View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4513_high_9 (Length: 535)

Name: NF4513_high_9
Description: NF4513
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4513_high_9
NF4513_high_9
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (21-517)||(16236725-16237221)
chr2 (58-517)||(32714168-32714627)
chr2 (25-209)||(160868-161050)
chr2 (463-519)||(158993-159049)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (21-517)||(28575223-28575719)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (17-519)||(20633411-20633913)
chr3 (17-104)||(48823442-48823529)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-519)||(38835905-38836407)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (29-519)||(18568165-18568648)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (293-515)||(5698912-5699134)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 469; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 469; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 16237221 - 16236725
Alignment:
Q  21 gctccgtcagtattgatcttgacccacccaatcggtggttccttccatcccacttcctccaaatgtctctgctgagatgtcacaataacagactttgtta 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  16237221 gctccgtcagtattgatcttgacccacccaatcggtggttccttccatcccacttcctccaaatgtctcagctgagatgtcacaataacagactttgcta 16237122  T
Q  121 ttgcattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgcgtttccttgtttctccaattcca 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16237121 ttgcattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgagtttccttgtttctccaattcca 16237022  T
Q  221 tatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccattccccattatgattccaatagacattagtaaacaaattaaatttaatccaattagataaatca 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16237021 tatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccactccacattgtgattccaatagacattagtaaacaaattaaaattaatccaattagataaatca 16236922  T
Q  321 ccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatct 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16236921 ccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatct 16236822  T
Q  421 catcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatggtagagcatccacataaaatg 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16236821 catcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatggtagagcatccacataaaatg 16236725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 432; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 58 - 517
Target Start/End: Original strand, 32714168 - 32714627
Alignment:
Q  58 gttccttccatcccacttcctccaaatgtctctgctgagatgtcacaataacagactttgttattgcattatgataatcattaacataactcataataat 157  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714168 gttccttccatcccacttcctccaaatgtctcagctgagatgtcacaataacagactttgctattgcattatgataatcattaacataactcataataat 32714267  T
Q  158 atttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgcgtttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccat 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32714268 atttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgagtttccttgtttctccaattccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccac 32714367  T
Q  258 tccccattatgattccaatagacattagtaaacaaattaaatttaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccacta 357  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714368 tccacattgtgattccaatagacattagtaaacaaattaaaattaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccacta 32714467  T
Q  358 cacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccc 457  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714468 cacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccc 32714567  T
Q  458 catcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatggtagagcatccacataaaatg 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714568 catcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatggtagagcatccacataaaatg 32714627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 25 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 161050 - 160868
Alignment:
Q  25 cgtcagtattgatcttgacccacccaatcggtggttccttccatcccacttcctccaaatgtctctgctgagatgtcacaataacagactttgttattgc 124  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||  || ||||| ||||||| | ||| ||| || || ||||||||||    ||| ||||| ||||| ||||    
T  161050 cgtcagtattaatcttgacccaccca-tcggcagtcccttcaatcccaccttctctaaacgtgtcggctgagatgtagttatagcagaccttgttgttgc 160952  T
Q  125 attatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgcgtttccttgttt 209  Q
    | | |||||||||  |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||    
T  160951 aatgtgataatcaccaacacaactcaaaataatatttt-agcatgtaaaggtctttgaaaattatcattatgagtttccttgttt 160868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 463 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 159049 - 158993
Alignment:
Q  463 tatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatggtagagcatccacataaaatgtt 519  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||| ||||| ||| |||||||    
T  159049 tatgcttcctcgaatttgttaacaatctttcataatagaacatccccatgaaatgtt 158993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 517
Target Start/End: Original strand, 28575223 - 28575719
Alignment:
Q  21 gctccgtcagtattgatcttgacccacccaatcggtggttccttccatcccacttcctccaaatgtctctgctgagatgtcacaataacagactttgtta 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  28575223 gctccgtcagtattgatcttgacccacccaatcggtggttccttccatcccacttcctccaaatgtctcagctgagatgtcacaataacagactttgcta 28575322  T
Q  121 ttgcattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgcgtttccttgtttctccaattcca 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28575323 ttgcattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgagtttccttgtttctccaattcca 28575422  T
Q  221 tatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccattccccattatgattccaatagacattagtaaacaaattaaatttaatccaattagataaatca 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28575423 tatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccactccacattgtgattccaatagacattagtaaacaaattaaaattaatccaattagataaatca 28575522  T
Q  321 ccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatct 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28575523 ccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagcctcaatct 28575622  T
Q  421 catcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatggtagagcatccacataaaatg 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28575623 catcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatggtagagcatccacataaaatg 28575719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 435; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 519
Target Start/End: Original strand, 20633411 - 20633913
Alignment:
Q  17 acaagctccgtcagtattgatcttgacccacccaatcggtggttccttccatcccacttcctccaaatgtctctgctgagatgtcacaataacagacttt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||    
T  20633411 acaagctccgtcagtattgatcttgacccacctaatcgctggttccttccatcccacttcctccaaatgtctcggctgagatgtcacaataacaaatttt 20633510  T
Q  117 gttattgcattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgcgtttccttgtttctccaat 216  Q
    | ||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20633511 gctatagcattgtgataatcattaacataaatcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgagtttccttgtttctccaat 20633610  T
Q  217 tccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccattccccattatgattccaatagacattagtaaacaaattaaatttaatccaattagataa 316  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20633611 tccatatagtgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccactccacattattattccaatagacattagtaaacaaattaaatttaatccaactagataa 20633710  T
Q  317 atcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactca 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633711 atcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactca 20633810  T
Q  417 atctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatggtagagcatccacataaaat 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20633811 atctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttgacaatcttccatggtagagcatcgacataaaat 20633910  T
Q  517 gtt 519  Q
    |||    
T  20633911 gtt 20633913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 17 - 104
Target Start/End: Original strand, 48823442 - 48823529
Alignment:
Q  17 acaagctccgtcagtattgatcttgacccacccaatcggtggttccttccatcccacttcctccaaatgtctctgctgagatgtcaca 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  48823442 acaagctccgtcagtattgatcttgacccatccaatcgctggttccttccatcccacttcctctaaatgtcttggctgagatgtcaca 48823529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 419; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 519
Target Start/End: Original strand, 38835905 - 38836407
Alignment:
Q  17 acaagctccgtcagtattgatcttgacccacccaatcggtggttccttccatcccacttcctccaaatgtctctgctgagatgtcacaataacagacttt 116  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  38835905 acaagcttcgttagtattgatcttgacccacgcaatcagtggttccttccatcccacttcctccaaatgtctcggctgagatatcacaataacagacttt 38836004  T
Q  117 gttattgcattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgcgtttccttgtttctccaat 216  Q
    | || | |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  38836005 gctaatacattgtgataataattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttgtcattatgagtttccttgtttctccaat 38836104  T
Q  217 tccatatagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccattccccattatgattccaatagacattagtaaacaaattaaatttaatccaattagataa 316  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  38836105 tccatatagcgtgacaagcggtggcccaaaagtctctccactccacattatgattccaatagacattagtaaacaaattaaatataatccaactagataa 38836204  T
Q  317 atcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactca 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38836205 atcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactgcacacaatcaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactca 38836304  T
Q  417 atctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatggtagagcatccacataaaat 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38836305 atctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatggtagagcattcacataaaat 38836404  T
Q  517 gtt 519  Q
    |||    
T  38836405 gtt 38836407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 29 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 18568648 - 18568165
Alignment:
Q  29 agtattgatcttgacccacccaatcggtggttccttccatcccacttcctccaaatgtctctgctgagatgtcacaa-------taacagactttgttat 121  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||       ||||| |||||||| |    
T  18568648 agtattgatcttgacccacccaattggtggtaccttccatcccacttccgccaaatgtctcggctgagatgtcacaactcacaataacaaactttgttgt 18568549  T
Q  122 tgcattatgataatcattaacataactcataataatatttttagcatgtaaaggtctttggtagttatcattatgcgtttccttgtttctccaattccat 221  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||     
T  18568548 tgcattgtgataatcgttaacataactca--ataatatttttagcatgtaaaggtgtttggtaattattattatgagtttccttgtttctccaattccaa 18568451  T
Q  222 atagcgtgacaagcagtggcccaaaagtctctccattccccattatgattccaa-tagacattagtaaacaaattaaatttaatccaattagataaatca 320  Q
    ||||||||           ||||||||| |||||| ||  |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||    
T  18568450 atagcgtg-----------cccaaaagtttctccactctacattatgattcctagtagacattagtaaacaaattaaatttaatccaatgcgataaacca 18568362  T
Q  321 ccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtccctcaaaacatgaatttcagactcaatct 420  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| |||| | |||||| ||||||||||||  |||| |||||||||||||||||    
T  18568361 ccttcaaa-aaacttgttcttgcagcaaagtccactacacacaacgaaattgccatcgcttttagacagtccctcagtacataaatttcagactcaatct 18568263  T
Q  421 catcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttccatggtagagcatccacataaaatgtt 519  Q
     ||||||||| |||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  18568262 gatcatgacaaaacctacacatttgattaccaatccacatcttatgcttcctc-aatttgttaacaatcttccatgatagagcttccacataaaatgtt 18568165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 63; Significance: 4e-27; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 293 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 5699134 - 5698912
Alignment:
Q  293 attaaatttaatccaattagataaatcaccttcaaagaaacttgttcttgcagcattgtccactacacacaaccaaagtgccgtggcttttggacagtcc 392  Q
    |||||| || ||||||| ||||| ||||||||||||||||  ||  ||| ||| | | || ||||| | || ||| || |||   ||||||||||| ||     
T  5699134 attaaaattgatccaatgagatagatcaccttcaaagaaagctgcccttccagtagtatctactaccctcatccagagagccaaagcttttggacaatct 5699035  T
Q  393 ctcaaaacatgaatttcagactcaatctcatcatgacagaacctacacataggattaccaatccccatcttatgcttcctcaaatttgttaacaatcttc 492  Q
    || ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || |||||||| ||| | |||||||||||||||  | ||||||||| ||||| ||||||||    
T  5699034 cttaaaacatgaatctcagactcaatcacatcatgacaaaaactacacattggacttccaatccccatcttactcctcctcaaatatgttagcaatcttc 5698935  T
Q  493 catggtagagcatccacataaaa 515  Q
    |||| || |  ||||||||||||    
T  5698934 catgatatataatccacataaaa 5698912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University