View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4510-Insertion-3 (Length: 939)

Name: NF4510-Insertion-3
Description: NF4510
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4510-Insertion-3
NF4510-Insertion-3
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (8-806)||(43141723-43142544)
chr5 (826-939)||(43142540-43142653)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 641; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 641; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 806
Target Start/End: Original strand, 43141723 - 43142544
Alignment:
Q  8 gttattgcaggatcatggtacagttgggtcacgtaattaagttactttgttgtttatacatcatcgtcatcatggtatattatctgataataacatgact 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  43141723 gttattgcaggatcatggtacagttgggtcacgtaa----gttactttgttgtttatacatcatcgtcatcatggtatattatgtgataataacttgact 43141818  T
Q  108 cttt---------ttgttctcttaaggaggccataaattaaagcatgtaggtcaacattttgacattgtcaaaacacttccaatagggttgttggaaata 198  Q
    ||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43141819 ctttgtttgccctttgttctcttaaggaggccataaattaaagcatgtgggtcaacattttgacattgtcaaaacacttccaatagggttgttggaaata 43141918  T
Q  199 tgctccggag----------------atgaagcatgttttggctacaaaatattagatttgcatgtattttcttggtttacnnnnnnnncccacattaat 282  Q
    ||||||||||                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||    
T  43141919 tgctccggagtacccttctgatcttgatgaagcatgttttggctacaaaatattagatttgcatgtattttcttggtttacttttttttcccacattaat 43142018  T
Q  283 attgtgcatacatgatgtagtcaattacatgttcacattgtttattatcactagtagtgtgatcataactcataagttcagttgacgtacagttta--gc 380  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  43142019 attgtgcatacatgatgtaatcaattacatgttcacattgtttattatcactagtagtgtgatcataactcataagttcagttgacgtacagtttatagc 43142118  T
Q  381 tcttttatgtatgcttattcttaaaggatatacaagaaattggaattacatcttggtactatctgtgtgtagtgaattagaaagctcggtgtaaagtttt 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43142119 tcttttatgtatgcttattcttaaaggatatacaagaaattggaattacatcttggtactatctgtgtgtagtgaattagaaagctcggtgtaaagtttt 43142218  T
Q  481 ggaaaatgtttagtgtacaccaaagagaaaacgaaagaaaaagagagtggtctaataatattgtacatcatcacatatcttcatccggaatatgttttaa 580  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43142219 ggaaaatgtttagtgtacaccaaagagaaaacgaaagaaaaagagagtggtctaataatgttgtacctcatcacatatcttcatccggaatatgttttaa 43142318  T
Q  581 cctattaaaaccaatggtactaatgataacatgtcttcatcaatgggctgtgcatggttaaccaaaccatataacccaatattttttggttaaggttcat 680  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43142319 cctattaaaaccaatggtactaatgataacatgtcttcatcaatgggctgtgcatggttaaccaaaccatataacccaatattttttggttaaggttcat 43142418  T
Q  681 ataccaaaccattatttggaaaacaccggattatgcttcggaagcggtctgggccggtttagaacaggttccattatatttgattttcagtcgttaaatt 780  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  43142419 ataccaaaccattatttggaaaacaccgaattatgcttcggaagcggtttgggccggtttagaaccggttccattatatttgattttcagtcattaattt 43142518  T
Q  781 cggctgagtgctaccacaaccctctc 806  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||    
T  43142519 cggttgagtgctaccacaaccctctc 43142544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 826 - 939
Target Start/End: Original strand, 43142540 - 43142653
Alignment:
Q  826 ctctcatttccgttgtccttgtttttgctcttacattctcttatgaaaatacgtggttcataagagaatgtgcgaacattaacaatgatggttgaagtga 925  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  43142540 ctctcacttccgttgtccttgtttttgctcttacattctcttatgaaaataagtggttcataagagaatgtgtgaacattaacaatgatggttgaaatga 43142639  T
Q  926 gttaaaaggggaca 939  Q
    ||||||||||||||    
T  43142640 gttaaaaggggaca 43142653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University