View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4514_low_3 (Length: 475)

Name: NF4514_low_3
Description: NF4514
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4514_low_3
NF4514_low_3
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (80-458)||(41841058-41841435)
chr8 (102-289)||(40054305-40054491)
chr8 (81-360)||(44878905-44879183)
chr8 (81-360)||(44880738-44881016)
chr8 (215-359)||(42555123-42555267)
chr8 (143-286)||(10944368-10944510)
chr8 (215-458)||(42220886-42221124)
chr8 (215-358)||(42091945-42092087)
chr8 (138-280)||(37679757-37679898)
chr8 (129-282)||(37682057-37682209)
chr8 (81-359)||(44582768-44583053)
chr8 (239-285)||(42872514-42872560)
chr8 (100-190)||(42554588-42554678)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (80-444)||(11652298-11652661)
chr4 (74-458)||(3461042-3461423)
chr4 (131-315)||(50077156-50077339)
chr4 (71-315)||(49106425-49106669)
chr4 (81-315)||(49108539-49108773)
chr4 (78-281)||(26984572-26984773)
chr4 (163-281)||(26998729-26998846)
chr4 (82-254)||(21503706-21503877)
chr4 (220-281)||(48205832-48205893)
chr4 (222-275)||(6431957-6432010)
chr4 (215-280)||(41013586-41013651)
chr4 (231-315)||(49533682-49533764)
chr4 (236-275)||(26982549-26982588)
chr4 (241-277)||(34481155-34481191)
[»] chr2 (27 HSPs)
chr2 (71-358)||(9026710-9026997)
chr2 (71-338)||(8973256-8973523)
chr2 (165-458)||(2841008-2841301)
chr2 (71-285)||(9008018-9008232)
chr2 (71-358)||(9020771-9021058)
chr2 (71-357)||(9016418-9016704)
chr2 (118-358)||(9030322-9030557)
chr2 (71-358)||(8984617-8984900)
chr2 (102-315)||(43850016-43850228)
chr2 (130-358)||(9023371-9023585)
chr2 (71-339)||(30733932-30734199)
chr2 (163-359)||(8988378-8988574)
chr2 (168-339)||(8992091-8992262)
chr2 (102-280)||(19232328-19232504)
chr2 (74-315)||(30731975-30732216)
chr2 (143-285)||(32918077-32918218)
chr2 (209-314)||(8979290-8979395)
chr2 (215-339)||(9031996-9032120)
chr2 (99-190)||(8913027-8913118)
chr2 (174-275)||(10763878-10763978)
chr2 (215-280)||(6471749-6471813)
chr2 (215-278)||(35701893-35701956)
chr2 (253-343)||(8975634-8975724)
chr2 (71-115)||(8992299-8992343)
chr2 (146-229)||(8996343-8996426)
chr2 (244-279)||(39814115-39814150)
chr2 (138-251)||(17275862-17275974)
[»] chr1 (21 HSPs)
chr1 (71-358)||(33987994-33988280)
chr1 (74-332)||(28366098-28366356)
chr1 (74-339)||(14708521-14708786)
chr1 (71-282)||(14652525-14652736)
chr1 (71-282)||(14662316-14662527)
chr1 (143-294)||(14654309-14654459)
chr1 (143-294)||(14664100-14664250)
chr1 (71-285)||(38175426-38175640)
chr1 (163-315)||(14669698-14669849)
chr1 (163-315)||(14706055-14706206)
chr1 (143-315)||(14674448-14674619)
chr1 (143-315)||(14681566-14681737)
chr1 (143-315)||(14679826-14679997)
chr1 (163-339)||(14683693-14683868)
chr1 (74-293)||(14716280-14716499)
chr1 (102-279)||(11872408-11872585)
chr1 (164-286)||(14667101-14667222)
chr1 (201-339)||(14676575-14676713)
chr1 (215-276)||(37422175-37422236)
chr1 (215-285)||(28698550-28698620)
chr1 (404-437)||(28366420-28366453)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (164-458)||(1716441-1716731)
chr5 (78-331)||(3643591-3643843)
chr5 (80-282)||(7524968-7525170)
chr5 (163-278)||(4103249-4103363)
chr5 (85-280)||(16037861-16038053)
chr5 (215-275)||(19261156-19261216)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (80-315)||(10795795-10796030)
chr6 (74-315)||(10791551-10791792)
chr6 (102-282)||(30521242-30521421)
chr6 (215-280)||(8875691-8875756)
chr6 (175-275)||(21216032-21216131)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (101-282)||(27134511-27134691)
chr7 (163-276)||(8128149-8128260)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (234-280)||(15758562-15758608)
[»] scaffold0549 (1 HSPs)
scaffold0549 (121-190)||(5487-5556)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 80 - 458
Target Start/End: Original strand, 41841058 - 41841435
Alignment:
Q  80 aattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaa 179  Q
    ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||   |||  ||||||| ||||||||    
T  41841058 aattgatggggtgcgccagcccatgcaatagtgcaacacataggcgacactcgagaagcccaatagcaagctattggggtggcttctccccatcaaaaaa 41841157  T
Q  180 gtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 279  Q
    |||||||||||  || ||| |||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41841158 gtaatttaatatcgt-gtgacccattggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 41841256  T
Q  280 tgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggactaaacttagacaacaacttggg 379  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41841257 tgagttgaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggactaaacttagacaacaacttggg 41841356  T
Q  380 actcaatgattcttgtacgcatggcatggccaacagagaccaaattccaagcaaaggatacgtgatttgagcttccaac 458  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41841357 actcaatggttcttgtacgcatggcatggccaacagagaccaaattccaagcaaaggatacgtgatttgagcttccaac 41841435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 102 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 40054491 - 40054305
Alignment:
Q  102 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcc 201  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||  || ||    
T  40054491 atgcaatagtgcaacacataagcgacacttaagaagcccaatagcaagctattgaagtggcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgta-tgacc 40054393  T
Q  202 cattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaa 289  Q
    |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  40054392 cattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgaattaaaa 40054305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 81 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 44879183 - 44878905
Alignment:
Q  81 attggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaag 180  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| ||||| ||  ||||   ||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||||    
T  44879183 attggtggggtgcgccagcctatgcaatagtgcaacgcataagcgacactcaagaagttcaatagcaagctattgtgatgacttctccccctcaaaaaag 44879084  T
Q  181 taatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 280  Q
    |||||||||| |  |||| ||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44879083 taatttaata-tcatgtgacccattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 44878985  T
Q  281 gagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggactaa 360  Q
    ||||| || | |||| | || |||||||||||||| | | ||||||| ||  || |||| ||| | ||||||||||||||    
T  44878984 gagttgaatgttgggctcgcctctgcttttatatccctcgtccactctctatctctcttgaacaaacgatgtgggactaa 44878905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 81 - 360
Target Start/End: Original strand, 44880738 - 44881016
Alignment:
Q  81 attggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaag 180  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| ||||| ||  ||||   ||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||||    
T  44880738 attggtggggtgcgccagcctatgcaatagtgcaacgcataagcgacactcaagaagttcaatagcaagctattgtgatgacttctccccctcaaaaaag 44880837  T
Q  181 taatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 280  Q
    |||||||||| |  |||| ||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44880838 taatttaata-tcatgtgacccattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 44880936  T
Q  281 gagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggactaa 360  Q
    ||||| || | |||| | || |||||||||||||| | | ||||||| ||  || |||| ||| | ||||||||||||||    
T  44880937 gagttgaatgttgggctcgcctctgcttttatatccctcgtccactctctatctctcttgaacaaacgatgtgggactaa 44881016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 215 - 359
Target Start/End: Original strand, 42555123 - 42555267
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatat 314  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||| |||| || | |  |||| | ||||||||    
T  42555123 atcaaatattaaactgataaaaacagattctgcacttgatcttagccaaaagatcaagaaaggtatgagttgaaagttgagctaccttcaggttttatat 42555222  T
Q  315 ctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggacta 359  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  42555223 atcacatccactcacttgctttcttaaactatcgatgtgggacta 42555267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 143 - 286
Target Start/End: Original strand, 10944368 - 10944510
Alignment:
Q  143 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 242  Q
    |||||||||| | ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||  || |||  ||||| | ||||  || | |||||||||||||||||||||||    
T  10944368 tagcaagctactaaaatggcttctccccatcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccatttgtccacatataagatattaaactgataagaacagat 10944466  T
Q  243 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtta 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10944467 actacacttgatcttagccaaaaggtcgagaaaggtatgagtta 10944510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 215 - 458
Target Start/End: Original strand, 42220886 - 42221124
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatat 314  Q
    |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||| |  | | || |||||||||||||    
T  42220886 atcagatattaaactaataagaa-agatactacacttgatcttagccaaaagaccgaaaaatgtatgagttgaaagctatgctcgcctctgcttttatat 42220984  T
Q  315 ctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggactaaacttagacaacaacttgggactcaatgattcttgta-cgcatggcatggccaac 413  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||  ||| |||||||||||||||   || | ||| | |||||||||   |  ||||||||  ||||| ||||||||||    
T  42220985 ctcatatccac-cacttactttctagaactagcgatgtgggacta---tttg-caatagcttgggactagcttgttcttgtatggcatgacatggccaac 42221079  T
Q  414 agagaccaaattccaagcaaaggatacgtgatttgagcttccaac 458  Q
    | ||||||| |||||| |||||||||  |||||||||||||||||    
T  42221080 aaagaccaatttccaaacaaaggatatatgatttgagcttccaac 42221124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 215 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 42092087 - 42091945
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatat 314  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||||| |||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||    
T  42092087 atcagatattaaactgataagaacaaatattacacttaattttagc-aaaaggcaaagaaaggtatgagtttaaagatgagtttgcttctggttttatat 42091989  T
Q  315 ctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggact 358  Q
    ||||  |||||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||    
T  42091988 ctcaggtccactcagttgctttcttgaactaccgatgtgggact 42091945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 138 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 37679898 - 37679757
Alignment:
Q  138 cccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaa 237  Q
    |||||||||||||||  |   ||| ||||||||||||| |||  ||||||||| |   |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  37679898 cccaatagcaagctaccgtggtggcctctccccctcaataaataaatttaata-tcaagtggaccattggcccacatatcagatattaaactgataagaa 37679800  T
Q  238 cagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 280  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37679799 cagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 37679757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 129 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 37682209 - 37682057
Alignment:
Q  129 cttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaac 228  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||    ||| |||||  ||| ||||||  ||||||||| |  ||||| ||||||| ||||  |||| |||||||||    
T  37682209 cttgagagacctaatagcaagctattttggtggactctcatcctaaaaaaacaaatttaata-tcgtgtggaccattggcccacatatcagatattaaac 37682111  T
Q  229 tgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37682110 tgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaatgtatga 37682057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 81 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 44583053 - 44582768
Alignment:
Q  81 attggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaag 180  Q
    ||||||||| ||||||| || |||||| ||| |||  ||||| |||| ||  | ||| |||||||||| ||||||  |||   |||| ||||||||||||    
T  44583053 attggtgggttgcaccagcctatgcaacagtacaacgcatagacgacactcaaaaaatccaatagcaaactattgtgatgacttctctccctcaaaaaag 44582954  T
Q  181 taatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcc--------aaaaggccgag 272  Q
    ||||||||||   | |   || |||| || ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||| ||||||    
T  44582953 taatttaatatcatagaatcc-attgagctacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaaccaaaaaagccgag 44582855  T
Q  273 aaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggacta 359  Q
    ||| |||||| || |||||  || | || || ||||||||||| ||||| || |||||| || |||||||| | |||||||||||||    
T  44582854 aaatgtatgaattgaaagagagggtcgcctcggcttttatatcacacattcattcactttctctcttaaacaaacgatgtgggacta 44582768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 239 - 285
Target Start/End: Original strand, 42872514 - 42872560
Alignment:
Q  239 agatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtt 285  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42872514 agatactacacttaatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtt 42872560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 100 - 190
Target Start/End: Original strand, 42554588 - 42554678
Alignment:
Q  100 ccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 190  Q
    ||||||||||||||||  || |||||||  ||||||| | ||  ||||| ||| ||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  42554588 ccatgcaatagtgcaacgcaaaggcgacatttgagaagctcagaagcaaactactgagatggcttctccccctcaaaaaaataatttaata 42554678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 80 - 444
Target Start/End: Original strand, 11652298 - 11652661
Alignment:
Q  80 aattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaa 179  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||| | |||  ||||||||||||||||    
T  11652298 aattggtggggtgcgccagcccatgcaatagtgcaacacataggcgacactcaagaagcccaatagcaagctattggagtggcttctccccctcaaaaaa 11652397  T
Q  180 gtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 279  Q
     ||||||||||  || ||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11652398 ataatttaatatcgt-gtgacccattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 11652496  T
Q  280 tgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggactaaacttagacaacaacttggg 379  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  11652497 tgagttaaaagatgggttggcttctggttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggactaaacttagacaacaacttgtg 11652596  T
Q  380 actcaatgattcttgtacgcatggcatggccaacagagaccaaattccaagcaaaggatacgtga 444  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11652597 actcaatggttcttgtacgcatggcatagccaacagagaccaatttccaagcaaaggatacgtga 11652661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 74 - 458
Target Start/End: Original strand, 3461042 - 3461423
Alignment:
Q  74 aacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctc 173  Q
    |||||| ||||||||||||  ||| || ||||||||||||||  ||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||     
T  3461042 aacttgtattggtggggtgtgccagcctatgcaatagtgcaacgcatagacgacactcgagaaacccaatagcaagctattgaaatggcttctccccctt 3461141  T
Q  174 aaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 273  Q
    ||||||||||||||||| |  |||| ||||||| | |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3461142 aaaaaagtaatttaata-tcgtgtgacccattgagtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 3461240  T
Q  274 aaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggactaaacttagacaacaa 373  Q
    ||||||||| || |||||   | | |||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3461241 aaggtatgaattgaaagagatgctcgcttatggttttatatctcccatccactcacttgctttcttccacaagcgatgtgggactaaacttagacaacaa 3461340  T
Q  374 cttgggactcaatgattcttgtacgcatggcatggccaacagagaccaaattccaagcaaaggatacgtgatttgagcttccaac 458  Q
    ||||||||||  |  |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3461341 cttgggactc--tagttcttgcacgcatggcatagccaacagagaccaactttcaagcaaaggatacatgatttgagcttccaac 3461423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 131 - 315
Target Start/End: Original strand, 50077156 - 50077339
Alignment:
Q  131 tgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactg 230  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  |||||||  |||  |||| |||||||||||    
T  50077156 tgagaagcccaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggaacacatatcagatattaaactg 50077254  T
Q  231 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||||||||||    
T  50077255 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagaagagctggcttctgcttttatatc 50077339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 71 - 315
Target Start/End: Original strand, 49106425 - 49106669
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 169  Q
    ||||||| ||||||||||||||| || | | |||||||||||||||  |||  ||||| | | ||||| ||| |||||||||| | |  ||   ||||||    
T  49106425 ttgaactagaattggtggggtgcgcctagctcatgcaatagtgcaacacatgagcgacacataagaaatccagtagcaagctactaaggtgacttctccc 49106524  T
Q  170 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 269  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49106525 cctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgatccattggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 49106623  T
Q  270 gagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatc 315  Q
    |||||||||||||||| ||||   || |||||||||||||||||||    
T  49106624 gagaaaggtatgagttgaaagggtggctggcttctgcttttatatc 49106669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 81 - 315
Target Start/End: Original strand, 49108539 - 49108773
Alignment:
Q  81 attggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaa 179  Q
    ||||||||||||| || | | |||||||||||||||  |||  ||||| | | ||||  |||||||||||||| ||  |||   ||||||||||||||||    
T  49108539 attggtggggtgcgcctagctcatgcaatagtgcaacacatgagcgacacataagaagtccaatagcaagctactgtgatgacttctccccctcaaaaaa 49108638  T
Q  180 gtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 279  Q
    |||||||||||  || ||| ||||||| | |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49108639 gtaatttaatatcgt-gtgacccattgagtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 49108737  T
Q  280 tgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatc 315  Q
    |||||| ||| || || ||||||||| |||||||||    
T  49108738 tgagttgaaatataggctggcttctgattttatatc 49108773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 78 - 281
Target Start/End: Original strand, 26984572 - 26984773
Alignment:
Q  78 tgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaa 177  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||  || ||||||| |||||||  || |  ||||||||| | |    | ||||| ||||  |||    
T  26984572 tgaattggtgggatgcgccagcccatgcaatagtgcaacgcaaaggcgacacttgagagcccaagcagcaagctact-aggcagactctctccctttaaa 26984670  T
Q  178 aagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 277  Q
    |||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26984671 aagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 26984769  T
Q  278 tatg 281  Q
    ||||    
T  26984770 tatg 26984773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 163 - 281
Target Start/End: Original strand, 26998729 - 26998846
Alignment:
Q  163 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 262  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26998729 ctctctccctaaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 26998827  T
Q  263 aaaggccgagaaaggtatg 281  Q
    |||||||||||||||||||    
T  26998828 aaaggccgagaaaggtatg 26998846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 82 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 21503877 - 21503706
Alignment:
Q  82 ttggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagt 181  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||   ||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||| |    
T  21503877 ttggtggggtgcgccagcctatgcaatagtgcaacgcataagcgacacttgagaagttcaatagcaagctattgtgatgacttctccccctcaaaaaaat 21503778  T
Q  182 aatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgat 254  Q
    |||||||||  || ||| || |||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21503777 aatttaatatcgt-gtgacctattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgat 21503706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 220 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 48205893 - 48205832
Alignment:
Q  220 atattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatg 281  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48205893 atattaaattaataagaacagatactacacttaatcttagctaaaaggccgagaaaggtatg 48205832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 222 - 275
Target Start/End: Original strand, 6431957 - 6432010
Alignment:
Q  222 attaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 275  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||    
T  6431957 attaaactaataagaagagatactaaacctgatcttagccaataggccgagaaa 6432010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 215 - 280
Target Start/End: Original strand, 41013586 - 41013651
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 280  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| ||| || |||| |||||| |||||||||||||||| ||||    
T  41013586 atcagatattaaacggataagaacatatattatacttaatcttaaccaaaaggccgagaaaagtat 41013651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 231 - 315
Target Start/End: Original strand, 49533682 - 49533764
Alignment:
Q  231 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatc 315  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||  || | ||| ||||||||| |||||||||    
T  49533682 ataagaacagata-tgcacttgatcttagccaag-ggccgagaaaggtatgggttggaataagggctggcttctggttttatatc 49533764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 236 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 26982588 - 26982549
Alignment:
Q  236 aacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 275  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26982588 aacagatgctacacttgatcttagccaagaggccgagaaa 26982549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 241 - 277
Target Start/End: Original strand, 34481155 - 34481191
Alignment:
Q  241 atactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 277  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  34481155 atactacactcgatcttagccaaaaggctgagaaagg 34481191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 27)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 71 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 9026997 - 9026710
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 170  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9026997 ttgaacttgaattggaggggtgtgccagccaatgcaatagtgcaaagcataggcgacacttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccca 9026898  T
Q  171 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9026897 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 9026798  T
Q  271 agaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggact 358  Q
    ||||||||||||||| |||||||  || |||| |||||||||||  |||||||  |||||||||||||| ||| | |||| |||||||    
T  9026797 agaaaggtatgagttgaaagatgaattcgcttatgcttttatataccacatcccttcacttgctttcttgaacaaccgatatgggact 9026710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 71 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 8973523 - 8973256
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 170  Q
    |||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||||  |||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8973523 ttgaacttgaattggtggggcgcgccagctcatgcaatagtgcaacgcatatgcaacacttgagaaacccaacagcaagctattgaaatggtctctcccc 8973424  T
Q  171 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 270  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8973423 cttaaaaaagtaatttaatattgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactaataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 8973324  T
Q  271 agaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttct 338  Q
    ||||||||||||||| |||||||   | |||| ||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||    
T  8973323 agaaaggtatgagttgaaagatgaactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttactttct 8973256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 165 - 458
Target Start/End: Original strand, 2841008 - 2841301
Alignment:
Q  165 ctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||  ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2841008 ctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgatccattgaaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 2841106  T
Q  265 aggccgagaaaggtat--gagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggactaaac 362  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| | ||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  2841107 aggccgagaaaggtatgagagttaaaa-aggggctcgcgtctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttcaacaaccgatgtgggactaaac 2841205  T
Q  363 ttagacaacaacttgggactcaatgattcttgtacgcatggcatggccaacagagaccaaattccaagcaaaggatacgtgatttgagcttccaac 458  Q
    ||| |||| ||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2841206 ttaaacaataacttgggactcgcctgttcttgtacgcatggcatggccaacaaagaccaatttccaagcaaaggatgcgtgatttgagcttccaac 2841301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 71 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 9008232 - 9008018
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 170  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| |  ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  9008232 ttgaactagaattggtggggtgtgccagcgaatgcaatagtgcaaagcataggcgacacttgagaaacccaataacaagttattgaaatggcctctcccc 9008133  T
Q  171 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9008132 ctcaaaaaagtaatttaatactgttatgacccattgggccactaatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 9008033  T
Q  271 agaaaggtatgagtt 285  Q
    |||||||||||||||    
T  9008032 agaaaggtatgagtt 9008018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 71 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 9021058 - 9020771
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 170  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  9021058 ttgaacttgaattggtggggtgcaccaacctatgcaatagtgcaacacataggtgacacttgagaagcccaatagcaagttattgaaatggcctctcacc 9020959  T
Q  171 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 270  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||   ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9020958 ctcaaaaaagtaatttaatactgtagtgacccattgggccacatctcagatattaaattgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 9020859  T
Q  271 agaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggact 358  Q
    ||||| |||||| || |||||||   | |||| || |||||||| ||||||||| |||||||||||| | ||| | |||||| |||||    
T  9020858 agaaatgtatgaattgaaagatgaactcgcttatggttttatatatcacatccattcacttgctttcatgaacaaccgatgtaggact 9020771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 71 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 9016704 - 9016418
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 170  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||| ||  |||| || || |   ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9016704 ttgaacttgaattggtggggttcaccaaccaatgtaatagtgtaacacataagcaacac---agaaatccaatagcaagctattgaaattgtctctcccc 9016608  T
Q  171 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaa---actgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9016607 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactactgataagaacagatactacatttgatcttagccaaaagg 9016508  T
Q  268 ccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggac 357  Q
     |||  ||||||||||||||||||||   | |||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| ||| |  ||||||||||    
T  9016507 tcgaataaggtatgagttaaaagatgaactcgcttatgcttttatatatcacatcctttcacttgctttcttgaacaactgatgtgggac 9016418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 118 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 9030557 - 9030322
Alignment:
Q  118 cataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatc 217  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||  ||    
T  9030557 cataggcgacacttgagaagcccaatagcaagctattgaac----ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgt-gtgacccattgagccacttctc 9030463  T
Q  218 aaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctc 317  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| |||||||   | |||| ||||||||||| ||    
T  9030462 aaatattaaattgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccaagaaaaatatgagttgaaagatgaacttgcttatgcttttatatatc 9030363  T
Q  318 acatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggact 358  Q
    ||||||  |||||||| ||||| |||   ||||||||||||    
T  9030362 acatcccttcacttgcattcttgaacagtcgatgtgggact 9030322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 71 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 8984900 - 8984617
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 170  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| || ||||||||||| ||  || |||| ||     | || || ||| |||||||||||||||||  ||| ||     
T  8984900 ttgaacttgaattggtggggtgtgccacccaatgcaatagtgtaacacagaggcaaca----aaaagccaaatcgcaagctattgaaatggcatctacct 8984805  T
Q  171 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 270  Q
    |||||||||| ||||||| ||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8984804 ctcaaaaaagcaatttaaaaccattgtgacccattaggccactaatcaaatattaaactaataagaacaaatactacacttgatcttagccaaaaggccg 8984705  T
Q  271 agaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggact 358  Q
    ||||||||||||||| ||| |||   | |||| ||||||||||| ||||||||  ||||||| |||||| ||| | ||||||||||||    
T  8984704 agaaaggtatgagttgaaatatgaacttgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttgttttcttgaacaaccgatgtgggact 8984617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 102 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 43850228 - 43850016
Alignment:
Q  102 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcc 201  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| | | ||||  ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||| |  |||| |     
T  43850228 atgcaatagtgcaacgcataggcgacacattagaagtccaatagcaagctattgaagtgacctctccccctcaaaaaagtgatttaata-tcatgtgact 43850130  T
Q  202 cattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggct 301  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || |  ||     
T  43850129 cattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaataaggctacgca 43850030  T
Q  302 tctgcttttatatc 315  Q
    ||||||||||||||    
T  43850029 tctgcttttatatc 43850016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 130 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 9023585 - 9023371
Alignment:
Q  130 ttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaact 229  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||     ||||||||         |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9023585 ttgagaagcccaatagcaagctattgaaaaagcctctccccctcaaaaa-----tttaatac---------ccattgggccactaatcagatattaaact 9023500  T
Q  230 gataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcac 329  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||  | |||| ||||||||||| |||||||   ||||    
T  9023499 aataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagttggactcgcttatgcttttatatatcacatctcttcac 9023400  T
Q  330 ttgctttcttaaacgagcgatgtgggact 358  Q
    ||| |||||| ||| | ||||||||||||    
T  9023399 ttgatttcttgaacaaccgatgtgggact 9023371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 71 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 30734199 - 30733932
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 169  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||  ||  |||||| || ||||| || | |||||||||| | ||||||  ||||||    
T  30734199 ttgaacttggattggtggggtgcgccaagccaatgcaatagtgcaacgcactggcgacactcgagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctccc 30734100  T
Q  170 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 269  Q
    ||| ||||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30734099 cctaaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 30734001  T
Q  270 gagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttctt 339  Q
    ||||||||||| ||||| || ||| | |  || |||||||||||||| ||||   |||||||| ||||||    
T  30734000 gagaaaggtataagttacaacatgagat-cctgctgcttttatatctgacatgttctcacttgttttctt 30733932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 163 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 8988574 - 8988378
Alignment:
Q  163 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 262  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  8988574 ctctcaccctcaaaaaagtaatttaatattgttgagaaccattgagtcactgatcaaatattaaactgataagaacaaatactacacttgatcttcgcca 8988475  T
Q  263 aaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggacta 359  Q
    ||||||| |||| ||||| |||| |||||||   | |||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| |||   |||||||||||||    
T  8988474 aaaggccaagaatggtataagttgaaagatgaactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttgctttcttgaacagtcgatgtgggacta 8988378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 168 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 8992262 - 8992091
Alignment:
Q  168 cccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 267  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  8992262 cccctcaaaaaagtaatttaatattattgtgacccattgggccactaatcagatattgaactcataagaacatatactacacttgatcttagccaaaaga 8992163  T
Q  268 ccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttctt 339  Q
    | |||||||| ||||||||||||| |   | |||| ||||||||||| ||||||||  |||||| |||||||    
T  8992162 ctgagaaaggcatgagttaaaagacgaactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttactttctt 8992091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 102 - 280
Target Start/End: Original strand, 19232328 - 19232504
Alignment:
Q  102 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcc 201  Q
    ||||||||||||||  |||| | ||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||    
T  19232328 atgcaatagtgcaacgcataagtgacacttgagaagcccaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaaggtaatttaatattgt-gtgacc 19232426  T
Q  202 cattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 280  Q
    || |||| |||  ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19232427 caatgggtcacatatcag-tattaaactgataagaacagatattacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 19232504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 74 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 30732216 - 30731975
Alignment:
Q  74 aacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccct 172  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||||||  ||| | | || |  ||||| || | ||||||||||   || ||| ||| ||||||    
T  30732216 aacttgaattggtggggtgcaccagaccaatgctatagtgcaacacattgacaacacacgagaagcctagtagcaagctaccaaagtggcctccccccct 30732117  T
Q  173 caaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 272  Q
    ||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30732116 caaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatattagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 30732018  T
Q  273 aaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatc 315  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | | | |||||||||||||    
T  30732017 aaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatc 30731975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 143 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 32918218 - 32918077
Alignment:
Q  143 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 242  Q
    |||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  32918218 tagcaagctactgcaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 32918120  T
Q  243 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtt 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32918119 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtt 32918077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 209 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 8979395 - 8979290
Alignment:
Q  209 ccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgctt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   | |||| |||||    
T  8979395 ccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgaacttgcttatgctt 8979296  T
Q  309 ttatat 314  Q
    ||||||    
T  8979295 ttatat 8979290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 215 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 9032120 - 9031996
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatat 314  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||| |||||||||||    
T  9032120 atcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttaaccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgaattcgcttatgcttttatat 9032021  T
Q  315 ctcacatccactcacttgctttctt 339  Q
      |||||||  ||||||||||||||    
T  9032020 accacatcccttcacttgctttctt 9031996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 99 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 8913118 - 8913027
Alignment:
Q  99 cccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 190  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||   |||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8913118 cccatgcaatagtgcaatgcataggcgacaaatgaggaaaccaatagcaagctactgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 8913027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 174 - 275
Target Start/End: Original strand, 10763878 - 10763978
Alignment:
Q  174 aaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 273  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||| ||||||  ||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  10763878 aaaaaagtaatttaatattgta-tggaccattgatccacatatcagatattaaactgataagaacatatactacacttgatcttagtcaaaagaccgaga 10763976  T
Q  274 aa 275  Q
    ||    
T  10763977 aa 10763978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 215 - 280
Target Start/End: Original strand, 6471749 - 6471813
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 280  Q
    |||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  6471749 atcagatattaaactaataagaacatatactacactt-atcttagccaaaaggtcgaaaaaggtat 6471813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 215 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 35701956 - 35701893
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 278  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  35701956 atcaaatattaaactaataaaaacaaataccacacttgatcttagccaaaaagttgagaaaggt 35701893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 253 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 8975724 - 8975634
Alignment:
Q  253 atcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaac 343  Q
    ||||||||||||||||  |||||  |||||||| |||| |||  | |||| ||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  8975724 atcttagccaaaaggcttagaaaaatatgagttgaaagttggactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttgatttcttaaac 8975634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 71 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 8992343 - 8992299
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaa 115  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  8992343 ttgaacttgaattggaggggtgcgccagcccatgcaatagtgcaa 8992299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 146 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 8996426 - 8996343
Alignment:
Q  146 caagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaact 229  Q
    ||||||||||||||   ||||  | |||||||||||||||||||||  |||||   ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  8996426 caagctattgaaataacctctgactctcaaaaaagtaatttaataccattgtgattcattgggccactaatcatatattgaact 8996343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 244 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 39814150 - 39814115
Alignment:
Q  244 ctacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 279  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39814150 ctacacttgatcatagccaaaaggccgagaaaggta 39814115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 138 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 17275974 - 17275862
Alignment:
Q  138 cccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaa 237  Q
    ||||||| ||||||||  || || ||||||||||||||||| |||||| |||| |  ||||  ||||||| ||||  || ||| ||| ||||||||||||    
T  17275974 cccaataacaagctatcaaagtgatctctccccctcaaaaatgtaattcaata-tcgtgtgatccattggaccacatattaaagattgaactgataagaa 17275876  T
Q  238 cagatactacactt 251  Q
    |  |||||||||||    
T  17275875 cgtatactacactt 17275862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 144; Significance: 2e-75; HSPs: 21)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 71 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 33988280 - 33987994
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 170  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||  ||  |||||||||||| | |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33988280 ttgaacttgaatcggtggggtgcgccggcctttgcaatagtgcagagcataagcgacacttgaaaaacccaatagcaagctattgaaatggcctctcccc 33988181  T
Q  171 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 270  Q
    || |||||||||||||||||  || ||| | ||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33988180 cttaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgactcattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 33988082  T
Q  271 agaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggact 358  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  |  ||| ||||||||||| |||| |||  |||||||||||||| ||| | ||||||||||||    
T  33988081 agaaaggtatgagttgaaagatggactcacttatgcttttatatatcacctcccttcacttgctttcttgaacaaccgatgtgggact 33987994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 74 - 332
Target Start/End: Original strand, 28366098 - 28366356
Alignment:
Q  74 aacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctc 173  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||  ||||  |||| | ||| | ||| | |||||||||| |  ||| ||||||||||||     
T  28366098 aactttaattggtgggatgcgccagccaatgcaatagtgcaacgcataaacgacacatgaaagacctagtagcaagctactataatagtctctccccctt 28366197  T
Q  174 aaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggc-cactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 272  Q
    |||||||||||||||||  || ||| |||||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28366198 aaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccattggggtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 28366296  T
Q  273 aaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttg 332  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||   ||| |||||||||||    
T  28366297 aaaggtatgagttgaaagaggggttcgcatctgcttttatattcaacacccactcacttg 28366356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 74 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 14708786 - 14708521
Alignment:
Q  74 aacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccct 172  Q
    |||||||||||||||||||| |||  ||| |||  ||||||||  ||| | |||| |  ||||| || |||||||||||| | || ||  ||||||||||    
T  14708786 aacttgaattggtggggtgcgccaggccaatgctgtagtgcaacacattgacgacacaagagaagcctaatagcaagctactaaagtgacctctccccct 14708687  T
Q  173 caaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 272  Q
    ||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14708686 caaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 14708588  T
Q  273 aaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttctt 339  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |  ||  ||||||||||||| ||||   |||| ||||||||||    
T  14708587 aaaggtatgagttgaaagatgggctcactagtgcttttatatctgacattttctcaattgctttctt 14708521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 71 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 14652736 - 14652525
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 169  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||| |||||||||  ||| ||  || || ||||| || | |||||||||| | ||||||  ||||||    
T  14652736 ttgaacttgaattggtggggtgcgccacgccaatgctatagtgcaacgcattggaaacactcgagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctccc 14652637  T
Q  170 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 269  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14652636 cctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 14652538  T
Q  270 gagaaaggtatga 282  Q
    |||||||||||||    
T  14652537 gagaaaggtatga 14652525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 71 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 14662527 - 14662316
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 169  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||| |||||||||  ||| ||  || || ||||| || | |||||||||| | ||||||  ||||||    
T  14662527 ttgaacttgaattggtggggtgcgccacgccaatgctatagtgcaacgcattggaaacactcgagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctccc 14662428  T
Q  170 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 269  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14662427 cctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 14662329  T
Q  270 gagaaaggtatga 282  Q
    |||||||||||||    
T  14662328 gagaaaggtatga 14662316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 143 - 294
Target Start/End: Original strand, 14654309 - 14654459
Alignment:
Q  143 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 242  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14654309 tagcaagctactgaagtggcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14654407  T
Q  243 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgg 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14654408 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgg 14654459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 143 - 294
Target Start/End: Original strand, 14664100 - 14664250
Alignment:
Q  143 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 242  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14664100 tagcaagctactgaagtggcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14664198  T
Q  243 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgg 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14664199 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgg 14664250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 71 - 285
Target Start/End: Original strand, 38175426 - 38175640
Alignment:
Q  71 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatccc-atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 169  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||  |  ||| ||||||||||  |||| ||||| | ||| |||||||  ||||||||| |||  |||| ||||||    
T  38175426 ttgaactagaattggtggggtgcgccaggcttatgtaatagtgcaacacataagcgacacatgataaacccagcagcaagctactgaggtggtttctccc 38175525  T
Q  170 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 269  Q
    |||||||||||||||||||||  || ||| ||||||||  |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38175526 cctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccattggaacacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 38175624  T
Q  270 gagaaaggtatgagtt 285  Q
    ||||||||||||||||    
T  38175625 gagaaaggtatgagtt 38175640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 163 - 315
Target Start/End: Original strand, 14669698 - 14669849
Alignment:
Q  163 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 262  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14669698 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 14669796  T
Q  263 aaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | | |||||||||||||    
T  14669797 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcgttgctgcttttatatc 14669849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 163 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 14706206 - 14706055
Alignment:
Q  163 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 262  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14706206 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 14706108  T
Q  263 aaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatc 315  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | | |||||||||||||    
T  14706107 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgggctcggtgctgcttttatatc 14706055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 143 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 14674619 - 14674448
Alignment:
Q  143 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 242  Q
    |||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14674619 tagcaagctactaaaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14674521  T
Q  243 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || | | | |||||||||||||    
T  14674520 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttggaagattggctaggtgctgcttttatatc 14674448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 143 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 14681737 - 14681566
Alignment:
Q  143 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 242  Q
    |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14681737 tagcaagctactaaaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14681639  T
Q  243 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| | | | |||||||||||||    
T  14681638 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtataagttgaaaaatgggctaggtgctgcttttatatc 14681566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 143 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 14679997 - 14679826
Alignment:
Q  143 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 242  Q
    |||||||||| | | ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14679997 tagcaagctactaatatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14679899  T
Q  243 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatc 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || | | | |||||||||||||    
T  14679898 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttggaagattggctaggtgctgcttttatatc 14679826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 163 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 14683868 - 14683693
Alignment:
Q  163 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 262  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14683868 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 14683770  T
Q  263 aaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttctt 339  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||  | ||| | ||||||||| |  |||||  |||| ||||||||||    
T  14683769 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaatatggactagctgccgcttttataacagacatcttctcagttgctttctt 14683693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 74 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 14716499 - 14716280
Alignment:
Q  74 aacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccct 172  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||||||  ||| |||||| |  ||||     | |||||||||| | || | | ||||||||||    
T  14716499 aacttgaattggtggggtgcaccaagccaatgctatagtgcaacacattggcgacacacgagaggattagtagcaagctactaaagttgcctctccccct 14716400  T
Q  173 caaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 272  Q
    ||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14716399 caaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatattagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 14716301  T
Q  273 aaaggtatgagttaaaagatg 293  Q
    ||||||||||||| |||||||    
T  14716300 aaaggtatgagttgaaagatg 14716280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 102 - 279
Target Start/End: Original strand, 11872408 - 11872585
Alignment:
Q  102 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaa-gtaatttaatactgttgtggc 200  Q
    ||||| ||||||||  |||| || || ||||| || | |||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  || ||| |    
T  11872408 atgcagtagtgcaacacataagctacacttgaaaagctcaatagcaagctatcgaaatggcctctcccccttaaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgac 11872506  T
Q  201 ccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 279  Q
    ||||||  ||||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11872507 ccattgaaccacatatcatatattaaactgataagaacagatagtacacttgatcttagtcaaaaggccgagaaaggta 11872585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 164 - 286
Target Start/End: Original strand, 14667101 - 14667222
Alignment:
Q  164 tctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaa 263  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14667101 tctccccctagaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacgtatcagatattaaactaataagaacagatactacacttgatcttagccaa 14667199  T
Q  264 aaggccgagaaaggtatgagtta 286  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  14667200 aaggccgagaaaggtatgagtta 14667222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 201 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 14676713 - 14676575
Alignment:
Q  201 ccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggc 300  Q
    ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  | ||    
T  14676713 ccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaatatggactagc 14676614  T
Q  301 ttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttctt 339  Q
    | | ||||||||| |  |||||  |||| ||||||||||    
T  14676613 tgccgcttttataacagacatcttctcagttgctttctt 14676575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 215 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 37422236 - 37422175
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaag 276  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37422236 atcagatattaaactgataagaacatatgctacacttgatcttagccaaaaggccgagaaag 37422175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 215 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 28698620 - 28698550
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtt 285  Q
    ||||||||||||| |||||| || | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  28698620 atcaaatattaaattgataaaaatatatactacatttgatcttagccaaaagaccgagaaatgtatgagtt 28698550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 404 - 437
Target Start/End: Original strand, 28366420 - 28366453
Alignment:
Q  404 catggccaacagagaccaaattccaagcaaagga 437  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28366420 catggccaacagagaccaatttccaagcaaagga 28366453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 164 - 458
Target Start/End: Original strand, 1716441 - 1716731
Alignment:
Q  164 tctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattggg-ccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 262  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  || ||| |||||| || ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1716441 tctcccccttaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccatttggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 1716539  T
Q  263 aaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggactaaac 362  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||       
T  1716540 aaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttc-tgaactagcgatgtgggacta--- 1716635  T
Q  363 ttagacaacaacttgggactcaatgattcttgta-cgcatggcatggccaacagagaccaaattccaagcaaaggatacgtgatttgagcttccaac 458  Q
    || | ||| | | |||||||   |   |||||||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1716636 tttg-caatagcctgggactagcttgctcttgtatggcatggcatggccaacaaagaccaatttccaaacaaaggatacgtgatttgagcttccaac 1716731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 78 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 3643843 - 3643591
Alignment:
Q  78 tgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaa 177  Q
    |||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| || || || ||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||| ||||    
T  3643843 tgaattggtggggtgcgccagccaatgcaatagtgcaacacataagcaacactcgagaaacccaatagcaagctattgtgatagtttctcccccttaaaa 3643744  T
Q  178 aagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 277  Q
    |||||||||||||  || ||| |||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3643743 aagtaatttaatatcgt-gtgacccaatgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 3643645  T
Q  278 tatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcactt 331  Q
    ||||| || ||||   |  | ||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  3643644 tatgaatttaaagtaagtctcgcttctgtttttatatcccacatccactcactt 3643591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 80 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 7525170 - 7524968
Alignment:
Q  80 aattggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaa 178  Q
    |||||||||||||| || | |||||||||||||||||  ||| | |||| | |||||||||||  ||||||||| | |   || ||||||||||||||||    
T  7525170 aattggtggggtgcgcctagcccatgcaatagtgcaacgcatggacgacacatgagaaacccagcagcaagctactaaggcggcctctccccctcaaaaa 7525071  T
Q  179 agtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 278  Q
    ||||||||||||  || |||  |||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7525070 agtaatttaatatcgt-gtgatccattggatcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 7524972  T
Q  279 atga 282  Q
    ||||    
T  7524971 atga 7524968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 163 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 4103363 - 4103249
Alignment:
Q  163 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 262  Q
    ||||| |||| ||||||| |||||||||  || |||| | ||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4103363 ctctctccctaaaaaaagcaatttaatatcgt-gtggactattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttaacca 4103265  T
Q  263 aaaggccgagaaaggt 278  Q
    ||| || |||||||||    
T  4103264 aaatgctgagaaaggt 4103249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 85 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 16038053 - 16037861
Alignment:
Q  85 gtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaat 184  Q
    ||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| ||||| |  ||||| |||| ||||||||| |||  |||   | | ||| |||||||||||||    
T  16038053 gtggggtgcgccaaccgatgcaatagtgcaacacataagcgacacacgagaagcccattagcaagctcttgtgatgactttttcccttcaaaaaagtaat 16037954  T
Q  185 ttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 280  Q
    ||||||  ||| || |||||| | |||||| |||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||    
T  16037953 ttaatatcgtt-tgacccattagaccacta-tcaaatattaagataataagaacaaatactacacttgatcttag-aaaacggccgagaaaagtat 16037861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 215 - 275
Target Start/End: Original strand, 19261156 - 19261216
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 275  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||    
T  19261156 atcagatatttaacggataagaacatatattacacttgatcttaatcaaaaggctgagaaa 19261216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 121; Significance: 8e-62; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 80 - 315
Target Start/End: Original strand, 10795795 - 10796030
Alignment:
Q  80 aattggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaa 178  Q
    ||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||  || | ||||| | |||||| || ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||    
T  10795795 aattggtggggtgtacctaactcatgcaatagtgcaacgcacaagcgacacatgagaagcctaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaa 10795894  T
Q  179 agtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 278  Q
    ||||||||||||  || ||| ||||||||| |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10795895 agtaatttaatatcgt-gtgacccattgggtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 10795993  T
Q  279 atgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatc 315  Q
    ||||||| ||||| | | |||||||||||||||||||    
T  10795994 atgagttgaaagaagagctggcttctgcttttatatc 10796030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 74 - 315
Target Start/End: Original strand, 10791551 - 10791792
Alignment:
Q  74 aacttgaattggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccct 172  Q
    |||| |||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||  ||   ||||| | |||||| || ||||||||||||||||| |||  |||||||||    
T  10791551 aactagaattggtggggtgtacctaactcatgcaatagtgcaacgcacgagcgacacatgagaagcctaatagcaagctattgaagtggcttctccccct 10791650  T
Q  173 caaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 272  Q
    |||||||||||||||||| |  |||| ||||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10791651 caaaaaagtaatttaata-tcatgtgacccattggatcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 10791749  T
Q  273 aaaggtatgagttaaaagatgggttggcttctgcttttatatc 315  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  10791750 aaaggtatgagttgaaagaagagttggcttctgcttttatatc 10791792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 102 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 30521421 - 30521242
Alignment:
Q  102 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcc 201  Q
    ||||||||||||||| || || |||| ||||||| ||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||||||||  |||| ||||  || |||       
T  30521421 atgcaatagtgcaaagcaaagacgacacttgagagacccaatagcaagctatagtagtggactctccccctcaaaaaataaattgaatatcgt-gtgagg 30521323  T
Q  202 cattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 282  Q
    |  ||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  30521322 cgatggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatctcagccaaaaggtcgagaaaggtatga 30521242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 215 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 8875756 - 8875691
Alignment:
Q  215 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 280  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  8875756 atcagatattaaattgataagaacagatattacacttgatcttagccaaaaggccgggaaatgtat 8875691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 175 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 21216131 - 21216032
Alignment:
Q  175 aaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaa 274  Q
    |||||||||||||||| | |||||   ||||| |||||  || | |||||||||||||||||| |||| ||| || ||||||||| |||||| || ||||    
T  21216131 aaaaagtaatttaatatt-ttgtgattcattgagccacatataagatattaaactgataagaatagatgctatacatgatcttagtcaaaagaccaagaa 21216033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 54; Significance: 8e-22; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 101 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 27134691 - 27134511
Alignment:
Q  101 catgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggc 200  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||| | |||||| ||||| ||||| |||||||  ||   |||||||||||||||||||||||||||  ||| || |    
T  27134691 catgcaatagtgcaacgcatgagcgacacatgagaagcccaacagcaaactattgaggtgtcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtt-tgac 27134593  T
Q  201 ccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 282  Q
     |||| | ||||  |||| |||||||||  |||||||||||||||| | ||||||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  27134592 tcattagaccacatatcagatattaaaccaataagaacagatactagatttgatcttagtgaaaaggccgaaaaaggtatga 27134511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 163 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 8128260 - 8128149
Alignment:
Q  163 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 262  Q
    ||||||||||||| |||  ||||||||| ||| ||| || ||||| ||||  |||| |||||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||| |||    
T  8128260 ctctccccctcaagaaataaatttaatattgt-gtgacc-attggcccacatatcatatattaaactaaaaagaacatatactacacttaatcttaacca 8128163  T
Q  263 aaaggccgagaaag 276  Q
    ||||  ||||||||    
T  8128162 aaagaacgagaaag 8128149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000007; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 234 - 280
Target Start/End: Original strand, 15758562 - 15758608
Alignment:
Q  234 agaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 280  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15758562 agaacagatattacacttgatcttagccaaaaggctgagaaaggtat 15758608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0549 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0549
Description:

Target: scaffold0549; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 121 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 5556 - 5487
Alignment:
Q  121 aggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 190  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||   ||| |||||| ||||||||||  |||||||||    
T  5556 aggcgacacttgagagacccaatagcaagctattgtggtggactctccacctcaaaaaataaatttaata 5487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University