View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4514_high_4 (Length: 422)

Name: NF4514_high_4
Description: NF4514
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4514_high_4
NF4514_high_4
[»] chr2 (29 HSPs)
chr2 (71-392)||(9026675-9026997)
chr2 (71-384)||(9020744-9021058)
chr2 (71-398)||(8973195-8973523)
chr2 (71-401)||(9016375-9016704)
chr2 (71-285)||(9008018-9008232)
chr2 (118-407)||(9030274-9030557)
chr2 (71-386)||(8984588-8984900)
chr2 (168-411)||(8992018-8992262)
chr2 (163-412)||(8988322-8988574)
chr2 (130-411)||(9023319-9023585)
chr2 (215-392)||(9031942-9032120)
chr2 (209-366)||(8979237-8979395)
chr2 (102-289)||(43850042-43850228)
chr2 (143-288)||(32918074-32918218)
chr2 (71-285)||(30733985-30734199)
chr2 (102-280)||(19232328-19232504)
chr2 (74-293)||(30731997-30732216)
chr2 (165-357)||(2841008-2841201)
chr2 (253-392)||(8975584-8975724)
chr2 (99-190)||(8913027-8913118)
chr2 (302-412)||(8996226-8996339)
chr2 (337-393)||(9007956-9008012)
chr2 (174-275)||(10763878-10763978)
chr2 (215-280)||(6471749-6471813)
chr2 (215-278)||(35701893-35701956)
chr2 (71-115)||(8992299-8992343)
chr2 (146-229)||(8996343-8996426)
chr2 (244-279)||(39814115-39814150)
chr2 (138-251)||(17275862-17275974)
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (71-412)||(33987938-33988280)
chr1 (71-289)||(38175426-38175644)
chr1 (143-293)||(14654309-14654458)
chr1 (143-293)||(14664100-14664249)
chr1 (71-282)||(14652525-14652736)
chr1 (71-282)||(14662316-14662527)
chr1 (74-293)||(14708567-14708786)
chr1 (74-291)||(28366098-28366315)
chr1 (163-293)||(14669698-14669827)
chr1 (163-293)||(14706077-14706206)
chr1 (143-292)||(14674471-14674619)
chr1 (74-293)||(14716280-14716499)
chr1 (143-289)||(14681592-14681737)
chr1 (163-289)||(14683743-14683868)
chr1 (143-292)||(14679849-14679997)
chr1 (102-279)||(11872408-11872585)
chr1 (201-289)||(14676625-14676713)
chr1 (164-285)||(14667101-14667221)
chr1 (215-276)||(37422175-37422236)
chr1 (215-286)||(28698549-28698620)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (74-357)||(3461042-3461325)
chr4 (80-357)||(11652298-11652575)
chr4 (131-291)||(50077156-50077315)
chr4 (71-290)||(49106425-49106644)
chr4 (81-289)||(49108539-49108747)
chr4 (78-281)||(26984572-26984773)
chr4 (163-281)||(26998729-26998846)
chr4 (82-254)||(21503706-21503877)
chr4 (220-281)||(48205832-48205893)
chr4 (222-275)||(6431957-6432010)
chr4 (215-280)||(41013586-41013651)
chr4 (236-275)||(26982549-26982588)
chr4 (241-277)||(34481155-34481191)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (80-357)||(41841058-41841335)
chr8 (102-282)||(40054312-40054491)
chr8 (81-288)||(44878977-44879183)
chr8 (81-288)||(44880738-44880944)
chr8 (143-285)||(10944368-10944509)
chr8 (215-357)||(42555123-42555266)
chr8 (138-280)||(37679757-37679898)
chr8 (129-282)||(37682057-37682209)
chr8 (215-357)||(42220886-42221027)
chr8 (215-358)||(42091944-42092087)
chr8 (81-265)||(44582870-44583053)
chr8 (239-289)||(42872514-42872564)
chr8 (100-190)||(42554588-42554678)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (78-323)||(3643599-3643843)
chr5 (164-357)||(1716441-1716634)
chr5 (80-289)||(7524961-7525170)
chr5 (163-278)||(4103249-4103363)
chr5 (85-280)||(16037861-16038053)
chr5 (215-275)||(19261156-19261216)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (80-291)||(10795795-10796006)
chr6 (74-291)||(10791551-10791768)
chr6 (102-282)||(30521242-30521421)
chr6 (215-280)||(8875691-8875756)
chr6 (175-275)||(21216032-21216131)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (101-282)||(27134511-27134691)
chr7 (163-276)||(8128149-8128260)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (234-280)||(15758562-15758608)
[»] scaffold0549 (1 HSPs)
scaffold0549 (121-190)||(5487-5556)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 29)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 71 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 9026997 - 9026675
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 170  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9026997 ttgaacttgaattggaggggtgtgccagccaatgcaatagtgcaaagcataggcgacacttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccca 9026898  T
Q  171 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9026897 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 9026798  T
Q  271 agaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatag 369  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  9026797 agaaaggtatgagttgaaagatgaattcgcttatgcttttatataccacatcccttcacttgctttcttgaacaaccgatatgggacttttttgaaacag 9026698  T
Q  370 cttgcttggtaaactctcttcct 392  Q
    ||||||||||| ||| |||||||    
T  9026697 cttgcttggtagactttcttcct 9026675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 71 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 9021058 - 9020744
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 170  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  9021058 ttgaacttgaattggtggggtgcaccaacctatgcaatagtgcaacacataggtgacacttgagaagcccaatagcaagttattgaaatggcctctcacc 9020959  T
Q  171 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 270  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||   ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9020958 ctcaaaaaagtaatttaatactgtagtgacccattgggccacatctcagatattaaattgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 9020859  T
Q  271 agaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatag 369  Q
    ||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9020858 agaaatgtatgaattgaaagatgaactcgcttatggttttatatatcacatccattcacttgctttcatgaacaaccgatgtaggacttttttgaaatag 9020759  T
Q  370 cttgcttggtaaact 384  Q
    |||||||||||||||    
T  9020758 cttgcttggtaaact 9020744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 71 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 8973523 - 8973195
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 170  Q
    |||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||||  |||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8973523 ttgaacttgaattggtggggcgcgccagctcatgcaatagtgcaacgcatatgcaacacttgagaaacccaacagcaagctattgaaatggtctctcccc 8973424  T
Q  171 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 270  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8973423 cttaaaaaagtaatttaatattgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactaataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 8973324  T
Q  271 agaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatag 369  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||  ||| || |||||||| |||||||||||| ||    
T  8973323 agaaaggtatgagttgaaagatgaactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttactttctggaataatcgatgtggaacttttttgaaacag 8973224  T
Q  370 cttgcttggtaaactctcttcctaacact 398  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||    
T  8973223 tttgcttggtagactctcttcctaacact 8973195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 71 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 9016704 - 9016375
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 170  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||| ||  |||| || || |   ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9016704 ttgaacttgaattggtggggttcaccaaccaatgtaatagtgtaacacataagcaacac---agaaatccaatagcaagctattgaaattgtctctcccc 9016608  T
Q  171 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaa---actgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9016607 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactactgataagaacagatactacatttgatcttagccaaaagg 9016508  T
Q  268 ccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaa 366  Q
     |||  |||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||| |||||||||| | |||||||    
T  9016507 tcgaataaggtatgagttaaaagatgaactcgcttatgcttttatatatcacatcctttcacttgctttcttgaacaactgatgtgggacatctttgaaa 9016408  T
Q  367 tagcttgcttggtaaactctcttcctaacactttc 401  Q
     ||| ||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  9016407 cagcatgcttggt--agtctcttcctaacactttc 9016375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 71 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 9008232 - 9008018
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 170  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| |  ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  9008232 ttgaactagaattggtggggtgtgccagcgaatgcaatagtgcaaagcataggcgacacttgagaaacccaataacaagttattgaaatggcctctcccc 9008133  T
Q  171 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9008132 ctcaaaaaagtaatttaatactgttatgacccattgggccactaatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 9008033  T
Q  271 agaaaggtatgagtt 285  Q
    |||||||||||||||    
T  9008032 agaaaggtatgagtt 9008018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 118 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 9030557 - 9030274
Alignment:
Q  118 cataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatc 217  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||  ||    
T  9030557 cataggcgacacttgagaagcccaatagcaagctattgaac----ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgt-gtgacccattgagccacttctc 9030463  T
Q  218 aaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatc 317  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||  || ||||||| |||||||||||    
T  9030462 aaatattaaattgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccaagaaaaatatgagttgaaagatgaacttgcttatgcttttatatatc 9030363  T
Q  318 acatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcctaacactttcttcctc 407  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||||||  |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  9030362 acatcccttcacttgcattcttgaacagtcgatgtgggactttcttgaaacagcttgcttggtaga--ctcttcctaacactttcttcctc 9030274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 71 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 8984900 - 8984588
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 170  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| || ||||||||||| ||  || |||| ||     | || || ||| |||||||||||||||||  ||| ||     
T  8984900 ttgaacttgaattggtggggtgtgccacccaatgcaatagtgtaacacagaggcaaca----aaaagccaaatcgcaagctattgaaatggcatctacct 8984805  T
Q  171 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 270  Q
    |||||||||| ||||||| ||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8984804 ctcaaaaaagcaatttaaaaccattgtgacccattaggccactaatcaaatattaaactaataagaacaaatactacacttgatcttagccaaaaggccg 8984705  T
Q  271 agaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatag 369  Q
    ||||||||||||||||||| |||  || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8984704 agaaaggtatgagttgaaatatgaacttgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttgttttcttgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatag 8984605  T
Q  370 cttgcttggtaaactct 386  Q
    |||| |||||| |||||    
T  8984604 cttgtttggtagactct 8984588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 168 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 8992262 - 8992018
Alignment:
Q  168 cccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 267  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  8992262 cccctcaaaaaagtaatttaatattattgtgacccattgggccactaatcagatattgaactcataagaacatatactacacttgatcttagccaaaaga 8992163  T
Q  268 ccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaa 366  Q
    | |||||||| ||||||| ||||| |  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |||| |||||||||||||||||||    
T  8992162 ctgagaaaggcatgagttaaaagacgaactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttactttcttgaataaccaatgtgggacttttttgaaa 8992063  T
Q  367 tagcttgcttggtaaactctcttcctaacactttcttcctccttt 411  Q
     || |||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  8992062 cagtttgcttggtagactctcttcctaacactctctttctccttt 8992018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 163 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 8988574 - 8988322
Alignment:
Q  163 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 262  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  8988574 ctctcaccctcaaaaaagtaatttaatattgttgagaaccattgagtcactgatcaaatattaaactgataagaacaaatactacacttgatcttcgcca 8988475  T
Q  263 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttt 361  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||||| |||    
T  8988474 aaaggccaagaatggtataagttgaaagatgaactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttgctttcttgaacagtcgatgtgggactattt 8988375  T
Q  362 tgaaatagcttgcttggtaaactctcttcct--aacactttcttcctcctttg 412  Q
    ||||| | ||||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||||    
T  8988374 tgaaacaacttgcttggtagactcacttcctaaaacactttcttcctcctttg 8988322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 130 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 9023585 - 9023319
Alignment:
Q  130 ttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaact 229  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||     ||||||||         |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9023585 ttgagaagcccaatagcaagctattgaaaaagcctctccccctcaaaaa-----tttaatac---------ccattgggccactaatcagatattaaact 9023500  T
Q  230 gataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatc-cctcac 328  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||| | ||||    
T  9023499 aataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagttggactcgcttatgcttttatatatcacatctcttcac 9023400  T
Q  329 ttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcct--aacactttcttcctccttt 411  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||    |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  9023399 ttgatttcttgaacaaccgatgtgggactttttttgaa----ttgcttggtagactctcttcctaaaacactttcttcctccttt 9023319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 215 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 9032120 - 9031942
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatat 314  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||    
T  9032120 atcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttaaccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgaattcgcttatgcttttatat 9032021  T
Q  315 atcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcct 392  Q
    | |||||||| |||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||    
T  9032020 accacatcccttcacttgctttcttgaacaatcgatatgagacttttttgaaacagcttgcttggtagactttcttcct 9031942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 209 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 8979395 - 8979237
Alignment:
Q  209 ccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggtt 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||    
T  8979395 ccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgaacttgcttatgctt 8979296  T
Q  309 ttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaa 366  Q
    ||||||||||  |||| ||||||| || | ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8979295 ttatatatcaagtcccttcacttgattccttgaacaaccaatgtgggacttttttgaaa 8979237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 102 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 43850228 - 43850042
Alignment:
Q  102 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcc 201  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| | | ||||  ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||| |  |||| |     
T  43850228 atgcaatagtgcaacgcataggcgacacattagaagtccaatagcaagctattgaagtgacctctccccctcaaaaaagtgatttaata-tcatgtgact 43850130  T
Q  202 cattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 289  Q
    |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43850129 cattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 43850042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 143 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 32918218 - 32918074
Alignment:
Q  143 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 242  Q
    |||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  32918218 tagcaagctactgcaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 32918120  T
Q  243 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaa 288  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32918119 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaa 32918074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 71 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 30734199 - 30733985
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 169  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||  ||  |||||| || ||||| || | |||||||||| | ||||||  ||||||    
T  30734199 ttgaacttggattggtggggtgcgccaagccaatgcaatagtgcaacgcactggcgacactcgagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctccc 30734100  T
Q  170 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 269  Q
    ||| ||||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30734099 cctaaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 30734001  T
Q  270 gagaaaggtatgagtt 285  Q
    ||||||||||| ||||    
T  30734000 gagaaaggtataagtt 30733985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 102 - 280
Target Start/End: Original strand, 19232328 - 19232504
Alignment:
Q  102 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcc 201  Q
    ||||||||||||||  |||| | ||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||    
T  19232328 atgcaatagtgcaacgcataagtgacacttgagaagcccaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaaggtaatttaatattgt-gtgacc 19232426  T
Q  202 cattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 280  Q
    || |||| |||  ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19232427 caatgggtcacatatcag-tattaaactgataagaacagatattacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 19232504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 74 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 30732216 - 30731997
Alignment:
Q  74 aacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccct 172  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||||||  ||| | | || |  ||||| || | ||||||||||   || ||| ||| ||||||    
T  30732216 aacttgaattggtggggtgcaccagaccaatgctatagtgcaacacattgacaacacacgagaagcctagtagcaagctaccaaagtggcctccccccct 30732117  T
Q  173 caaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 272  Q
    ||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30732116 caaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatattagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 30732018  T
Q  273 aaaggtatgagttgaaagatg 293  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  30732017 aaaggtatgagttgaaagatg 30731997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 165 - 357
Target Start/End: Original strand, 2841008 - 2841201
Alignment:
Q  165 ctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||  ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2841008 ctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgatccattgaaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 2841106  T
Q  265 aggccgagaaaggtatgag-ttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 357  Q
    |||||||||||||||||||  | ||| | |  ||||| | || |||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  2841107 aggccgagaaaggtatgagagttaaaaaggggctcgcgtctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttcaacaaccgatgtgggact 2841201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 253 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 8975724 - 8975584
Alignment:
Q  253 atcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgt 351  Q
    ||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||   ||||     
T  8975724 atcttagccaaaaggcttagaaaaatatgagttgaaagttggactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttgatttcttaaacagttgatgg 8975625  T
Q  352 gggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcct 392  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  8975624 gggacttttttgaaacaacttgcttggtaaactctcttcct 8975584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 99 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 8913118 - 8913027
Alignment:
Q  99 cccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 190  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||   |||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8913118 cccatgcaatagtgcaatgcataggcgacaaatgaggaaaccaatagcaagctactgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 8913027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 302 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 8996339 - 8996226
Alignment:
Q  302 tatggttttatatatcacatccct-cacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcct--aacact 398  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||| | ||||||||||| |||||||||||  ||||||    
T  8996339 tatgcttttatatatcacatcccttcagttgctttcttgaacagtcgatgtgggactattttgaaacaacttgcttggtagactctcttcctaaaacact 8996240  T
Q  399 ttcttcctcctttg 412  Q
    ||||||||||||||    
T  8996239 ttcttcctcctttg 8996226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 337 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 9008012 - 9007956
Alignment:
Q  337 atgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttccta 393  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9008012 atgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttccta 9007956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 174 - 275
Target Start/End: Original strand, 10763878 - 10763978
Alignment:
Q  174 aaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 273  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||| ||||||  ||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  10763878 aaaaaagtaatttaatattgta-tggaccattgatccacatatcagatattaaactgataagaacatatactacacttgatcttagtcaaaagaccgaga 10763976  T
Q  274 aa 275  Q
    ||    
T  10763977 aa 10763978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 215 - 280
Target Start/End: Original strand, 6471749 - 6471813
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 280  Q
    |||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  6471749 atcagatattaaactaataagaacatatactacactt-atcttagccaaaaggtcgaaaaaggtat 6471813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 215 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 35701956 - 35701893
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 278  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  35701956 atcaaatattaaactaataaaaacaaataccacacttgatcttagccaaaaagttgagaaaggt 35701893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 71 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 8992343 - 8992299
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaa 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  8992343 ttgaacttgaattggaggggtgcgccagcccatgcaatagtgcaa 8992299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 146 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 8996426 - 8996343
Alignment:
Q  146 caagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaact 229  Q
    ||||||||||||||   ||||  | |||||||||||||||||||||  |||||   ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  8996426 caagctattgaaataacctctgactctcaaaaaagtaatttaataccattgtgattcattgggccactaatcatatattgaact 8996343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 244 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 39814150 - 39814115
Alignment:
Q  244 ctacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 279  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39814150 ctacacttgatcatagccaaaaggccgagaaaggta 39814115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 138 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 17275974 - 17275862
Alignment:
Q  138 cccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaa 237  Q
    ||||||| ||||||||  || || ||||||||||||||||| |||||| |||| |  ||||  ||||||| ||||  || ||| ||| ||||||||||||    
T  17275974 cccaataacaagctatcaaagtgatctctccccctcaaaaatgtaattcaata-tcgtgtgatccattggaccacatattaaagattgaactgataagaa 17275876  T
Q  238 cagatactacactt 251  Q
    |  |||||||||||    
T  17275875 cgtatactacactt 17275862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 71 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 33988280 - 33987938
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 170  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||  ||  |||||||||||| | |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33988280 ttgaacttgaatcggtggggtgcgccggcctttgcaatagtgcagagcataagcgacacttgaaaaacccaatagcaagctattgaaatggcctctcccc 33988181  T
Q  171 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 270  Q
    || |||||||||||||||||  || ||| | ||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33988180 cttaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgactcattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 33988082  T
Q  271 agaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaata- 368  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  33988081 agaaaggtatgagttgaaagatggactcacttatgcttttatatatcacctcccttcacttgctttcttgaacaaccgatgtgggacttttttgaaacag 33987982  T
Q  369 gcttgcttggtaaactctcttcctaacactttcttcctcctttg 412  Q
    | |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33987981 ggttgcatgttaaactctcttcctaacactttcttcctcctttg 33987938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 71 - 289
Target Start/End: Original strand, 38175426 - 38175644
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatccc-atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 169  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||  |  ||| ||||||||||  |||| ||||| | ||| |||||||  ||||||||| |||  |||| ||||||    
T  38175426 ttgaactagaattggtggggtgcgccaggcttatgtaatagtgcaacacataagcgacacatgataaacccagcagcaagctactgaggtggtttctccc 38175525  T
Q  170 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 269  Q
    |||||||||||||||||||||  || ||| ||||||||  |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38175526 cctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccattggaacacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 38175624  T
Q  270 gagaaaggtatgagttgaaa 289  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  38175625 gagaaaggtatgagttgaaa 38175644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 143 - 293
Target Start/End: Original strand, 14654309 - 14654458
Alignment:
Q  143 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 242  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14654309 tagcaagctactgaagtggcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14654407  T
Q  243 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14654408 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14654458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 143 - 293
Target Start/End: Original strand, 14664100 - 14664249
Alignment:
Q  143 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 242  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14664100 tagcaagctactgaagtggcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14664198  T
Q  243 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14664199 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14664249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 71 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 14652736 - 14652525
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 169  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||| |||||||||  ||| ||  || || ||||| || | |||||||||| | ||||||  ||||||    
T  14652736 ttgaacttgaattggtggggtgcgccacgccaatgctatagtgcaacgcattggaaacactcgagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctccc 14652637  T
Q  170 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 269  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14652636 cctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 14652538  T
Q  270 gagaaaggtatga 282  Q
    |||||||||||||    
T  14652537 gagaaaggtatga 14652525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 71 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 14662527 - 14662316
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 169  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||| |||||||||  ||| ||  || || ||||| || | |||||||||| | ||||||  ||||||    
T  14662527 ttgaacttgaattggtggggtgcgccacgccaatgctatagtgcaacgcattggaaacactcgagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctccc 14662428  T
Q  170 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 269  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14662427 cctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 14662329  T
Q  270 gagaaaggtatga 282  Q
    |||||||||||||    
T  14662328 gagaaaggtatga 14662316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 74 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 14708786 - 14708567
Alignment:
Q  74 aacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccct 172  Q
    |||||||||||||||||||| |||  ||| |||  ||||||||  ||| | |||| |  ||||| || |||||||||||| | || ||  ||||||||||    
T  14708786 aacttgaattggtggggtgcgccaggccaatgctgtagtgcaacacattgacgacacaagagaagcctaatagcaagctactaaagtgacctctccccct 14708687  T
Q  173 caaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 272  Q
    ||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14708686 caaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 14708588  T
Q  273 aaaggtatgagttgaaagatg 293  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  14708587 aaaggtatgagttgaaagatg 14708567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 74 - 291
Target Start/End: Original strand, 28366098 - 28366315
Alignment:
Q  74 aacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctc 173  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||  ||||  |||| | ||| | ||| | |||||||||| |  ||| ||||||||||||     
T  28366098 aactttaattggtgggatgcgccagccaatgcaatagtgcaacgcataaacgacacatgaaagacctagtagcaagctactataatagtctctccccctt 28366197  T
Q  174 aaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggc-cactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 272  Q
    |||||||||||||||||  || ||| |||||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28366198 aaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccattggggtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 28366296  T
Q  273 aaaggtatgagttgaaaga 291  Q
    |||||||||||||||||||    
T  28366297 aaaggtatgagttgaaaga 28366315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 163 - 293
Target Start/End: Original strand, 14669698 - 14669827
Alignment:
Q  163 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 262  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14669698 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 14669796  T
Q  263 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14669797 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14669827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 163 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 14706206 - 14706077
Alignment:
Q  163 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 262  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14706206 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 14706108  T
Q  263 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14706107 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14706077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 143 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 14674619 - 14674471
Alignment:
Q  143 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 242  Q
    |||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14674619 tagcaagctactaaaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14674521  T
Q  243 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagat 292  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14674520 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttggaagat 14674471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 74 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 14716499 - 14716280
Alignment:
Q  74 aacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccct 172  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||||||  ||| |||||| |  ||||     | |||||||||| | || | | ||||||||||    
T  14716499 aacttgaattggtggggtgcaccaagccaatgctatagtgcaacacattggcgacacacgagaggattagtagcaagctactaaagttgcctctccccct 14716400  T
Q  173 caaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 272  Q
    ||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14716399 caaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatattagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 14716301  T
Q  273 aaaggtatgagttgaaagatg 293  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  14716300 aaaggtatgagttgaaagatg 14716280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 143 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 14681737 - 14681592
Alignment:
Q  143 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 242  Q
    |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14681737 tagcaagctactaaaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14681639  T
Q  243 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14681638 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtataagttgaaa 14681592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 163 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 14683868 - 14683743
Alignment:
Q  163 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 262  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14683868 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 14683770  T
Q  263 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  14683769 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 14683743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 143 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 14679997 - 14679849
Alignment:
Q  143 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 242  Q
    |||||||||| | | ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14679997 tagcaagctactaatatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14679899  T
Q  243 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagat 292  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14679898 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttggaagat 14679849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 102 - 279
Target Start/End: Original strand, 11872408 - 11872585
Alignment:
Q  102 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaa-gtaatttaatactgttgtggc 200  Q
    ||||| ||||||||  |||| || || ||||| || | |||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  || ||| |    
T  11872408 atgcagtagtgcaacacataagctacacttgaaaagctcaatagcaagctatcgaaatggcctctcccccttaaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgac 11872506  T
Q  201 ccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 279  Q
    ||||||  ||||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11872507 ccattgaaccacatatcatatattaaactgataagaacagatagtacacttgatcttagtcaaaaggccgagaaaggta 11872585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 201 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 14676713 - 14676625
Alignment:
Q  201 ccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 289  Q
    ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14676713 ccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 14676625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 164 - 285
Target Start/End: Original strand, 14667101 - 14667221
Alignment:
Q  164 tctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaa 263  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14667101 tctccccctagaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacgtatcagatattaaactaataagaacagatactacacttgatcttagccaa 14667199  T
Q  264 aaggccgagaaaggtatgagtt 285  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  14667200 aaggccgagaaaggtatgagtt 14667221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 215 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 37422236 - 37422175
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaag 276  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37422236 atcagatattaaactgataagaacatatgctacacttgatcttagccaaaaggccgagaaag 37422175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 215 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 28698620 - 28698549
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttg 286  Q
    ||||||||||||| |||||| || | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  28698620 atcaaatattaaattgataaaaatatatactacatttgatcttagccaaaagaccgagaaatgtatgagttg 28698549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 145; Significance: 3e-76; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 74 - 357
Target Start/End: Original strand, 3461042 - 3461325
Alignment:
Q  74 aacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctc 173  Q
    |||||| ||||||||||||  ||| || ||||||||||||||  ||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||     
T  3461042 aacttgtattggtggggtgtgccagcctatgcaatagtgcaacgcatagacgacactcgagaaacccaatagcaagctattgaaatggcttctccccctt 3461141  T
Q  174 aaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 273  Q
    |||||||||||||||||  || ||| ||||||| | |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3461142 aaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccattgagtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 3461240  T
Q  274 aaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 357  Q
    ||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| |  |||| ||||||||||||    
T  3461241 aaggtatgaattgaaagagatgctcgcttatggttttatatctcccatccactcacttgctttcttccacaagcgatgtgggact 3461325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 80 - 357
Target Start/End: Original strand, 11652298 - 11652575
Alignment:
Q  80 aattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaa 179  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||| | |||  ||||||||||||||||    
T  11652298 aattggtggggtgcgccagcccatgcaatagtgcaacacataggcgacactcaagaagcccaatagcaagctattggagtggcttctccccctcaaaaaa 11652397  T
Q  180 gtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 279  Q
     ||||||||||  || ||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11652398 ataatttaatatcgt-gtgacccattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 11652496  T
Q  280 tgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 357  Q
    |||||| |||||||   | |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||| | ||||||||||||    
T  11652497 tgagttaaaagatgggttggcttctggttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggact 11652575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 131 - 291
Target Start/End: Original strand, 50077156 - 50077315
Alignment:
Q  131 tgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactg 230  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  |||||||  |||  |||| |||||||||||    
T  50077156 tgagaagcccaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggaacacatatcagatattaaactg 50077254  T
Q  231 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaaga 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50077255 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaaga 50077315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 71 - 290
Target Start/End: Original strand, 49106425 - 49106644
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 169  Q
    ||||||| ||||||||||||||| || | | |||||||||||||||  |||  ||||| | | ||||| ||| |||||||||| | |  ||   ||||||    
T  49106425 ttgaactagaattggtggggtgcgcctagctcatgcaatagtgcaacacatgagcgacacataagaaatccagtagcaagctactaaggtgacttctccc 49106524  T
Q  170 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 269  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49106525 cctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgatccattggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 49106623  T
Q  270 gagaaaggtatgagttgaaag 290  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  49106624 gagaaaggtatgagttgaaag 49106644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 81 - 289
Target Start/End: Original strand, 49108539 - 49108747
Alignment:
Q  81 attggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaa 179  Q
    ||||||||||||| || | | |||||||||||||||  |||  ||||| | | ||||  |||||||||||||| ||  |||   ||||||||||||||||    
T  49108539 attggtggggtgcgcctagctcatgcaatagtgcaacacatgagcgacacataagaagtccaatagcaagctactgtgatgacttctccccctcaaaaaa 49108638  T
Q  180 gtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 279  Q
    |||||||||||  || ||| ||||||| | |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49108639 gtaatttaatatcgt-gtgacccattgagtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 49108737  T
Q  280 tgagttgaaa 289  Q
    ||||||||||    
T  49108738 tgagttgaaa 49108747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 78 - 281
Target Start/End: Original strand, 26984572 - 26984773
Alignment:
Q  78 tgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaa 177  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||  || ||||||| |||||||  || |  ||||||||| | |    | ||||| ||||  |||    
T  26984572 tgaattggtgggatgcgccagcccatgcaatagtgcaacgcaaaggcgacacttgagagcccaagcagcaagctact-aggcagactctctccctttaaa 26984670  T
Q  178 aagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 277  Q
    |||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26984671 aagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 26984769  T
Q  278 tatg 281  Q
    ||||    
T  26984770 tatg 26984773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 163 - 281
Target Start/End: Original strand, 26998729 - 26998846
Alignment:
Q  163 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 262  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26998729 ctctctccctaaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 26998827  T
Q  263 aaaggccgagaaaggtatg 281  Q
    |||||||||||||||||||    
T  26998828 aaaggccgagaaaggtatg 26998846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 82 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 21503877 - 21503706
Alignment:
Q  82 ttggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagt 181  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||   ||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||| |    
T  21503877 ttggtggggtgcgccagcctatgcaatagtgcaacgcataagcgacacttgagaagttcaatagcaagctattgtgatgacttctccccctcaaaaaaat 21503778  T
Q  182 aatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgat 254  Q
    |||||||||  || ||| || |||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21503777 aatttaatatcgt-gtgacctattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgat 21503706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 220 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 48205893 - 48205832
Alignment:
Q  220 atattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatg 281  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48205893 atattaaattaataagaacagatactacacttaatcttagctaaaaggccgagaaaggtatg 48205832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 222 - 275
Target Start/End: Original strand, 6431957 - 6432010
Alignment:
Q  222 attaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 275  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||    
T  6431957 attaaactaataagaagagatactaaacctgatcttagccaataggccgagaaa 6432010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 215 - 280
Target Start/End: Original strand, 41013586 - 41013651
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 280  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| ||| || |||| |||||| |||||||||||||||| ||||    
T  41013586 atcagatattaaacggataagaacatatattatacttaatcttaaccaaaaggccgagaaaagtat 41013651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 236 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 26982588 - 26982549
Alignment:
Q  236 aacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 275  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26982588 aacagatgctacacttgatcttagccaagaggccgagaaa 26982549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 241 - 277
Target Start/End: Original strand, 34481155 - 34481191
Alignment:
Q  241 atactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 277  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  34481155 atactacactcgatcttagccaaaaggctgagaaagg 34481191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 135; Significance: 3e-70; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 80 - 357
Target Start/End: Original strand, 41841058 - 41841335
Alignment:
Q  80 aattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaa 179  Q
    ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||   |||  ||||||| ||||||||    
T  41841058 aattgatggggtgcgccagcccatgcaatagtgcaacacataggcgacactcgagaagcccaatagcaagctattggggtggcttctccccatcaaaaaa 41841157  T
Q  180 gtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 279  Q
    |||||||||||  || ||| |||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41841158 gtaatttaatatcgt-gtgacccattggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 41841256  T
Q  280 tgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 357  Q
    ||||||||||||||   | |||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||| | ||||||||||||    
T  41841257 tgagttgaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggact 41841335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 102 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 40054491 - 40054312
Alignment:
Q  102 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcc 201  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||  || ||    
T  40054491 atgcaatagtgcaacacataagcgacacttaagaagcccaatagcaagctattgaagtggcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgta-tgacc 40054393  T
Q  202 cattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 282  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40054392 cattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 40054312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 81 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 44879183 - 44878977
Alignment:
Q  81 attggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaag 180  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| ||||| ||  ||||   ||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||||    
T  44879183 attggtggggtgcgccagcctatgcaatagtgcaacgcataagcgacactcaagaagttcaatagcaagctattgtgatgacttctccccctcaaaaaag 44879084  T
Q  181 taatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 280  Q
    |||||||||| |  |||| ||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44879083 taatttaata-tcatgtgacccattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 44878985  T
Q  281 gagttgaa 288  Q
    ||||||||    
T  44878984 gagttgaa 44878977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 81 - 288
Target Start/End: Original strand, 44880738 - 44880944
Alignment:
Q  81 attggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaag 180  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| ||||| ||  ||||   ||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||||    
T  44880738 attggtggggtgcgccagcctatgcaatagtgcaacgcataagcgacactcaagaagttcaatagcaagctattgtgatgacttctccccctcaaaaaag 44880837  T
Q  181 taatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 280  Q
    |||||||||| |  |||| ||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44880838 taatttaata-tcatgtgacccattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 44880936  T
Q  281 gagttgaa 288  Q
    ||||||||    
T  44880937 gagttgaa 44880944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 143 - 285
Target Start/End: Original strand, 10944368 - 10944509
Alignment:
Q  143 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 242  Q
    |||||||||| | ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||  || |||  ||||| | ||||  || | |||||||||||||||||||||||    
T  10944368 tagcaagctactaaaatggcttctccccatcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccatttgtccacatataagatattaaactgataagaacagat 10944466  T
Q  243 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtt 285  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10944467 actacacttgatcttagccaaaaggtcgagaaaggtatgagtt 10944509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 215 - 357
Target Start/End: Original strand, 42555123 - 42555266
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatat 314  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||  ||  |||  ||||||||||    
T  42555123 atcaaatattaaactgataaaaacagattctgcacttgatcttagccaaaagatcaagaaaggtatgagttgaaagttgagctaccttcaggttttatat 42555222  T
Q  315 atcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 357  Q
    ||||||||| ||||||||||||| | ||| | ||||||||||||    
T  42555223 atcacatccactcacttgctttcttaaactatcgatgtgggact 42555266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 138 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 37679898 - 37679757
Alignment:
Q  138 cccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaa 237  Q
    |||||||||||||||  |   ||| ||||||||||||| |||  ||||||||| |   |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  37679898 cccaatagcaagctaccgtggtggcctctccccctcaataaataaatttaata-tcaagtggaccattggcccacatatcagatattaaactgataagaa 37679800  T
Q  238 cagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 280  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37679799 cagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 37679757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 129 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 37682209 - 37682057
Alignment:
Q  129 cttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaac 228  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||    ||| |||||  ||| ||||||  ||||||||| |  ||||| ||||||| ||||  |||| |||||||||    
T  37682209 cttgagagacctaatagcaagctattttggtggactctcatcctaaaaaaacaaatttaata-tcgtgtggaccattggcccacatatcagatattaaac 37682111  T
Q  229 tgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37682110 tgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaatgtatga 37682057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 215 - 357
Target Start/End: Original strand, 42220886 - 42221027
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatat 314  Q
    |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| | | ||||| | || ||||||||    
T  42220886 atcagatattaaactaataagaa-agatactacacttgatcttagccaaaagaccgaaaaatgtatgagttgaaagctatgctcgcctctgcttttatat 42220984  T
Q  315 atcacatccctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 357  Q
     ||| ||||  ||||| |||||  |||| | ||||||||||||    
T  42220985 ctcatatccaccacttactttctagaactagcgatgtgggact 42221027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 215 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 42092087 - 42091944
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatat 314  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| || |||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||   | |||| |||||||||||    
T  42092087 atcagatattaaactgataagaacaaatattacacttaattttag-caaaaggcaaagaaaggtatgagtttaaagatgagtttgcttctggttttatat 42091989  T
Q  315 atcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggactt 358  Q
     |||  ||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  42091988 ctcaggtccactcagttgctttcttgaactaccgatgtgggactt 42091944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 81 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 44583053 - 44582870
Alignment:
Q  81 attggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaag 180  Q
    ||||||||| ||||||| || |||||| ||| |||  ||||| |||| ||  | ||| |||||||||| ||||||  |||   |||| ||||||||||||    
T  44583053 attggtgggttgcaccagcctatgcaacagtacaacgcatagacgacactcaaaaaatccaatagcaaactattgtgatgacttctctccctcaaaaaag 44582954  T
Q  181 taatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 265  Q
    ||||||||||   | |   || |||| || ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44582953 taatttaatatcatagaatcc-attgagctacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 44582870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 239 - 289
Target Start/End: Original strand, 42872514 - 42872564
Alignment:
Q  239 agatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 289  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42872514 agatactacacttaatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 42872564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 100 - 190
Target Start/End: Original strand, 42554588 - 42554678
Alignment:
Q  100 ccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 190  Q
    ||||||||||||||||  || |||||||  ||||||| | ||  ||||| ||| ||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  42554588 ccatgcaatagtgcaacgcaaaggcgacatttgagaagctcagaagcaaactactgagatggcttctccccctcaaaaaaataatttaata 42554678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 78 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 3643843 - 3643599
Alignment:
Q  78 tgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaa 177  Q
    |||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| || || || ||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||| ||||    
T  3643843 tgaattggtggggtgcgccagccaatgcaatagtgcaacacataagcaacactcgagaaacccaatagcaagctattgtgatagtttctcccccttaaaa 3643744  T
Q  178 aagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 277  Q
    |||||||||||||  || ||| |||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3643743 aagtaatttaatatcgt-gtgacccaatgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 3643645  T
Q  278 tatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc 323  Q
    ||||| || ||||    |||||||| || ||||||||  |||||||    
T  3643644 tatgaatttaaagtaagtctcgcttctgtttttatatcccacatcc 3643599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 164 - 357
Target Start/End: Original strand, 1716441 - 1716634
Alignment:
Q  164 tctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattggg-ccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 262  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  || ||| |||||| || ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1716441 tctcccccttaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccatttggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 1716539  T
Q  263 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 357  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| |  |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  1716540 aaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttc-tgaactagcgatgtgggact 1716634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 80 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 7525170 - 7524961
Alignment:
Q  80 aattggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaa 178  Q
    |||||||||||||| || | |||||||||||||||||  ||| | |||| | |||||||||||  ||||||||| | |   || ||||||||||||||||    
T  7525170 aattggtggggtgcgcctagcccatgcaatagtgcaacgcatggacgacacatgagaaacccagcagcaagctactaaggcggcctctccccctcaaaaa 7525071  T
Q  179 agtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 278  Q
    ||||||||||||  || |||  |||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7525070 agtaatttaatatcgt-gtgatccattggatcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 7524972  T
Q  279 atgagttgaaa 289  Q
    |||| ||||||    
T  7524971 atgacttgaaa 7524961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 163 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 4103363 - 4103249
Alignment:
Q  163 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 262  Q
    ||||| |||| ||||||| |||||||||  || |||| | ||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4103363 ctctctccctaaaaaaagcaatttaatatcgt-gtggactattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttaacca 4103265  T
Q  263 aaaggccgagaaaggt 278  Q
    ||| || |||||||||    
T  4103264 aaatgctgagaaaggt 4103249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 85 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 16038053 - 16037861
Alignment:
Q  85 gtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaat 184  Q
    ||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| ||||| |  ||||| |||| ||||||||| |||  |||   | | ||| |||||||||||||    
T  16038053 gtggggtgcgccaaccgatgcaatagtgcaacacataagcgacacacgagaagcccattagcaagctcttgtgatgactttttcccttcaaaaaagtaat 16037954  T
Q  185 ttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 280  Q
    ||||||  ||| || |||||| | |||||| |||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||    
T  16037953 ttaatatcgtt-tgacccattagaccacta-tcaaatattaagataataagaacaaatactacacttgatcttag-aaaacggccgagaaaagtat 16037861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 215 - 275
Target Start/End: Original strand, 19261156 - 19261216
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 275  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||    
T  19261156 atcagatatttaacggataagaacatatattacacttgatcttaatcaaaaggctgagaaa 19261216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 113; Significance: 4e-57; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 80 - 291
Target Start/End: Original strand, 10795795 - 10796006
Alignment:
Q  80 aattggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaa 178  Q
    ||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||  || | ||||| | |||||| || ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||    
T  10795795 aattggtggggtgtacctaactcatgcaatagtgcaacgcacaagcgacacatgagaagcctaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaa 10795894  T
Q  179 agtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 278  Q
    ||||||||||||  || ||| ||||||||| |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10795895 agtaatttaatatcgt-gtgacccattgggtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 10795993  T
Q  279 atgagttgaaaga 291  Q
    |||||||||||||    
T  10795994 atgagttgaaaga 10796006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 74 - 291
Target Start/End: Original strand, 10791551 - 10791768
Alignment:
Q  74 aacttgaattggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccct 172  Q
    |||| |||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||  ||   ||||| | |||||| || ||||||||||||||||| |||  |||||||||    
T  10791551 aactagaattggtggggtgtacctaactcatgcaatagtgcaacgcacgagcgacacatgagaagcctaatagcaagctattgaagtggcttctccccct 10791650  T
Q  173 caaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 272  Q
    |||||||||||||||||| |  |||| ||||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10791651 caaaaaagtaatttaata-tcatgtgacccattggatcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 10791749  T
Q  273 aaaggtatgagttgaaaga 291  Q
    |||||||||||||||||||    
T  10791750 aaaggtatgagttgaaaga 10791768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 102 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 30521421 - 30521242
Alignment:
Q  102 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcc 201  Q
    ||||||||||||||| || || |||| ||||||| ||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||||||||  |||| ||||  || |||       
T  30521421 atgcaatagtgcaaagcaaagacgacacttgagagacccaatagcaagctatagtagtggactctccccctcaaaaaataaattgaatatcgt-gtgagg 30521323  T
Q  202 cattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 282  Q
    |  ||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  30521322 cgatggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatctcagccaaaaggtcgagaaaggtatga 30521242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 215 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 8875756 - 8875691
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 280  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  8875756 atcagatattaaattgataagaacagatattacacttgatcttagccaaaaggccgggaaatgtat 8875691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 175 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 21216131 - 21216032
Alignment:
Q  175 aaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaa 274  Q
    |||||||||||||||| | |||||   ||||| |||||  || | |||||||||||||||||| |||| ||| || ||||||||| |||||| || ||||    
T  21216131 aaaaagtaatttaatatt-ttgtgattcattgagccacatataagatattaaactgataagaatagatgctatacatgatcttagtcaaaagaccaagaa 21216033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 54; Significance: 7e-22; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 101 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 27134691 - 27134511
Alignment:
Q  101 catgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggc 200  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||| | |||||| ||||| ||||| |||||||  ||   |||||||||||||||||||||||||||  ||| || |    
T  27134691 catgcaatagtgcaacgcatgagcgacacatgagaagcccaacagcaaactattgaggtgtcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtt-tgac 27134593  T
Q  201 ccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 282  Q
     |||| | ||||  |||| |||||||||  |||||||||||||||| | ||||||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  27134592 tcattagaccacatatcagatattaaaccaataagaacagatactagatttgatcttagtgaaaaggccgaaaaaggtatga 27134511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 163 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 8128260 - 8128149
Alignment:
Q  163 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 262  Q
    ||||||||||||| |||  ||||||||| ||| ||| || ||||| ||||  |||| |||||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||| |||    
T  8128260 ctctccccctcaagaaataaatttaatattgt-gtgacc-attggcccacatatcatatattaaactaaaaagaacatatactacacttaatcttaacca 8128163  T
Q  263 aaaggccgagaaag 276  Q
    ||||  ||||||||    
T  8128162 aaagaacgagaaag 8128149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000006; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 234 - 280
Target Start/End: Original strand, 15758562 - 15758608
Alignment:
Q  234 agaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 280  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15758562 agaacagatattacacttgatcttagccaaaaggctgagaaaggtat 15758608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0549 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0549
Description:

Target: scaffold0549; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 121 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 5556 - 5487
Alignment:
Q  121 aggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 190  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||   ||| |||||| ||||||||||  |||||||||    
T  5556 aggcgacacttgagagacccaatagcaagctattgtggtggactctccacctcaaaaaataaatttaata 5487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University