View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4523-Insertion-1 (Length: 1105)

Name: NF4523-Insertion-1
Description: NF4523
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4523-Insertion-1
NF4523-Insertion-1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-891)||(10820129-10821015)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 819; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 819; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 10821015 - 10820129
Alignment:
Q  8 ccaccacaagtaaattctgttacctgaatttgtaaagggaaatctggttcaactgagactatcttttcttcaagagtttcattgagattataaaaatcta 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10821015 ccaccacaagtaaattctgttacctgaatttgtaaagggaaatctagttcaattgagactatcttttcttcaagagtttcattgagattataaaaatcta 10820916  T
Q  108 aattgcttagtggaatatttacttgagcttcaatgactaatgaaccattgttatcacaaacgatttgaggttcgtcggttttatgattttcaacaatgtg 207  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10820915 aatttcttagtggaacatttacttgagcttcaatgactaatgaaccattgttgtcacaaatgatttgaggttcgtcggttttatgattttgaacaatgtg 10820816  T
Q  208 gccagcaaagggatagtaatgattaagtatttgtgctagagaagttttaagattgttaacaaaagatttgaagttacctagttttggttttttgtagaaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10820815 gccagcaaagggatagtaatgattaagtatttgtgctagagaagttttaagattgttaacaaaagatttgaagttacctagttttggttttttgtagaaa 10820716  T
Q  308 tacaagtatgtaactggaaaacgaccagaaagtagatcaagatttgagagattaatcactgaaaatggctttggaaaatgattgagagcttttacaacac 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10820715 tacaagtatgtaactggaaaacgaccagaaagtagatcaagatttgagagattaatcactgaaaatggctttggaaaatgattgagagcttttacaacac 10820616  T
Q  408 ttttcttaatgaactttacttcaaatttttcatattcttgggatgcaatatcattgagaatatgtgacatttttcaaaggaagattgtgtttgtcttgag 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10820615 ttttcttaatgaactttacttcaaatttttcatattcttgggatgcaatatcattgagaatatgtgacatttttcaaaggaagattgtgtttgtcttgag 10820516  T
Q  508 gcttatgttaaaaatgttcatgagcatatgcttatataatgtgtttttagtgcatgatgatgaaaacttacaccattgcttgagatattttctgtttaca 607  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10820515 gcttatgtttaaaatgttcatgagcatatgcttatataatgtgtttttagtgcatgatgatgaaaacttacaccattgcttgagatattttctgtttaca 10820416  T
Q  608 ctttatgaagagtaatgatgtcaggtctcatgattaaaagctgatctcatgacagcactcttttgttcgaaagctggtgcttatttccactaattcactt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10820415 ctttatgaagagtaatgatgtcaggtctcatgattaaaagctgatctcatgacagcactcttttgttcgaaagctggtgcttatttccactaattcactt 10820316  T
Q  708 ccaaagattcgaatcaaaacatacaagaaaactaaatctttggtcaagtttggtaggcaaaggaattttggaatccaaataatcaatgttatgcagtaaa 807  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10820315 ccaaagattcgaatcataacatacaagaaaactaaatctttggtcaagtttggtaggcaaaggaattttggaatccaaataatcaatgttatgcagtaaa 10820216  T
Q  808 gtggatcaagcaaacaagaagctcttgcta----ctatcatactatgcacttatgcagtacgtgttcaatatggtttagacacctaaa 891  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10820215 gtggatcaagcaaacaagaaactcttgctaccatcaatcatactatgcacttatgcagtacgtgttcaatat-gtttagacacctaaa 10820129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University