View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4510_low_23 (Length: 248)

Name: NF4510_low_23
Description: NF4510
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4510_low_23
NF4510_low_23
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (1-217)||(4711992-4712208)
chr7 (1-217)||(4845932-4846148)
chr7 (1-200)||(4666917-4667116)
chr7 (5-223)||(4653476-4653694)
chr7 (4-177)||(4636859-4637032)
chr7 (1-177)||(4697107-4697283)
chr7 (1-180)||(4662990-4663169)
chr7 (4-238)||(4783755-4783989)
chr7 (4-216)||(4816184-4816396)
chr7 (1-135)||(4630971-4631105)
chr7 (1-174)||(4863927-4864100)
chr7 (84-234)||(4647471-4647619)
chr7 (65-177)||(4643673-4643785)
chr7 (62-180)||(4672675-4672793)
chr7 (1-45)||(4672837-4672881)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (5-217)||(18925663-18925875)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Original strand, 4711992 - 4712208
Alignment:
Q  1 cactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagtttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711992 cactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagtttt 4712091  T
Q  101 acttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712092 acttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaac 4712191  T
Q  201 aatacgctgatgtgatt 217  Q
    |||||||||||||||||    
T  4712192 aatacgctgatgtgatt 4712208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Original strand, 4845932 - 4846148
Alignment:
Q  1 cactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagtttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4845932 cactgcaccagaagctgtatacttaactgcaagaagttatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcgaagttgattctagtttt 4846031  T
Q  101 acttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4846032 acttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttaccaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaac 4846131  T
Q  201 aatacgctgatgtgatt 217  Q
     ||| ||||||||||||    
T  4846132 tatatgctgatgtgatt 4846148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 4667116 - 4666917
Alignment:
Q  1 cactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagtttt 100  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||    
T  4667116 cactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatggatgccaaagagaattataatgtgacatggaattttaaagttgattctattttt 4667017  T
Q  101 acttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaac 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| |||||||||    
T  4667016 acttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgattggcatatcaagaatccaggtgatagagtttttcagatttttatagatgatattatggctgaac 4666917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 5 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 4653694 - 4653476
Alignment:
Q  5 gcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttactt 104  Q
    |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || |  |||||||    
T  4653694 gcaccagaagctgtatacctaactgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttactt 4653595  T
Q  105 atatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaata 204  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| | |||||||||| | |    
T  4653594 atatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaaggataaaggtgatagagttttccagatatttatacatgatttcttggctgaaccaaa 4653495  T
Q  205 cgctgatgtgattacatgg 223  Q
     |||||||||||| |||||    
T  4653494 tgctgatgtgatttcatgg 4653476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 4 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 4637032 - 4636859
Alignment:
Q  4 tgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttact 103  Q
    ||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||  |||||||    
T  4637032 tgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggaatgtatgagacaaaggattataatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttact 4636933  T
Q  104 tatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatt 177  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  4636932 tatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaactataaaggtgatagagtctttcagatatt 4636859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 177
Target Start/End: Original strand, 4697107 - 4697283
Alignment:
Q  1 cactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagtttt 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||  | |||||    
T  4697107 cactgcaccagaagctgtgtacttaactgcaagaagtcgtggattggatgagacagaggatttcaatgtaacttggaatttcgaagttgatgttggtttt 4697206  T
Q  101 acttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatt 177  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  4697207 acttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgatcagcatatcaaaaatataggtgatagagtctttcaaatatt 4697283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 4663169 - 4662990
Alignment:
Q  1 cactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagtttt 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||  ||||    
T  4663169 cactgcaccagaaactgtatacttaactgcaagaaattatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaattttgaggttgattcttctttt 4663070  T
Q  101 acttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttat 180  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||  ||||||||||||||| | |||||||| |||||    
T  4663069 acatacatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatatcataaataaaggtgatagaatgtttcagatttttat 4662990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 4 - 238
Target Start/End: Original strand, 4783755 - 4783989
Alignment:
Q  4 tgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttact 103  Q
    ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||  |||||||    
T  4783755 tgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttact 4783854  T
Q  104 tatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaat 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |  | ||||||||| |||||||||| || ||  |||||| ||||||||||||      
T  4783855 tatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttcatagatgatagtttggctgaacatg 4783954  T
Q  204 acgctgatgtgattacatgggctggtgctcctttg 238  Q
      ||||||||||| |  |||  |||||||||||||    
T  4783955 ctgctgatgtgataaggtggagtggtgctcctttg 4783989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 4 - 216
Target Start/End: Original strand, 4816184 - 4816396
Alignment:
Q  4 tgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttact 103  Q
    ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||  |||||||    
T  4816184 tgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttact 4816283  T
Q  104 tatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaat 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |  | ||||||||| |||||||||| || ||  |||||| |||||||||||  |    
T  4816284 tatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttcatagatgatagtttggctgaacttt 4816383  T
Q  204 acgctgatgtgat 216  Q
      |||||||||||    
T  4816384 ttgctgatgtgat 4816396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 4631105 - 4630971
Alignment:
Q  1 cactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagtttt 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||  ||||    
T  4631105 cactgcaccagaagctgtttacttaactgcgagaagttatggaatggatgcaacaaaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttctttt 4631006  T
Q  101 acttatatggtaaggttacatttttgtgagtttga 135  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4631005 acttatatggtaagattacatttttgtgagtttga 4630971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 4864100 - 4863927
Alignment:
Q  1 cactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagtttt 100  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||  | |||  |||||||| || |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  4864100 cactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaattttgaagttgattctaatttt 4864001  T
Q  101 acttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagat 174  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |  ||||||||||||||||  ||||||||    
T  4864000 acttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatataacaaataaaggtgatagagcctttcagat 4863927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 84 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 4647619 - 4647471
Alignment:
Q  84 aagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaa 183  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||   | ||| ||||||  |||||||| ||||||||| || |||||  |    
T  4647619 aagttgattctggttttacttatatggtaaggttac--ttttgtgagtttgattgacatataaagaattcaggtgatacagtttttcatatgtttataga 4647522  T
Q  184 tgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcc 234  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4647521 tgatattttggctgaacattatgctgatgtgattgcatgggctggtgctcc 4647471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 65 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 4643785 - 4643673
Alignment:
Q  65 aatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagag 164  Q
    |||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |  ||||||||||||||||    
T  4643785 aatgtaacttggaattttgaggttgattctggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccggatataacaaataaaggtgatagag 4643686  T
Q  165 tttttcagatatt 177  Q
    | |||||||||||    
T  4643685 tctttcagatatt 4643673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 62 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 4672793 - 4672675
Alignment:
Q  62 tataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgata 161  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||  |||| ||||||||    
T  4672793 tataatgtaacttggaattttgaggttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgacaggcttatcattaatacaggtgata 4672694  T
Q  162 gagtttttcagatatttat 180  Q
    |||  |||||||| |||||    
T  4672693 gagcctttcagatttttat 4672675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 4672881 - 4672837
Alignment:
Q  1 cactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaat 45  Q
    |||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  4672881 cactgcaccagaagctgtttacgtaactgcaagaagttatggaat 4672837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 113; Significance: 2e-57; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 5 - 217
Target Start/End: Original strand, 18925663 - 18925875
Alignment:
Q  5 gcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttactt 104  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||   |||||||    
T  18925663 gcaccagaagttgtatacttaactgcaagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttggaattttgaagttgattctgcctttactt 18925762  T
Q  105 atatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaata 204  Q
    || ||||||| || |||||||| |||||||||  || ||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||||||| | |    
T  18925763 atttggtaagattgcatttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatagatgataatttggctgaacgaaa 18925862  T
Q  205 cgctgatgtgatt 217  Q
     ||||||||||||    
T  18925863 tgctgatgtgatt 18925875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University