View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4515_low_2 (Length: 497)

Name: NF4515_low_2
Description: NF4515
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4515_low_2
NF4515_low_2
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (16-483)||(15195038-15195505)
chr1 (16-483)||(15215456-15215923)
chr1 (16-291)||(15195881-15196156)
chr1 (16-291)||(15216299-15216574)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (16-483)||(17563540-17564007)
chr5 (20-346)||(17683412-17683738)
chr5 (267-440)||(17571599-17571772)
chr5 (16-258)||(17570636-17570881)
chr5 (19-121)||(17621843-17621945)
chr5 (197-295)||(17621700-17621798)
chr5 (20-121)||(17690563-17690664)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (16-483)||(14764592-14765059)
chr7 (214-481)||(14749545-14749812)
chr7 (20-346)||(14661523-14661849)
chr7 (16-258)||(14757654-14757899)
chr7 (267-440)||(14709196-14709369)
chr7 (16-121)||(14749875-14749980)
chr7 (324-440)||(14756790-14756906)
chr7 (20-227)||(14653088-14653295)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (16-393)||(24395102-24395479)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 15195505 - 15195038
Alignment:
Q  16 atcacatgcttagattagtccatatggagaattctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccg 115  Q
    |||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15195505 atcacatgattagattaatccttatggagaactctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccg 15195406  T
Q  116 tcgtgtcaacggtggtctatcacaaatacgagaagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactgatccagaaaggttgaagaat 215  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15195405 tcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatacgagaagtgattacttcatacattagagactacagtaagcagcttgttactgatccagaaaggttgaagaat 15195306  T
Q  216 ccggttgaatttgtgcagaagctcttagatgagaaagataaattcaacaggattataaatttggcatttagtaatgacaagttgttccagaaggatctga 315  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  15195305 ccggttgaatttgtgcagaggcttttagatgagaaagataaattcagcaggattataaatttggcatttagtaatgacaagttgttccagaaagatctgt 15195206  T
Q  316 attcctcatttgaatttttcattaacttgaatcctcgttctccagagtacatatcactatttatagacgataagcttcaaaatggtctaaagggaattag 415  Q
    ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15195205 attcctccttcgaatttatcattaacttgaatcctcgttctccagagtacatttcactatttttaaacgataagcttcaaaatggtctaaagggaattag 15195106  T
Q  416 tgaggatgttgtagagattactcttaacaaggttatggttttattccgttatttgcaggaaaaagatg 483  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15195105 tgaggatgttgtagagattactcttaacaaggttatgtttttattccgttatttgcaggaaaaagatg 15195038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 15215923 - 15215456
Alignment:
Q  16 atcacatgcttagattagtccatatggagaattctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccg 115  Q
    |||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15215923 atcacatgattagattaatccttatggagaactctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccg 15215824  T
Q  116 tcgtgtcaacggtggtctatcacaaatacgagaagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactgatccagaaaggttgaagaat 215  Q
    |||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15215823 tcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatacgagaagtgattacttcatacattagagactacagtaagcagcttgttactgatccagaaaggttgaagaat 15215724  T
Q  216 ccggttgaatttgtgcagaagctcttagatgagaaagataaattcaacaggattataaatttggcatttagtaatgacaagttgttccagaaggatctga 315  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  15215723 ccggttgaatttgtgcagaggcttttagatgagaaagataaattcagcaggattataaatttggcatttagtaatgacaagttgttccagaaagatctgt 15215624  T
Q  316 attcctcatttgaatttttcattaacttgaatcctcgttctccagagtacatatcactatttatagacgataagcttcaaaatggtctaaagggaattag 415  Q
    ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15215623 attcctccttcgaatttatcattaacttgaatcctcgttctccagagtacatttcactatttttaaacgataagcttcaaaatggtctaaagggaattag 15215524  T
Q  416 tgaggatgttgtagagattactcttaacaaggttatggttttattccgttatttgcaggaaaaagatg 483  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15215523 tgaggatgttgtagagattactcttaacaaggttatgtttttattccgttatttgcaggaaaaagatg 15215456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 16 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 15196156 - 15195881
Alignment:
Q  16 atcacatgcttagattagtccatatggagaattctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccg 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15196156 atcacatgcttagattaatccatatggagaactctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccg 15196057  T
Q  116 tcgtgtcaacggtggtctatcacaaatacgagaagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactgatccagaaaggttgaagaat 215  Q
    |||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15196056 tcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatacgagaagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaat 15195957  T
Q  216 ccggttgaatttgtgcagaagctcttagatgagaaagataaattcaacaggattataaatttggcatttagtaatg 291  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15195956 ccggttgaatttgtgcagaggctcttagatgagaaagataaattcagcaggattataaatttggcatttagtaatg 15195881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 16 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 15216574 - 15216299
Alignment:
Q  16 atcacatgcttagattagtccatatggagaattctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccg 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15216574 atcacatgcttagattaatccatatggagaactctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtataaagatttgattagaatgtataacttgttccg 15216475  T
Q  116 tcgtgtcaacggtggtctatcacaaatacgagaagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactgatccagaaaggttgaagaat 215  Q
    |||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15216474 tcgtgtcaccggtggtctctcgcaaatacgagaagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactggtccagaaaggttgaagaat 15216375  T
Q  216 ccggttgaatttgtgcagaagctcttagatgagaaagataaattcaacaggattataaatttggcatttagtaatg 291  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15216374 ccggttgaatttgtgcagaggctcttagatgagaaagataaattcagcaggattataaatttggcatttagtaatg 15216299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 284; Significance: 1e-159; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 16 - 483
Target Start/End: Original strand, 17563540 - 17564007
Alignment:
Q  16 atcacatgcttagattagtccatatggagaattctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccg 115  Q
    ||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||| |    
T  17563540 atcacatgcttagattaatctataaggagacttctgggttagtaaacatgcttggtgatgataaatatgaagatttgggtaggatgtataacttgttcag 17563639  T
Q  116 tcgtgtcaacggtggtctatcacaaatacgagaagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactgatccagaaaggttgaagaat 215  Q
    |||||||| || |||||| |   ||||||| |||||||||||||||||| | | |||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  17563640 tcgtgtcaccgatggtctcttgaaaatacgtgaagtgatgacttcatacgtcaaagaccacggtaagcagcttgttactgatcctgaaaggttgaaggat 17563739  T
Q  216 ccggttgaatttgtgcagaagctcttagatgagaaagataaattcaacaggattataaatttggcatttagtaatgacaagttgttccagaaggatctga 315  Q
    || |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||    
T  17563740 cctgttgaatttgtgcagaggctctcagatgtgaaagataaattcaacaagattatagatttggcatttagtaatgacaagttgttcatgaaagatctga 17563839  T
Q  316 attcctcatttgaatttttcattaacttgaatcctcgttctccagagtacatatcactatttatagacgataagcttcaaaatggtctaaagggaattag 415  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||    
T  17563840 attcctcatttgaatttttcatgaacttgaatcctcgtattccagagtacatttcactctttgtagacgataagcttcgaaaaggtctaaagggagttag 17563939  T
Q  416 tgaggatgttgtagagattactcttaacaaggttatggttttattccgttatttgcaggaaaaagatg 483  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  17563940 tgaggatgttgtagagattatccttgacaaggttatggttctattccggtatttgcaggaaaaagatg 17564007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 20 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 17683738 - 17683412
Alignment:
Q  20 catgcttagattagtccatatggagaattctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccgtcgt 119  Q
    |||||| |||||| || |||||||||| |||||||| ||||||||| || ||| | |||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||     
T  17683738 catgctgagattaatcaatatggagaactctgggtttgtaaacatgctttgtggtaataaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgtcgg 17683639  T
Q  120 gtcaacggtggtctatcacaaatacgagaagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactgatccagaaaggttgaagaatccgg 219  Q
    ||    | |||||| ||| |||||| ||||| |||||  ||| ||||| |||  |  | | |  ||||||||||||||||| | |||||| || |||| |    
T  17683638 gttcctgatggtctctcaaaaatacaagaagcgatgatctcacacattcgagtgtccgttgacaagcttgttactgatccaaagaggttggaggatcctg 17683539  T
Q  220 ttgaatttgtgcagaagctcttagatgagaaagataaattcaacaggattataaatttggcatttagtaatgacaagttgttccagaaggatctgaattc 319  Q
    |||||||| |||||| ||| || ||||| |||||||||| | ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||| | | | |||||    
T  17683538 ttgaatttttgcagaggctattggatgacaaagataaatacgacaagattataaacatggcatttagtaatgacaagtttttccggaatgcttttaattc 17683439  T
Q  320 ctcatttgaatttttcattaacttgaa 346  Q
    || |||||||||||||| |||||||||    
T  17683438 cttatttgaatttttcactaacttgaa 17683412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 267 - 440
Target Start/End: Original strand, 17571599 - 17571772
Alignment:
Q  267 attataaatttggcatttagtaatgacaagttgttccagaaggatctgaattcctcatttgaatttttcattaacttgaatcctcgttctccagagtaca 366  Q
    |||||||| |||| |||||| ||| |||| || ||||| || | | |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  17571599 attataaacttggaatttagaaataacaatttcttccaaaatgctttgaattcctcgttcgaatttttcattaacttgaacccttgttctccagagtaca 17571698  T
Q  367 tatcactatttatagacgataagcttcaaaatggtctaaagggaattagtgaggatgttgtagagattactctt 440  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||  ||| |  ||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  17571699 tttcactatttgtagacgataagcttagaaaggaactaaagggagttagcgaggatgatgtagagattactctt 17571772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 16 - 258
Target Start/End: Original strand, 17570636 - 17570881
Alignment:
Q  16 atcacatgcttagattagtccatatggagaattctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccg 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| || ||| |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||    
T  17570636 atcacatgcttagattaatccatatggagaactcggggttagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcg 17570735  T
Q  116 tcgtgtcaacggtggtctatcacaaatacgagaagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactgatccagaaaggttg---aag 212  Q
    |||||| |    |||||| ||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||| |     || |||||| ||||||||| ||||||||||    |     
T  17570736 tcgtgttactaatggtctctcgaaaatacgtgaagtgacgacttcacacatcagagagtccttgaaacagcttcttactgatctagaaaggttggatgat 17570835  T
Q  213 aatccggttgaatttgtgcagaagctcttagatgagaaagataaat 258  Q
    | ||  |||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||    
T  17570836 attcatgttgaatttgtgcagaggttgttagatgagaaagataaat 17570881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 19 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 17621945 - 17621843
Alignment:
Q  19 acatgcttagattagtccatatggagaattctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccgtcg 118  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17621945 acatgcttagattaatccatatggaaaattctgggttagtaaacatgatttgtggtgataaatatgaagacttgggtagaatgtataacttgttccgtcg 17621846  T
Q  119 tgt 121  Q
    |||    
T  17621845 tgt 17621843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 197 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 17621798 - 17621700
Alignment:
Q  197 tccagaaaggttgaagaatccggttgaatttgtgcagaagctcttagatgagaaagataaattcaacaggattataaatttggcatttagtaatgacaa 295  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||||||  |||||||||| || |||||    
T  17621798 tccagaaaggttgaaggatcctgttgaatatgtgcagaagctcttagatgagaaagataaatacgagaagattataaacatggcatttagcaacgacaa 17621700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 20 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 17690664 - 17690563
Alignment:
Q  20 catgcttagattagtccatatggagaattctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccgtcgt 119  Q
    ||||| ||||||| || |||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| |  ||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||| |||    
T  17690664 catgcctagattaatcaatatggagaactctgggtttgtaaacatgatttgtggtactaaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgacgt 17690565  T
Q  120 gt 121  Q
    ||    
T  17690564 gt 17690563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 16 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 14765059 - 14764592
Alignment:
Q  16 atcacatgcttagattagtccatatggagaattctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccg 115  Q
    ||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||| |    
T  14765059 atcacatgcttagattaatctataaggagacttctgggttagtaaacatgcttggtgatgataaatatgaagatttgggtaggatgtataacttgttcag 14764960  T
Q  116 tcgtgtcaacggtggtctatcacaaatacgagaagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactgatccagaaaggttgaagaat 215  Q
    |||||||| || |||||| |   ||||||| |||||||||||||||||  | | |||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  14764959 tcgtgtcaccgatggtctcttgaaaatacgtgaagtgatgacttcataagtcaaagacaacggtaagcagcttgttactgatcctgaaaggttgaaggat 14764860  T
Q  216 ccggttgaatttgtgcagaagctcttagatgagaaagataaattcaacaggattataaatttggcatttagtaatgacaagttgttccagaaggatctga 315  Q
    || |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||    
T  14764859 cctgttgaatttgtgcagaggctctcagatgtgaaagataaattcaacaagattatagatttggcatttagtaatgacaagttgttcatgaaagatctga 14764760  T
Q  316 attcctcatttgaatttttcattaacttgaatcctcgttctccagagtacatatcactatttatagacgataagcttcaaaatggtctaaagggaattag 415  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||    
T  14764759 attcctcatttgaatttttcatgaacttgaatcctcgtattccagagtacatttcactctttgtagacgataagcttcgaaaaggtctaaagggagttag 14764660  T
Q  416 tgaggatgttgtagagattactcttaacaaggttatggttttattccgttatttgcaggaaaaagatg 483  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  14764659 tgaggatgttgtagaaattaaccttgacaaggttatggttctattccggtatttgcaggaaaaagatg 14764592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 214 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 14749812 - 14749545
Alignment:
Q  214 atccggttgaatttgtgcagaagctcttagatgagaaagataaattcaacaggattataaatttggcatttagtaatgacaagttgttccagaaggatct 313  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||| ||||||||| |||| |||||||||  ||||  ||||||| || | | |    
T  14749812 atcctgttgaatttgtgcagaggctcttggatgagaaagataaatacgacaagattataaacttggaatttagtaacaacaatatgttccaaaatgtttt 14749713  T
Q  314 gaattcctcatttgaatttttcattaacttgaatcctcgttctccagagtacatatcactatttatagacgataagcttcaaaatggtctaaagggaatt 413  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||| ||| ||    
T  14749712 gaattcctggtttgaatttttcattaacttgaacccttgttctccagagtacatttcactatttgtagacgataagcttagaaagggtctaaatggagtt 14749613  T
Q  414 agtgaggatgttgtagagattactcttaacaaggttatggttttattccgttatttgcaggaaaaaga 481  Q
    || ||||||| | ||||| |||||||| | ||||| ||| | |||||||| ||  |||| ||||||||    
T  14749612 agcgaggatgatttagaggttactcttgaaaaggtgatgatgttattccgatacctgcaagaaaaaga 14749545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 20 - 346
Target Start/End: Original strand, 14661523 - 14661849
Alignment:
Q  20 catgcttagattagtccatatggagaattctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccgtcgt 119  Q
    |||||| |||||| || |||||||||| |||||||| ||||||||| || ||| | |||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  14661523 catgctgagattaatcaatatggagaactctgggtttgtaaacatgctttgtggtaataaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgtcgt 14661622  T
Q  120 gtcaacggtggtctatcacaaatacgagaagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactgatccagaaaggttgaagaatccgg 219  Q
    ||    | |||||| | | |||||| ||||| |||||  ||| ||||| |||  |  | | |  ||||||||||||||||| | |||||| || |||| |    
T  14661623 gttcctgatggtctcttaaaaatacaagaagcgatgatctcacacattcgagtgtccgttgacaagcttgttactgatccaaagaggttggaggatcctg 14661722  T
Q  220 ttgaatttgtgcagaagctcttagatgagaaagataaattcaacaggattataaatttggcatttagtaatgacaagttgttccagaaggatctgaattc 319  Q
    |||||||| |||||| |||||| ||||| |||||||||| | ||| |||||||||  |||||||||||||||||||||| || | ||| | | | |||||    
T  14661723 ttgaatttttgcagaggctcttggatgacaaagataaatacgacaagattataaacatggcatttagtaatgacaagtttttacggaatgcttttaattc 14661822  T
Q  320 ctcatttgaatttttcattaacttgaa 346  Q
    || |||||||||||||| |||||||||    
T  14661823 cttatttgaatttttcactaacttgaa 14661849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 16 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 14757899 - 14757654
Alignment:
Q  16 atcacatgcttagattagtccatatggagaattctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccg 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| || ||| |||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||    
T  14757899 atcacatgcttagattaatccatatggagaactcggggttagtaaacatgctttgtggtgataaatatgaagatttgggaagaatgtataacttgtttcg 14757800  T
Q  116 tcgtgtcaacggtggtctatcacaaatacgagaagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactgatccagaaaggttg---aag 212  Q
    |||||| |    |||||| ||  ||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||| |     || |||||| ||||||||| ||||||||||    |     
T  14757799 tcgtgttactaatggtctctcgaaaatacgtgaagtgacgacttcacacatcagagagtccttgaaacagcttcttactgatctagaaaggttggatgat 14757700  T
Q  213 aatccggttgaatttgtgcagaagctcttagatgagaaagataaat 258  Q
    | ||  |||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||    
T  14757699 attcatgttgaatttgtgcagaggttgttagatgagaaagataaat 14757654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 267 - 440
Target Start/End: Original strand, 14709196 - 14709369
Alignment:
Q  267 attataaatttggcatttagtaatgacaagttgttccagaaggatctgaattcctcatttgaatttttcattaacttgaatcctcgttctccagagtaca 366  Q
    |||||||| |||| |||||| ||| |||| |||||||| || | | |||||||||| || ||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||    
T  14709196 attataaacttggaatttagaaataacaatttgttccaaaatgctttgaattcctcgttcgaatttttcattaacttaaacccttgttctccagagtaca 14709295  T
Q  367 tatcactatttatagacgataagcttcaaaatggtctaaagggaattagtgaggatgttgtagagattactctt 440  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||  ||| |  ||||||||| |||| || |||| | ||||||||||||||    
T  14709296 tttcactatttgtagacgataagcttagaaaggaactaaagggagttagcgaagatgatctagagattactctt 14709369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 14749980 - 14749875
Alignment:
Q  16 atcacatgcttagattagtccatatggagaattctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccg 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||| || ||| |||||| ||| | |||||| |||||||||||||||||||||     
T  14749980 atcacatgcttagattaatccaattgcagaattctgggttagtaaacatgctttgtggtgataaatataacgatttgggtagaatgtataacttgttcca 14749881  T
Q  116 tcgtgt 121  Q
    ||||||    
T  14749880 tcgtgt 14749875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 324 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 14756906 - 14756790
Alignment:
Q  324 tttgaatttttcattaacttgaatcctcgttctccagagtacatatcactatttatagacgataagcttcaaaatggtctaaagggaattagtgaggatg 423  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  |||    ||||||||| |||| |||||||    
T  14756906 tttgaatttttcattaacttgaacccttgtactccagagtacatttcactatttgtagacgataagcttagaaagtaactaaagggagttagcgaggatg 14756807  T
Q  424 ttgtagagattactctt 440  Q
     | ||||||||||||||    
T  14756806 atctagagattactctt 14756790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 20 - 227
Target Start/End: Original strand, 14653088 - 14653295
Alignment:
Q  20 catgcttagattagtccatatggagaattctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccgtcgt 119  Q
    |||||| |||||| || |||||||||| |||||||| ||||||||| || ||| |  ||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||| |||    
T  14653088 catgctgagattaatcaatatggagaactctgggtttgtaaacatgctttgtggtactaaatatgaagatttggaaagaatgtataacttgttccgacgt 14653187  T
Q  120 gtcaacggtggtctatcacaaatacgagaagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactgatccagaaaggttgaagaatccgg 219  Q
    ||      |||||| ||| |||||  |||||||||||  ||| ||||| |||  | || |||  ||||||||||||||||| ||||| | ||| |||| |    
T  14653188 gttcctaatggtctctcaaaaataaaagaagtgatgatctcacacattcgagtgtctgttaacaagcttgttactgatccaaaaagggttaaggatcctg 14653287  T
Q  220 ttgaattt 227  Q
    || |||||    
T  14653288 ttcaattt 14653295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 138; Significance: 6e-72; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 16 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 24395479 - 24395102
Alignment:
Q  16 atcacatgcttagattagtccatatggagaattctgggttagtaaacatgattggtgatgataagtatgaagatttgagtagaatgtataacttgttccg 115  Q
    |||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||| || |||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  24395479 atcacatgctcaggttaatccatatggagaattctggtttagtcaacatgctttgtgatgataaatatgaagatttgggtaggatgtataacttgttccg 24395380  T
Q  116 tcgtgtcaacggtggtctatcacaaatacgagaagtgatgacttcatacattagagactatggtaagcagcttgttactgatccagaaaggttgaagaat 215  Q
     |||||   ||  ||||| |   |||||||||| |||||||||| | |||| || || | |||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||    
T  24395379 ccgtgtagccgacggtcttttgaaaatacgagaggtgatgactttacacataagggaatctggtaaacagcttgttacagatcctgaaagattgaaggat 24395280  T
Q  216 ccggttgaatttgtgcagaagctcttagatgagaaagataaattcaacaggattataaatttggcatttagtaatgacaagttgttccagaaggatctga 315  Q
    || || || |||||||||| |||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||||   |||||| |  || |||||||  |||||||| | | |||    
T  24395279 ccagtcgagtttgtgcagaggctcttagatgagaaagacaaatacgacaagattataaaccaggcattcaacaacgacaagtctttccagaatgctttga 24395180  T
Q  316 attcctcatttgaatttttcattaacttgaatcctcgttctccagagtacatatcactatttatagacgataagcttc 393  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||| ||||    
T  24395179 attcctcgtttgaatatttcattaacttgaatccccgttctccagagttcatttcactatttgtagatgataaacttc 24395102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University