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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4510-Insertion-2 (Length: 958)
Name: NF4510-Insertion-2
Description: NF4510
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4510-Insertion-2 |
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| [»] chr1 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 503; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 503; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 383 - 958
Target Start/End: Original strand, 50440300 - 50440885
Alignment:
| Q |
383 |
caaagcttatctgaattagcaacaaaatttcatactagctttaacatgtacgcttggtttagcatacacaagtttttaaatccaagaacacatt-----c |
477 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
50440300 |
caaagcttatctgaattagcaacaaaatttcatactagctttaacatgtacgcttggtttagcatacacaagtttttaaatccaagaacacattatattc |
50440399 |
T |
|
| Q |
478 |
atctttaaggaggaaaatcttactccacgaaacaagatatcacttttgttgttcccaagtggatccctaaatgaagttcctgcaaattatttctgggtga |
577 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
50440400 |
atctttaaggaggaaaatcttactccacgaaacaagatatcacttttgttgttcccaagtggatccctaaatgaagttcctgcaaattatttctgggtga |
50440499 |
T |
|
| Q |
578 |
tgagacctgcaacagaaagagttagttttccctctagttaannnnnnnctcatattatcaataagaatgttgaacgaatgtttataaattttttggtgaa |
677 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
50440500 |
tgagacctgcaacagaaagagttagttttccctctagttaatttttttctcatattatcaataagaatgttgaacgaatgtttataaattttttggtgaa |
50440599 |
T |
|
| Q |
678 |
gcatatcctaaataacactcacggtcattggtttccttaatgtctagaatgcaacataaattgacaacaaggtcatgatttgtatttttagagaagaaat |
777 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
50440600 |
gcatatcctaaataacactcacgctcattggtttccttaatgtctagaatgcaacataaattgacaacaaggtcatgatttgtatttttagagaagaaat |
50440699 |
T |
|
| Q |
778 |
cttag---atctatgaaaattaaattgacaacataatatttcttaacttaaaaataaaagaaattatggttacccaatgataattgatctttggtagtcg |
874 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
50440700 |
cttagaatatctatgaaaattaaattgacaacataatatttcttaacttaaaaataaaagaaattatggttacccaatgataattgatctttggcagtcg |
50440799 |
T |
|
| Q |
875 |
cacacctcaattgtacataggggatagggccactgatttacaaatgcttgctc-aataca-caaaatacatgttggcgacatgcat |
958 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
50440800 |
cacacctcaattgtacataggggatagggccactgatttacaaatgcttactcaaatacaccaaaatacatgttggcgacatgcat |
50440885 |
T |
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Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 6 - 386
Target Start/End: Original strand, 50439885 - 50440251
Alignment:
| Q |
6 |
cagtttaaacaagttggaatcatt-----tctcaatgaggatttttatccgtgagaaaagagtataccgaattgagagaaaaatttcccaccaacagacg |
100 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
50439885 |
cagtttaaacaagttggaatcattatttctctcaatgaggatttttatccgtgagaaaagagtataccgaattgagagaaaaatttcccaccaacagacg |
50439984 |
T |
|
| Q |
101 |
cacttaagtttgaaaaatctgaatacagcctcatggataggggcttgatagcagattttggtgcagacatctttggatagcatatgattagggacctccc |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
50439985 |
cacttaagtttgaaaa-----------gcctcatggataggggcttgatagcagattttggtgcagacatctttggatagcatatgattagggacctccc |
50440073 |
T |
|
| Q |
201 |
cacttccattcatttccatttgcataaaaacaaacaagaaatatccaaccaaccagaatagtattatcaaaattggtaattaggggatatatttcctata |
300 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
50440074 |
cacttacattcatttccatttgcataaaaacaaacaagaaatatccaaccaaccagaatagtattatcaaaattggtaattaggggatatatttcctat- |
50440172 |
T |
|
| Q |
301 |
tataaccatccatccatccttgcgaaaccaagtatcttttccatttttaatgaaccaagttatattagaagcagtgtcccctcaaa |
386 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
50440173 |
-------aaccatccatccttgcgaaaccaagtatcttttccatttttaatgaaccaagttatattagaagcagtgtcccctcaaa |
50440251 |
T |
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