View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4519-Insertion-1 (Length: 1120)

Name: NF4519-Insertion-1
Description: NF4519
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4519-Insertion-1
NF4519-Insertion-1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-973)||(3489678-3490646)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 876; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 876; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 973
Target Start/End: Complemental strand, 3490646 - 3489678
Alignment:
Q  7 aggaagcccttggtgaatctgctttggaggaatctagattcaatgaagtcacattcttttcagaaaacttcgatgaagtttgcgtcgtcttagaagtgga 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  3490646 aggaagcccttggtgaatctgctttggaggaatctagattcaatgaagtcacattcttttcagaaaacttcgatgaaatttgcgtcttcttagaagtgga 3490547  T
Q  107 atttgatgaagttttggccaattgaaaagttgatactggatgagttttcacccttcgagaggttgatttcaatagaagttcctctttcttgaaatttgat 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3490546 atttgatgaagttttggccaattgaaaagttgatactggatgagttttcacccttcgagaggttgatttcaatagaagttcctctttcttgaaatttgat 3490447  T
Q  207 attaatgaagctccaaccctcttggaaattggtttcggtgtagtgtccaccttagaacttgatgaaatttctggcttccttgttttataggtagagcaat 306  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3490446 attgatgaagctccaaccctcttggaaattggtttcggtgtagtgtccaccttagaacttgatgaaatttctggcttccttgttttataggtagagcaat 3490347  T
Q  307 tctgcgaccttggaaggaggggcaatcgcttcacaccggccagtgatgttttcttcctgtttaccacaacttccttgccaggtttaactagctcgcaagg 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3490346 tctgcgaccttggaaggaggggcaatcgcttcacaccggccagtgatgttttcttcctgtttaccacaacttccttgccaggtttaactagctcgcaagg 3490247  T
Q  407 ttcagttttaacgaccttggtcgtgtctgagacattagaaatctggacctcagaatcagttgatttcctgtgtttgaccaacgacatcttggttcgttca 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||      
T  3490246 ttcagttttaacgaccttggtcgtgtctgagacattagaaatccggacctcagaatcagttgatttcctgtgtttgaccaacgacatcttggttggtttg 3490147  T
Q  507 gaattcattgatgcgcgaagtttgacacctgatgttacgacttcagcaaggttctgtagtgtacttctgtaaagttgtgttctttcggctatccttggta 606  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3490146 gaattcattgatgcacgaagtttgacacctgatgttacgatttcagcaaggttctgtagtgtacttctgtgaagttgtgttctttcggctatccttggta 3490047  T
Q  607 ttaaacnnnnnnncttttcttcaagtgcaagcttcatcccatatttgcaaaaatcatgacaggaacctgtcgaatctcgaagataatgaggaacaagttt 706  Q
    ||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3490046 ttaaactttttttcttttcttcaagtgcaagcttcatcccatatttgcaaaaatcatgacaggaacctgtcgaatctcgaagataatgaggaacaagttt 3489947  T
Q  707 ttcttcattatttccaggactagtttttccagaagtgtgtcttcttcttaatacaccaacatgtgtcgacatagttagtccagaaatcactggtacatca 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3489946 ttcttcattatttccaggactagtttttccagaagtgtgtcttcttcttaatacaccaacacgtgtcgacatagttagtccagaaatcactggtacatca 3489847  T
Q  807 acacattccactgccatttgataacagaaaatggttaataacagaaaaatgcaataccaaggcctattcaaaatttcagcacaagaaaacct-aaagaga 905  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3489846 acacatttctctgccatttgataacagaaaatggttaataacagaaaaatgcaataccaaggcctattcaaaatttcagcacaagaaaacctaaaagaga 3489747  T
Q  906 gtaattatttaatatctaaattgttataaggtgatatgaaatg-aaatttattaagcactcttcatata 973  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  3489746 gtaattatttaatatctaaattgttataaggtgatatgaaatgaaaatttattaaacactcttcatata 3489678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University