View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4507_low_8 (Length: 248)

Name: NF4507_low_8
Description: NF4507
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4507_low_8
NF4507_low_8
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-231)||(10124224-10124454)
chr6 (1-231)||(19307896-19308126)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-231)||(38253034-38253264)
chr2 (1-231)||(43156278-43156508)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-231)||(11473602-11473832)
chr1 (1-231)||(28246204-28246434)
chr1 (1-231)||(10465468-10465698)
chr1 (1-231)||(43735120-43735350)
chr1 (1-231)||(7282050-7282280)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-231)||(25381715-25381945)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-231)||(25862308-25862538)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (6-231)||(5910875-5911100)
chr3 (3-231)||(22981717-22981944)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 10124454 - 10124224
Alignment:
Q  1 ccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124454 ccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaa 10124355  T
Q  101 ctatattttaaaaaggtagacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcga 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124354 ctatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaatgaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcga 10124255  T
Q  201 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10124254 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 10124224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 19308126 - 19307896
Alignment:
Q  1 ccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19308126 ccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaa 19308027  T
Q  101 ctatattttaaaaaggtagacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcga 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  19308026 ctatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggcgaaaggaggttgaaggagatcccaagttgtctagaaatcga 19307927  T
Q  201 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19307926 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 19307896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 38253264 - 38253034
Alignment:
Q  1 ccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38253264 ccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaa 38253165  T
Q  101 ctatattttaaaaaggtagacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcga 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253164 ctatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcga 38253065  T
Q  201 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38253064 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 38253034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 43156278 - 43156508
Alignment:
Q  1 ccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  43156278 ccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaa 43156377  T
Q  101 ctatattttaaaaaggtagacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcga 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156378 ctatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcga 43156477  T
Q  201 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43156478 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 43156508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 11473602 - 11473832
Alignment:
Q  1 ccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  11473602 ccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgacaa 11473701  T
Q  101 ctatattttaaaaaggtagacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcga 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473702 ctatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcga 11473801  T
Q  201 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11473802 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 11473832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 28246434 - 28246204
Alignment:
Q  1 ccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28246434 ccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaa 28246335  T
Q  101 ctatattttaaaaaggtagacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcga 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28246334 ctatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggagattgaaggagatcctaacttgtctagaaatcga 28246235  T
Q  201 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28246234 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 28246204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 10465698 - 10465468
Alignment:
Q  1 ccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaa 100  Q
    |||| ||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||| |||||||| || |||||||| |     
T  10465698 ccattacttgtagttgtaagaagtatgatacatttggcatactttgttcccatgcattaaaagtgtttgagctgaacgatgttaaagtgattcctgatat 10465599  T
Q  101 ctatattttaaaaaggtagacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcga 200  Q
     |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  10465598 gtatattttaagaaggtggacaagagaagcccgttgtggcattgtgcaagattttaggggaaaagaggttgaacaagatcctaagttgtctagaaatcga 10465499  T
Q  201 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10465498 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 10465468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 43735350 - 43735120
Alignment:
Q  1 ccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaa 100  Q
    |||| ||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||| |||||||| || |||||||| |     
T  43735350 ccattacttgtagttgtaagaagtatgatacatttggcatactttgttcccatgcattaaaagtgtttgagctgaacgatgttaaagtgattcctgatat 43735251  T
Q  101 ctatattttaaaaaggtagacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcga 200  Q
     |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  43735250 gtatattttaagaaggtggacaagagaagcccgttgtggcattgtgcaagattttaggggaaaagaggttgaacaagatcctaagttgtctagaaatcga 43735151  T
Q  201 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43735150 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 43735120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 7282280 - 7282050
Alignment:
Q  1 ccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaa 100  Q
    |||| ||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||| |||||||| || ||| |||| |     
T  7282280 ccattacttgtagttgtaagaagtatgatacatttggcatactttgttcgcatgcattaaaagtgtttgagctgaacgatgttaaagtgatttctgatat 7282181  T
Q  101 ctatattttaaaaaggtagacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcga 200  Q
     |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  7282180 gtatattttaagaaggtggacaagagaagcccgttgtggcattgtgcaagattttaggggaaaagaggttgaacaagatcctaagttgtctagaaatcga 7282081  T
Q  201 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7282080 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 7282050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 25381715 - 25381945
Alignment:
Q  1 ccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaa 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25381715 ccatcacttgtagttgtagaaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggaaattcctgagaa 25381814  T
Q  101 ctatattttaaaaaggtagacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcga 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25381815 ctatattttaaaaaggtggacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagaacctaacttgtctagaaatcga 25381914  T
Q  201 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25381915 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 25381945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 25862308 - 25862538
Alignment:
Q  1 ccatcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaa 100  Q
    |||| ||||||||||||| ||| | |||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||| |||||||| || |||||||| |     
T  25862308 ccattacttgtagttgtaagaagtatgatacatttgccatactttgttcgcatgcattaaaagtgtttgagctgaacgatgttaaagtgattcctgatat 25862407  T
Q  101 ctatattttaaaaaggtagacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcga 200  Q
     |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  25862408 gtatattttaagaaggtggacaagagaagcccgttgtggcattgtgcaagattttaggggaaaagaggttgaacaagatcctaagttgtctagaaatcga 25862507  T
Q  201 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25862508 atgttcagacaagttgtctctaagttcatta 25862538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 126; Significance: 4e-65; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 6 - 231
Target Start/End: Original strand, 5910875 - 5911100
Alignment:
Q  6 acttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaactata 105  Q
    ||||||||||||| ||| | ||| || ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| |  ||||    
T  5910875 acttgtagttgtaagaagtatgaaacatttggcatactttgttcgcatggattaaaagtgtttgagttgaacgatgttaaagtgattcctgatatgtata 5910974  T
Q  106 ttttaaaaaggtagacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaatgtt 205  Q
    |||||| ||| | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5910975 ttttaagaagatggacaagagaagcccgttgtggcattgtgcaagattttaggggaaaagaggttgaacaagatcctaagttgtctagaaatcgaatgtt 5911074  T
Q  206 cagacaagttgtctctaagttcatta 231  Q
    |||||||||| |||||||||||||||    
T  5911075 cagacaagttttctctaagttcatta 5911100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 3 - 231
Target Start/End: Original strand, 22981717 - 22981944
Alignment:
Q  3 atcacttgtagttgtaggaaatttgatacttttggcatactttgttcacatgctttaaaagtgtttgaattgaatgatgttaaggtaattcctgagaact 102  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||| ||||||||| ||| | |||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| |||| |    
T  22981717 atcacttgtagttgcaggaagtttga-acatttggcacactttgttcccatacattaaaagtgtttgggttgaatgatgttaaggttattcctaagaagt 22981815  T
Q  103 atattttaaaaaggtagacaagagaagcccgttatggcgttgtgcaagattttaggggaaaggaggttgaaggagatcctaacttgtctagaaatcgaat 202  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||  |||| || | ||||||| ||||  || |||||  |||||| || ||||||| |||| ||||    
T  22981816 atattttaagaaggtggataagagaagcccgttgtggaattgtacacggttttaggagaaaatagcttgaataagatccaaagttgtctataaattgaat 22981915  T
Q  203 gttcagacaagttgtctctaagttcatta 231  Q
     || ||||||| |||||||||||||||||    
T  22981916 atttagacaagctgtctctaagttcatta 22981944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University