View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4513_low_8 (Length: 557)

Name: NF4513_low_8
Description: NF4513
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4513_low_8
NF4513_low_8
[»] chr7 (32 HSPs)
chr7 (1-545)||(22831442-22832003)
chr7 (1-302)||(22805720-22806027)
chr7 (1-303)||(22840463-22840772)
chr7 (1-269)||(22815438-22815715)
chr7 (1-196)||(22810055-22810252)
chr7 (1-212)||(22858830-22859041)
chr7 (1-255)||(22842575-22842843)
chr7 (1-236)||(22876327-22876567)
chr7 (83-302)||(22885988-22886210)
chr7 (1-239)||(22894355-22894606)
chr7 (1-161)||(22898674-22898836)
chr7 (305-454)||(22810396-22810543)
chr7 (1-167)||(22889703-22889868)
chr7 (33-239)||(22873589-22873794)
chr7 (128-239)||(22841175-22841286)
chr7 (335-464)||(22859131-22859261)
chr7 (335-455)||(22806079-22806199)
chr7 (1-196)||(22880975-22881158)
chr7 (335-451)||(22842942-22843059)
chr7 (399-461)||(22894792-22894854)
chr7 (406-461)||(22841490-22841545)
chr7 (483-538)||(22843080-22843135)
chr7 (351-462)||(22886284-22886396)
chr7 (399-464)||(22816032-22816095)
chr7 (483-545)||(22816243-22816305)
chr7 (483-540)||(22874013-22874070)
chr7 (401-461)||(22899055-22899113)
chr7 (238-289)||(22810292-22810343)
chr7 (1-32)||(22885938-22885969)
chr7 (492-526)||(22886423-22886457)
chr7 (1-46)||(22914079-22914124)
chr7 (401-461)||(22840890-22840950)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-290)||(21150029-21150303)
chr1 (369-460)||(21149819-21149910)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 32)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 545
Target Start/End: Original strand, 22831442 - 22832003
Alignment:
Q  1 catcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22831442 catcaagatataaatgtgatgattggaaaccattatagatgaaactgctgtcttcacttgctacaaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagctt 22831541  T
Q  101 gtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtgtttattatttataagattttgtccaaagtgaagtaaaaattgcat 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831542 gaggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttgtgtagttctgttcggtgtttattatttataagattttgtccaaagtgaagtaaaaattgcat 22831641  T
Q  201 gcctaatttgggacctactaagaaatatcctggaacctagctacgaattattactgaaagaaacatcacttgacaaggtttcttaaattgccttatcatc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22831642 gcctaatttgggacctactaagaaatgtcctggaacctagctacgaattattactgaaagaaacatcacttgacaaagtttcttaaattgccttatcatc 22831741  T
Q  301 tg------------------acatgaatgtgttacacatttgaataaatgagcacattcgaagcacaaattttctttccatctgtagtagtgggggaata 382  Q
    ||                  | || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22831742 tgagatatttagtttagtgaaaattaatgtgttacacatttgaataaatgagcacatttgaaccacaatttttctttccatctgtagttgtgggggaata 22831841  T
Q  383 tttttcaacgtattcatattaagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatcaatgtcgtctaaattctt-aaagtgnnnnnnnnnnnncc 481  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||             |    
T  22831842 tttttcaacgtattcatattaagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatcaatgtcgtctaaattcttaaaagtgttttttttttt--c 22831939  T
Q  482 ttttcaaacttgaatgtgtggacttgacaagttactattgattatgctgcaaatcaaatgatga 545  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831940 ttttcaaacttgaatgtgtggacttgacaagttactattgattatgctgcaaatcaaatgatga 22832003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 302
Target Start/End: Original strand, 22805720 - 22806027
Alignment:
Q  1 catcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22805720 catcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatcttcacttgctactaatgtaacatgaaaaaacaacataaacacaagttt 22805819  T
Q  101 gtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtgtttattatttataagattttgtccaaagtgaagtaaaaattgcat 200  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||     
T  22805820 gaggaacatgattatagtttgagaatgaataatgcttgtgtagttctgttcggtgtttattatttataagattttgtcctaagtgaagaaaaaattgcaa 22805919  T
Q  201 gcctaatttgggacctactaagaaatatcctggaaccta-----gctacgaattattactgaaagaaacatcacttgacaaggtttcttaaattgcc-tt 294  Q
    | |||||||||| |||| |||||||| ||||||||| ||     ||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||| |||| || |||||||| ||    
T  22805920 gtctaatttgggtcctagtaagaaatgtcctggaacataacttagctacgaatcatttctaaaagaaacatcacatgacatggttactaaaattgccttt 22806019  T
Q  295 atcatctg 302  Q
    ||||||||    
T  22806020 atcatctg 22806027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 303
Target Start/End: Original strand, 22840463 - 22840772
Alignment:
Q  1 catcaagatataaatgtgatgattggaatccattat------agatgaaactgttatctttacttgccaccaatgtaacaagaaaaaacaacataaacac 94  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||      ||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  22840463 catcaagatataaatttgatgattggaatccattatatttatagatgaaactgttgtctatacttgctaccaatgtaacatgaaaaaacaacatgaacac 22840562  T
Q  95 aagtttgtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtgtttattatttataagattttgtccaaagtgaagtaaaaa 194  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||  |||||    
T  22840563 aagtttgatgaacatgattatagtttgtgaataaatgatgcttctgtagttctgtttggtgtttattatttataagattttgtggtaagtgaaagaaaaa 22840662  T
Q  195 ttgcatgcctaatttgggacctactaagaaatatcctggaacctagctacgaattattactgaaagaaacatcacttgacaaggtttcttaaattgcc-t 293  Q
    || |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||| ||||| || || ||||| |    
T  22840663 tttcatgtctaatttgggtcctactaagaaatgtcctggaacctagctacgaattatttctgaaagaaacatttcatgaccaggttactaaatttgcctt 22840762  T
Q  294 tatcatctga 303  Q
    ||||||||||    
T  22840763 tatcatctga 22840772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 269
Target Start/End: Original strand, 22815438 - 22815715
Alignment:
Q  1 catcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagttt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||    
T  22815438 catcaagatttaaatgtgatgattggaatccattatatatgaaactgttgtctacacttgctaccaatgtaacgagaaaaaacaacatgaacacatgttt 22815537  T
Q  101 gtggaacatgatta-tagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtg-tttattatttataagattttgtccaaagtgaagtaaaaattgc 198  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || ||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||    
T  22815538 gaggaacatgattattagtttgtgaatgaacaatgcttctgtagttctgtttgatgttttgttatttataagattttgtgctaagtgaaggaaaaattgc 22815637  T
Q  199 atgcctaatttgggacc----tactaagaaatatcctggaacctagctacga---attattactgaaagaaacatcac 269  Q
    ||| |||||||||| ||    ||||||||||| ||||||||| |||||| ||   ||||||||| |||||||||||||    
T  22815638 atgtctaatttgggtcctaggtactaagaaatgtcctggaacttagctaggaattattattactaaaagaaacatcac 22815715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Original strand, 22810055 - 22810252
Alignment:
Q  1 catcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  22810055 catcaagatataaatgtgatgattggaaaccattatagatgaaactgttatctttacttgctactaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagctt 22810154  T
Q  101 gtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagtt---ctgttcggtgtttattatttataagattttgtccaaagtgaagtaaaaatt 196  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||  |||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||    
T  22810155 gaggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgctgttcaatgtttattatttataagatttt-ttctaagtgaagaaaaaatt 22810252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 22858830 - 22859041
Alignment:
Q  1 catcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||||||| ||| | |||||||| ||||  ||    
T  22858830 catcaagatataaatgtgatgattggaatcctttatagatgaaaccgttgtcttcacttgctaccaatgtaacaagcaaacataacataaagacaaactt 22858929  T
Q  101 gtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtgtttattatttataagattttgtccaaagtgaagtaaaaattgcat 200  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||    
T  22858930 gaggaacatgattttagtttgtgaatgaacaatgcttgtgtagttctgttcggtgtttgttatttataagattttgtgctaagtgaaggaaaaattgcat 22859029  T
Q  201 gcctaatttggg 212  Q
    | ||||||||||    
T  22859030 gtctaatttggg 22859041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 255
Target Start/End: Original strand, 22842575 - 22842843
Alignment:
Q  1 catcaagatataaatgtgatgattggaatcc------attatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatgtaacaagaaaaaacaacataaacac 94  Q
    |||||||||| |||||  |||||||||||||      |||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22842575 catcaagatacaaatgaaatgattggaatcctctattattatagatgaaactgttgtcttcacttgctaccaatgtaacaagaaaaaacaacataaacac 22842674  T
Q  95 aagtttgtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagtt---ctgttcggtgtttattatttataagattttgtccaaagtgaag-ta 190  Q
    ||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||  |||||||||||||||||||||||| | |||||||| |     
T  22842675 aagcttgaggaacatgattattgtttgtgaatgaacaatgcttctgtagttctgctgttcaatgtttattatttataagattttgtgccaagtgaagatg 22842774  T
Q  191 aaaattgcatgcctaatttgggacctactaagaaatatcctggaacct-----agctacgaattattact 255  Q
    |||||  ||   |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||     |||||||||||||||||    
T  22842775 aaaatacca-atctaatttgggtcctactaagaaatgtcctggaacctaactcagctacgaattattact 22842843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 22876327 - 22876567
Alignment:
Q  1 catcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagttt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  |    
T  22876327 catcaagatataaatttgatgattggaatccattatagatgaaactgttttcttcacttgctaccaatgtaacaagataaaacaacatgaacacaagcct 22876426  T
Q  101 gtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtgtttattatttat------aagattttgtccaaagtgaagtaaaaa 194  Q
    |  |||||||||||||||||||| || |||||||||| || |||||||||   ||||||||||||||       | ||||||||| |||||||| |||||    
T  22876427 gaagaacatgattatagtttgtggat-aataatgcttatgcagttctgttgattgtttattatttattatttatatattttgtcctaagtgaagaaaaaa 22876525  T
Q  195 ttgcatgcctaatttgggacctactaagaaatatcctggaac 236  Q
    ||||| | |||||||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  22876526 ttgcaagtctaatttggatcctactaagaaatgtcctggaac 22876567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 83 - 302
Target Start/End: Original strand, 22885988 - 22886210
Alignment:
Q  83 caacataaacacaagtttgtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcg--------gtgtttattatttataagattt 174  Q
    |||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||    
T  22885988 caacatgaacacaagtctgaggaacatgattatagtttgagaatgaatcatgcttctgtagttctgttcgagtgttcggtgtttattatttataagattt 22886087  T
Q  175 tgtccaaagtgaagtaaaaattgcatgcctaatttgggacctactaagaaatatcctggaacctagctacgaattattactgaaagaaacatcacttgac 274  Q
    ||| | |||||||| |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||      
T  22886088 tgtgctaagtgaaggaaaaattgcatgtctaattcgggtcctactaagaaatttcctagaacctagctacgaattattactaaaagaaacatcacatg-- 22886185  T
Q  275 aaggtttcttaaattgccttatcatctg 302  Q
       ||| || ||||||||||||||||||    
T  22886186 ---gttactaaaattgccttatcatctg 22886210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 22894355 - 22894606
Alignment:
Q  1 catcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagttt 100  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||||| || |||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  22894355 catcaagatacaaatgagatgattggaaatcattatagatgaaacttttgtcttcacttggtaccaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagcct 22894454  T
Q  101 gtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtgtttattatt--------------tataagattttgtccaaagtga 186  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  |||||||||| ||||||||||||              ||||||||||||||| | ||||    
T  22894455 gaggaacatgattatagtttgtgaat-aataatgcttatacagttctgttcagtgtttattatttattatttattatgtataagattttgtcctaggtga 22894553  T
Q  187 agtaaaaattgcatgcctaatttgggacctactaagaaatatcctggaaccta 239  Q
    || |||||||||| | |||||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  22894554 agaaaaaattgcaagtctaatttgggtcctactaagaaatgtcttggaaccta 22894606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 161
Target Start/End: Original strand, 22898674 - 22898836
Alignment:
Q  1 catcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||    
T  22898674 catcaagatataaatgtgatgattggaaaccattatagatgaaactgttatctttacttgctaccaatgtaacatgaaaaaacaacatgaacgcaagctt 22898773  T
Q  101 gtggaacatgatta---tagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtgtttatt 161  Q
    | ||||||||||||   |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||  |||||||||    
T  22898774 gaggaacatgattatagtagtttgtgaat-aataatgattctgtagttctgtttagtgtttatt 22898836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 305 - 454
Target Start/End: Original strand, 22810396 - 22810543
Alignment:
Q  305 atgaatgtgttacacatttgaataaatgagcacattcgaagcacaaattttctttccatctgtagtagtgggggaatatttttcaacgtattcatattaa 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  22810396 atgaatgtgttacacatttgaataaatgtgcacatttgaaccaca--ttttctttccatctgtagtagcgggggaatgtttttcaacgtttacatattaa 22810493  T
Q  405 gtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatcaatgtcgtcta 454  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||    
T  22810494 gtgttcgatgctaaattgaatatgtgaaattaaatcatcaaagtcgtcta 22810543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 167
Target Start/End: Original strand, 22889703 - 22889868
Alignment:
Q  1 catcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||| || |    
T  22889703 catcaagatataaatgtgatgattggaatccattatatatgaaactgttgtcttcacttgcaaccaatgtaacatgaaaaaacaacatgaacacatgtct 22889802  T
Q  101 gtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtgtttattatttat 167  Q
    | ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |  ||||| ||||  ||||| ||||||||    
T  22889803 gaggaacatgattataggttgtgaat-aataatgcttatacagttcggttcattgtttcttatttat 22889868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 33 - 239
Target Start/End: Original strand, 22873589 - 22873794
Alignment:
Q  33 ttatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagtttgtggaacatgattatagtttgtgaatgaataa 132  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||| || |||||||||||| |||||||||| | ||||||  || ||||||||||||| | |||||||| |||||    
T  22873589 ttatagatgaaactgttgtcttcacttgctactaatgtaacaagataaaacaacatgagcacaagcctgaggaacatgattatggattgtgaat-aataa 22873687  T
Q  133 tgcttctgtagttctgttcggtgtttattatttataagattttgtccaaagtgaagtaaaaattgcatgcctaatttgggacctactaagaaatatcctg 232  Q
    ||||| || |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| ||||| | |  ||||||  ||| || |||||||||| |    
T  22873688 tgcttatgcagttctattcagtgtttattatttatatgattttgtcctaagtgaagaaaaatttgcaggtcacatttggttcctgcttagaaatatcccg 22873787  T
Q  233 gaaccta 239  Q
    |||||||    
T  22873788 gaaccta 22873794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 128 - 239
Target Start/End: Original strand, 22841175 - 22841286
Alignment:
Q  128 aataatgcttctgtagttctgttcggtgtttattatttataagattttgtccaaagtgaagtaaaaattgcatgcctaatttgggacctactaagaaata 227  Q
    |||||| ||| || |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | || ||||||| |||||||||||||     
T  22841175 aataattcttatgcagttatgttcagtgtttattatttataagattttgtccaaagtgaagaaaaaattgcaagtcttatttgggtcctactaagaaatg 22841274  T
Q  228 tcctggaaccta 239  Q
    ||||||||||||    
T  22841275 tcctggaaccta 22841286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 335 - 464
Target Start/End: Original strand, 22859131 - 22859261
Alignment:
Q  335 cacattcgaagcacaaattttctttccatctgtagtagtgggggaatatttttcaacgtattcatatt--aagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaa 432  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||  ||||  ||||||| ||||||||| ||||||    
T  22859131 cacatttgaaccacaaattttctttccatctgtagtagtgggggaatgtttttcaacgtttatatattcgaagt-cttgatgcaaaattgaatatgtgaa 22859229  T
Q  433 attaaaacatcaatgtcgtctaaattcttaaa 464  Q
    |||||||||| ||||| |||||| ||||||||    
T  22859230 attaaaacattaatgttgtctaatttcttaaa 22859261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 335 - 455
Target Start/End: Original strand, 22806079 - 22806199
Alignment:
Q  335 cacattcgaagcacaaattttctttccatctgtagtagtgggggaatatttttcaacgtattcatattaagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaat 434  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||  ||||||||||||  ||| |||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22806079 cacatttgaaccacaaattttctttccaattgtagtagtgggtaaatgtttttcaatgtttacatattaagtgtttgatgctaaattgaatatgtgaaat 22806178  T
Q  435 taaaacatcaatgtcgtctaa 455  Q
     || |||||| ||| ||||||    
T  22806179 caagacatcagtgttgtctaa 22806199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Original strand, 22880975 - 22881158
Alignment:
Q  1 catcaagatataaatgtgatgattggaatccatt------atagatgaaactgttatctttacttgccaccaatgtaacaagaaaaaacaacataaacac 94  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||      ||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22880975 catcaagatataaatgtgatgaatggaatccattgtatttatagatgaaactgttttcttcacttgctatcaatgtaacaagaaaaaacaacataaacac 22881074  T
Q  95 aagtttgtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtgtttattatttataagattttgtccaaagtgaagtaaaaa 194  Q
    |         |||    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    | |||| |  |||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  22881075 a---------aac----ttatagtttgtgaatgaataatacttctgtagttct----gatgttca-aatttataagattttgtcctaagtgaagaaaaaa 22881156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 335 - 451
Target Start/End: Original strand, 22842942 - 22843059
Alignment:
Q  335 cacattcgaagcacaaattttctttccatctgtagtagtgggggaatattttt-caacgtattcatattaagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaa 433  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||| |||  | | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22842942 cacatttgaaccacaaattttctttccaactgtagtagtgggtaaatgttttttcaatttttacatattaagtgtttgatgctaaattgaatatgtgaaa 22843041  T
Q  434 ttaaaacatcaatgtcgt 451  Q
    | |||||||| |||||||    
T  22843042 tcaaaacatctatgtcgt 22843059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 399 - 461
Target Start/End: Original strand, 22894792 - 22894854
Alignment:
Q  399 tattaagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatcaatgtcgtctaaattctt 461  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22894792 tattgagtgtttgatgctaaattgaatatgtgaaattaaaacatcaatgtcgtctaatttctt 22894854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 406 - 461
Target Start/End: Original strand, 22841490 - 22841545
Alignment:
Q  406 tgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatcaatgtcgtctaaattctt 461  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22841490 tgtttgatgctaaattgaatatgtgaaattaaaacatcaatgtcgtctaatttctt 22841545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 483 - 538
Target Start/End: Original strand, 22843080 - 22843135
Alignment:
Q  483 tttcaaacttgaatgtgtggacttgacaagttactattgattatgctgcaaatcaa 538  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22843080 tttcacacttgaatgtgtggacttgaccagttactattgattatgctgcaaatcaa 22843135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 351 - 462
Target Start/End: Original strand, 22886284 - 22886396
Alignment:
Q  351 attttctttccatctgtagtagtgggggaatatttttc-aacgtattcatattaagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatcaatgtc 449  Q
    ||||| |||||| | ||||||||||| |||| |||||  ||| | | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  ||||||||     
T  22886284 attttttttccaacagtagtagtgggtgaatgtttttttaacatttacatattaagtgtttgatgctaaattgaatatgtgaaatttaattatcaatgtg 22886383  T
Q  450 gtctaaattctta 462  Q
     ||||| ||||||    
T  22886384 ttctaatttctta 22886396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 399 - 464
Target Start/End: Original strand, 22816032 - 22816095
Alignment:
Q  399 tattaagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatcaatgtcgtctaaattcttaaa 464  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  22816032 tattaagtgtttgatgctaaattgaa--tatgaaattaaaacatcagtgtcatctaatttcttaaa 22816095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 483 - 545
Target Start/End: Original strand, 22816243 - 22816305
Alignment:
Q  483 tttcaaacttgaatgtgtggacttgacaagttactattgattatgctgcaaatcaaatgatga 545  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22816243 tttcacacttgaatgtgtggccttgacctattactattgattatgctgcaaataaaatgatga 22816305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 483 - 540
Target Start/End: Original strand, 22874013 - 22874070
Alignment:
Q  483 tttcaaacttgaatgtgtggacttgacaagttactattgattatgctgcaaatcaaat 540  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  22874013 tttcacacttgaatgtgtggacttgaccggttactattgattatgctgtaaataaaat 22874070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 401 - 461
Target Start/End: Original strand, 22899055 - 22899113
Alignment:
Q  401 ttaagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatcaatgtcgtctaaattctt 461  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||    
T  22899055 ttaagtgtttgat-ctaaattgaatatgtgaaatt-aaacatcaatgtcatctatattctt 22899113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 238 - 289
Target Start/End: Original strand, 22810292 - 22810343
Alignment:
Q  238 tagctacgaattattactgaaagaaacatcacttgacaaggtttcttaaatt 289  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| || |||||    
T  22810292 tagctacgaattattacttaaagaaacatcacatgacatggttactaaaatt 22810343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 32
Target Start/End: Original strand, 22885938 - 22885969
Alignment:
Q  1 catcaagatataaatgtgatgattggaatcca 32  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22885938 catcaagatataaatgtgatgattggaatcca 22885969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 492 - 526
Target Start/End: Original strand, 22886423 - 22886457
Alignment:
Q  492 tgaatgtgtggacttgacaagttactattgattat 526  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22886423 tgaatgtgtggacttgaccagttactattgattat 22886457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #31
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 46
Target Start/End: Original strand, 22914079 - 22914124
Alignment:
Q  1 catcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaact 46  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||    
T  22914079 catcaagatataaatgtgatgatttgaaaccattatatgtgaaact 22914124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 401 - 461
Target Start/End: Original strand, 22840890 - 22840950
Alignment:
Q  401 ttaagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatcaatgtcgtctaaattctt 461  Q
    |||| |||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  22840890 ttaaatgtttgatgcaaaaatgaatatatgaaattaaaacatcaatgttttctaatttctt 22840950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 160; Significance: 5e-85; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 21150303 - 21150029
Alignment:
Q  1 catcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatctttacttgccaccaatgtaacaagaaaaaacaacataaacacaagttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||    
T  21150303 catcaagatataaatgtgatgattggaatccattatagatgaaactgttatcttcacttgctaccaatgtaacaagattaaacaacataaacacaagctt 21150204  T
Q  101 gtggaacatgattatagtttgtgaatgaataatgcttctgtagttctgttcggtgtttattatttataagattttgtccaaagtgaagtaaaaattgcat 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||    
T  21150203 gaggaacatgattatagtttgtgaatgaacaatgcttctgtagttctgtttgatgtttattatttataagattttgtgctaagtgaaggaaaaattgcat 21150104  T
Q  201 gcctaatttgggacctactaagaaatatcctggaacctagctacgaattattactgaaagaaacatcacttgacaaggtttcttaaattg 290  Q
    |                ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| || ||||||    
T  21150103 g---------------tctaagaaatgtccgggaacctagctacgaattattactaaaagaaacatcacatgacatggttactaaaattg 21150029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 369 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 21149910 - 21149819
Alignment:
Q  369 gtagtgggggaatatttttcaacgtattcatattaagtgtttgatgctaaattgaatgtgtgaaattaaaacatcaatgtcgtctaaattct 460  Q
    |||||||| |||| |||||||| || | | | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21149910 gtagtgggtgaatgtttttcaatgtttacgtgttaagtgtttgatgctaaattgaatatgtgaaattaaaacatcaatgtcgtctaatttct 21149819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University