacctattagacatgaaactgactctctatgtgaatatgtcatcactaatacg 7282327  T
Q  217 aaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttc 257  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||    
T  7282326 aaacatgaaggatcttttagagtgtcatttaatcgtgtttc 7282286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 12 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 7282558 - 7282469
Alignment:
Q  12 agagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgg 101  Q
    |||||| ||||||| |||  ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  7282558 agagagaaaaagaactgaaatgtgattatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgg 7282469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 12 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 10124711 - 10124460
Alignment:
Q  12 agagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaaaaacata 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10124711 agagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcccataagcttgcaaggatagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgggaaaaacata 10124612  T
Q  112 cacaca-------tttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatatc 204  Q
    ||||||       ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10124611 cacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatat-tc 10124513  T
Q  205 atcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttc 257  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10124512 atcacaaaggcaaaacatgaatgatcttggagagtttcatttaactgtgtttc 10124460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 15 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 19308397 - 19308132
Alignment:
Q  15 gagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaaaaacat---- 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||        
T  19308397 gagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatgggaaaaacatacac 19308298  T
Q  111 ----------------acacac---atttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctct 191  Q
                    ||||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19308297 acacacacacacacacacacactgtatttgaattgtttcaagatgagtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatttgactctct 19308198  T
Q  192 ttgtgaatatatcatcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttc 257  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19308197 ttgtgattatgtcatcactaaggcaaaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttc 19308132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 82; Significance: 8e-39; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 38 - 257
Target Start/End: Original strand, 25862078 - 25862302
Alignment:
Q  38 tatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaaaaacatacacacat-------ttgaattgtttc 130  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| | ||||||||||       |||| |||||||    
T  25862078 tatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaagatatacacacatactatatttgagttgtttc 25862177  T
Q  131 aagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatatcatcactaaggcaaaacatgaaggatc 230  Q
    || | | ||  |||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||    ||||||||||||||    
T  25862178 aaaacgagt--aagttattcttggctttgtctgtacctattagacatgaaactgactctctatgtgaatatgtcatcactaataagaaacatgaaggatc 25862275  T
Q  231 ttggagagtttcatttaaccgtgtttc 257  Q
    ||  ||||| |||||||| ||||||||    
T  25862276 ttttagagtgtcatttaatcgtgtttc 25862302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 117 - 257
Target Start/End: Original strand, 5910724 - 5910864
Alignment:
Q  117 atttgaattgtttcaagatgggtttaagttattcttaactttatctgtaccaattagacatgaatctgactctctttgtgaatatatcatcactaaggca 216  Q
    |||||| ||||||||| | | |||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||        
T  5910724 atttgagttgtttcaaaacgagtttaagttattcttggctttgtctgtacccattagacatgaaactgactctctatgtgaatatgtcatcactaataag 5910823  T
Q  217 aaacatgaaggatcttggagagtttcatttaaccgtgtttc 257  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||    
T  5910824 aaacatgaaggatcttttagagtgtcatttaatcgtgtttc 5910864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 12 - 117
Target Start/End: Original strand, 5910580 - 5910685
Alignment:
Q  12 agagagcaaaagaattgagttgtgtgtatgaatcctcacataagcttgcaaggttagcatatgaaactgcaccaatactaatccaaatggaaaaaacata 111  Q
    |||||| ||||||| |||  ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| | |||    
T  5910580 agagagaaaaagaactgaaatgtgattatgagtcctcacataagcttgcaaggttagtgtatgaaacttcaccattactaatccaaatgggaaagatata 5910679  T
Q  112 cacaca 117  Q
    ||||||    
T  5910680 cacaca 5910685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University