View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4522-Insertion-5 (Length: 627)

Name: NF4522-Insertion-5
Description: NF4522
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4522-Insertion-5
NF4522-Insertion-5
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (18-627)||(3433483-3434092)
chr2 (86-626)||(3427293-3427833)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (18-625)||(11896381-11896982)
chr4 (18-360)||(11911681-11912023)
chr4 (369-626)||(11912059-11912316)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 542; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 542; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 3434092 - 3433483
Alignment:
Q  18 aaaccatggcatctatctcacctatttcctttatatccacaatcaacttttcccattcttcctccatgtatccattttcacaaaaacaacagaaatcttc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3434092 aaaccatggcatctatctcacctatttcctttatatccacaatcaacttttcccattcttcttccatgtatccattttcacaaaaacaacagaaatcttc 3433993  T
Q  118 taaacatagaatattaccaagacgccaagtgatcacattgagtggtaataatagtaaccaaaacaaccctaaagaagaagaacaactacaaaacattgtt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3433992 taaacatagaatattaccaagacgccaagtgatcacattgagtggtaataatggtaaccaaaacaaccctaaagaagaagaacaactacaaaacattgtt 3433893  T
Q  218 gtaggaaataggaggaatgttctaattggccttggaggactttgtggtactttcaccgctaacccttttgccctagcttctccaatatccccacctgacc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  3433892 gtaggaaataggaggaatgttctagttggccttggaggactttgtggtactttcaccgctaacccttttgccctagcttctccaatatccgcaccagacc 3433793  T
Q  318 tttctacatgtggaccaccagatctaccctcaggtgctacacccagtggtcttaattgttgtccaccaaattccacaaaaatcatagattacaaatttcc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3433792 tttctacatgtggaccaccagatctaccctcaggtgctacacccagtggtcttaattgttgtccaccaaattccacaaaaatcatagattacaaatttcc 3433693  T
Q  418 ttcatcaactcaacccttaagggttagacaagcagcacatttagtcaatgatgaatatctacaaaagtacaaaaaagccattgcactcatgaaagcctta 517  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3433692 ttcatcaactcaacccttaagggtaagacaagcagcacatttggtcaacgatgaatatctacaaaaatacaaaaaagccattgaactcatgaaagcctta 3433593  T
Q  518 ccttccagtgatccacgtagtttcatacaacaagcaaatattcattgtgcttattgtgatggtgcatattcccaagttggtttccctaaccttgatcttc 617  Q
    || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  3433592 ccatccaatgatccacgtaatttcatacaacaagcaaacatccattgtgcttattgtgatggtgcatattcccaagttggttttcctaatcttgatcttc 3433493  T
Q  618 aagttcatag 627  Q
    ||||||||||    
T  3433492 aagttcatag 3433483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 86 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 3427833 - 3427293
Alignment:
Q  86 tatccattttcacaaaaacaacagaaatcttctaaacatagaatattaccaagacgccaagtgatcacattgagtggtaataatagtaaccaaaacaacc 185  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3427833 tatccattttcacaaaaacaacaaaaatattctagacatagaaaattatcaagacgccaagtgatcacattgagtggtaataatagtaaccaaaacaacc 3427734  T
Q  186 ctaaagaagaagaacaactacaaaacattgttgtaggaaataggaggaatgttctaattggccttggaggactttgtggtactttcaccgctaacccttt 285  Q
    ||||||| ||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3427733 ctaaagaggaacaagaaccacaaaacattgttgtaggaaataggaggaatgttctaattggccttggaggactttgtggtactttcaccactaacccttt 3427634  T
Q  286 tgccctagcttctccaatatccccacctgacctttctacatgtggaccaccagatctaccctcaggtgctacacccagtggtcttaattgttgtccacca 385  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||| |    | |||||||||||||||||    
T  3427633 tgccctagcttctccaatatccccacctgacctttcaacatgtggtccaccggatctacccttaggtgcaacaccaaacaatattaattgttgtccacca 3427534  T
Q  386 aattccacaaaaatcatagattacaaatttccttcatcaactcaacccttaagggttagacaagcagcacatttagtcaatgatgaatatctacaaaagt 485  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3427533 aattccacaaaaatcataaattacaaaattccttcatcaaatcaacccttaagggtaagacaagcagcacatttagtcaatgatgaatatctacaaaagt 3427434  T
Q  486 acaaaaaagccattgcactcatgaaagccttaccttccagtgatccacgtagtttcatacaacaagcaaatattcattgtgcttattgtgatggtgcata 585  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  3427433 acaaaaaagccattgaactcatgaaagccttaccatccaatgatccacgtagtttcatacaacaagcaaacatccattgtgcttattgtgatggtgcata 3427334  T
Q  586 ttcccaagttggtttccctaaccttgatcttcaagttcata 626  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3427333 ttcccaagttggtttccctaatcttgatcttcaagttcata 3427293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 413; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 625
Target Start/End: Original strand, 11896381 - 11896982
Alignment:
Q  18 aaaccatggcatctatctcacctatttcctttatatccacaatcaacttttcccattcttcctccatgtatccattttcacaaaaacaacagaaatcttc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  11896381 aaaccatggcatctatctcacctctttccattatatccacaatcaaaatttcccattcttcttccatgtatcaattttcacaaaaacaacaaaaatcttc 11896480  T
Q  118 taaacatagaatattaccaagacgccaagtgatcacattgagtggtaataatagtaaccaaaacaaccctaaagaagaagaacaactacaaaacattgtt 217  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  11896481 taaacatagaaaattaccaagacgccaagtgatcacattcagtggtaatattagtaaccaaaacaaccctaaagaagaacaagaactacaaaacattgtt 11896580  T
Q  218 gtaggaaataggaggaatgttctaattggccttggaggactttgtggtactttcaccgctaacccttttgccctagcttctccaatatccccacctgacc 317  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11896581 gtaggaaataggagaaatgttctaattggccttggaggactttgtggtactttcaccactaacccttttgccctagcttctccaatatccccacctgacc 11896680  T
Q  318 tttctacatgtggaccaccagatctaccctcaggtgctacacccagtggtcttaattgttgtccaccaaattccacaaaaatcatagattacaaatttcc 417  Q
    |||||| |||| |  || || || || |||||||||      | | || | || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11896681 tttctaaatgtaggtcatcacatatatcctcaggtg------caattgatattgattgttgtccaccaaaatccacaaaaatcatagattacaaatttcc 11896774  T
Q  418 ttcatcaactcaacccttaagggttagacaagcagcacatttagtcaatgatgaatatctacaaaagtacaaaaaagccattgcactcatgaaagcctta 517  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11896775 tccattaactcaacccttaagggttagacaagcagcacatttggtcaacgatgaatatcttcaaaaatacaaaaaagccattgaactcatgaaagcctta 11896874  T
Q  518 ccttccagtgatccacgtagtttcatacaacaagcaaatattcattgtgcttattgtgatggtgcatattcccaagttggtttccctaaccttgatcttc 617  Q
    || |||| |||||||||||||||||| |||||||||||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11896875 ccatccaatgatccacgtagtttcatgcaacaagcaaacgtccactgtgcttattgtgatggtgcatattcccaagttggcttccctaaccttgatcttc 11896974  T
Q  618 aagttcat 625  Q
    ||||||||    
T  11896975 aagttcat 11896982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 18 - 360
Target Start/End: Original strand, 11911681 - 11912023
Alignment:
Q  18 aaaccatggcatctatctcacctatttcctttatatccacaatcaacttttcccattcttcctccatgtatccattttcacaaaaacaacagaaatcttc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  11911681 aaaccatggcatctatctcacctctttccattatatccacaatcaaaatttcccattcttcttccatgtatcaattttcacaaaaacaacaaaaatcttc 11911780  T
Q  118 taaacatagaatattaccaagacgccaagtgatcacattgagtggtaataatagtaaccaaaacaaccctaaagaagaagaacaactacaaaacattgtt 217  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  11911781 taaacatagaaaattaccaagacgccaagtgatcacattcagtggtaatattagtaaccaaaacaaccctaaagaagaacaagaactacaaaacattgtt 11911880  T
Q  218 gtaggaaataggaggaatgttctaattggccttggaggactttgtggtactttcaccgctaacccttttgccctagcttctccaatatccccacctgacc 317  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11911881 gtaggaaataggagaaatgttctaattggccttggaggactttgtggtactttcaccactaacccttttgccctagcttctccaatatccccacctgacc 11911980  T
Q  318 tttctacatgtggaccaccagatctaccctcaggtgctacacc 360  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  11911981 tttctacatgtggtccaccggatctacccttaggtgcaacacc 11912023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 369 - 626
Target Start/End: Original strand, 11912059 - 11912316
Alignment:
Q  369 ttaattgttgtccaccaaattccacaaaaatcatagattacaaatttccttcatcaactcaacccttaagggttagacaagcagcacatttagtcaatga 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||    
T  11912059 ttaattgttgtccaccaaattccacaaaaatcatagattacaaaattccttcatcaaatcaacccttaagggtaagacaagcagcaaatttggttaatga 11912158  T
Q  469 tgaatatctacaaaagtacaaaaaagccattgcactcatgaaagccttaccttccagtgatccacgtagtttcatacaacaagcaaatattcattgtgct 568  Q
     |||||||| ||||| ||||| ||||||||||  |||| |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  11912159 cgaatatcttcaaaaatacaagaaagccattgagctcacgaaagcattaccatccaatgatccacgtagtttcatacaacaagcaaacatccattgtgct 11912258  T
Q  569 tattgtgatggtgcatattcccaagttggtttccctaaccttgatcttcaagttcata 626  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11912259 tattgtgatggtgcatattcccaagttggtttccctaaccttgatcttcaagttcata 11912316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University